Merge lp:~nickpapior/siesta/kovalp-fixes into lp:~kovalp/siesta/siesta
- kovalp-fixes
- Merge into siesta
Proposed by
Nick Papior
Status: | Merged |
---|---|
Merged at revision: | 623 |
Proposed branch: | lp:~nickpapior/siesta/kovalp-fixes |
Merge into: | lp:~kovalp/siesta/siesta |
Diff against target: |
3313 lines (+891/-546) 21 files modified
Src/Makefile (+30/-40) Src/elpa2_kernels.f90 (+3/-2) Src/m_fastconv_dims.F90 (+1/-8) Src/m_mpi_stop.F90 (+2/-5) Src/m_plot_1d_arr3d.F90 (+1/-2) Src/m_poisson_fdf.F90 (+8/-4) Src/m_poisson_obc_comm.F90 (+4/-3) Src/m_poisson_obc_fastconv.F90 (+10/-4) Src/m_poisson_obc_fastconv_r2c.F90 (+5/-5) Util/COOP/Makefile (+78/-44) Util/Denchar/Src/Makefile (+78/-44) Util/Gen-basis/Makefile (+76/-44) Util/Grimme/Makefile (+76/-44) Util/Helpers/Makefile (+76/-44) Util/STM/ol-stm/Src/Makefile (+76/-44) Util/SpPivot/Makefile (+76/-44) Util/TS/TBtrans/Makefile (+62/-32) Util/TS/ts2ts/Makefile (+76/-44) Util/TS/tshs2tshs/Makefile (+76/-44) Util/VCA/Makefile (+76/-44) version.info (+1/-1) |
To merge this branch: | bzr merge lp:~nickpapior/siesta/kovalp-fixes |
Related bugs: |
Reviewer | Review Type | Date Requested | Status |
---|---|---|---|
Petr Koval | Approve | ||
Review via email: mp+311468@code.launchpad.net |
Commit message
Description of the change
There were a few missing items that you have missed.
Please, read the commit log and see what I have changed. I have runned your example with the committed code without problems. But perhaps you should run it again.
To post a comment you must log in.
Revision history for this message
Petr Koval (kovalp) : | # |
review:
Approve
Revision history for this message
Petr Koval (kovalp) wrote : | # |
Preview Diff
[H/L] Next/Prev Comment, [J/K] Next/Prev File, [N/P] Next/Prev Hunk
1 | === modified file 'Src/Makefile' |
2 | --- Src/Makefile 2016-11-17 13:54:18 +0000 |
3 | +++ Src/Makefile 2016-11-22 08:16:45 +0000 |
4 | @@ -675,9 +675,7 @@ |
5 | compute_rhog.o: siesta_options.o sparse_matrices.o |
6 | conjgr.o: precision.o |
7 | conjgr_old.o: precision.o |
8 | -coor.o: alloc.o parallel.o precision.o siesta_geom.o sys.o units.o zmatrix.o \ |
9 | - m_poisson_fdf.o |
10 | - |
11 | +coor.o: alloc.o parallel.o precision.o siesta_geom.o sys.o units.o zmatrix.o |
12 | coxmol.o: files.o periodic_table.o precision.o |
13 | create_Sparsity_SC.o: class_Sparsity.o geom_helper.o intrinsic_missing.o |
14 | create_Sparsity_Union.o: class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o |
15 | @@ -692,31 +690,14 @@ |
16 | detover.o: alloc.o linpack.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
17 | dfscf.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o m_spin.o mesh.o |
18 | dfscf.o: meshdscf.o meshphi.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
19 | -dhscf.o: alloc.o atmfuncs.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o delk.o dfscf.o \ |
20 | - m_poisson_fdf.o m_poisson_switch.o |
21 | - |
22 | -m_poisson_fdf.o : $(FDF) m_char.o |
23 | - |
24 | -m_poisson_switch.o: poison.o m_poisson_obc_fastconv.o |
25 | - |
26 | -m_poisson_obc_fastconv.o: m_plot_1d_arr3d.o m_fastconv_dims.o \ |
27 | - m_poisson_obc_fastconv_r2c.o m_mpi_stop.o |
28 | - |
29 | -m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: m_plot_1d_arr3d.o m_fastconv_dims.o \ |
30 | - m_poisson_obc_comm.o cellsubs.o |
31 | - |
32 | -m_poisson_obc_comm.o: atm_types.o siesta_geom.o atmfuncs.o \ |
33 | - $(FDF) parallel.o m_mpi_stop.o |
34 | - |
35 | -m_plot_1d_arr3d.o: precision.o |
36 | - |
37 | +dhscf.o: alloc.o atmfuncs.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o delk.o dfscf.o |
38 | dhscf.o: doping_uniform.o files.o forhar.o iogrid_netcdf.o m_charge_add.o |
39 | dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_iotddft.o m_mesh_node.o |
40 | -dhscf.o: m_ncdf_io.o m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_rhog.o m_spin.o |
41 | -dhscf.o: m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o m_ts_options.o m_ts_tdir.o |
42 | -dhscf.o: m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o moremeshsubs.o parallel.o |
43 | -dhscf.o: parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o siesta_options.o sys.o units.o |
44 | -dhscf.o: vmat.o |
45 | +dhscf.o: m_ncdf_io.o m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_poisson_fdf.o |
46 | +dhscf.o: m_poisson_switch.o m_rhog.o m_spin.o m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o |
47 | +dhscf.o: m_ts_options.o m_ts_tdir.o m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o |
48 | +dhscf.o: moremeshsubs.o parallel.o parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o |
49 | +dhscf.o: siesta_options.o sys.o units.o vmat.o |
50 | diag2g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
51 | diag2k.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
52 | diag3g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
53 | @@ -797,9 +778,9 @@ |
54 | initatom.o: atmparams.o atom.o atom_options.o basis_io.o basis_specs.o |
55 | initatom.o: basis_types.o chemical.o electrostatic.o ldau_specs.o m_spin.o |
56 | initatom.o: old_atmfuncs.o precision.o pseudopotential.o |
57 | -initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o parallel.o |
58 | -initparallel.o: parallelsubs.o precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o |
59 | -initparallel.o: spatial.o sys.o m_poisson_fdf.o |
60 | +initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o |
61 | +initparallel.o: m_poisson_fdf.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
62 | +initparallel.o: siesta_options.o sparse_matrices.o spatial.o sys.o |
63 | io.o: sys.o |
64 | iocg.o: files.o precision.o sys.o |
65 | iodm.o: alloc.o files.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
66 | @@ -860,6 +841,7 @@ |
67 | m_eo.o: precision.o |
68 | m_evolve.o: alloc.o m_memory.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
69 | m_exp_coord.o: files.o m_os.o parallel.o precision.o units.o |
70 | +m_fastconv_dims.o: precision.o |
71 | m_filter.o: bessph.o precision.o radfft.o sorting.o sys.o |
72 | m_fire.o: parallel.o precision.o |
73 | m_fire_mixing.o: alloc.o m_fire_para.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o |
74 | @@ -950,6 +932,15 @@ |
75 | m_planewavematrix.o: atomlist.o dhscf.o m_planewavematrixvar.o precision.o |
76 | m_planewavematrix.o: siesta_geom.o sparse_matrices.o |
77 | m_planewavematrixvar.o: precision.o |
78 | +m_plot_1d_arr3d.o: precision.o |
79 | +m_poisson_fdf.o: m_char.o precision.o |
80 | +m_poisson_obc_comm.o: atm_types.o atmfuncs.o m_mpi_stop.o parallel.o |
81 | +m_poisson_obc_comm.o: precision.o siesta_geom.o sys.o |
82 | +m_poisson_obc_fastconv.o: cellsubs.o m_mpi_stop.o m_poisson_obc_fastconv_r2c.o |
83 | +m_poisson_obc_fastconv.o: parallel.o precision.o sys.o |
84 | +m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: cellsubs.o m_fastconv_dims.o m_plot_1d_arr3d.o |
85 | +m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: m_poisson_obc_comm.o precision.o sys.o |
86 | +m_poisson_switch.o: m_poisson_obc_fastconv.o precision.o sys.o |
87 | m_pulay.o: alloc.o atomlist.o m_mpi_utils.o m_spin.o m_svd.o parallel.o |
88 | m_pulay.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o |
89 | m_redist_spmatrix.o: alloc.o class_Distribution.o |
90 | @@ -1312,12 +1303,12 @@ |
91 | siesta_init.o: class_Fstack_Pair_Geometry_SpData2D.o densematrix.o files.o |
92 | siesta_init.o: flook_siesta.o ioxv.o kpoint_grid.o kpoint_pdos.o ksvinit.o |
93 | siesta_init.o: m_cite.o m_energies.o m_eo.o m_fixed.o m_forces.o m_gamma.o |
94 | -siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_rmaxh.o m_spin.o |
95 | -siesta_init.o: m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o metaforce.o |
96 | -siesta_init.o: molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o parallelsubs.o |
97 | -siesta_init.o: projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o siesta_geom.o |
98 | -siesta_init.o: siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o sys.o timer.o |
99 | -siesta_init.o: timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o |
100 | +siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_poisson_fdf.o m_rmaxh.o |
101 | +siesta_init.o: m_spin.o m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o |
102 | +siesta_init.o: metaforce.o molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o |
103 | +siesta_init.o: parallelsubs.o projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o |
104 | +siesta_init.o: siesta_geom.o siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o |
105 | +siesta_init.o: sys.o timer.o timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o |
106 | siesta_master.o: iopipes.o iosockets.o precision.o sys.o |
107 | siesta_move.o: atomlist.o broyden_optim.o cell_broyden_optim.o |
108 | siesta_move.o: cell_fire_optim.o dynamics.o fire_optim.o flook_siesta.o ioxv.o |
109 | @@ -1348,11 +1339,10 @@ |
110 | state_init.o: m_ts_tri_init.o normalize_dm.o overlap.o parallel.o |
111 | state_init.o: proximity_check.o siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_options.o |
112 | state_init.o: sparse_matrices.o sys.o units.o write_subs.o zmatrix.o |
113 | -struct_init.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o files.o ioxv.o m_exp_coord.o \ |
114 | - m_poisson_fdf.o m_poisson_obc_comm.o |
115 | -struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_steps.o parallel.o periodic_table.o |
116 | -struct_init.o: siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o |
117 | -struct_init.o: units.o zmatrix.o |
118 | +struct_init.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o files.o ioxv.o m_exp_coord.o |
119 | +struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_poisson_fdf.o m_poisson_obc_comm.o |
120 | +struct_init.o: m_steps.o parallel.o periodic_table.o siesta_cml.o siesta_geom.o |
121 | +struct_init.o: siesta_master.o siesta_options.o units.o zmatrix.o |
122 | sys.o: parallel.o |
123 | timer.o: extrae_eventllist.o extrae_module.o m_timer.o parallel.o sys.o |
124 | timer.o: timer_tree.o |
125 | |
126 | === modified file 'Src/elpa2_kernels.f90' |
127 | --- Src/elpa2_kernels.f90 2016-10-27 08:15:19 +0000 |
128 | +++ Src/elpa2_kernels.f90 2016-11-22 08:16:45 +0000 |
129 | @@ -18,7 +18,7 @@ |
130 | integer, parameter :: dprec = kind(1.d0) |
131 | |
132 | integer, intent(in) :: nb, nq, ldq, ldh |
133 | - real(dprec), intent(inout) :: q(ldq,*) |
134 | + real(dprec), intent(inout) :: q(ldq,*) |
135 | real(dprec), intent(in) :: hh(ldh,*) |
136 | |
137 | real(dprec) s |
138 | @@ -51,7 +51,7 @@ |
139 | call hh_trafo_kernel_4(q(i,1),hh, nb, ldq, ldh, s) |
140 | endif |
141 | |
142 | -end subroutine |
143 | +end |
144 | |
145 | ! -------------------------------------------------------------------------------------------------- |
146 | ! The following kernels perform the Householder transformation on Q for 12/8/4 rows. |
147 | @@ -572,4 +572,5 @@ |
148 | enddo |
149 | |
150 | end |
151 | + |
152 | ! -------------------------------------------------------------------------------------------------- |
153 | |
154 | === modified file 'Src/m_fastconv_dims.F90' |
155 | --- Src/m_fastconv_dims.F90 2016-11-16 09:58:12 +0000 |
156 | +++ Src/m_fastconv_dims.F90 2016-11-22 08:16:45 +0000 |
157 | @@ -9,12 +9,6 @@ |
158 | use precision, only : dp |
159 | |
160 | implicit none |
161 | - |
162 | - complex(dp), private, allocatable :: coul_r2c(:,:,:) |
163 | - integer(8), private :: p_r2c, p_c2r |
164 | - real(dp), allocatable, private :: io_dreal(:,:,:) |
165 | - complex(dp), allocatable, private :: dens_r2c(:,:,:) |
166 | - integer, private :: icall = 0 |
167 | |
168 | contains |
169 | |
170 | @@ -22,7 +16,7 @@ |
171 | ! Computes 6 numbers out of limits for a general 1d convolution |
172 | ! |
173 | subroutine conv_lims(s1,f1,s2,f2,s3,f3,n1,n2,ncaux,saux,salloc_aux,falloc_aux) |
174 | - implicit none |
175 | + |
176 | ! external |
177 | integer, intent(in) :: s1, f1, s2, f2, s3, f3 ! start/finish indices for functions in a convolution f3 = f1*f2 |
178 | integer, intent(out) :: n1,n2,ncaux,saux,salloc_aux,falloc_aux |
179 | @@ -40,7 +34,6 @@ |
180 | ! Calculate the limits for FFTW r2c transform |
181 | ! |
182 | subroutine conv_calc_r2c_dims(nff_in_1, nff_in_2, nff_complex, nff_real) |
183 | - implicit none |
184 | integer, intent(in) :: nff_in_1, nff_in_2 |
185 | integer, intent(out) :: nff_complex, nff_real |
186 | nff_real = (nff_in_1+nff_in_2) |
187 | |
188 | === modified file 'Src/m_mpi_stop.F90' |
189 | --- Src/m_mpi_stop.F90 2016-11-16 13:02:00 +0000 |
190 | +++ Src/m_mpi_stop.F90 2016-11-22 08:16:45 +0000 |
191 | @@ -6,15 +6,12 @@ |
192 | ! See Docs/Contributors.txt for a list of contributors. |
193 | ! |
194 | module m_mpi_stop |
195 | + |
196 | implicit none |
197 | - |
198 | + |
199 | contains |
200 | |
201 | -! |
202 | -! |
203 | -! |
204 | subroutine mpi_stop(cfile, iline, ierr) |
205 | - implicit none |
206 | character(*), intent(in) :: cfile |
207 | integer, intent(in) :: iline |
208 | integer, intent(in) :: ierr |
209 | |
210 | === modified file 'Src/m_plot_1d_arr3d.F90' |
211 | --- Src/m_plot_1d_arr3d.F90 2016-10-18 13:15:38 +0000 |
212 | +++ Src/m_plot_1d_arr3d.F90 2016-11-22 08:16:45 +0000 |
213 | @@ -6,6 +6,7 @@ |
214 | ! See Docs/Contributors.txt for a list of contributors. |
215 | ! |
216 | module m_plot_1d_arr3d |
217 | + |
218 | implicit none |
219 | |
220 | contains |
221 | @@ -15,7 +16,6 @@ |
222 | ! |
223 | subroutine plot_1d_arr3d(nnn, arr, ialong,i1,i2, fname) |
224 | use precision, only : grid_p |
225 | - implicit none |
226 | !! external |
227 | integer, intent(in) :: nnn(:) ! 3 dimensions of array arr(*) |
228 | real(grid_p), intent(in) :: arr(*) ! data array |
229 | @@ -67,7 +67,6 @@ |
230 | !! |
231 | !! |
232 | integer function get_free_handle() |
233 | - implicit none |
234 | ! internal |
235 | integer :: ihandle |
236 | logical :: logical_opened |
237 | |
238 | === modified file 'Src/m_poisson_fdf.F90' |
239 | --- Src/m_poisson_fdf.F90 2016-10-25 15:07:07 +0000 |
240 | +++ Src/m_poisson_fdf.F90 2016-11-22 08:16:45 +0000 |
241 | @@ -12,7 +12,7 @@ |
242 | |
243 | implicit none |
244 | |
245 | - character(80) :: PoissonMethod = '' |
246 | + character(32) :: PoissonMethod = '' |
247 | real(dp) :: PoissonPBCCutoff0D = -999 |
248 | |
249 | contains |
250 | @@ -23,16 +23,20 @@ |
251 | subroutine poisson_fdf() |
252 | use fdf, only : fdf_get |
253 | use m_char, only : ucase |
254 | - implicit none |
255 | |
256 | - ! internal |
257 | - |
258 | ! |
259 | ! Choice of Poison solver |
260 | ! |
261 | |
262 | PoissonMethod = fdf_get('Poisson.Method', 'PBC') |
263 | PoissonMethod = ucase(PoissonMethod) |
264 | + select case (PoissonMethod) |
265 | + case('PBC', 'OBC.FASTCONV') |
266 | + case default |
267 | + write(*,*) 'The Poisson.Method is not recognized, & |
268 | + &should be one of PBC/OBC.FastConv' |
269 | + call die('The Poisson.Method is not recognized') |
270 | + end select |
271 | |
272 | PoissonPBCCutoff0D = fdf_get('Poisson.PBC.Cutoff0D', 1.0_dp) |
273 | |
274 | |
275 | === modified file 'Src/m_poisson_obc_comm.F90' |
276 | --- Src/m_poisson_obc_comm.F90 2016-11-16 13:02:00 +0000 |
277 | +++ Src/m_poisson_obc_comm.F90 2016-11-22 08:16:45 +0000 |
278 | @@ -72,7 +72,9 @@ |
279 | box(ix,2) = max(xa(ix,ia)+rc, box(ix,2)) |
280 | enddo |
281 | enddo |
282 | - |
283 | + |
284 | + deallocate(sp2rcut) |
285 | + |
286 | box_c(1:3) = (box(:,2)+box(:,1))/2 |
287 | |
288 | ! write(6,'(a)') 'box' |
289 | @@ -95,8 +97,6 @@ |
290 | ! write(6,*) origin |
291 | ! write(6,'(3g12.5)') xa |
292 | endif |
293 | - |
294 | - if(allocated(sp2rcut)) deallocate(sp2rcut) |
295 | |
296 | end subroutine ! obc_coord_shift |
297 | |
298 | @@ -184,6 +184,7 @@ |
299 | |
300 | j3min = n2s3(node) |
301 | j3max = n2s3(node+1)-1 |
302 | + deallocate(n2n3,n2s3) |
303 | |
304 | nnn(1:3) = [j1max-j1min+1,j2max-j2min+1,j3max-j3min+1] |
305 | if(any(nnn/=[n1,n2,n3])) then |
306 | |
307 | === modified file 'Src/m_poisson_obc_fastconv.F90' |
308 | --- Src/m_poisson_obc_fastconv.F90 2016-11-16 13:02:00 +0000 |
309 | +++ Src/m_poisson_obc_fastconv.F90 2016-11-22 08:16:45 +0000 |
310 | @@ -106,15 +106,21 @@ |
311 | allocate(v_gth(np_gth)) |
312 | call poisson_obc_fastconv_r2c( cell, mesh(1),mesh(2),mesh(3),mesh, & |
313 | rho_gth, U, v_gth, STRESS) |
314 | - |
315 | + |
316 | ! write(6,*) 'sum(v_gth)', sum(v_gth) |
317 | |
318 | endif |
319 | - |
320 | + deallocate(rho_gth) |
321 | + |
322 | !! only potential must be scattered |
323 | call MPI_Scatterv(v_gth, n2c, n2d, MPI_grid_real, v,np, MPI_grid_real, root, comm, ierr) |
324 | - call mpi_stop(__FILE__, __LINE__, ierr) |
325 | - |
326 | + call mpi_stop(__FILE__, __LINE__, ierr) |
327 | + if(root==node) then |
328 | + deallocate(v_gth) |
329 | + end if |
330 | + |
331 | + deallocate(n2c, n2d) |
332 | + |
333 | endif |
334 | |
335 | end subroutine !poisson_obc_fastconv |
336 | |
337 | === modified file 'Src/m_poisson_obc_fastconv_r2c.F90' |
338 | --- Src/m_poisson_obc_fastconv_r2c.F90 2016-11-17 14:11:46 +0000 |
339 | +++ Src/m_poisson_obc_fastconv_r2c.F90 2016-11-22 08:16:45 +0000 |
340 | @@ -165,10 +165,10 @@ |
341 | do i3=1,nr(3) |
342 | do i2=1,nr(2) |
343 | do i1=1,nc(1) |
344 | - z1 = cmplx(coul_r2c((i1-1)*2+1,i2,i3), coul_r2c((i1-1)*2+2,i2,i3), 8) |
345 | - z2 = cmplx(dens_fft((i1-1)*2+1,i2,i3), dens_fft((i1-1)*2+2,i2,i3), 8) |
346 | + z1 = cmplx(coul_r2c((i1-1)*2+1,i2,i3), coul_r2c((i1-1)*2+2,i2,i3), dp) |
347 | + z2 = cmplx(dens_fft((i1-1)*2+1,i2,i3), dens_fft((i1-1)*2+2,i2,i3), dp) |
348 | z3 = z1*z2 |
349 | - dens_fft((i1-1)*2+1,i2,i3) = real(z3,8) ! Product density and Coulomb interaction in momentum space |
350 | + dens_fft((i1-1)*2+1,i2,i3) = real(z3,dp) ! Product density and Coulomb interaction in momentum space |
351 | dens_fft((i1-1)*2+2,i2,i3) = aimag(z3) ! Product density and Coulomb interaction in momentum space |
352 | enddo |
353 | enddo |
354 | @@ -220,7 +220,7 @@ |
355 | ! |
356 | ! |
357 | subroutine comp_coul_r2c_inplace(ic, nn, dcell, n, coul_r2c) |
358 | - use precision, only : dp |
359 | + use precision, only : dp, i8b |
360 | use cellsubs, only : volcel ! Finds unit cell volume |
361 | implicit none |
362 | !! external |
363 | @@ -230,7 +230,7 @@ |
364 | integer, intent(in) :: n(:) ! 3 |
365 | real(dp), intent(inout) :: coul_r2c(:,:,:) |
366 | !! internal |
367 | - integer(8) :: p_r2c |
368 | + integer(i8b) :: p_r2c |
369 | |
370 | integer :: i1, i2, i3 |
371 | real(dp) :: rp(3), dcell2(3,3), dvol |
372 | |
373 | === modified file 'Util/COOP/Makefile' |
374 | --- Util/COOP/Makefile 2016-08-30 14:02:33 +0000 |
375 | +++ Util/COOP/Makefile 2016-11-22 08:16:45 +0000 |
376 | @@ -108,7 +108,7 @@ |
377 | bsc_cellxc.o: alloc.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o mesh.o moremeshsubs.o parallel.o |
378 | bsc_cellxc.o: parallelsubs.o precision.o sys_local.o |
379 | bsc_xcmod.o: parallel.o precision.o sys_local.o |
380 | -cart2frac.o: sys_local.o |
381 | +cart2frac.o: precision.o sys_local.o |
382 | cdiag.o: alloc.o m_diagon_opt.o memoryinfo.o parallel.o precision.o sys_local.o |
383 | cell_broyden_optim.o: m_broyddj_nocomm.o parallel.o precision.o sys_local.o |
384 | cell_broyden_optim.o: units.o zmatrix.o |
385 | @@ -121,6 +121,8 @@ |
386 | cgvc_zmatrix.o: alloc.o conjgr.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o |
387 | cgvc_zmatrix.o: sys_local.o units.o zmatrix.o |
388 | cgwf.o: egandd.o onmod.o parallel.o precision.o sys_local.o |
389 | +changebasis.o: alloc.o m_matdiag.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
390 | +changebasis.o: sparse_matrices.o sys_local.o wavefunctions.o |
391 | chemical.o: parallel.o precision.o sys_local.o |
392 | chempot.o: alloc.o mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys_local.o |
393 | chkdim.o: sys_local.o |
394 | @@ -173,17 +175,17 @@ |
395 | denmat.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o |
396 | denmatlomem.o: alloc.o globalise.o onmod.o precision.o |
397 | densematrix.o: alloc.o precision.o |
398 | -detover.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
399 | +detover.o: alloc.o linpack.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
400 | dfscf.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o m_spin.o mesh.o |
401 | dfscf.o: meshdscf.o meshphi.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys_local.o |
402 | dhscf.o: alloc.o atmfuncs.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o delk.o dfscf.o |
403 | dhscf.o: doping_uniform.o files.o forhar.o iogrid_netcdf.o m_charge_add.o |
404 | -dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_mesh_node.o m_ncdf_io.o |
405 | -dhscf.o: m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_rhog.o m_spin.o |
406 | -dhscf.o: m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o m_ts_options.o m_ts_tdir.o |
407 | -dhscf.o: m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o moremeshsubs.o parallel.o |
408 | -dhscf.o: parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o siesta_options.o sys_local.o |
409 | -dhscf.o: units.o vmat.o |
410 | +dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_iotddft.o m_mesh_node.o |
411 | +dhscf.o: m_ncdf_io.o m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_poisson_fdf.o |
412 | +dhscf.o: m_poisson_switch.o m_rhog.o m_spin.o m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o |
413 | +dhscf.o: m_ts_options.o m_ts_tdir.o m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o |
414 | +dhscf.o: moremeshsubs.o parallel.o parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o |
415 | +dhscf.o: siesta_options.o sys_local.o units.o vmat.o |
416 | diag2g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys_local.o |
417 | diag2k.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys_local.o |
418 | diag3g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys_local.o |
419 | @@ -211,7 +213,7 @@ |
420 | domain_decom.o: sparse_matrices.o sys_local.o |
421 | doping_uniform.o: alloc.o m_ntm.o mesh.o parallel.o precision.o sys_local.o |
422 | dynamics.o: alloc.o atomlist.o files.o ioxv.o m_mpi_utils.o parallel.o |
423 | -dynamics.o: precision.o sys_local.o units.o |
424 | +dynamics.o: precision.o siesta_options.o sys_local.o units.o |
425 | egandd.o: alloc.o denmat.o ener3.o globalise.o gradient.o on_subs.o onmod.o |
426 | egandd.o: onmod.o precision.o sys_local.o |
427 | eggbox.o: parallel.o precision.o |
428 | @@ -220,6 +222,11 @@ |
429 | elpa2.o: elpa1.o |
430 | ener3.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o |
431 | ener3lomem.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o |
432 | +evolg.o: alloc.o m_eo.o m_matswinvers.o m_steps.o parallel.o parallelsubs.o |
433 | +evolg.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys_local.o |
434 | +evolg.o: wavefunctions.o |
435 | +evolk.o: m_diagon_opt.o m_matswinvers.o parallel.o precision.o siesta_options.o |
436 | +evolk.o: sys_local.o wavefunctions.o |
437 | extrapolateSpData2D.o: class_Data2D.o class_OrbitalDistribution.o |
438 | extrapolateSpData2D.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o |
439 | extrapolon.o: parallel.o precision.o sys_local.o |
440 | @@ -260,9 +267,9 @@ |
441 | initatom.o: atmparams.o atom.o atom_options.o basis_io.o basis_specs.o |
442 | initatom.o: basis_types.o chemical.o electrostatic.o ldau_specs.o m_spin.o |
443 | initatom.o: old_atmfuncs.o precision.o pseudopotential.o |
444 | -initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o parallel.o |
445 | -initparallel.o: parallelsubs.o precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o |
446 | -initparallel.o: spatial.o sys_local.o |
447 | +initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o |
448 | +initparallel.o: m_poisson_fdf.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
449 | +initparallel.o: siesta_options.o sparse_matrices.o spatial.o sys_local.o |
450 | io.o: sys_local.o |
451 | iocg.o: files.o precision.o sys_local.o |
452 | iodm.o: alloc.o files.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys_local.o |
453 | @@ -325,7 +332,10 @@ |
454 | m_efield.o: siesta_geom.o sys_local.o units.o |
455 | m_energies.o: precision.o |
456 | m_eo.o: precision.o |
457 | +m_evolve.o: alloc.o m_memory.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
458 | +m_evolve.o: sys_local.o |
459 | m_exp_coord.o: files.o m_os.o parallel.o precision.o units.o |
460 | +m_fastconv_dims.o: precision.o |
461 | m_filter.o: bessph.o precision.o radfft.o sorting.o sys_local.o |
462 | m_fire.o: parallel.o precision.o |
463 | m_fire_mixing.o: alloc.o m_fire_para.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o |
464 | @@ -347,10 +357,14 @@ |
465 | m_hs_matrix.o: alloc.o cellsubs.o geom_helper.o precision.o sys_local.o |
466 | m_hsx.o: atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o files.o parallel.o parallelsubs.o |
467 | m_hsx.o: precision.o siesta_geom.o sys_local.o |
468 | +m_initwf.o: alloc.o densematrix.o fermid.o m_diagon_opt.o m_eo.o m_memory.o |
469 | +m_initwf.o: parallel.o parallelsubs.o precision.o sparse_matrices.o sys_local.o |
470 | +m_initwf.o: wavefunctions.o |
471 | m_integrate.o: precision.o |
472 | m_io.o: sys_local.o |
473 | m_io_s.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o class_SpData2D.o |
474 | m_io_s.o: class_Sparsity.o parallel.o precision.o |
475 | +m_iodipol.o: files.o m_dipol.o m_steps.o |
476 | m_iodm.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o class_Sparsity.o |
477 | m_iodm.o: m_io_s.o parallel.o |
478 | m_iodm_old.o: alloc.o files.o m_matio.o m_mpi_utils.o parallel.o parallelsubs.o |
479 | @@ -358,9 +372,13 @@ |
480 | m_iorho.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys_local.o |
481 | m_iostruct.o: alloc.o files.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o |
482 | m_iostruct.o: siesta_geom.o sys_local.o units.o |
483 | +m_iotddft.o: files.o m_dipol.o m_steps.o parallel.o siesta_options.o |
484 | +m_iotddft.o: wavefunctions.o |
485 | m_kinetic.o: precision.o |
486 | m_mat_invert.o: intrinsic_missing.o m_pivot_array.o precision.o |
487 | +m_matdiag.o: precision.o |
488 | m_matio.o: alloc.o parallel.o |
489 | +m_matswinvers.o: precision.o |
490 | m_memory.o: memoryinfo.o parallel.o sys_local.o |
491 | m_mesh_node.o: intrinsic_missing.o parallel.o precision.o |
492 | m_mixing.o: class_Data1D.o class_Fstack_Data1D.o parallel.o precision.o |
493 | @@ -409,6 +427,15 @@ |
494 | m_planewavematrix.o: atomlist.o dhscf.o m_planewavematrixvar.o precision.o |
495 | m_planewavematrix.o: siesta_geom.o sparse_matrices.o |
496 | m_planewavematrixvar.o: precision.o |
497 | +m_plot_1d_arr3d.o: precision.o |
498 | +m_poisson_fdf.o: m_char.o precision.o |
499 | +m_poisson_obc_comm.o: atm_types.o atmfuncs.o m_mpi_stop.o parallel.o |
500 | +m_poisson_obc_comm.o: precision.o siesta_geom.o sys_local.o |
501 | +m_poisson_obc_fastconv.o: cellsubs.o m_mpi_stop.o m_poisson_obc_fastconv_r2c.o |
502 | +m_poisson_obc_fastconv.o: parallel.o precision.o sys_local.o |
503 | +m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: cellsubs.o m_fastconv_dims.o m_plot_1d_arr3d.o |
504 | +m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: m_poisson_obc_comm.o precision.o sys_local.o |
505 | +m_poisson_switch.o: m_poisson_obc_fastconv.o precision.o sys_local.o |
506 | m_pulay.o: alloc.o atomlist.o m_mpi_utils.o m_spin.o m_svd.o parallel.o |
507 | m_pulay.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys_local.o |
508 | m_redist_spmatrix.o: alloc.o class_Distribution.o |
509 | @@ -424,7 +451,8 @@ |
510 | m_sparsity_handling.o: class_Data1D.o class_Data2D.o |
511 | m_sparsity_handling.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o |
512 | m_sparsity_handling.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o geom_helper.o |
513 | -m_sparsity_handling.o: m_interpolate.o m_region.o precision.o |
514 | +m_sparsity_handling.o: intrinsic_missing.o m_interpolate.o m_region.o |
515 | +m_sparsity_handling.o: precision.o |
516 | m_spin.o: alloc.o parallel.o precision.o sys_local.o units.o |
517 | m_stress.o: precision.o |
518 | m_supercell.o: atom_graph.o class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o |
519 | @@ -538,9 +566,10 @@ |
520 | m_ts_options.o: m_ts_hartree.o m_ts_method.o m_ts_mumps_init.o m_ts_tdir.o |
521 | m_ts_options.o: m_ts_weight.o parallel.o precision.o siesta_options.o units.o |
522 | m_ts_pivot.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o |
523 | -m_ts_pivot.o: create_Sparsity_SC.o create_Sparsity_Union.o intrinsic_missing.o |
524 | -m_ts_pivot.o: m_char.o m_pivot.o m_region.o m_sparsity_handling.o m_ts_debug.o |
525 | -m_ts_pivot.o: m_ts_electype.o parallel.o precision.o |
526 | +m_ts_pivot.o: create_Sparsity_SC.o create_Sparsity_Union.o geom_helper.o |
527 | +m_ts_pivot.o: intrinsic_missing.o m_char.o m_pivot.o m_region.o |
528 | +m_ts_pivot.o: m_sparsity_handling.o m_ts_debug.o m_ts_electype.o parallel.o |
529 | +m_ts_pivot.o: precision.o |
530 | m_ts_rgn2trimat.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o |
531 | m_ts_rgn2trimat.o: create_Sparsity_Union.o geom_helper.o m_region.o |
532 | m_ts_rgn2trimat.o: m_ts_electype.o m_ts_method.o m_ts_tri_common.o parallel.o |
533 | @@ -685,8 +714,8 @@ |
534 | rdiag.o: alloc.o m_diagon_opt.o memoryinfo.o parallel.o precision.o sys_local.o |
535 | rdiag_elpa.o: alloc.o elpa1.o elpa2.o parallel.o precision.o sys_local.o |
536 | rdiag_mrrr.o: alloc.o parallel.o precision.o sys_local.o |
537 | -read_options.o: files.o m_charge_add.o m_hartree_add.o m_mixing_scf.o m_spin.o |
538 | -read_options.o: m_target_stress.o memoryinfo.o parallel.o precision.o |
539 | +read_options.o: files.o m_charge_add.o m_cite.o m_hartree_add.o m_mixing_scf.o |
540 | +read_options.o: m_spin.o m_target_stress.o memoryinfo.o parallel.o precision.o |
541 | read_options.o: siesta_cml.o siesta_options.o sys_local.o units.o |
542 | read_xc_info.o: parallel.o precision.o sys_local.o |
543 | readsp.o: parallel.o precision.o sys_local.o |
544 | @@ -756,30 +785,32 @@ |
545 | siesta_end.o: meshdscf.o meshphi.o moremeshsubs.o parallel.o siesta_cml.o |
546 | siesta_end.o: siesta_cmlsubs.o siesta_master.o siesta_options.o |
547 | siesta_end.o: sparse_matrices.o timestamp.o |
548 | -siesta_forces.o: atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o compute_dm.o |
549 | -siesta_forces.o: compute_energies.o compute_max_diff.o files.o |
550 | -siesta_forces.o: final_H_f_stress.o flook_siesta.o kpoint_grid.o |
551 | -siesta_forces.o: m_convergence.o m_energies.o m_forces.o m_iodm_old.o |
552 | -siesta_forces.o: m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o m_ncdf_siesta.o |
553 | -siesta_forces.o: m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o m_steps.o |
554 | -siesta_forces.o: m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o m_ts_electype.o |
555 | -siesta_forces.o: m_ts_global_vars.o m_ts_method.o m_ts_options.o mixer.o |
556 | -siesta_forces.o: parallel.o post_scf_work.o precision.o save_density_matrix.o |
557 | -siesta_forces.o: scfconvergence_test.o setup_H0.o setup_hamiltonian.o |
558 | -siesta_forces.o: siesta_cml.o siesta_dicts.o siesta_geom.o siesta_master.o |
559 | -siesta_forces.o: siesta_options.o sparse_matrices.o state_analysis.o |
560 | -siesta_forces.o: state_init.o sys_local.o units.o write_subs.o |
561 | +siesta_forces.o: alloc.o atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o |
562 | +siesta_forces.o: compute_dm.o compute_energies.o compute_max_diff.o |
563 | +siesta_forces.o: densematrix.o files.o final_H_f_stress.o flook_siesta.o |
564 | +siesta_forces.o: kpoint_grid.o m_convergence.o m_energies.o m_eo.o m_evolve.o |
565 | +siesta_forces.o: m_forces.o m_gamma.o m_initwf.o m_iodm.o m_iodm_old.o |
566 | +siesta_forces.o: m_iotddft.o m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o |
567 | +siesta_forces.o: m_ncdf_siesta.o m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o |
568 | +siesta_forces.o: m_steps.o m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o |
569 | +siesta_forces.o: m_ts_electype.o m_ts_global_vars.o m_ts_method.o |
570 | +siesta_forces.o: m_ts_options.o mixer.o overfsm.o parallel.o post_scf_work.o |
571 | +siesta_forces.o: precision.o save_density_matrix.o scfconvergence_test.o |
572 | +siesta_forces.o: setup_H0.o setup_hamiltonian.o siesta_cml.o siesta_dicts.o |
573 | +siesta_forces.o: siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o |
574 | +siesta_forces.o: sparse_matrices.o state_analysis.o state_init.o sys_local.o |
575 | +siesta_forces.o: units.o wavefunctions.o write_subs.o |
576 | siesta_geom.o: precision.o |
577 | siesta_init.o: alloc.o atomlist.o bands.o bsc_xcmod.o |
578 | siesta_init.o: class_Fstack_Pair_Geometry_SpData2D.o densematrix.o files.o |
579 | siesta_init.o: flook_siesta.o ioxv.o kpoint_grid.o kpoint_pdos.o ksvinit.o |
580 | siesta_init.o: m_cite.o m_energies.o m_eo.o m_fixed.o m_forces.o m_gamma.o |
581 | -siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_rmaxh.o m_spin.o |
582 | -siesta_init.o: m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o metaforce.o |
583 | -siesta_init.o: molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o parallelsubs.o |
584 | -siesta_init.o: projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o siesta_geom.o |
585 | -siesta_init.o: siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o sys_local.o |
586 | -siesta_init.o: timer.o timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o |
587 | +siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_poisson_fdf.o m_rmaxh.o |
588 | +siesta_init.o: m_spin.o m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o |
589 | +siesta_init.o: metaforce.o molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o |
590 | +siesta_init.o: parallelsubs.o projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o |
591 | +siesta_init.o: siesta_geom.o siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o |
592 | +siesta_init.o: sys_local.o timer.o timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o |
593 | siesta_master.o: iopipes.o iosockets.o precision.o sys_local.o |
594 | siesta_move.o: atomlist.o broyden_optim.o cell_broyden_optim.o |
595 | siesta_move.o: cell_fire_optim.o dynamics.o fire_optim.o flook_siesta.o ioxv.o |
596 | @@ -813,19 +844,18 @@ |
597 | state_init.o: proximity_check.o siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_options.o |
598 | state_init.o: sparse_matrices.o sys_local.o units.o write_subs.o zmatrix.o |
599 | struct_init.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o files.o ioxv.o m_exp_coord.o |
600 | -struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_steps.o parallel.o periodic_table.o |
601 | -struct_init.o: siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o |
602 | -struct_init.o: units.o zmatrix.o |
603 | +struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_poisson_fdf.o m_poisson_obc_comm.o |
604 | +struct_init.o: m_steps.o parallel.o periodic_table.o siesta_cml.o siesta_geom.o |
605 | +struct_init.o: siesta_master.o siesta_options.o units.o zmatrix.o |
606 | sys.o: parallel.o |
607 | timer.o: extrae_eventllist.o extrae_module.o m_timer.o parallel.o sys_local.o |
608 | timer.o: timer_tree.o |
609 | timer_tree.o: m_walltime.o |
610 | transition_rate.o: alloc.o fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
611 | transition_rate.o: sys_local.o |
612 | -ts_init.o: m_cite.o m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o |
613 | -ts_init.o: m_ts_electrode.o m_ts_electype.o m_ts_gf.o m_ts_global_vars.o |
614 | -ts_init.o: m_ts_kpoints.o m_ts_method.o m_ts_options.o parallel.o |
615 | -ts_init.o: siesta_options.o |
616 | +ts_init.o: m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o m_ts_electrode.o |
617 | +ts_init.o: m_ts_electype.o m_ts_gf.o m_ts_global_vars.o m_ts_kpoints.o |
618 | +ts_init.o: m_ts_method.o m_ts_options.o parallel.o siesta_options.o |
619 | ts_show_regions.o: m_region.o m_ts_electype.o m_ts_method.o parallel.o |
620 | ts_show_regions.o: precision.o units.o |
621 | typecell.o: precision.o |
622 | @@ -837,6 +867,7 @@ |
623 | vmatsp.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o mesh.o meshdscf.o |
624 | vmatsp.o: meshphi.o precision.o |
625 | vmb.o: m_fixed.o parallel.o precision.o sys_local.o |
626 | +wavefunctions.o: parallel.o precision.o |
627 | write_inp_wannier.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o m_ntm.o m_orderbands.o |
628 | write_inp_wannier.o: mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
629 | write_inp_wannier.o: siesta2wannier90.o siesta_geom.o |
630 | @@ -968,6 +999,7 @@ |
631 | m_ksv.o: ksv.o |
632 | m_ksvinit.o: ksvinit.o |
633 | m_ldau.o: ldau.o |
634 | +m_linpack.o: linpack.o |
635 | m_local_dos.o: local_DOS.o |
636 | m_matel_registry.o: matel_registry.o |
637 | m_minvec.o: minvec.o |
638 | @@ -1012,6 +1044,8 @@ |
639 | m_vmat.o: vmat.o |
640 | m_zm_broyden_optim.o: zm_broyden_optim.o |
641 | m_zm_fire_optim.o: zm_fire_optim.o |
642 | +matdiagon.o: m_matdiag.o |
643 | +matswinversion.o: m_matswinvers.o |
644 | mtprng.o: m_uuid.o |
645 | neighbour.o: mneighb.o |
646 | on_core.o: onmod.o |
647 | |
648 | === modified file 'Util/Denchar/Src/Makefile' |
649 | --- Util/Denchar/Src/Makefile 2016-08-30 14:02:33 +0000 |
650 | +++ Util/Denchar/Src/Makefile 2016-11-22 08:16:45 +0000 |
651 | @@ -175,7 +175,7 @@ |
652 | bsc_cellxc.o: alloc.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o mesh.o moremeshsubs.o parallel.o |
653 | bsc_cellxc.o: parallelsubs.o precision.o sys.o |
654 | bsc_xcmod.o: parallel.o precision.o sys.o |
655 | -cart2frac.o: sys.o |
656 | +cart2frac.o: precision.o sys.o |
657 | cdiag.o: alloc.o m_diagon_opt.o memoryinfo.o parallel.o precision.o sys.o |
658 | cell_broyden_optim.o: m_broyddj_nocomm.o parallel.o precision.o sys.o units.o |
659 | cell_broyden_optim.o: zmatrix.o |
660 | @@ -187,6 +187,8 @@ |
661 | cgvc_zmatrix.o: alloc.o conjgr.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o sys.o |
662 | cgvc_zmatrix.o: units.o zmatrix.o |
663 | cgwf.o: egandd.o onmod.o parallel.o precision.o sys.o |
664 | +changebasis.o: alloc.o m_matdiag.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
665 | +changebasis.o: sparse_matrices.o sys.o wavefunctions.o |
666 | chemical.o: parallel.o precision.o sys.o |
667 | chempot.o: alloc.o mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
668 | chkdim.o: sys.o |
669 | @@ -238,17 +240,17 @@ |
670 | denmat.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o |
671 | denmatlomem.o: alloc.o globalise.o onmod.o precision.o |
672 | densematrix.o: alloc.o precision.o |
673 | -detover.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
674 | +detover.o: alloc.o linpack.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
675 | dfscf.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o m_spin.o mesh.o |
676 | dfscf.o: meshdscf.o meshphi.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
677 | dhscf.o: alloc.o atmfuncs.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o delk.o dfscf.o |
678 | dhscf.o: doping_uniform.o files.o forhar.o iogrid_netcdf.o m_charge_add.o |
679 | -dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_mesh_node.o m_ncdf_io.o |
680 | -dhscf.o: m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_rhog.o m_spin.o |
681 | -dhscf.o: m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o m_ts_options.o m_ts_tdir.o |
682 | -dhscf.o: m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o moremeshsubs.o parallel.o |
683 | -dhscf.o: parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o siesta_options.o sys.o units.o |
684 | -dhscf.o: vmat.o |
685 | +dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_iotddft.o m_mesh_node.o |
686 | +dhscf.o: m_ncdf_io.o m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_poisson_fdf.o |
687 | +dhscf.o: m_poisson_switch.o m_rhog.o m_spin.o m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o |
688 | +dhscf.o: m_ts_options.o m_ts_tdir.o m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o |
689 | +dhscf.o: moremeshsubs.o parallel.o parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o |
690 | +dhscf.o: siesta_options.o sys.o units.o vmat.o |
691 | diag2g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
692 | diag2k.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
693 | diag3g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
694 | @@ -276,7 +278,7 @@ |
695 | domain_decom.o: sparse_matrices.o sys.o |
696 | doping_uniform.o: alloc.o m_ntm.o mesh.o parallel.o precision.o sys.o |
697 | dynamics.o: alloc.o atomlist.o files.o ioxv.o m_mpi_utils.o parallel.o |
698 | -dynamics.o: precision.o sys.o units.o |
699 | +dynamics.o: precision.o siesta_options.o sys.o units.o |
700 | egandd.o: alloc.o denmat.o ener3.o globalise.o gradient.o on_subs.o onmod.o |
701 | egandd.o: onmod.o precision.o sys.o |
702 | eggbox.o: parallel.o precision.o |
703 | @@ -285,6 +287,10 @@ |
704 | elpa2.o: elpa1.o |
705 | ener3.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o |
706 | ener3lomem.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o |
707 | +evolg.o: alloc.o m_eo.o m_matswinvers.o m_steps.o parallel.o parallelsubs.o |
708 | +evolg.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o wavefunctions.o |
709 | +evolk.o: m_diagon_opt.o m_matswinvers.o parallel.o precision.o siesta_options.o |
710 | +evolk.o: sys.o wavefunctions.o |
711 | extrapolateSpData2D.o: class_Data2D.o class_OrbitalDistribution.o |
712 | extrapolateSpData2D.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o |
713 | extrapolon.o: parallel.o precision.o sys.o |
714 | @@ -325,9 +331,9 @@ |
715 | initatom.o: atmparams.o atom.o atom_options.o basis_io.o basis_specs.o |
716 | initatom.o: basis_types.o chemical.o electrostatic.o ldau_specs.o m_spin.o |
717 | initatom.o: old_atmfuncs.o precision.o pseudopotential.o |
718 | -initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o parallel.o |
719 | -initparallel.o: parallelsubs.o precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o |
720 | -initparallel.o: spatial.o sys.o |
721 | +initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o |
722 | +initparallel.o: m_poisson_fdf.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
723 | +initparallel.o: siesta_options.o sparse_matrices.o spatial.o sys.o |
724 | io.o: sys.o |
725 | iocg.o: files.o precision.o sys.o |
726 | iodm.o: alloc.o files.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
727 | @@ -386,7 +392,9 @@ |
728 | m_efield.o: siesta_geom.o sys.o units.o |
729 | m_energies.o: precision.o |
730 | m_eo.o: precision.o |
731 | +m_evolve.o: alloc.o m_memory.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
732 | m_exp_coord.o: files.o m_os.o parallel.o precision.o units.o |
733 | +m_fastconv_dims.o: precision.o |
734 | m_filter.o: bessph.o precision.o radfft.o sorting.o sys.o |
735 | m_fire.o: parallel.o precision.o |
736 | m_fire_mixing.o: alloc.o m_fire_para.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o |
737 | @@ -408,10 +416,14 @@ |
738 | m_hs_matrix.o: alloc.o cellsubs.o geom_helper.o precision.o sys.o |
739 | m_hsx.o: atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o files.o parallel.o parallelsubs.o |
740 | m_hsx.o: precision.o siesta_geom.o sys.o |
741 | +m_initwf.o: alloc.o densematrix.o fermid.o m_diagon_opt.o m_eo.o m_memory.o |
742 | +m_initwf.o: parallel.o parallelsubs.o precision.o sparse_matrices.o sys.o |
743 | +m_initwf.o: wavefunctions.o |
744 | m_integrate.o: precision.o |
745 | m_io.o: sys.o |
746 | m_io_s.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o class_SpData2D.o |
747 | m_io_s.o: class_Sparsity.o parallel.o precision.o |
748 | +m_iodipol.o: files.o m_dipol.o m_steps.o |
749 | m_iodm.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o class_Sparsity.o |
750 | m_iodm.o: m_io_s.o parallel.o |
751 | m_iodm_old.o: alloc.o files.o m_matio.o m_mpi_utils.o parallel.o parallelsubs.o |
752 | @@ -419,9 +431,13 @@ |
753 | m_iorho.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
754 | m_iostruct.o: alloc.o files.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o |
755 | m_iostruct.o: siesta_geom.o sys.o units.o |
756 | +m_iotddft.o: files.o m_dipol.o m_steps.o parallel.o siesta_options.o |
757 | +m_iotddft.o: wavefunctions.o |
758 | m_kinetic.o: precision.o |
759 | m_mat_invert.o: intrinsic_missing.o m_pivot_array.o precision.o |
760 | +m_matdiag.o: precision.o |
761 | m_matio.o: alloc.o parallel.o |
762 | +m_matswinvers.o: precision.o |
763 | m_memory.o: memoryinfo.o parallel.o sys.o |
764 | m_mesh_node.o: intrinsic_missing.o parallel.o precision.o |
765 | m_mixing.o: class_Data1D.o class_Fstack_Data1D.o parallel.o precision.o |
766 | @@ -469,6 +485,15 @@ |
767 | m_planewavematrix.o: atomlist.o dhscf.o m_planewavematrixvar.o precision.o |
768 | m_planewavematrix.o: siesta_geom.o sparse_matrices.o |
769 | m_planewavematrixvar.o: precision.o |
770 | +m_plot_1d_arr3d.o: precision.o |
771 | +m_poisson_fdf.o: m_char.o precision.o |
772 | +m_poisson_obc_comm.o: atm_types.o atmfuncs.o m_mpi_stop.o parallel.o |
773 | +m_poisson_obc_comm.o: precision.o siesta_geom.o sys.o |
774 | +m_poisson_obc_fastconv.o: cellsubs.o m_mpi_stop.o m_poisson_obc_fastconv_r2c.o |
775 | +m_poisson_obc_fastconv.o: parallel.o precision.o sys.o |
776 | +m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: cellsubs.o m_fastconv_dims.o m_plot_1d_arr3d.o |
777 | +m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: m_poisson_obc_comm.o precision.o sys.o |
778 | +m_poisson_switch.o: m_poisson_obc_fastconv.o precision.o sys.o |
779 | m_pulay.o: alloc.o atomlist.o m_mpi_utils.o m_spin.o m_svd.o parallel.o |
780 | m_pulay.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o |
781 | m_redist_spmatrix.o: alloc.o class_Distribution.o |
782 | @@ -484,7 +509,8 @@ |
783 | m_sparsity_handling.o: class_Data1D.o class_Data2D.o |
784 | m_sparsity_handling.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o |
785 | m_sparsity_handling.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o geom_helper.o |
786 | -m_sparsity_handling.o: m_interpolate.o m_region.o precision.o |
787 | +m_sparsity_handling.o: intrinsic_missing.o m_interpolate.o m_region.o |
788 | +m_sparsity_handling.o: precision.o |
789 | m_spin.o: alloc.o parallel.o precision.o sys.o units.o |
790 | m_stress.o: precision.o |
791 | m_supercell.o: atom_graph.o class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o |
792 | @@ -596,9 +622,10 @@ |
793 | m_ts_options.o: m_ts_hartree.o m_ts_method.o m_ts_mumps_init.o m_ts_tdir.o |
794 | m_ts_options.o: m_ts_weight.o parallel.o precision.o siesta_options.o units.o |
795 | m_ts_pivot.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o |
796 | -m_ts_pivot.o: create_Sparsity_SC.o create_Sparsity_Union.o intrinsic_missing.o |
797 | -m_ts_pivot.o: m_char.o m_pivot.o m_region.o m_sparsity_handling.o m_ts_debug.o |
798 | -m_ts_pivot.o: m_ts_electype.o parallel.o precision.o |
799 | +m_ts_pivot.o: create_Sparsity_SC.o create_Sparsity_Union.o geom_helper.o |
800 | +m_ts_pivot.o: intrinsic_missing.o m_char.o m_pivot.o m_region.o |
801 | +m_ts_pivot.o: m_sparsity_handling.o m_ts_debug.o m_ts_electype.o parallel.o |
802 | +m_ts_pivot.o: precision.o |
803 | m_ts_rgn2trimat.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o |
804 | m_ts_rgn2trimat.o: create_Sparsity_Union.o geom_helper.o m_region.o |
805 | m_ts_rgn2trimat.o: m_ts_electype.o m_ts_method.o m_ts_tri_common.o parallel.o |
806 | @@ -741,8 +768,8 @@ |
807 | rdiag.o: alloc.o m_diagon_opt.o memoryinfo.o parallel.o precision.o sys.o |
808 | rdiag_elpa.o: alloc.o elpa1.o elpa2.o parallel.o precision.o sys.o |
809 | rdiag_mrrr.o: alloc.o parallel.o precision.o sys.o |
810 | -read_options.o: files.o m_charge_add.o m_hartree_add.o m_mixing_scf.o m_spin.o |
811 | -read_options.o: m_target_stress.o memoryinfo.o parallel.o precision.o |
812 | +read_options.o: files.o m_charge_add.o m_cite.o m_hartree_add.o m_mixing_scf.o |
813 | +read_options.o: m_spin.o m_target_stress.o memoryinfo.o parallel.o precision.o |
814 | read_options.o: siesta_cml.o siesta_options.o sys.o units.o |
815 | read_xc_info.o: parallel.o precision.o sys.o |
816 | readsp.o: parallel.o precision.o sys.o |
817 | @@ -809,30 +836,32 @@ |
818 | siesta_end.o: meshdscf.o meshphi.o moremeshsubs.o parallel.o siesta_cml.o |
819 | siesta_end.o: siesta_cmlsubs.o siesta_master.o siesta_options.o |
820 | siesta_end.o: sparse_matrices.o timestamp.o |
821 | -siesta_forces.o: atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o compute_dm.o |
822 | -siesta_forces.o: compute_energies.o compute_max_diff.o files.o |
823 | -siesta_forces.o: final_H_f_stress.o flook_siesta.o kpoint_grid.o |
824 | -siesta_forces.o: m_convergence.o m_energies.o m_forces.o m_iodm_old.o |
825 | -siesta_forces.o: m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o m_ncdf_siesta.o |
826 | -siesta_forces.o: m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o m_steps.o |
827 | -siesta_forces.o: m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o m_ts_electype.o |
828 | -siesta_forces.o: m_ts_global_vars.o m_ts_method.o m_ts_options.o mixer.o |
829 | -siesta_forces.o: parallel.o post_scf_work.o precision.o save_density_matrix.o |
830 | -siesta_forces.o: scfconvergence_test.o setup_H0.o setup_hamiltonian.o |
831 | -siesta_forces.o: siesta_cml.o siesta_dicts.o siesta_geom.o siesta_master.o |
832 | -siesta_forces.o: siesta_options.o sparse_matrices.o state_analysis.o |
833 | -siesta_forces.o: state_init.o sys.o units.o write_subs.o |
834 | +siesta_forces.o: alloc.o atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o |
835 | +siesta_forces.o: compute_dm.o compute_energies.o compute_max_diff.o |
836 | +siesta_forces.o: densematrix.o files.o final_H_f_stress.o flook_siesta.o |
837 | +siesta_forces.o: kpoint_grid.o m_convergence.o m_energies.o m_eo.o m_evolve.o |
838 | +siesta_forces.o: m_forces.o m_gamma.o m_initwf.o m_iodm.o m_iodm_old.o |
839 | +siesta_forces.o: m_iotddft.o m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o |
840 | +siesta_forces.o: m_ncdf_siesta.o m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o |
841 | +siesta_forces.o: m_steps.o m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o |
842 | +siesta_forces.o: m_ts_electype.o m_ts_global_vars.o m_ts_method.o |
843 | +siesta_forces.o: m_ts_options.o mixer.o overfsm.o parallel.o post_scf_work.o |
844 | +siesta_forces.o: precision.o save_density_matrix.o scfconvergence_test.o |
845 | +siesta_forces.o: setup_H0.o setup_hamiltonian.o siesta_cml.o siesta_dicts.o |
846 | +siesta_forces.o: siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o |
847 | +siesta_forces.o: sparse_matrices.o state_analysis.o state_init.o sys.o units.o |
848 | +siesta_forces.o: wavefunctions.o write_subs.o |
849 | siesta_geom.o: precision.o |
850 | siesta_init.o: alloc.o atomlist.o bands.o bsc_xcmod.o |
851 | siesta_init.o: class_Fstack_Pair_Geometry_SpData2D.o densematrix.o files.o |
852 | siesta_init.o: flook_siesta.o ioxv.o kpoint_grid.o kpoint_pdos.o ksvinit.o |
853 | siesta_init.o: m_cite.o m_energies.o m_eo.o m_fixed.o m_forces.o m_gamma.o |
854 | -siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_rmaxh.o m_spin.o |
855 | -siesta_init.o: m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o metaforce.o |
856 | -siesta_init.o: molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o parallelsubs.o |
857 | -siesta_init.o: projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o siesta_geom.o |
858 | -siesta_init.o: siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o sys.o timer.o |
859 | -siesta_init.o: timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o |
860 | +siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_poisson_fdf.o m_rmaxh.o |
861 | +siesta_init.o: m_spin.o m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o |
862 | +siesta_init.o: metaforce.o molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o |
863 | +siesta_init.o: parallelsubs.o projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o |
864 | +siesta_init.o: siesta_geom.o siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o |
865 | +siesta_init.o: sys.o timer.o timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o |
866 | siesta_master.o: iopipes.o iosockets.o precision.o sys.o |
867 | siesta_move.o: atomlist.o broyden_optim.o cell_broyden_optim.o |
868 | siesta_move.o: cell_fire_optim.o dynamics.o fire_optim.o flook_siesta.o ioxv.o |
869 | @@ -864,18 +893,17 @@ |
870 | state_init.o: proximity_check.o siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_options.o |
871 | state_init.o: sparse_matrices.o sys.o units.o write_subs.o zmatrix.o |
872 | struct_init.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o files.o ioxv.o m_exp_coord.o |
873 | -struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_steps.o parallel.o periodic_table.o |
874 | -struct_init.o: siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o |
875 | -struct_init.o: units.o zmatrix.o |
876 | +struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_poisson_fdf.o m_poisson_obc_comm.o |
877 | +struct_init.o: m_steps.o parallel.o periodic_table.o siesta_cml.o siesta_geom.o |
878 | +struct_init.o: siesta_master.o siesta_options.o units.o zmatrix.o |
879 | sys.o: parallel.o |
880 | timer.o: extrae_eventllist.o extrae_module.o m_timer.o parallel.o sys.o |
881 | timer.o: timer_tree.o |
882 | timer_tree.o: m_walltime.o |
883 | transition_rate.o: alloc.o fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
884 | -ts_init.o: m_cite.o m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o |
885 | -ts_init.o: m_ts_electrode.o m_ts_electype.o m_ts_gf.o m_ts_global_vars.o |
886 | -ts_init.o: m_ts_kpoints.o m_ts_method.o m_ts_options.o parallel.o |
887 | -ts_init.o: siesta_options.o |
888 | +ts_init.o: m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o m_ts_electrode.o |
889 | +ts_init.o: m_ts_electype.o m_ts_gf.o m_ts_global_vars.o m_ts_kpoints.o |
890 | +ts_init.o: m_ts_method.o m_ts_options.o parallel.o siesta_options.o |
891 | ts_show_regions.o: m_region.o m_ts_electype.o m_ts_method.o parallel.o |
892 | ts_show_regions.o: precision.o units.o |
893 | typecell.o: precision.o |
894 | @@ -887,6 +915,7 @@ |
895 | vmatsp.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o mesh.o meshdscf.o |
896 | vmatsp.o: meshphi.o precision.o |
897 | vmb.o: m_fixed.o parallel.o precision.o sys.o |
898 | +wavefunctions.o: parallel.o precision.o |
899 | write_inp_wannier.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o m_ntm.o m_orderbands.o |
900 | write_inp_wannier.o: mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
901 | write_inp_wannier.o: siesta2wannier90.o siesta_geom.o |
902 | @@ -911,7 +940,9 @@ |
903 | atompla.o: precision.o sys.o |
904 | colinear.o: precision.o |
905 | denchar.o: basis_io.o listsc.o parallel.o precision.o |
906 | +length.o: precision.o |
907 | local_reinit.o: files.o |
908 | +matvect.o: precision.o |
909 | neighb.o: precision.o |
910 | planed.o: precision.o |
911 | ranger.o: precision.o |
912 | @@ -1020,6 +1051,7 @@ |
913 | m_ksv.o: ksv.o |
914 | m_ksvinit.o: ksvinit.o |
915 | m_ldau.o: ldau.o |
916 | +m_linpack.o: linpack.o |
917 | m_local_dos.o: local_DOS.o |
918 | m_matel_registry.o: matel_registry.o |
919 | m_minvec.o: minvec.o |
920 | @@ -1064,6 +1096,8 @@ |
921 | m_vmat.o: vmat.o |
922 | m_zm_broyden_optim.o: zm_broyden_optim.o |
923 | m_zm_fire_optim.o: zm_fire_optim.o |
924 | +matdiagon.o: m_matdiag.o |
925 | +matswinversion.o: m_matswinvers.o |
926 | mtprng.o: m_uuid.o |
927 | neighbour.o: mneighb.o |
928 | on_core.o: onmod.o |
929 | |
930 | === modified file 'Util/Gen-basis/Makefile' |
931 | --- Util/Gen-basis/Makefile 2016-08-30 14:02:33 +0000 |
932 | +++ Util/Gen-basis/Makefile 2016-11-22 08:16:45 +0000 |
933 | @@ -171,7 +171,7 @@ |
934 | bsc_cellxc.o: alloc.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o mesh.o moremeshsubs.o parallel.o |
935 | bsc_cellxc.o: parallelsubs.o precision.o sys.o |
936 | bsc_xcmod.o: parallel.o precision.o sys.o |
937 | -cart2frac.o: sys.o |
938 | +cart2frac.o: precision.o sys.o |
939 | cdiag.o: alloc.o m_diagon_opt.o memoryinfo.o parallel.o precision.o sys.o |
940 | cell_broyden_optim.o: m_broyddj_nocomm.o parallel.o precision.o sys.o units.o |
941 | cell_broyden_optim.o: zmatrix.o |
942 | @@ -183,6 +183,8 @@ |
943 | cgvc_zmatrix.o: alloc.o conjgr.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o sys.o |
944 | cgvc_zmatrix.o: units.o zmatrix.o |
945 | cgwf.o: egandd.o onmod.o parallel.o precision.o sys.o |
946 | +changebasis.o: alloc.o m_matdiag.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
947 | +changebasis.o: sparse_matrices.o sys.o wavefunctions.o |
948 | chemical.o: parallel.o precision.o sys.o |
949 | chempot.o: alloc.o mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
950 | chkdim.o: sys.o |
951 | @@ -234,17 +236,17 @@ |
952 | denmat.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o |
953 | denmatlomem.o: alloc.o globalise.o onmod.o precision.o |
954 | densematrix.o: alloc.o precision.o |
955 | -detover.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
956 | +detover.o: alloc.o linpack.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
957 | dfscf.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o m_spin.o mesh.o |
958 | dfscf.o: meshdscf.o meshphi.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
959 | dhscf.o: alloc.o atmfuncs.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o delk.o dfscf.o |
960 | dhscf.o: doping_uniform.o files.o forhar.o iogrid_netcdf.o m_charge_add.o |
961 | -dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_mesh_node.o m_ncdf_io.o |
962 | -dhscf.o: m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_rhog.o m_spin.o |
963 | -dhscf.o: m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o m_ts_options.o m_ts_tdir.o |
964 | -dhscf.o: m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o moremeshsubs.o parallel.o |
965 | -dhscf.o: parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o siesta_options.o sys.o units.o |
966 | -dhscf.o: vmat.o |
967 | +dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_iotddft.o m_mesh_node.o |
968 | +dhscf.o: m_ncdf_io.o m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_poisson_fdf.o |
969 | +dhscf.o: m_poisson_switch.o m_rhog.o m_spin.o m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o |
970 | +dhscf.o: m_ts_options.o m_ts_tdir.o m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o |
971 | +dhscf.o: moremeshsubs.o parallel.o parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o |
972 | +dhscf.o: siesta_options.o sys.o units.o vmat.o |
973 | diag2g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
974 | diag2k.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
975 | diag3g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
976 | @@ -272,7 +274,7 @@ |
977 | domain_decom.o: sparse_matrices.o sys.o |
978 | doping_uniform.o: alloc.o m_ntm.o mesh.o parallel.o precision.o sys.o |
979 | dynamics.o: alloc.o atomlist.o files.o ioxv.o m_mpi_utils.o parallel.o |
980 | -dynamics.o: precision.o sys.o units.o |
981 | +dynamics.o: precision.o siesta_options.o sys.o units.o |
982 | egandd.o: alloc.o denmat.o ener3.o globalise.o gradient.o on_subs.o onmod.o |
983 | egandd.o: onmod.o precision.o sys.o |
984 | eggbox.o: parallel.o precision.o |
985 | @@ -281,6 +283,10 @@ |
986 | elpa2.o: elpa1.o |
987 | ener3.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o |
988 | ener3lomem.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o |
989 | +evolg.o: alloc.o m_eo.o m_matswinvers.o m_steps.o parallel.o parallelsubs.o |
990 | +evolg.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o wavefunctions.o |
991 | +evolk.o: m_diagon_opt.o m_matswinvers.o parallel.o precision.o siesta_options.o |
992 | +evolk.o: sys.o wavefunctions.o |
993 | extrapolateSpData2D.o: class_Data2D.o class_OrbitalDistribution.o |
994 | extrapolateSpData2D.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o |
995 | extrapolon.o: parallel.o precision.o sys.o |
996 | @@ -321,9 +327,9 @@ |
997 | initatom.o: atmparams.o atom.o atom_options.o basis_io.o basis_specs.o |
998 | initatom.o: basis_types.o chemical.o electrostatic.o ldau_specs.o m_spin.o |
999 | initatom.o: old_atmfuncs.o precision.o pseudopotential.o |
1000 | -initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o parallel.o |
1001 | -initparallel.o: parallelsubs.o precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o |
1002 | -initparallel.o: spatial.o sys.o |
1003 | +initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o |
1004 | +initparallel.o: m_poisson_fdf.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
1005 | +initparallel.o: siesta_options.o sparse_matrices.o spatial.o sys.o |
1006 | io.o: sys.o |
1007 | iocg.o: files.o precision.o sys.o |
1008 | iodm.o: alloc.o files.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
1009 | @@ -382,7 +388,9 @@ |
1010 | m_efield.o: siesta_geom.o sys.o units.o |
1011 | m_energies.o: precision.o |
1012 | m_eo.o: precision.o |
1013 | +m_evolve.o: alloc.o m_memory.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
1014 | m_exp_coord.o: files.o m_os.o parallel.o precision.o units.o |
1015 | +m_fastconv_dims.o: precision.o |
1016 | m_filter.o: bessph.o precision.o radfft.o sorting.o sys.o |
1017 | m_fire.o: parallel.o precision.o |
1018 | m_fire_mixing.o: alloc.o m_fire_para.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o |
1019 | @@ -404,10 +412,14 @@ |
1020 | m_hs_matrix.o: alloc.o cellsubs.o geom_helper.o precision.o sys.o |
1021 | m_hsx.o: atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o files.o parallel.o parallelsubs.o |
1022 | m_hsx.o: precision.o siesta_geom.o sys.o |
1023 | +m_initwf.o: alloc.o densematrix.o fermid.o m_diagon_opt.o m_eo.o m_memory.o |
1024 | +m_initwf.o: parallel.o parallelsubs.o precision.o sparse_matrices.o sys.o |
1025 | +m_initwf.o: wavefunctions.o |
1026 | m_integrate.o: precision.o |
1027 | m_io.o: sys.o |
1028 | m_io_s.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o class_SpData2D.o |
1029 | m_io_s.o: class_Sparsity.o parallel.o precision.o |
1030 | +m_iodipol.o: files.o m_dipol.o m_steps.o |
1031 | m_iodm.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o class_Sparsity.o |
1032 | m_iodm.o: m_io_s.o parallel.o |
1033 | m_iodm_old.o: alloc.o files.o m_matio.o m_mpi_utils.o parallel.o parallelsubs.o |
1034 | @@ -415,9 +427,13 @@ |
1035 | m_iorho.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
1036 | m_iostruct.o: alloc.o files.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o |
1037 | m_iostruct.o: siesta_geom.o sys.o units.o |
1038 | +m_iotddft.o: files.o m_dipol.o m_steps.o parallel.o siesta_options.o |
1039 | +m_iotddft.o: wavefunctions.o |
1040 | m_kinetic.o: precision.o |
1041 | m_mat_invert.o: intrinsic_missing.o m_pivot_array.o precision.o |
1042 | +m_matdiag.o: precision.o |
1043 | m_matio.o: alloc.o parallel.o |
1044 | +m_matswinvers.o: precision.o |
1045 | m_memory.o: memoryinfo.o parallel.o sys.o |
1046 | m_mesh_node.o: intrinsic_missing.o parallel.o precision.o |
1047 | m_mixing.o: class_Data1D.o class_Fstack_Data1D.o parallel.o precision.o |
1048 | @@ -465,6 +481,15 @@ |
1049 | m_planewavematrix.o: atomlist.o dhscf.o m_planewavematrixvar.o precision.o |
1050 | m_planewavematrix.o: siesta_geom.o sparse_matrices.o |
1051 | m_planewavematrixvar.o: precision.o |
1052 | +m_plot_1d_arr3d.o: precision.o |
1053 | +m_poisson_fdf.o: m_char.o precision.o |
1054 | +m_poisson_obc_comm.o: atm_types.o atmfuncs.o m_mpi_stop.o parallel.o |
1055 | +m_poisson_obc_comm.o: precision.o siesta_geom.o sys.o |
1056 | +m_poisson_obc_fastconv.o: cellsubs.o m_mpi_stop.o m_poisson_obc_fastconv_r2c.o |
1057 | +m_poisson_obc_fastconv.o: parallel.o precision.o sys.o |
1058 | +m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: cellsubs.o m_fastconv_dims.o m_plot_1d_arr3d.o |
1059 | +m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: m_poisson_obc_comm.o precision.o sys.o |
1060 | +m_poisson_switch.o: m_poisson_obc_fastconv.o precision.o sys.o |
1061 | m_pulay.o: alloc.o atomlist.o m_mpi_utils.o m_spin.o m_svd.o parallel.o |
1062 | m_pulay.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o |
1063 | m_redist_spmatrix.o: alloc.o class_Distribution.o |
1064 | @@ -480,7 +505,8 @@ |
1065 | m_sparsity_handling.o: class_Data1D.o class_Data2D.o |
1066 | m_sparsity_handling.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o |
1067 | m_sparsity_handling.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o geom_helper.o |
1068 | -m_sparsity_handling.o: m_interpolate.o m_region.o precision.o |
1069 | +m_sparsity_handling.o: intrinsic_missing.o m_interpolate.o m_region.o |
1070 | +m_sparsity_handling.o: precision.o |
1071 | m_spin.o: alloc.o parallel.o precision.o sys.o units.o |
1072 | m_stress.o: precision.o |
1073 | m_supercell.o: atom_graph.o class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o |
1074 | @@ -592,9 +618,10 @@ |
1075 | m_ts_options.o: m_ts_hartree.o m_ts_method.o m_ts_mumps_init.o m_ts_tdir.o |
1076 | m_ts_options.o: m_ts_weight.o parallel.o precision.o siesta_options.o units.o |
1077 | m_ts_pivot.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o |
1078 | -m_ts_pivot.o: create_Sparsity_SC.o create_Sparsity_Union.o intrinsic_missing.o |
1079 | -m_ts_pivot.o: m_char.o m_pivot.o m_region.o m_sparsity_handling.o m_ts_debug.o |
1080 | -m_ts_pivot.o: m_ts_electype.o parallel.o precision.o |
1081 | +m_ts_pivot.o: create_Sparsity_SC.o create_Sparsity_Union.o geom_helper.o |
1082 | +m_ts_pivot.o: intrinsic_missing.o m_char.o m_pivot.o m_region.o |
1083 | +m_ts_pivot.o: m_sparsity_handling.o m_ts_debug.o m_ts_electype.o parallel.o |
1084 | +m_ts_pivot.o: precision.o |
1085 | m_ts_rgn2trimat.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o |
1086 | m_ts_rgn2trimat.o: create_Sparsity_Union.o geom_helper.o m_region.o |
1087 | m_ts_rgn2trimat.o: m_ts_electype.o m_ts_method.o m_ts_tri_common.o parallel.o |
1088 | @@ -737,8 +764,8 @@ |
1089 | rdiag.o: alloc.o m_diagon_opt.o memoryinfo.o parallel.o precision.o sys.o |
1090 | rdiag_elpa.o: alloc.o elpa1.o elpa2.o parallel.o precision.o sys.o |
1091 | rdiag_mrrr.o: alloc.o parallel.o precision.o sys.o |
1092 | -read_options.o: files.o m_charge_add.o m_hartree_add.o m_mixing_scf.o m_spin.o |
1093 | -read_options.o: m_target_stress.o memoryinfo.o parallel.o precision.o |
1094 | +read_options.o: files.o m_charge_add.o m_cite.o m_hartree_add.o m_mixing_scf.o |
1095 | +read_options.o: m_spin.o m_target_stress.o memoryinfo.o parallel.o precision.o |
1096 | read_options.o: siesta_cml.o siesta_options.o sys.o units.o |
1097 | read_xc_info.o: parallel.o precision.o sys.o |
1098 | readsp.o: parallel.o precision.o sys.o |
1099 | @@ -805,30 +832,32 @@ |
1100 | siesta_end.o: meshdscf.o meshphi.o moremeshsubs.o parallel.o siesta_cml.o |
1101 | siesta_end.o: siesta_cmlsubs.o siesta_master.o siesta_options.o |
1102 | siesta_end.o: sparse_matrices.o timestamp.o |
1103 | -siesta_forces.o: atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o compute_dm.o |
1104 | -siesta_forces.o: compute_energies.o compute_max_diff.o files.o |
1105 | -siesta_forces.o: final_H_f_stress.o flook_siesta.o kpoint_grid.o |
1106 | -siesta_forces.o: m_convergence.o m_energies.o m_forces.o m_iodm_old.o |
1107 | -siesta_forces.o: m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o m_ncdf_siesta.o |
1108 | -siesta_forces.o: m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o m_steps.o |
1109 | -siesta_forces.o: m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o m_ts_electype.o |
1110 | -siesta_forces.o: m_ts_global_vars.o m_ts_method.o m_ts_options.o mixer.o |
1111 | -siesta_forces.o: parallel.o post_scf_work.o precision.o save_density_matrix.o |
1112 | -siesta_forces.o: scfconvergence_test.o setup_H0.o setup_hamiltonian.o |
1113 | -siesta_forces.o: siesta_cml.o siesta_dicts.o siesta_geom.o siesta_master.o |
1114 | -siesta_forces.o: siesta_options.o sparse_matrices.o state_analysis.o |
1115 | -siesta_forces.o: state_init.o sys.o units.o write_subs.o |
1116 | +siesta_forces.o: alloc.o atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o |
1117 | +siesta_forces.o: compute_dm.o compute_energies.o compute_max_diff.o |
1118 | +siesta_forces.o: densematrix.o files.o final_H_f_stress.o flook_siesta.o |
1119 | +siesta_forces.o: kpoint_grid.o m_convergence.o m_energies.o m_eo.o m_evolve.o |
1120 | +siesta_forces.o: m_forces.o m_gamma.o m_initwf.o m_iodm.o m_iodm_old.o |
1121 | +siesta_forces.o: m_iotddft.o m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o |
1122 | +siesta_forces.o: m_ncdf_siesta.o m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o |
1123 | +siesta_forces.o: m_steps.o m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o |
1124 | +siesta_forces.o: m_ts_electype.o m_ts_global_vars.o m_ts_method.o |
1125 | +siesta_forces.o: m_ts_options.o mixer.o overfsm.o parallel.o post_scf_work.o |
1126 | +siesta_forces.o: precision.o save_density_matrix.o scfconvergence_test.o |
1127 | +siesta_forces.o: setup_H0.o setup_hamiltonian.o siesta_cml.o siesta_dicts.o |
1128 | +siesta_forces.o: siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o |
1129 | +siesta_forces.o: sparse_matrices.o state_analysis.o state_init.o sys.o units.o |
1130 | +siesta_forces.o: wavefunctions.o write_subs.o |
1131 | siesta_geom.o: precision.o |
1132 | siesta_init.o: alloc.o atomlist.o bands.o bsc_xcmod.o |
1133 | siesta_init.o: class_Fstack_Pair_Geometry_SpData2D.o densematrix.o files.o |
1134 | siesta_init.o: flook_siesta.o ioxv.o kpoint_grid.o kpoint_pdos.o ksvinit.o |
1135 | siesta_init.o: m_cite.o m_energies.o m_eo.o m_fixed.o m_forces.o m_gamma.o |
1136 | -siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_rmaxh.o m_spin.o |
1137 | -siesta_init.o: m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o metaforce.o |
1138 | -siesta_init.o: molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o parallelsubs.o |
1139 | -siesta_init.o: projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o siesta_geom.o |
1140 | -siesta_init.o: siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o sys.o timer.o |
1141 | -siesta_init.o: timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o |
1142 | +siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_poisson_fdf.o m_rmaxh.o |
1143 | +siesta_init.o: m_spin.o m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o |
1144 | +siesta_init.o: metaforce.o molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o |
1145 | +siesta_init.o: parallelsubs.o projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o |
1146 | +siesta_init.o: siesta_geom.o siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o |
1147 | +siesta_init.o: sys.o timer.o timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o |
1148 | siesta_master.o: iopipes.o iosockets.o precision.o sys.o |
1149 | siesta_move.o: atomlist.o broyden_optim.o cell_broyden_optim.o |
1150 | siesta_move.o: cell_fire_optim.o dynamics.o fire_optim.o flook_siesta.o ioxv.o |
1151 | @@ -860,18 +889,17 @@ |
1152 | state_init.o: proximity_check.o siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_options.o |
1153 | state_init.o: sparse_matrices.o sys.o units.o write_subs.o zmatrix.o |
1154 | struct_init.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o files.o ioxv.o m_exp_coord.o |
1155 | -struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_steps.o parallel.o periodic_table.o |
1156 | -struct_init.o: siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o |
1157 | -struct_init.o: units.o zmatrix.o |
1158 | +struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_poisson_fdf.o m_poisson_obc_comm.o |
1159 | +struct_init.o: m_steps.o parallel.o periodic_table.o siesta_cml.o siesta_geom.o |
1160 | +struct_init.o: siesta_master.o siesta_options.o units.o zmatrix.o |
1161 | sys.o: parallel.o |
1162 | timer.o: extrae_eventllist.o extrae_module.o m_timer.o parallel.o sys.o |
1163 | timer.o: timer_tree.o |
1164 | timer_tree.o: m_walltime.o |
1165 | transition_rate.o: alloc.o fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
1166 | -ts_init.o: m_cite.o m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o |
1167 | -ts_init.o: m_ts_electrode.o m_ts_electype.o m_ts_gf.o m_ts_global_vars.o |
1168 | -ts_init.o: m_ts_kpoints.o m_ts_method.o m_ts_options.o parallel.o |
1169 | -ts_init.o: siesta_options.o |
1170 | +ts_init.o: m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o m_ts_electrode.o |
1171 | +ts_init.o: m_ts_electype.o m_ts_gf.o m_ts_global_vars.o m_ts_kpoints.o |
1172 | +ts_init.o: m_ts_method.o m_ts_options.o parallel.o siesta_options.o |
1173 | ts_show_regions.o: m_region.o m_ts_electype.o m_ts_method.o parallel.o |
1174 | ts_show_regions.o: precision.o units.o |
1175 | typecell.o: precision.o |
1176 | @@ -883,6 +911,7 @@ |
1177 | vmatsp.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o mesh.o meshdscf.o |
1178 | vmatsp.o: meshphi.o precision.o |
1179 | vmb.o: m_fixed.o parallel.o precision.o sys.o |
1180 | +wavefunctions.o: parallel.o precision.o |
1181 | write_inp_wannier.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o m_ntm.o m_orderbands.o |
1182 | write_inp_wannier.o: mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
1183 | write_inp_wannier.o: siesta2wannier90.o siesta_geom.o |
1184 | @@ -1004,6 +1033,7 @@ |
1185 | m_ksv.o: ksv.o |
1186 | m_ksvinit.o: ksvinit.o |
1187 | m_ldau.o: ldau.o |
1188 | +m_linpack.o: linpack.o |
1189 | m_local_dos.o: local_DOS.o |
1190 | m_matel_registry.o: matel_registry.o |
1191 | m_minvec.o: minvec.o |
1192 | @@ -1048,6 +1078,8 @@ |
1193 | m_vmat.o: vmat.o |
1194 | m_zm_broyden_optim.o: zm_broyden_optim.o |
1195 | m_zm_fire_optim.o: zm_fire_optim.o |
1196 | +matdiagon.o: m_matdiag.o |
1197 | +matswinversion.o: m_matswinvers.o |
1198 | mtprng.o: m_uuid.o |
1199 | neighbour.o: mneighb.o |
1200 | on_core.o: onmod.o |
1201 | |
1202 | === modified file 'Util/Grimme/Makefile' |
1203 | --- Util/Grimme/Makefile 2016-08-30 14:02:33 +0000 |
1204 | +++ Util/Grimme/Makefile 2016-11-22 08:16:45 +0000 |
1205 | @@ -109,7 +109,7 @@ |
1206 | bsc_cellxc.o: alloc.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o mesh.o moremeshsubs.o parallel.o |
1207 | bsc_cellxc.o: parallelsubs.o precision.o sys.o |
1208 | bsc_xcmod.o: parallel.o precision.o sys.o |
1209 | -cart2frac.o: sys.o |
1210 | +cart2frac.o: precision.o sys.o |
1211 | cdiag.o: alloc.o m_diagon_opt.o memoryinfo.o parallel.o precision.o sys.o |
1212 | cell_broyden_optim.o: m_broyddj_nocomm.o parallel.o precision.o sys.o units.o |
1213 | cell_broyden_optim.o: zmatrix.o |
1214 | @@ -121,6 +121,8 @@ |
1215 | cgvc_zmatrix.o: alloc.o conjgr.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o sys.o |
1216 | cgvc_zmatrix.o: units.o zmatrix.o |
1217 | cgwf.o: egandd.o onmod.o parallel.o precision.o sys.o |
1218 | +changebasis.o: alloc.o m_matdiag.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
1219 | +changebasis.o: sparse_matrices.o sys.o wavefunctions.o |
1220 | chemical.o: parallel.o precision.o sys.o |
1221 | chempot.o: alloc.o mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
1222 | chkdim.o: sys.o |
1223 | @@ -172,17 +174,17 @@ |
1224 | denmat.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o |
1225 | denmatlomem.o: alloc.o globalise.o onmod.o precision.o |
1226 | densematrix.o: alloc.o precision.o |
1227 | -detover.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
1228 | +detover.o: alloc.o linpack.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
1229 | dfscf.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o m_spin.o mesh.o |
1230 | dfscf.o: meshdscf.o meshphi.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
1231 | dhscf.o: alloc.o atmfuncs.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o delk.o dfscf.o |
1232 | dhscf.o: doping_uniform.o files.o forhar.o iogrid_netcdf.o m_charge_add.o |
1233 | -dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_mesh_node.o m_ncdf_io.o |
1234 | -dhscf.o: m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_rhog.o m_spin.o |
1235 | -dhscf.o: m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o m_ts_options.o m_ts_tdir.o |
1236 | -dhscf.o: m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o moremeshsubs.o parallel.o |
1237 | -dhscf.o: parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o siesta_options.o sys.o units.o |
1238 | -dhscf.o: vmat.o |
1239 | +dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_iotddft.o m_mesh_node.o |
1240 | +dhscf.o: m_ncdf_io.o m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_poisson_fdf.o |
1241 | +dhscf.o: m_poisson_switch.o m_rhog.o m_spin.o m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o |
1242 | +dhscf.o: m_ts_options.o m_ts_tdir.o m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o |
1243 | +dhscf.o: moremeshsubs.o parallel.o parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o |
1244 | +dhscf.o: siesta_options.o sys.o units.o vmat.o |
1245 | diag2g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
1246 | diag2k.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
1247 | diag3g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
1248 | @@ -210,7 +212,7 @@ |
1249 | domain_decom.o: sparse_matrices.o sys.o |
1250 | doping_uniform.o: alloc.o m_ntm.o mesh.o parallel.o precision.o sys.o |
1251 | dynamics.o: alloc.o atomlist.o files.o ioxv.o m_mpi_utils.o parallel.o |
1252 | -dynamics.o: precision.o sys.o units.o |
1253 | +dynamics.o: precision.o siesta_options.o sys.o units.o |
1254 | egandd.o: alloc.o denmat.o ener3.o globalise.o gradient.o on_subs.o onmod.o |
1255 | egandd.o: onmod.o precision.o sys.o |
1256 | eggbox.o: parallel.o precision.o |
1257 | @@ -219,6 +221,10 @@ |
1258 | elpa2.o: elpa1.o |
1259 | ener3.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o |
1260 | ener3lomem.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o |
1261 | +evolg.o: alloc.o m_eo.o m_matswinvers.o m_steps.o parallel.o parallelsubs.o |
1262 | +evolg.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o wavefunctions.o |
1263 | +evolk.o: m_diagon_opt.o m_matswinvers.o parallel.o precision.o siesta_options.o |
1264 | +evolk.o: sys.o wavefunctions.o |
1265 | extrapolateSpData2D.o: class_Data2D.o class_OrbitalDistribution.o |
1266 | extrapolateSpData2D.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o |
1267 | extrapolon.o: parallel.o precision.o sys.o |
1268 | @@ -259,9 +265,9 @@ |
1269 | initatom.o: atmparams.o atom.o atom_options.o basis_io.o basis_specs.o |
1270 | initatom.o: basis_types.o chemical.o electrostatic.o ldau_specs.o m_spin.o |
1271 | initatom.o: old_atmfuncs.o precision.o pseudopotential.o |
1272 | -initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o parallel.o |
1273 | -initparallel.o: parallelsubs.o precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o |
1274 | -initparallel.o: spatial.o sys.o |
1275 | +initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o |
1276 | +initparallel.o: m_poisson_fdf.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
1277 | +initparallel.o: siesta_options.o sparse_matrices.o spatial.o sys.o |
1278 | io.o: sys.o |
1279 | iocg.o: files.o precision.o sys.o |
1280 | iodm.o: alloc.o files.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
1281 | @@ -320,7 +326,9 @@ |
1282 | m_efield.o: siesta_geom.o sys.o units.o |
1283 | m_energies.o: precision.o |
1284 | m_eo.o: precision.o |
1285 | +m_evolve.o: alloc.o m_memory.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
1286 | m_exp_coord.o: files.o m_os.o parallel.o precision.o units.o |
1287 | +m_fastconv_dims.o: precision.o |
1288 | m_filter.o: bessph.o precision.o radfft.o sorting.o sys.o |
1289 | m_fire.o: parallel.o precision.o |
1290 | m_fire_mixing.o: alloc.o m_fire_para.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o |
1291 | @@ -342,10 +350,14 @@ |
1292 | m_hs_matrix.o: alloc.o cellsubs.o geom_helper.o precision.o sys.o |
1293 | m_hsx.o: atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o files.o parallel.o parallelsubs.o |
1294 | m_hsx.o: precision.o siesta_geom.o sys.o |
1295 | +m_initwf.o: alloc.o densematrix.o fermid.o m_diagon_opt.o m_eo.o m_memory.o |
1296 | +m_initwf.o: parallel.o parallelsubs.o precision.o sparse_matrices.o sys.o |
1297 | +m_initwf.o: wavefunctions.o |
1298 | m_integrate.o: precision.o |
1299 | m_io.o: sys.o |
1300 | m_io_s.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o class_SpData2D.o |
1301 | m_io_s.o: class_Sparsity.o parallel.o precision.o |
1302 | +m_iodipol.o: files.o m_dipol.o m_steps.o |
1303 | m_iodm.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o class_Sparsity.o |
1304 | m_iodm.o: m_io_s.o parallel.o |
1305 | m_iodm_old.o: alloc.o files.o m_matio.o m_mpi_utils.o parallel.o parallelsubs.o |
1306 | @@ -353,9 +365,13 @@ |
1307 | m_iorho.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
1308 | m_iostruct.o: alloc.o files.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o |
1309 | m_iostruct.o: siesta_geom.o sys.o units.o |
1310 | +m_iotddft.o: files.o m_dipol.o m_steps.o parallel.o siesta_options.o |
1311 | +m_iotddft.o: wavefunctions.o |
1312 | m_kinetic.o: precision.o |
1313 | m_mat_invert.o: intrinsic_missing.o m_pivot_array.o precision.o |
1314 | +m_matdiag.o: precision.o |
1315 | m_matio.o: alloc.o parallel.o |
1316 | +m_matswinvers.o: precision.o |
1317 | m_memory.o: memoryinfo.o parallel.o sys.o |
1318 | m_mesh_node.o: intrinsic_missing.o parallel.o precision.o |
1319 | m_mixing.o: class_Data1D.o class_Fstack_Data1D.o parallel.o precision.o |
1320 | @@ -403,6 +419,15 @@ |
1321 | m_planewavematrix.o: atomlist.o dhscf.o m_planewavematrixvar.o precision.o |
1322 | m_planewavematrix.o: siesta_geom.o sparse_matrices.o |
1323 | m_planewavematrixvar.o: precision.o |
1324 | +m_plot_1d_arr3d.o: precision.o |
1325 | +m_poisson_fdf.o: m_char.o precision.o |
1326 | +m_poisson_obc_comm.o: atm_types.o atmfuncs.o m_mpi_stop.o parallel.o |
1327 | +m_poisson_obc_comm.o: precision.o siesta_geom.o sys.o |
1328 | +m_poisson_obc_fastconv.o: cellsubs.o m_mpi_stop.o m_poisson_obc_fastconv_r2c.o |
1329 | +m_poisson_obc_fastconv.o: parallel.o precision.o sys.o |
1330 | +m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: cellsubs.o m_fastconv_dims.o m_plot_1d_arr3d.o |
1331 | +m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: m_poisson_obc_comm.o precision.o sys.o |
1332 | +m_poisson_switch.o: m_poisson_obc_fastconv.o precision.o sys.o |
1333 | m_pulay.o: alloc.o atomlist.o m_mpi_utils.o m_spin.o m_svd.o parallel.o |
1334 | m_pulay.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o |
1335 | m_redist_spmatrix.o: alloc.o class_Distribution.o |
1336 | @@ -418,7 +443,8 @@ |
1337 | m_sparsity_handling.o: class_Data1D.o class_Data2D.o |
1338 | m_sparsity_handling.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o |
1339 | m_sparsity_handling.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o geom_helper.o |
1340 | -m_sparsity_handling.o: m_interpolate.o m_region.o precision.o |
1341 | +m_sparsity_handling.o: intrinsic_missing.o m_interpolate.o m_region.o |
1342 | +m_sparsity_handling.o: precision.o |
1343 | m_spin.o: alloc.o parallel.o precision.o sys.o units.o |
1344 | m_stress.o: precision.o |
1345 | m_supercell.o: atom_graph.o class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o |
1346 | @@ -530,9 +556,10 @@ |
1347 | m_ts_options.o: m_ts_hartree.o m_ts_method.o m_ts_mumps_init.o m_ts_tdir.o |
1348 | m_ts_options.o: m_ts_weight.o parallel.o precision.o siesta_options.o units.o |
1349 | m_ts_pivot.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o |
1350 | -m_ts_pivot.o: create_Sparsity_SC.o create_Sparsity_Union.o intrinsic_missing.o |
1351 | -m_ts_pivot.o: m_char.o m_pivot.o m_region.o m_sparsity_handling.o m_ts_debug.o |
1352 | -m_ts_pivot.o: m_ts_electype.o parallel.o precision.o |
1353 | +m_ts_pivot.o: create_Sparsity_SC.o create_Sparsity_Union.o geom_helper.o |
1354 | +m_ts_pivot.o: intrinsic_missing.o m_char.o m_pivot.o m_region.o |
1355 | +m_ts_pivot.o: m_sparsity_handling.o m_ts_debug.o m_ts_electype.o parallel.o |
1356 | +m_ts_pivot.o: precision.o |
1357 | m_ts_rgn2trimat.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o |
1358 | m_ts_rgn2trimat.o: create_Sparsity_Union.o geom_helper.o m_region.o |
1359 | m_ts_rgn2trimat.o: m_ts_electype.o m_ts_method.o m_ts_tri_common.o parallel.o |
1360 | @@ -675,8 +702,8 @@ |
1361 | rdiag.o: alloc.o m_diagon_opt.o memoryinfo.o parallel.o precision.o sys.o |
1362 | rdiag_elpa.o: alloc.o elpa1.o elpa2.o parallel.o precision.o sys.o |
1363 | rdiag_mrrr.o: alloc.o parallel.o precision.o sys.o |
1364 | -read_options.o: files.o m_charge_add.o m_hartree_add.o m_mixing_scf.o m_spin.o |
1365 | -read_options.o: m_target_stress.o memoryinfo.o parallel.o precision.o |
1366 | +read_options.o: files.o m_charge_add.o m_cite.o m_hartree_add.o m_mixing_scf.o |
1367 | +read_options.o: m_spin.o m_target_stress.o memoryinfo.o parallel.o precision.o |
1368 | read_options.o: siesta_cml.o siesta_options.o sys.o units.o |
1369 | read_xc_info.o: parallel.o precision.o sys.o |
1370 | readsp.o: parallel.o precision.o sys.o |
1371 | @@ -743,30 +770,32 @@ |
1372 | siesta_end.o: meshdscf.o meshphi.o moremeshsubs.o parallel.o siesta_cml.o |
1373 | siesta_end.o: siesta_cmlsubs.o siesta_master.o siesta_options.o |
1374 | siesta_end.o: sparse_matrices.o timestamp.o |
1375 | -siesta_forces.o: atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o compute_dm.o |
1376 | -siesta_forces.o: compute_energies.o compute_max_diff.o files.o |
1377 | -siesta_forces.o: final_H_f_stress.o flook_siesta.o kpoint_grid.o |
1378 | -siesta_forces.o: m_convergence.o m_energies.o m_forces.o m_iodm_old.o |
1379 | -siesta_forces.o: m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o m_ncdf_siesta.o |
1380 | -siesta_forces.o: m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o m_steps.o |
1381 | -siesta_forces.o: m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o m_ts_electype.o |
1382 | -siesta_forces.o: m_ts_global_vars.o m_ts_method.o m_ts_options.o mixer.o |
1383 | -siesta_forces.o: parallel.o post_scf_work.o precision.o save_density_matrix.o |
1384 | -siesta_forces.o: scfconvergence_test.o setup_H0.o setup_hamiltonian.o |
1385 | -siesta_forces.o: siesta_cml.o siesta_dicts.o siesta_geom.o siesta_master.o |
1386 | -siesta_forces.o: siesta_options.o sparse_matrices.o state_analysis.o |
1387 | -siesta_forces.o: state_init.o sys.o units.o write_subs.o |
1388 | +siesta_forces.o: alloc.o atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o |
1389 | +siesta_forces.o: compute_dm.o compute_energies.o compute_max_diff.o |
1390 | +siesta_forces.o: densematrix.o files.o final_H_f_stress.o flook_siesta.o |
1391 | +siesta_forces.o: kpoint_grid.o m_convergence.o m_energies.o m_eo.o m_evolve.o |
1392 | +siesta_forces.o: m_forces.o m_gamma.o m_initwf.o m_iodm.o m_iodm_old.o |
1393 | +siesta_forces.o: m_iotddft.o m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o |
1394 | +siesta_forces.o: m_ncdf_siesta.o m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o |
1395 | +siesta_forces.o: m_steps.o m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o |
1396 | +siesta_forces.o: m_ts_electype.o m_ts_global_vars.o m_ts_method.o |
1397 | +siesta_forces.o: m_ts_options.o mixer.o overfsm.o parallel.o post_scf_work.o |
1398 | +siesta_forces.o: precision.o save_density_matrix.o scfconvergence_test.o |
1399 | +siesta_forces.o: setup_H0.o setup_hamiltonian.o siesta_cml.o siesta_dicts.o |
1400 | +siesta_forces.o: siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o |
1401 | +siesta_forces.o: sparse_matrices.o state_analysis.o state_init.o sys.o units.o |
1402 | +siesta_forces.o: wavefunctions.o write_subs.o |
1403 | siesta_geom.o: precision.o |
1404 | siesta_init.o: alloc.o atomlist.o bands.o bsc_xcmod.o |
1405 | siesta_init.o: class_Fstack_Pair_Geometry_SpData2D.o densematrix.o files.o |
1406 | siesta_init.o: flook_siesta.o ioxv.o kpoint_grid.o kpoint_pdos.o ksvinit.o |
1407 | siesta_init.o: m_cite.o m_energies.o m_eo.o m_fixed.o m_forces.o m_gamma.o |
1408 | -siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_rmaxh.o m_spin.o |
1409 | -siesta_init.o: m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o metaforce.o |
1410 | -siesta_init.o: molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o parallelsubs.o |
1411 | -siesta_init.o: projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o siesta_geom.o |
1412 | -siesta_init.o: siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o sys.o timer.o |
1413 | -siesta_init.o: timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o |
1414 | +siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_poisson_fdf.o m_rmaxh.o |
1415 | +siesta_init.o: m_spin.o m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o |
1416 | +siesta_init.o: metaforce.o molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o |
1417 | +siesta_init.o: parallelsubs.o projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o |
1418 | +siesta_init.o: siesta_geom.o siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o |
1419 | +siesta_init.o: sys.o timer.o timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o |
1420 | siesta_master.o: iopipes.o iosockets.o precision.o sys.o |
1421 | siesta_move.o: atomlist.o broyden_optim.o cell_broyden_optim.o |
1422 | siesta_move.o: cell_fire_optim.o dynamics.o fire_optim.o flook_siesta.o ioxv.o |
1423 | @@ -798,18 +827,17 @@ |
1424 | state_init.o: proximity_check.o siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_options.o |
1425 | state_init.o: sparse_matrices.o sys.o units.o write_subs.o zmatrix.o |
1426 | struct_init.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o files.o ioxv.o m_exp_coord.o |
1427 | -struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_steps.o parallel.o periodic_table.o |
1428 | -struct_init.o: siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o |
1429 | -struct_init.o: units.o zmatrix.o |
1430 | +struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_poisson_fdf.o m_poisson_obc_comm.o |
1431 | +struct_init.o: m_steps.o parallel.o periodic_table.o siesta_cml.o siesta_geom.o |
1432 | +struct_init.o: siesta_master.o siesta_options.o units.o zmatrix.o |
1433 | sys.o: parallel.o |
1434 | timer.o: extrae_eventllist.o extrae_module.o m_timer.o parallel.o sys.o |
1435 | timer.o: timer_tree.o |
1436 | timer_tree.o: m_walltime.o |
1437 | transition_rate.o: alloc.o fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
1438 | -ts_init.o: m_cite.o m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o |
1439 | -ts_init.o: m_ts_electrode.o m_ts_electype.o m_ts_gf.o m_ts_global_vars.o |
1440 | -ts_init.o: m_ts_kpoints.o m_ts_method.o m_ts_options.o parallel.o |
1441 | -ts_init.o: siesta_options.o |
1442 | +ts_init.o: m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o m_ts_electrode.o |
1443 | +ts_init.o: m_ts_electype.o m_ts_gf.o m_ts_global_vars.o m_ts_kpoints.o |
1444 | +ts_init.o: m_ts_method.o m_ts_options.o parallel.o siesta_options.o |
1445 | ts_show_regions.o: m_region.o m_ts_electype.o m_ts_method.o parallel.o |
1446 | ts_show_regions.o: precision.o units.o |
1447 | typecell.o: precision.o |
1448 | @@ -821,6 +849,7 @@ |
1449 | vmatsp.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o mesh.o meshdscf.o |
1450 | vmatsp.o: meshphi.o precision.o |
1451 | vmb.o: m_fixed.o parallel.o precision.o sys.o |
1452 | +wavefunctions.o: parallel.o precision.o |
1453 | write_inp_wannier.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o m_ntm.o m_orderbands.o |
1454 | write_inp_wannier.o: mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
1455 | write_inp_wannier.o: siesta2wannier90.o siesta_geom.o |
1456 | @@ -938,6 +967,7 @@ |
1457 | m_ksv.o: ksv.o |
1458 | m_ksvinit.o: ksvinit.o |
1459 | m_ldau.o: ldau.o |
1460 | +m_linpack.o: linpack.o |
1461 | m_local_dos.o: local_DOS.o |
1462 | m_matel_registry.o: matel_registry.o |
1463 | m_minvec.o: minvec.o |
1464 | @@ -982,6 +1012,8 @@ |
1465 | m_vmat.o: vmat.o |
1466 | m_zm_broyden_optim.o: zm_broyden_optim.o |
1467 | m_zm_fire_optim.o: zm_fire_optim.o |
1468 | +matdiagon.o: m_matdiag.o |
1469 | +matswinversion.o: m_matswinvers.o |
1470 | mtprng.o: m_uuid.o |
1471 | neighbour.o: mneighb.o |
1472 | on_core.o: onmod.o |
1473 | |
1474 | === modified file 'Util/Helpers/Makefile' |
1475 | --- Util/Helpers/Makefile 2016-08-30 14:02:33 +0000 |
1476 | +++ Util/Helpers/Makefile 2016-11-22 08:16:45 +0000 |
1477 | @@ -112,7 +112,7 @@ |
1478 | bsc_cellxc.o: alloc.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o mesh.o moremeshsubs.o parallel.o |
1479 | bsc_cellxc.o: parallelsubs.o precision.o sys.o |
1480 | bsc_xcmod.o: parallel.o precision.o sys.o |
1481 | -cart2frac.o: sys.o |
1482 | +cart2frac.o: precision.o sys.o |
1483 | cdiag.o: alloc.o m_diagon_opt.o memoryinfo.o parallel.o precision.o sys.o |
1484 | cell_broyden_optim.o: m_broyddj_nocomm.o parallel.o precision.o sys.o units.o |
1485 | cell_broyden_optim.o: zmatrix.o |
1486 | @@ -124,6 +124,8 @@ |
1487 | cgvc_zmatrix.o: alloc.o conjgr.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o sys.o |
1488 | cgvc_zmatrix.o: units.o zmatrix.o |
1489 | cgwf.o: egandd.o onmod.o parallel.o precision.o sys.o |
1490 | +changebasis.o: alloc.o m_matdiag.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
1491 | +changebasis.o: sparse_matrices.o sys.o wavefunctions.o |
1492 | chemical.o: parallel.o precision.o sys.o |
1493 | chempot.o: alloc.o mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
1494 | chkdim.o: sys.o |
1495 | @@ -175,17 +177,17 @@ |
1496 | denmat.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o |
1497 | denmatlomem.o: alloc.o globalise.o onmod.o precision.o |
1498 | densematrix.o: alloc.o precision.o |
1499 | -detover.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
1500 | +detover.o: alloc.o linpack.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
1501 | dfscf.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o m_spin.o mesh.o |
1502 | dfscf.o: meshdscf.o meshphi.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
1503 | dhscf.o: alloc.o atmfuncs.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o delk.o dfscf.o |
1504 | dhscf.o: doping_uniform.o files.o forhar.o iogrid_netcdf.o m_charge_add.o |
1505 | -dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_mesh_node.o m_ncdf_io.o |
1506 | -dhscf.o: m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_rhog.o m_spin.o |
1507 | -dhscf.o: m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o m_ts_options.o m_ts_tdir.o |
1508 | -dhscf.o: m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o moremeshsubs.o parallel.o |
1509 | -dhscf.o: parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o siesta_options.o sys.o units.o |
1510 | -dhscf.o: vmat.o |
1511 | +dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_iotddft.o m_mesh_node.o |
1512 | +dhscf.o: m_ncdf_io.o m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_poisson_fdf.o |
1513 | +dhscf.o: m_poisson_switch.o m_rhog.o m_spin.o m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o |
1514 | +dhscf.o: m_ts_options.o m_ts_tdir.o m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o |
1515 | +dhscf.o: moremeshsubs.o parallel.o parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o |
1516 | +dhscf.o: siesta_options.o sys.o units.o vmat.o |
1517 | diag2g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
1518 | diag2k.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
1519 | diag3g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
1520 | @@ -213,7 +215,7 @@ |
1521 | domain_decom.o: sparse_matrices.o sys.o |
1522 | doping_uniform.o: alloc.o m_ntm.o mesh.o parallel.o precision.o sys.o |
1523 | dynamics.o: alloc.o atomlist.o files.o ioxv.o m_mpi_utils.o parallel.o |
1524 | -dynamics.o: precision.o sys.o units.o |
1525 | +dynamics.o: precision.o siesta_options.o sys.o units.o |
1526 | egandd.o: alloc.o denmat.o ener3.o globalise.o gradient.o on_subs.o onmod.o |
1527 | egandd.o: onmod.o precision.o sys.o |
1528 | eggbox.o: parallel.o precision.o |
1529 | @@ -222,6 +224,10 @@ |
1530 | elpa2.o: elpa1.o |
1531 | ener3.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o |
1532 | ener3lomem.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o |
1533 | +evolg.o: alloc.o m_eo.o m_matswinvers.o m_steps.o parallel.o parallelsubs.o |
1534 | +evolg.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o wavefunctions.o |
1535 | +evolk.o: m_diagon_opt.o m_matswinvers.o parallel.o precision.o siesta_options.o |
1536 | +evolk.o: sys.o wavefunctions.o |
1537 | extrapolateSpData2D.o: class_Data2D.o class_OrbitalDistribution.o |
1538 | extrapolateSpData2D.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o |
1539 | extrapolon.o: parallel.o precision.o sys.o |
1540 | @@ -262,9 +268,9 @@ |
1541 | initatom.o: atmparams.o atom.o atom_options.o basis_io.o basis_specs.o |
1542 | initatom.o: basis_types.o chemical.o electrostatic.o ldau_specs.o m_spin.o |
1543 | initatom.o: old_atmfuncs.o precision.o pseudopotential.o |
1544 | -initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o parallel.o |
1545 | -initparallel.o: parallelsubs.o precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o |
1546 | -initparallel.o: spatial.o sys.o |
1547 | +initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o |
1548 | +initparallel.o: m_poisson_fdf.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
1549 | +initparallel.o: siesta_options.o sparse_matrices.o spatial.o sys.o |
1550 | io.o: sys.o |
1551 | iocg.o: files.o precision.o sys.o |
1552 | iodm.o: alloc.o files.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
1553 | @@ -323,7 +329,9 @@ |
1554 | m_efield.o: siesta_geom.o sys.o units.o |
1555 | m_energies.o: precision.o |
1556 | m_eo.o: precision.o |
1557 | +m_evolve.o: alloc.o m_memory.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
1558 | m_exp_coord.o: files.o m_os.o parallel.o precision.o units.o |
1559 | +m_fastconv_dims.o: precision.o |
1560 | m_filter.o: bessph.o precision.o radfft.o sorting.o sys.o |
1561 | m_fire.o: parallel.o precision.o |
1562 | m_fire_mixing.o: alloc.o m_fire_para.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o |
1563 | @@ -345,10 +353,14 @@ |
1564 | m_hs_matrix.o: alloc.o cellsubs.o geom_helper.o precision.o sys.o |
1565 | m_hsx.o: atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o files.o parallel.o parallelsubs.o |
1566 | m_hsx.o: precision.o siesta_geom.o sys.o |
1567 | +m_initwf.o: alloc.o densematrix.o fermid.o m_diagon_opt.o m_eo.o m_memory.o |
1568 | +m_initwf.o: parallel.o parallelsubs.o precision.o sparse_matrices.o sys.o |
1569 | +m_initwf.o: wavefunctions.o |
1570 | m_integrate.o: precision.o |
1571 | m_io.o: sys.o |
1572 | m_io_s.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o class_SpData2D.o |
1573 | m_io_s.o: class_Sparsity.o parallel.o precision.o |
1574 | +m_iodipol.o: files.o m_dipol.o m_steps.o |
1575 | m_iodm.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o class_Sparsity.o |
1576 | m_iodm.o: m_io_s.o parallel.o |
1577 | m_iodm_old.o: alloc.o files.o m_matio.o m_mpi_utils.o parallel.o parallelsubs.o |
1578 | @@ -356,9 +368,13 @@ |
1579 | m_iorho.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
1580 | m_iostruct.o: alloc.o files.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o |
1581 | m_iostruct.o: siesta_geom.o sys.o units.o |
1582 | +m_iotddft.o: files.o m_dipol.o m_steps.o parallel.o siesta_options.o |
1583 | +m_iotddft.o: wavefunctions.o |
1584 | m_kinetic.o: precision.o |
1585 | m_mat_invert.o: intrinsic_missing.o m_pivot_array.o precision.o |
1586 | +m_matdiag.o: precision.o |
1587 | m_matio.o: alloc.o parallel.o |
1588 | +m_matswinvers.o: precision.o |
1589 | m_memory.o: memoryinfo.o parallel.o sys.o |
1590 | m_mesh_node.o: intrinsic_missing.o parallel.o precision.o |
1591 | m_mixing.o: class_Data1D.o class_Fstack_Data1D.o parallel.o precision.o |
1592 | @@ -406,6 +422,15 @@ |
1593 | m_planewavematrix.o: atomlist.o dhscf.o m_planewavematrixvar.o precision.o |
1594 | m_planewavematrix.o: siesta_geom.o sparse_matrices.o |
1595 | m_planewavematrixvar.o: precision.o |
1596 | +m_plot_1d_arr3d.o: precision.o |
1597 | +m_poisson_fdf.o: m_char.o precision.o |
1598 | +m_poisson_obc_comm.o: atm_types.o atmfuncs.o m_mpi_stop.o parallel.o |
1599 | +m_poisson_obc_comm.o: precision.o siesta_geom.o sys.o |
1600 | +m_poisson_obc_fastconv.o: cellsubs.o m_mpi_stop.o m_poisson_obc_fastconv_r2c.o |
1601 | +m_poisson_obc_fastconv.o: parallel.o precision.o sys.o |
1602 | +m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: cellsubs.o m_fastconv_dims.o m_plot_1d_arr3d.o |
1603 | +m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: m_poisson_obc_comm.o precision.o sys.o |
1604 | +m_poisson_switch.o: m_poisson_obc_fastconv.o precision.o sys.o |
1605 | m_pulay.o: alloc.o atomlist.o m_mpi_utils.o m_spin.o m_svd.o parallel.o |
1606 | m_pulay.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o |
1607 | m_redist_spmatrix.o: alloc.o class_Distribution.o |
1608 | @@ -421,7 +446,8 @@ |
1609 | m_sparsity_handling.o: class_Data1D.o class_Data2D.o |
1610 | m_sparsity_handling.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o |
1611 | m_sparsity_handling.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o geom_helper.o |
1612 | -m_sparsity_handling.o: m_interpolate.o m_region.o precision.o |
1613 | +m_sparsity_handling.o: intrinsic_missing.o m_interpolate.o m_region.o |
1614 | +m_sparsity_handling.o: precision.o |
1615 | m_spin.o: alloc.o parallel.o precision.o sys.o units.o |
1616 | m_stress.o: precision.o |
1617 | m_supercell.o: atom_graph.o class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o |
1618 | @@ -533,9 +559,10 @@ |
1619 | m_ts_options.o: m_ts_hartree.o m_ts_method.o m_ts_mumps_init.o m_ts_tdir.o |
1620 | m_ts_options.o: m_ts_weight.o parallel.o precision.o siesta_options.o units.o |
1621 | m_ts_pivot.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o |
1622 | -m_ts_pivot.o: create_Sparsity_SC.o create_Sparsity_Union.o intrinsic_missing.o |
1623 | -m_ts_pivot.o: m_char.o m_pivot.o m_region.o m_sparsity_handling.o m_ts_debug.o |
1624 | -m_ts_pivot.o: m_ts_electype.o parallel.o precision.o |
1625 | +m_ts_pivot.o: create_Sparsity_SC.o create_Sparsity_Union.o geom_helper.o |
1626 | +m_ts_pivot.o: intrinsic_missing.o m_char.o m_pivot.o m_region.o |
1627 | +m_ts_pivot.o: m_sparsity_handling.o m_ts_debug.o m_ts_electype.o parallel.o |
1628 | +m_ts_pivot.o: precision.o |
1629 | m_ts_rgn2trimat.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o |
1630 | m_ts_rgn2trimat.o: create_Sparsity_Union.o geom_helper.o m_region.o |
1631 | m_ts_rgn2trimat.o: m_ts_electype.o m_ts_method.o m_ts_tri_common.o parallel.o |
1632 | @@ -678,8 +705,8 @@ |
1633 | rdiag.o: alloc.o m_diagon_opt.o memoryinfo.o parallel.o precision.o sys.o |
1634 | rdiag_elpa.o: alloc.o elpa1.o elpa2.o parallel.o precision.o sys.o |
1635 | rdiag_mrrr.o: alloc.o parallel.o precision.o sys.o |
1636 | -read_options.o: files.o m_charge_add.o m_hartree_add.o m_mixing_scf.o m_spin.o |
1637 | -read_options.o: m_target_stress.o memoryinfo.o parallel.o precision.o |
1638 | +read_options.o: files.o m_charge_add.o m_cite.o m_hartree_add.o m_mixing_scf.o |
1639 | +read_options.o: m_spin.o m_target_stress.o memoryinfo.o parallel.o precision.o |
1640 | read_options.o: siesta_cml.o siesta_options.o sys.o units.o |
1641 | read_xc_info.o: parallel.o precision.o sys.o |
1642 | readsp.o: parallel.o precision.o sys.o |
1643 | @@ -746,30 +773,32 @@ |
1644 | siesta_end.o: meshdscf.o meshphi.o moremeshsubs.o parallel.o siesta_cml.o |
1645 | siesta_end.o: siesta_cmlsubs.o siesta_master.o siesta_options.o |
1646 | siesta_end.o: sparse_matrices.o timestamp.o |
1647 | -siesta_forces.o: atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o compute_dm.o |
1648 | -siesta_forces.o: compute_energies.o compute_max_diff.o files.o |
1649 | -siesta_forces.o: final_H_f_stress.o flook_siesta.o kpoint_grid.o |
1650 | -siesta_forces.o: m_convergence.o m_energies.o m_forces.o m_iodm_old.o |
1651 | -siesta_forces.o: m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o m_ncdf_siesta.o |
1652 | -siesta_forces.o: m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o m_steps.o |
1653 | -siesta_forces.o: m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o m_ts_electype.o |
1654 | -siesta_forces.o: m_ts_global_vars.o m_ts_method.o m_ts_options.o mixer.o |
1655 | -siesta_forces.o: parallel.o post_scf_work.o precision.o save_density_matrix.o |
1656 | -siesta_forces.o: scfconvergence_test.o setup_H0.o setup_hamiltonian.o |
1657 | -siesta_forces.o: siesta_cml.o siesta_dicts.o siesta_geom.o siesta_master.o |
1658 | -siesta_forces.o: siesta_options.o sparse_matrices.o state_analysis.o |
1659 | -siesta_forces.o: state_init.o sys.o units.o write_subs.o |
1660 | +siesta_forces.o: alloc.o atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o |
1661 | +siesta_forces.o: compute_dm.o compute_energies.o compute_max_diff.o |
1662 | +siesta_forces.o: densematrix.o files.o final_H_f_stress.o flook_siesta.o |
1663 | +siesta_forces.o: kpoint_grid.o m_convergence.o m_energies.o m_eo.o m_evolve.o |
1664 | +siesta_forces.o: m_forces.o m_gamma.o m_initwf.o m_iodm.o m_iodm_old.o |
1665 | +siesta_forces.o: m_iotddft.o m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o |
1666 | +siesta_forces.o: m_ncdf_siesta.o m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o |
1667 | +siesta_forces.o: m_steps.o m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o |
1668 | +siesta_forces.o: m_ts_electype.o m_ts_global_vars.o m_ts_method.o |
1669 | +siesta_forces.o: m_ts_options.o mixer.o overfsm.o parallel.o post_scf_work.o |
1670 | +siesta_forces.o: precision.o save_density_matrix.o scfconvergence_test.o |
1671 | +siesta_forces.o: setup_H0.o setup_hamiltonian.o siesta_cml.o siesta_dicts.o |
1672 | +siesta_forces.o: siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o |
1673 | +siesta_forces.o: sparse_matrices.o state_analysis.o state_init.o sys.o units.o |
1674 | +siesta_forces.o: wavefunctions.o write_subs.o |
1675 | siesta_geom.o: precision.o |
1676 | siesta_init.o: alloc.o atomlist.o bands.o bsc_xcmod.o |
1677 | siesta_init.o: class_Fstack_Pair_Geometry_SpData2D.o densematrix.o files.o |
1678 | siesta_init.o: flook_siesta.o ioxv.o kpoint_grid.o kpoint_pdos.o ksvinit.o |
1679 | siesta_init.o: m_cite.o m_energies.o m_eo.o m_fixed.o m_forces.o m_gamma.o |
1680 | -siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_rmaxh.o m_spin.o |
1681 | -siesta_init.o: m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o metaforce.o |
1682 | -siesta_init.o: molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o parallelsubs.o |
1683 | -siesta_init.o: projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o siesta_geom.o |
1684 | -siesta_init.o: siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o sys.o timer.o |
1685 | -siesta_init.o: timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o |
1686 | +siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_poisson_fdf.o m_rmaxh.o |
1687 | +siesta_init.o: m_spin.o m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o |
1688 | +siesta_init.o: metaforce.o molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o |
1689 | +siesta_init.o: parallelsubs.o projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o |
1690 | +siesta_init.o: siesta_geom.o siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o |
1691 | +siesta_init.o: sys.o timer.o timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o |
1692 | siesta_master.o: iopipes.o iosockets.o precision.o sys.o |
1693 | siesta_move.o: atomlist.o broyden_optim.o cell_broyden_optim.o |
1694 | siesta_move.o: cell_fire_optim.o dynamics.o fire_optim.o flook_siesta.o ioxv.o |
1695 | @@ -801,18 +830,17 @@ |
1696 | state_init.o: proximity_check.o siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_options.o |
1697 | state_init.o: sparse_matrices.o sys.o units.o write_subs.o zmatrix.o |
1698 | struct_init.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o files.o ioxv.o m_exp_coord.o |
1699 | -struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_steps.o parallel.o periodic_table.o |
1700 | -struct_init.o: siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o |
1701 | -struct_init.o: units.o zmatrix.o |
1702 | +struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_poisson_fdf.o m_poisson_obc_comm.o |
1703 | +struct_init.o: m_steps.o parallel.o periodic_table.o siesta_cml.o siesta_geom.o |
1704 | +struct_init.o: siesta_master.o siesta_options.o units.o zmatrix.o |
1705 | sys.o: parallel.o |
1706 | timer.o: extrae_eventllist.o extrae_module.o m_timer.o parallel.o sys.o |
1707 | timer.o: timer_tree.o |
1708 | timer_tree.o: m_walltime.o |
1709 | transition_rate.o: alloc.o fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
1710 | -ts_init.o: m_cite.o m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o |
1711 | -ts_init.o: m_ts_electrode.o m_ts_electype.o m_ts_gf.o m_ts_global_vars.o |
1712 | -ts_init.o: m_ts_kpoints.o m_ts_method.o m_ts_options.o parallel.o |
1713 | -ts_init.o: siesta_options.o |
1714 | +ts_init.o: m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o m_ts_electrode.o |
1715 | +ts_init.o: m_ts_electype.o m_ts_gf.o m_ts_global_vars.o m_ts_kpoints.o |
1716 | +ts_init.o: m_ts_method.o m_ts_options.o parallel.o siesta_options.o |
1717 | ts_show_regions.o: m_region.o m_ts_electype.o m_ts_method.o parallel.o |
1718 | ts_show_regions.o: precision.o units.o |
1719 | typecell.o: precision.o |
1720 | @@ -824,6 +852,7 @@ |
1721 | vmatsp.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o mesh.o meshdscf.o |
1722 | vmatsp.o: meshphi.o precision.o |
1723 | vmb.o: m_fixed.o parallel.o precision.o sys.o |
1724 | +wavefunctions.o: parallel.o precision.o |
1725 | write_inp_wannier.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o m_ntm.o m_orderbands.o |
1726 | write_inp_wannier.o: mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
1727 | write_inp_wannier.o: siesta2wannier90.o siesta_geom.o |
1728 | @@ -941,6 +970,7 @@ |
1729 | m_ksv.o: ksv.o |
1730 | m_ksvinit.o: ksvinit.o |
1731 | m_ldau.o: ldau.o |
1732 | +m_linpack.o: linpack.o |
1733 | m_local_dos.o: local_DOS.o |
1734 | m_matel_registry.o: matel_registry.o |
1735 | m_minvec.o: minvec.o |
1736 | @@ -985,6 +1015,8 @@ |
1737 | m_vmat.o: vmat.o |
1738 | m_zm_broyden_optim.o: zm_broyden_optim.o |
1739 | m_zm_fire_optim.o: zm_fire_optim.o |
1740 | +matdiagon.o: m_matdiag.o |
1741 | +matswinversion.o: m_matswinvers.o |
1742 | mtprng.o: m_uuid.o |
1743 | neighbour.o: mneighb.o |
1744 | on_core.o: onmod.o |
1745 | |
1746 | === modified file 'Util/STM/ol-stm/Src/Makefile' |
1747 | --- Util/STM/ol-stm/Src/Makefile 2016-08-30 14:02:33 +0000 |
1748 | +++ Util/STM/ol-stm/Src/Makefile 2016-11-22 08:16:45 +0000 |
1749 | @@ -185,7 +185,7 @@ |
1750 | bsc_cellxc.o: alloc.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o mesh.o moremeshsubs.o parallel.o |
1751 | bsc_cellxc.o: parallelsubs.o precision.o sys.o |
1752 | bsc_xcmod.o: parallel.o precision.o sys.o |
1753 | -cart2frac.o: sys.o |
1754 | +cart2frac.o: precision.o sys.o |
1755 | cdiag.o: alloc.o m_diagon_opt.o memoryinfo.o parallel.o precision.o sys.o |
1756 | cell_broyden_optim.o: m_broyddj_nocomm.o parallel.o precision.o sys.o units.o |
1757 | cell_broyden_optim.o: zmatrix.o |
1758 | @@ -197,6 +197,8 @@ |
1759 | cgvc_zmatrix.o: alloc.o conjgr.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o sys.o |
1760 | cgvc_zmatrix.o: units.o zmatrix.o |
1761 | cgwf.o: egandd.o onmod.o parallel.o precision.o sys.o |
1762 | +changebasis.o: alloc.o m_matdiag.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
1763 | +changebasis.o: sparse_matrices.o sys.o wavefunctions.o |
1764 | chemical.o: parallel.o precision.o sys.o |
1765 | chempot.o: alloc.o mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
1766 | chkdim.o: sys.o |
1767 | @@ -248,17 +250,17 @@ |
1768 | denmat.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o |
1769 | denmatlomem.o: alloc.o globalise.o onmod.o precision.o |
1770 | densematrix.o: alloc.o precision.o |
1771 | -detover.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
1772 | +detover.o: alloc.o linpack.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
1773 | dfscf.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o m_spin.o mesh.o |
1774 | dfscf.o: meshdscf.o meshphi.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
1775 | dhscf.o: alloc.o atmfuncs.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o delk.o dfscf.o |
1776 | dhscf.o: doping_uniform.o files.o forhar.o iogrid_netcdf.o m_charge_add.o |
1777 | -dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_mesh_node.o m_ncdf_io.o |
1778 | -dhscf.o: m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_rhog.o m_spin.o |
1779 | -dhscf.o: m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o m_ts_options.o m_ts_tdir.o |
1780 | -dhscf.o: m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o moremeshsubs.o parallel.o |
1781 | -dhscf.o: parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o siesta_options.o sys.o units.o |
1782 | -dhscf.o: vmat.o |
1783 | +dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_iotddft.o m_mesh_node.o |
1784 | +dhscf.o: m_ncdf_io.o m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_poisson_fdf.o |
1785 | +dhscf.o: m_poisson_switch.o m_rhog.o m_spin.o m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o |
1786 | +dhscf.o: m_ts_options.o m_ts_tdir.o m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o |
1787 | +dhscf.o: moremeshsubs.o parallel.o parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o |
1788 | +dhscf.o: siesta_options.o sys.o units.o vmat.o |
1789 | diag2g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
1790 | diag2k.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
1791 | diag3g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
1792 | @@ -286,7 +288,7 @@ |
1793 | domain_decom.o: sparse_matrices.o sys.o |
1794 | doping_uniform.o: alloc.o m_ntm.o mesh.o parallel.o precision.o sys.o |
1795 | dynamics.o: alloc.o atomlist.o files.o ioxv.o m_mpi_utils.o parallel.o |
1796 | -dynamics.o: precision.o sys.o units.o |
1797 | +dynamics.o: precision.o siesta_options.o sys.o units.o |
1798 | egandd.o: alloc.o denmat.o ener3.o globalise.o gradient.o on_subs.o onmod.o |
1799 | egandd.o: onmod.o precision.o sys.o |
1800 | eggbox.o: parallel.o precision.o |
1801 | @@ -295,6 +297,10 @@ |
1802 | elpa2.o: elpa1.o |
1803 | ener3.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o |
1804 | ener3lomem.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o |
1805 | +evolg.o: alloc.o m_eo.o m_matswinvers.o m_steps.o parallel.o parallelsubs.o |
1806 | +evolg.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o wavefunctions.o |
1807 | +evolk.o: m_diagon_opt.o m_matswinvers.o parallel.o precision.o siesta_options.o |
1808 | +evolk.o: sys.o wavefunctions.o |
1809 | extrapolateSpData2D.o: class_Data2D.o class_OrbitalDistribution.o |
1810 | extrapolateSpData2D.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o |
1811 | extrapolon.o: parallel.o precision.o sys.o |
1812 | @@ -335,9 +341,9 @@ |
1813 | initatom.o: atmparams.o atom.o atom_options.o basis_io.o basis_specs.o |
1814 | initatom.o: basis_types.o chemical.o electrostatic.o ldau_specs.o m_spin.o |
1815 | initatom.o: old_atmfuncs.o precision.o pseudopotential.o |
1816 | -initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o parallel.o |
1817 | -initparallel.o: parallelsubs.o precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o |
1818 | -initparallel.o: spatial.o sys.o |
1819 | +initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o |
1820 | +initparallel.o: m_poisson_fdf.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
1821 | +initparallel.o: siesta_options.o sparse_matrices.o spatial.o sys.o |
1822 | io.o: sys.o |
1823 | iocg.o: files.o precision.o sys.o |
1824 | iodm.o: alloc.o files.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
1825 | @@ -396,7 +402,9 @@ |
1826 | m_efield.o: siesta_geom.o sys.o units.o |
1827 | m_energies.o: precision.o |
1828 | m_eo.o: precision.o |
1829 | +m_evolve.o: alloc.o m_memory.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
1830 | m_exp_coord.o: files.o m_os.o parallel.o precision.o units.o |
1831 | +m_fastconv_dims.o: precision.o |
1832 | m_filter.o: bessph.o precision.o radfft.o sorting.o sys.o |
1833 | m_fire.o: parallel.o precision.o |
1834 | m_fire_mixing.o: alloc.o m_fire_para.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o |
1835 | @@ -418,10 +426,14 @@ |
1836 | m_hs_matrix.o: alloc.o cellsubs.o geom_helper.o precision.o sys.o |
1837 | m_hsx.o: atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o files.o parallel.o parallelsubs.o |
1838 | m_hsx.o: precision.o siesta_geom.o sys.o |
1839 | +m_initwf.o: alloc.o densematrix.o fermid.o m_diagon_opt.o m_eo.o m_memory.o |
1840 | +m_initwf.o: parallel.o parallelsubs.o precision.o sparse_matrices.o sys.o |
1841 | +m_initwf.o: wavefunctions.o |
1842 | m_integrate.o: precision.o |
1843 | m_io.o: sys.o |
1844 | m_io_s.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o class_SpData2D.o |
1845 | m_io_s.o: class_Sparsity.o parallel.o precision.o |
1846 | +m_iodipol.o: files.o m_dipol.o m_steps.o |
1847 | m_iodm.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o class_Sparsity.o |
1848 | m_iodm.o: m_io_s.o parallel.o |
1849 | m_iodm_old.o: alloc.o files.o m_matio.o m_mpi_utils.o parallel.o parallelsubs.o |
1850 | @@ -429,9 +441,13 @@ |
1851 | m_iorho.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
1852 | m_iostruct.o: alloc.o files.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o |
1853 | m_iostruct.o: siesta_geom.o sys.o units.o |
1854 | +m_iotddft.o: files.o m_dipol.o m_steps.o parallel.o siesta_options.o |
1855 | +m_iotddft.o: wavefunctions.o |
1856 | m_kinetic.o: precision.o |
1857 | m_mat_invert.o: intrinsic_missing.o m_pivot_array.o precision.o |
1858 | +m_matdiag.o: precision.o |
1859 | m_matio.o: alloc.o parallel.o |
1860 | +m_matswinvers.o: precision.o |
1861 | m_memory.o: memoryinfo.o parallel.o sys.o |
1862 | m_mesh_node.o: intrinsic_missing.o parallel.o precision.o |
1863 | m_mixing.o: class_Data1D.o class_Fstack_Data1D.o parallel.o precision.o |
1864 | @@ -479,6 +495,15 @@ |
1865 | m_planewavematrix.o: atomlist.o dhscf.o m_planewavematrixvar.o precision.o |
1866 | m_planewavematrix.o: siesta_geom.o sparse_matrices.o |
1867 | m_planewavematrixvar.o: precision.o |
1868 | +m_plot_1d_arr3d.o: precision.o |
1869 | +m_poisson_fdf.o: m_char.o precision.o |
1870 | +m_poisson_obc_comm.o: atm_types.o atmfuncs.o m_mpi_stop.o parallel.o |
1871 | +m_poisson_obc_comm.o: precision.o siesta_geom.o sys.o |
1872 | +m_poisson_obc_fastconv.o: cellsubs.o m_mpi_stop.o m_poisson_obc_fastconv_r2c.o |
1873 | +m_poisson_obc_fastconv.o: parallel.o precision.o sys.o |
1874 | +m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: cellsubs.o m_fastconv_dims.o m_plot_1d_arr3d.o |
1875 | +m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: m_poisson_obc_comm.o precision.o sys.o |
1876 | +m_poisson_switch.o: m_poisson_obc_fastconv.o precision.o sys.o |
1877 | m_pulay.o: alloc.o atomlist.o m_mpi_utils.o m_spin.o m_svd.o parallel.o |
1878 | m_pulay.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o |
1879 | m_redist_spmatrix.o: alloc.o class_Distribution.o |
1880 | @@ -494,7 +519,8 @@ |
1881 | m_sparsity_handling.o: class_Data1D.o class_Data2D.o |
1882 | m_sparsity_handling.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o |
1883 | m_sparsity_handling.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o geom_helper.o |
1884 | -m_sparsity_handling.o: m_interpolate.o m_region.o precision.o |
1885 | +m_sparsity_handling.o: intrinsic_missing.o m_interpolate.o m_region.o |
1886 | +m_sparsity_handling.o: precision.o |
1887 | m_spin.o: alloc.o parallel.o precision.o sys.o units.o |
1888 | m_stress.o: precision.o |
1889 | m_supercell.o: atom_graph.o class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o |
1890 | @@ -606,9 +632,10 @@ |
1891 | m_ts_options.o: m_ts_hartree.o m_ts_method.o m_ts_mumps_init.o m_ts_tdir.o |
1892 | m_ts_options.o: m_ts_weight.o parallel.o precision.o siesta_options.o units.o |
1893 | m_ts_pivot.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o |
1894 | -m_ts_pivot.o: create_Sparsity_SC.o create_Sparsity_Union.o intrinsic_missing.o |
1895 | -m_ts_pivot.o: m_char.o m_pivot.o m_region.o m_sparsity_handling.o m_ts_debug.o |
1896 | -m_ts_pivot.o: m_ts_electype.o parallel.o precision.o |
1897 | +m_ts_pivot.o: create_Sparsity_SC.o create_Sparsity_Union.o geom_helper.o |
1898 | +m_ts_pivot.o: intrinsic_missing.o m_char.o m_pivot.o m_region.o |
1899 | +m_ts_pivot.o: m_sparsity_handling.o m_ts_debug.o m_ts_electype.o parallel.o |
1900 | +m_ts_pivot.o: precision.o |
1901 | m_ts_rgn2trimat.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o |
1902 | m_ts_rgn2trimat.o: create_Sparsity_Union.o geom_helper.o m_region.o |
1903 | m_ts_rgn2trimat.o: m_ts_electype.o m_ts_method.o m_ts_tri_common.o parallel.o |
1904 | @@ -751,8 +778,8 @@ |
1905 | rdiag.o: alloc.o m_diagon_opt.o memoryinfo.o parallel.o precision.o sys.o |
1906 | rdiag_elpa.o: alloc.o elpa1.o elpa2.o parallel.o precision.o sys.o |
1907 | rdiag_mrrr.o: alloc.o parallel.o precision.o sys.o |
1908 | -read_options.o: files.o m_charge_add.o m_hartree_add.o m_mixing_scf.o m_spin.o |
1909 | -read_options.o: m_target_stress.o memoryinfo.o parallel.o precision.o |
1910 | +read_options.o: files.o m_charge_add.o m_cite.o m_hartree_add.o m_mixing_scf.o |
1911 | +read_options.o: m_spin.o m_target_stress.o memoryinfo.o parallel.o precision.o |
1912 | read_options.o: siesta_cml.o siesta_options.o sys.o units.o |
1913 | read_xc_info.o: parallel.o precision.o sys.o |
1914 | readsp.o: parallel.o precision.o sys.o |
1915 | @@ -819,30 +846,32 @@ |
1916 | siesta_end.o: meshdscf.o meshphi.o moremeshsubs.o parallel.o siesta_cml.o |
1917 | siesta_end.o: siesta_cmlsubs.o siesta_master.o siesta_options.o |
1918 | siesta_end.o: sparse_matrices.o timestamp.o |
1919 | -siesta_forces.o: atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o compute_dm.o |
1920 | -siesta_forces.o: compute_energies.o compute_max_diff.o files.o |
1921 | -siesta_forces.o: final_H_f_stress.o flook_siesta.o kpoint_grid.o |
1922 | -siesta_forces.o: m_convergence.o m_energies.o m_forces.o m_iodm_old.o |
1923 | -siesta_forces.o: m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o m_ncdf_siesta.o |
1924 | -siesta_forces.o: m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o m_steps.o |
1925 | -siesta_forces.o: m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o m_ts_electype.o |
1926 | -siesta_forces.o: m_ts_global_vars.o m_ts_method.o m_ts_options.o mixer.o |
1927 | -siesta_forces.o: parallel.o post_scf_work.o precision.o save_density_matrix.o |
1928 | -siesta_forces.o: scfconvergence_test.o setup_H0.o setup_hamiltonian.o |
1929 | -siesta_forces.o: siesta_cml.o siesta_dicts.o siesta_geom.o siesta_master.o |
1930 | -siesta_forces.o: siesta_options.o sparse_matrices.o state_analysis.o |
1931 | -siesta_forces.o: state_init.o sys.o units.o write_subs.o |
1932 | +siesta_forces.o: alloc.o atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o |
1933 | +siesta_forces.o: compute_dm.o compute_energies.o compute_max_diff.o |
1934 | +siesta_forces.o: densematrix.o files.o final_H_f_stress.o flook_siesta.o |
1935 | +siesta_forces.o: kpoint_grid.o m_convergence.o m_energies.o m_eo.o m_evolve.o |
1936 | +siesta_forces.o: m_forces.o m_gamma.o m_initwf.o m_iodm.o m_iodm_old.o |
1937 | +siesta_forces.o: m_iotddft.o m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o |
1938 | +siesta_forces.o: m_ncdf_siesta.o m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o |
1939 | +siesta_forces.o: m_steps.o m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o |
1940 | +siesta_forces.o: m_ts_electype.o m_ts_global_vars.o m_ts_method.o |
1941 | +siesta_forces.o: m_ts_options.o mixer.o overfsm.o parallel.o post_scf_work.o |
1942 | +siesta_forces.o: precision.o save_density_matrix.o scfconvergence_test.o |
1943 | +siesta_forces.o: setup_H0.o setup_hamiltonian.o siesta_cml.o siesta_dicts.o |
1944 | +siesta_forces.o: siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o |
1945 | +siesta_forces.o: sparse_matrices.o state_analysis.o state_init.o sys.o units.o |
1946 | +siesta_forces.o: wavefunctions.o write_subs.o |
1947 | siesta_geom.o: precision.o |
1948 | siesta_init.o: alloc.o atomlist.o bands.o bsc_xcmod.o |
1949 | siesta_init.o: class_Fstack_Pair_Geometry_SpData2D.o densematrix.o files.o |
1950 | siesta_init.o: flook_siesta.o ioxv.o kpoint_grid.o kpoint_pdos.o ksvinit.o |
1951 | siesta_init.o: m_cite.o m_energies.o m_eo.o m_fixed.o m_forces.o m_gamma.o |
1952 | -siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_rmaxh.o m_spin.o |
1953 | -siesta_init.o: m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o metaforce.o |
1954 | -siesta_init.o: molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o parallelsubs.o |
1955 | -siesta_init.o: projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o siesta_geom.o |
1956 | -siesta_init.o: siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o sys.o timer.o |
1957 | -siesta_init.o: timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o |
1958 | +siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_poisson_fdf.o m_rmaxh.o |
1959 | +siesta_init.o: m_spin.o m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o |
1960 | +siesta_init.o: metaforce.o molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o |
1961 | +siesta_init.o: parallelsubs.o projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o |
1962 | +siesta_init.o: siesta_geom.o siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o |
1963 | +siesta_init.o: sys.o timer.o timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o |
1964 | siesta_master.o: iopipes.o iosockets.o precision.o sys.o |
1965 | siesta_move.o: atomlist.o broyden_optim.o cell_broyden_optim.o |
1966 | siesta_move.o: cell_fire_optim.o dynamics.o fire_optim.o flook_siesta.o ioxv.o |
1967 | @@ -874,18 +903,17 @@ |
1968 | state_init.o: proximity_check.o siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_options.o |
1969 | state_init.o: sparse_matrices.o sys.o units.o write_subs.o zmatrix.o |
1970 | struct_init.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o files.o ioxv.o m_exp_coord.o |
1971 | -struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_steps.o parallel.o periodic_table.o |
1972 | -struct_init.o: siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o |
1973 | -struct_init.o: units.o zmatrix.o |
1974 | +struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_poisson_fdf.o m_poisson_obc_comm.o |
1975 | +struct_init.o: m_steps.o parallel.o periodic_table.o siesta_cml.o siesta_geom.o |
1976 | +struct_init.o: siesta_master.o siesta_options.o units.o zmatrix.o |
1977 | sys.o: parallel.o |
1978 | timer.o: extrae_eventllist.o extrae_module.o m_timer.o parallel.o sys.o |
1979 | timer.o: timer_tree.o |
1980 | timer_tree.o: m_walltime.o |
1981 | transition_rate.o: alloc.o fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
1982 | -ts_init.o: m_cite.o m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o |
1983 | -ts_init.o: m_ts_electrode.o m_ts_electype.o m_ts_gf.o m_ts_global_vars.o |
1984 | -ts_init.o: m_ts_kpoints.o m_ts_method.o m_ts_options.o parallel.o |
1985 | -ts_init.o: siesta_options.o |
1986 | +ts_init.o: m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o m_ts_electrode.o |
1987 | +ts_init.o: m_ts_electype.o m_ts_gf.o m_ts_global_vars.o m_ts_kpoints.o |
1988 | +ts_init.o: m_ts_method.o m_ts_options.o parallel.o siesta_options.o |
1989 | ts_show_regions.o: m_region.o m_ts_electype.o m_ts_method.o parallel.o |
1990 | ts_show_regions.o: precision.o units.o |
1991 | typecell.o: precision.o |
1992 | @@ -897,6 +925,7 @@ |
1993 | vmatsp.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o mesh.o meshdscf.o |
1994 | vmatsp.o: meshphi.o precision.o |
1995 | vmb.o: m_fixed.o parallel.o precision.o sys.o |
1996 | +wavefunctions.o: parallel.o precision.o |
1997 | write_inp_wannier.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o m_ntm.o m_orderbands.o |
1998 | write_inp_wannier.o: mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
1999 | write_inp_wannier.o: siesta2wannier90.o siesta_geom.o |
2000 | @@ -1020,6 +1049,7 @@ |
2001 | m_ksv.o: ksv.o |
2002 | m_ksvinit.o: ksvinit.o |
2003 | m_ldau.o: ldau.o |
2004 | +m_linpack.o: linpack.o |
2005 | m_local_dos.o: local_DOS.o |
2006 | m_matel_registry.o: matel_registry.o |
2007 | m_minvec.o: minvec.o |
2008 | @@ -1064,6 +1094,8 @@ |
2009 | m_vmat.o: vmat.o |
2010 | m_zm_broyden_optim.o: zm_broyden_optim.o |
2011 | m_zm_fire_optim.o: zm_fire_optim.o |
2012 | +matdiagon.o: m_matdiag.o |
2013 | +matswinversion.o: m_matswinvers.o |
2014 | mtprng.o: m_uuid.o |
2015 | neighbour.o: mneighb.o |
2016 | on_core.o: onmod.o |
2017 | |
2018 | === modified file 'Util/SpPivot/Makefile' |
2019 | --- Util/SpPivot/Makefile 2016-08-30 14:02:33 +0000 |
2020 | +++ Util/SpPivot/Makefile 2016-11-22 08:16:45 +0000 |
2021 | @@ -116,7 +116,7 @@ |
2022 | bsc_cellxc.o: alloc.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o mesh.o moremeshsubs.o parallel.o |
2023 | bsc_cellxc.o: parallelsubs.o precision.o sys.o |
2024 | bsc_xcmod.o: parallel.o precision.o sys.o |
2025 | -cart2frac.o: sys.o |
2026 | +cart2frac.o: precision.o sys.o |
2027 | cdiag.o: alloc.o m_diagon_opt.o memoryinfo.o parallel.o precision.o sys.o |
2028 | cell_broyden_optim.o: m_broyddj_nocomm.o parallel.o precision.o sys.o units.o |
2029 | cell_broyden_optim.o: zmatrix.o |
2030 | @@ -128,6 +128,8 @@ |
2031 | cgvc_zmatrix.o: alloc.o conjgr.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o sys.o |
2032 | cgvc_zmatrix.o: units.o zmatrix.o |
2033 | cgwf.o: egandd.o onmod.o parallel.o precision.o sys.o |
2034 | +changebasis.o: alloc.o m_matdiag.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
2035 | +changebasis.o: sparse_matrices.o sys.o wavefunctions.o |
2036 | chemical.o: parallel.o precision.o sys.o |
2037 | chempot.o: alloc.o mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
2038 | chkdim.o: sys.o |
2039 | @@ -179,17 +181,17 @@ |
2040 | denmat.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o |
2041 | denmatlomem.o: alloc.o globalise.o onmod.o precision.o |
2042 | densematrix.o: alloc.o precision.o |
2043 | -detover.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
2044 | +detover.o: alloc.o linpack.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
2045 | dfscf.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o m_spin.o mesh.o |
2046 | dfscf.o: meshdscf.o meshphi.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
2047 | dhscf.o: alloc.o atmfuncs.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o delk.o dfscf.o |
2048 | dhscf.o: doping_uniform.o files.o forhar.o iogrid_netcdf.o m_charge_add.o |
2049 | -dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_mesh_node.o m_ncdf_io.o |
2050 | -dhscf.o: m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_rhog.o m_spin.o |
2051 | -dhscf.o: m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o m_ts_options.o m_ts_tdir.o |
2052 | -dhscf.o: m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o moremeshsubs.o parallel.o |
2053 | -dhscf.o: parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o siesta_options.o sys.o units.o |
2054 | -dhscf.o: vmat.o |
2055 | +dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_iotddft.o m_mesh_node.o |
2056 | +dhscf.o: m_ncdf_io.o m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_poisson_fdf.o |
2057 | +dhscf.o: m_poisson_switch.o m_rhog.o m_spin.o m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o |
2058 | +dhscf.o: m_ts_options.o m_ts_tdir.o m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o |
2059 | +dhscf.o: moremeshsubs.o parallel.o parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o |
2060 | +dhscf.o: siesta_options.o sys.o units.o vmat.o |
2061 | diag2g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
2062 | diag2k.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
2063 | diag3g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
2064 | @@ -217,7 +219,7 @@ |
2065 | domain_decom.o: sparse_matrices.o sys.o |
2066 | doping_uniform.o: alloc.o m_ntm.o mesh.o parallel.o precision.o sys.o |
2067 | dynamics.o: alloc.o atomlist.o files.o ioxv.o m_mpi_utils.o parallel.o |
2068 | -dynamics.o: precision.o sys.o units.o |
2069 | +dynamics.o: precision.o siesta_options.o sys.o units.o |
2070 | egandd.o: alloc.o denmat.o ener3.o globalise.o gradient.o on_subs.o onmod.o |
2071 | egandd.o: onmod.o precision.o sys.o |
2072 | eggbox.o: parallel.o precision.o |
2073 | @@ -226,6 +228,10 @@ |
2074 | elpa2.o: elpa1.o |
2075 | ener3.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o |
2076 | ener3lomem.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o |
2077 | +evolg.o: alloc.o m_eo.o m_matswinvers.o m_steps.o parallel.o parallelsubs.o |
2078 | +evolg.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o wavefunctions.o |
2079 | +evolk.o: m_diagon_opt.o m_matswinvers.o parallel.o precision.o siesta_options.o |
2080 | +evolk.o: sys.o wavefunctions.o |
2081 | extrapolateSpData2D.o: class_Data2D.o class_OrbitalDistribution.o |
2082 | extrapolateSpData2D.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o |
2083 | extrapolon.o: parallel.o precision.o sys.o |
2084 | @@ -266,9 +272,9 @@ |
2085 | initatom.o: atmparams.o atom.o atom_options.o basis_io.o basis_specs.o |
2086 | initatom.o: basis_types.o chemical.o electrostatic.o ldau_specs.o m_spin.o |
2087 | initatom.o: old_atmfuncs.o precision.o pseudopotential.o |
2088 | -initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o parallel.o |
2089 | -initparallel.o: parallelsubs.o precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o |
2090 | -initparallel.o: spatial.o sys.o |
2091 | +initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o |
2092 | +initparallel.o: m_poisson_fdf.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
2093 | +initparallel.o: siesta_options.o sparse_matrices.o spatial.o sys.o |
2094 | io.o: sys.o |
2095 | iocg.o: files.o precision.o sys.o |
2096 | iodm.o: alloc.o files.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
2097 | @@ -327,7 +333,9 @@ |
2098 | m_efield.o: siesta_geom.o sys.o units.o |
2099 | m_energies.o: precision.o |
2100 | m_eo.o: precision.o |
2101 | +m_evolve.o: alloc.o m_memory.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
2102 | m_exp_coord.o: files.o m_os.o parallel.o precision.o units.o |
2103 | +m_fastconv_dims.o: precision.o |
2104 | m_filter.o: bessph.o precision.o radfft.o sorting.o sys.o |
2105 | m_fire.o: parallel.o precision.o |
2106 | m_fire_mixing.o: alloc.o m_fire_para.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o |
2107 | @@ -349,10 +357,14 @@ |
2108 | m_hs_matrix.o: alloc.o cellsubs.o geom_helper.o precision.o sys.o |
2109 | m_hsx.o: atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o files.o parallel.o parallelsubs.o |
2110 | m_hsx.o: precision.o siesta_geom.o sys.o |
2111 | +m_initwf.o: alloc.o densematrix.o fermid.o m_diagon_opt.o m_eo.o m_memory.o |
2112 | +m_initwf.o: parallel.o parallelsubs.o precision.o sparse_matrices.o sys.o |
2113 | +m_initwf.o: wavefunctions.o |
2114 | m_integrate.o: precision.o |
2115 | m_io.o: sys.o |
2116 | m_io_s.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o class_SpData2D.o |
2117 | m_io_s.o: class_Sparsity.o parallel.o precision.o |
2118 | +m_iodipol.o: files.o m_dipol.o m_steps.o |
2119 | m_iodm.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o class_Sparsity.o |
2120 | m_iodm.o: m_io_s.o parallel.o |
2121 | m_iodm_old.o: alloc.o files.o m_matio.o m_mpi_utils.o parallel.o parallelsubs.o |
2122 | @@ -360,9 +372,13 @@ |
2123 | m_iorho.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
2124 | m_iostruct.o: alloc.o files.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o |
2125 | m_iostruct.o: siesta_geom.o sys.o units.o |
2126 | +m_iotddft.o: files.o m_dipol.o m_steps.o parallel.o siesta_options.o |
2127 | +m_iotddft.o: wavefunctions.o |
2128 | m_kinetic.o: precision.o |
2129 | m_mat_invert.o: intrinsic_missing.o m_pivot_array.o precision.o |
2130 | +m_matdiag.o: precision.o |
2131 | m_matio.o: alloc.o parallel.o |
2132 | +m_matswinvers.o: precision.o |
2133 | m_memory.o: memoryinfo.o parallel.o sys.o |
2134 | m_mesh_node.o: intrinsic_missing.o parallel.o precision.o |
2135 | m_mixing.o: class_Data1D.o class_Fstack_Data1D.o parallel.o precision.o |
2136 | @@ -410,6 +426,15 @@ |
2137 | m_planewavematrix.o: atomlist.o dhscf.o m_planewavematrixvar.o precision.o |
2138 | m_planewavematrix.o: siesta_geom.o sparse_matrices.o |
2139 | m_planewavematrixvar.o: precision.o |
2140 | +m_plot_1d_arr3d.o: precision.o |
2141 | +m_poisson_fdf.o: m_char.o precision.o |
2142 | +m_poisson_obc_comm.o: atm_types.o atmfuncs.o m_mpi_stop.o parallel.o |
2143 | +m_poisson_obc_comm.o: precision.o siesta_geom.o sys.o |
2144 | +m_poisson_obc_fastconv.o: cellsubs.o m_mpi_stop.o m_poisson_obc_fastconv_r2c.o |
2145 | +m_poisson_obc_fastconv.o: parallel.o precision.o sys.o |
2146 | +m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: cellsubs.o m_fastconv_dims.o m_plot_1d_arr3d.o |
2147 | +m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: m_poisson_obc_comm.o precision.o sys.o |
2148 | +m_poisson_switch.o: m_poisson_obc_fastconv.o precision.o sys.o |
2149 | m_pulay.o: alloc.o atomlist.o m_mpi_utils.o m_spin.o m_svd.o parallel.o |
2150 | m_pulay.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o |
2151 | m_redist_spmatrix.o: alloc.o class_Distribution.o |
2152 | @@ -425,7 +450,8 @@ |
2153 | m_sparsity_handling.o: class_Data1D.o class_Data2D.o |
2154 | m_sparsity_handling.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o |
2155 | m_sparsity_handling.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o geom_helper.o |
2156 | -m_sparsity_handling.o: m_interpolate.o m_region.o precision.o |
2157 | +m_sparsity_handling.o: intrinsic_missing.o m_interpolate.o m_region.o |
2158 | +m_sparsity_handling.o: precision.o |
2159 | m_spin.o: alloc.o parallel.o precision.o sys.o units.o |
2160 | m_stress.o: precision.o |
2161 | m_supercell.o: atom_graph.o class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o |
2162 | @@ -537,9 +563,10 @@ |
2163 | m_ts_options.o: m_ts_hartree.o m_ts_method.o m_ts_mumps_init.o m_ts_tdir.o |
2164 | m_ts_options.o: m_ts_weight.o parallel.o precision.o siesta_options.o units.o |
2165 | m_ts_pivot.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o |
2166 | -m_ts_pivot.o: create_Sparsity_SC.o create_Sparsity_Union.o intrinsic_missing.o |
2167 | -m_ts_pivot.o: m_char.o m_pivot.o m_region.o m_sparsity_handling.o m_ts_debug.o |
2168 | -m_ts_pivot.o: m_ts_electype.o parallel.o precision.o |
2169 | +m_ts_pivot.o: create_Sparsity_SC.o create_Sparsity_Union.o geom_helper.o |
2170 | +m_ts_pivot.o: intrinsic_missing.o m_char.o m_pivot.o m_region.o |
2171 | +m_ts_pivot.o: m_sparsity_handling.o m_ts_debug.o m_ts_electype.o parallel.o |
2172 | +m_ts_pivot.o: precision.o |
2173 | m_ts_rgn2trimat.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o |
2174 | m_ts_rgn2trimat.o: create_Sparsity_Union.o geom_helper.o m_region.o |
2175 | m_ts_rgn2trimat.o: m_ts_electype.o m_ts_method.o m_ts_tri_common.o parallel.o |
2176 | @@ -682,8 +709,8 @@ |
2177 | rdiag.o: alloc.o m_diagon_opt.o memoryinfo.o parallel.o precision.o sys.o |
2178 | rdiag_elpa.o: alloc.o elpa1.o elpa2.o parallel.o precision.o sys.o |
2179 | rdiag_mrrr.o: alloc.o parallel.o precision.o sys.o |
2180 | -read_options.o: files.o m_charge_add.o m_hartree_add.o m_mixing_scf.o m_spin.o |
2181 | -read_options.o: m_target_stress.o memoryinfo.o parallel.o precision.o |
2182 | +read_options.o: files.o m_charge_add.o m_cite.o m_hartree_add.o m_mixing_scf.o |
2183 | +read_options.o: m_spin.o m_target_stress.o memoryinfo.o parallel.o precision.o |
2184 | read_options.o: siesta_cml.o siesta_options.o sys.o units.o |
2185 | read_xc_info.o: parallel.o precision.o sys.o |
2186 | readsp.o: parallel.o precision.o sys.o |
2187 | @@ -750,30 +777,32 @@ |
2188 | siesta_end.o: meshdscf.o meshphi.o moremeshsubs.o parallel.o siesta_cml.o |
2189 | siesta_end.o: siesta_cmlsubs.o siesta_master.o siesta_options.o |
2190 | siesta_end.o: sparse_matrices.o timestamp.o |
2191 | -siesta_forces.o: atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o compute_dm.o |
2192 | -siesta_forces.o: compute_energies.o compute_max_diff.o files.o |
2193 | -siesta_forces.o: final_H_f_stress.o flook_siesta.o kpoint_grid.o |
2194 | -siesta_forces.o: m_convergence.o m_energies.o m_forces.o m_iodm_old.o |
2195 | -siesta_forces.o: m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o m_ncdf_siesta.o |
2196 | -siesta_forces.o: m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o m_steps.o |
2197 | -siesta_forces.o: m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o m_ts_electype.o |
2198 | -siesta_forces.o: m_ts_global_vars.o m_ts_method.o m_ts_options.o mixer.o |
2199 | -siesta_forces.o: parallel.o post_scf_work.o precision.o save_density_matrix.o |
2200 | -siesta_forces.o: scfconvergence_test.o setup_H0.o setup_hamiltonian.o |
2201 | -siesta_forces.o: siesta_cml.o siesta_dicts.o siesta_geom.o siesta_master.o |
2202 | -siesta_forces.o: siesta_options.o sparse_matrices.o state_analysis.o |
2203 | -siesta_forces.o: state_init.o sys.o units.o write_subs.o |
2204 | +siesta_forces.o: alloc.o atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o |
2205 | +siesta_forces.o: compute_dm.o compute_energies.o compute_max_diff.o |
2206 | +siesta_forces.o: densematrix.o files.o final_H_f_stress.o flook_siesta.o |
2207 | +siesta_forces.o: kpoint_grid.o m_convergence.o m_energies.o m_eo.o m_evolve.o |
2208 | +siesta_forces.o: m_forces.o m_gamma.o m_initwf.o m_iodm.o m_iodm_old.o |
2209 | +siesta_forces.o: m_iotddft.o m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o |
2210 | +siesta_forces.o: m_ncdf_siesta.o m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o |
2211 | +siesta_forces.o: m_steps.o m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o |
2212 | +siesta_forces.o: m_ts_electype.o m_ts_global_vars.o m_ts_method.o |
2213 | +siesta_forces.o: m_ts_options.o mixer.o overfsm.o parallel.o post_scf_work.o |
2214 | +siesta_forces.o: precision.o save_density_matrix.o scfconvergence_test.o |
2215 | +siesta_forces.o: setup_H0.o setup_hamiltonian.o siesta_cml.o siesta_dicts.o |
2216 | +siesta_forces.o: siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o |
2217 | +siesta_forces.o: sparse_matrices.o state_analysis.o state_init.o sys.o units.o |
2218 | +siesta_forces.o: wavefunctions.o write_subs.o |
2219 | siesta_geom.o: precision.o |
2220 | siesta_init.o: alloc.o atomlist.o bands.o bsc_xcmod.o |
2221 | siesta_init.o: class_Fstack_Pair_Geometry_SpData2D.o densematrix.o files.o |
2222 | siesta_init.o: flook_siesta.o ioxv.o kpoint_grid.o kpoint_pdos.o ksvinit.o |
2223 | siesta_init.o: m_cite.o m_energies.o m_eo.o m_fixed.o m_forces.o m_gamma.o |
2224 | -siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_rmaxh.o m_spin.o |
2225 | -siesta_init.o: m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o metaforce.o |
2226 | -siesta_init.o: molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o parallelsubs.o |
2227 | -siesta_init.o: projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o siesta_geom.o |
2228 | -siesta_init.o: siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o sys.o timer.o |
2229 | -siesta_init.o: timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o |
2230 | +siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_poisson_fdf.o m_rmaxh.o |
2231 | +siesta_init.o: m_spin.o m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o |
2232 | +siesta_init.o: metaforce.o molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o |
2233 | +siesta_init.o: parallelsubs.o projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o |
2234 | +siesta_init.o: siesta_geom.o siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o |
2235 | +siesta_init.o: sys.o timer.o timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o |
2236 | siesta_master.o: iopipes.o iosockets.o precision.o sys.o |
2237 | siesta_move.o: atomlist.o broyden_optim.o cell_broyden_optim.o |
2238 | siesta_move.o: cell_fire_optim.o dynamics.o fire_optim.o flook_siesta.o ioxv.o |
2239 | @@ -805,18 +834,17 @@ |
2240 | state_init.o: proximity_check.o siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_options.o |
2241 | state_init.o: sparse_matrices.o sys.o units.o write_subs.o zmatrix.o |
2242 | struct_init.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o files.o ioxv.o m_exp_coord.o |
2243 | -struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_steps.o parallel.o periodic_table.o |
2244 | -struct_init.o: siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o |
2245 | -struct_init.o: units.o zmatrix.o |
2246 | +struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_poisson_fdf.o m_poisson_obc_comm.o |
2247 | +struct_init.o: m_steps.o parallel.o periodic_table.o siesta_cml.o siesta_geom.o |
2248 | +struct_init.o: siesta_master.o siesta_options.o units.o zmatrix.o |
2249 | sys.o: parallel.o |
2250 | timer.o: extrae_eventllist.o extrae_module.o m_timer.o parallel.o sys.o |
2251 | timer.o: timer_tree.o |
2252 | timer_tree.o: m_walltime.o |
2253 | transition_rate.o: alloc.o fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
2254 | -ts_init.o: m_cite.o m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o |
2255 | -ts_init.o: m_ts_electrode.o m_ts_electype.o m_ts_gf.o m_ts_global_vars.o |
2256 | -ts_init.o: m_ts_kpoints.o m_ts_method.o m_ts_options.o parallel.o |
2257 | -ts_init.o: siesta_options.o |
2258 | +ts_init.o: m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o m_ts_electrode.o |
2259 | +ts_init.o: m_ts_electype.o m_ts_gf.o m_ts_global_vars.o m_ts_kpoints.o |
2260 | +ts_init.o: m_ts_method.o m_ts_options.o parallel.o siesta_options.o |
2261 | ts_show_regions.o: m_region.o m_ts_electype.o m_ts_method.o parallel.o |
2262 | ts_show_regions.o: precision.o units.o |
2263 | typecell.o: precision.o |
2264 | @@ -828,6 +856,7 @@ |
2265 | vmatsp.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o mesh.o meshdscf.o |
2266 | vmatsp.o: meshphi.o precision.o |
2267 | vmb.o: m_fixed.o parallel.o precision.o sys.o |
2268 | +wavefunctions.o: parallel.o precision.o |
2269 | write_inp_wannier.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o m_ntm.o m_orderbands.o |
2270 | write_inp_wannier.o: mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
2271 | write_inp_wannier.o: siesta2wannier90.o siesta_geom.o |
2272 | @@ -948,6 +977,7 @@ |
2273 | m_ksv.o: ksv.o |
2274 | m_ksvinit.o: ksvinit.o |
2275 | m_ldau.o: ldau.o |
2276 | +m_linpack.o: linpack.o |
2277 | m_local_dos.o: local_DOS.o |
2278 | m_matel_registry.o: matel_registry.o |
2279 | m_minvec.o: minvec.o |
2280 | @@ -992,6 +1022,8 @@ |
2281 | m_vmat.o: vmat.o |
2282 | m_zm_broyden_optim.o: zm_broyden_optim.o |
2283 | m_zm_fire_optim.o: zm_fire_optim.o |
2284 | +matdiagon.o: m_matdiag.o |
2285 | +matswinversion.o: m_matswinvers.o |
2286 | mtprng.o: m_uuid.o |
2287 | neighbour.o: mneighb.o |
2288 | on_core.o: onmod.o |
2289 | |
2290 | === modified file 'Util/TS/TBtrans/Makefile' |
2291 | --- Util/TS/TBtrans/Makefile 2016-10-10 13:00:00 +0000 |
2292 | +++ Util/TS/TBtrans/Makefile 2016-11-22 08:16:45 +0000 |
2293 | @@ -364,6 +364,8 @@ |
2294 | cgvc_zmatrix.o: alloc.o conjgr.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o sys.o |
2295 | cgvc_zmatrix.o: units.o zmatrix.o |
2296 | cgwf.o: egandd.o onmod.o parallel.o precision.o sys.o |
2297 | +changebasis.o: alloc.o m_matdiag.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
2298 | +changebasis.o: sparse_matrices.o sys.o wavefunctions.o |
2299 | chemical.o: parallel.o precision.o sys.o |
2300 | chempot.o: alloc.o mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
2301 | chkdim.o: sys.o |
2302 | @@ -420,12 +422,12 @@ |
2303 | dfscf.o: meshdscf.o meshphi.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
2304 | dhscf.o: alloc.o atmfuncs.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o delk.o dfscf.o |
2305 | dhscf.o: doping_uniform.o files.o forhar.o iogrid_netcdf.o m_charge_add.o |
2306 | -dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_mesh_node.o m_ncdf_io.o |
2307 | -dhscf.o: m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_rhog.o m_spin.o |
2308 | -dhscf.o: m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o m_ts_options.o m_ts_tdir.o |
2309 | -dhscf.o: m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o moremeshsubs.o parallel.o |
2310 | -dhscf.o: parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o siesta_options.o sys.o units.o |
2311 | -dhscf.o: vmat.o |
2312 | +dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_iotddft.o m_mesh_node.o |
2313 | +dhscf.o: m_ncdf_io.o m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_poisson_fdf.o |
2314 | +dhscf.o: m_poisson_switch.o m_rhog.o m_spin.o m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o |
2315 | +dhscf.o: m_ts_options.o m_ts_tdir.o m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o |
2316 | +dhscf.o: moremeshsubs.o parallel.o parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o |
2317 | +dhscf.o: siesta_options.o sys.o units.o vmat.o |
2318 | diag2g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
2319 | diag2k.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
2320 | diag3g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
2321 | @@ -453,7 +455,7 @@ |
2322 | domain_decom.o: sparse_matrices.o sys.o |
2323 | doping_uniform.o: alloc.o m_ntm.o mesh.o parallel.o precision.o sys.o |
2324 | dynamics.o: alloc.o atomlist.o files.o ioxv.o m_mpi_utils.o parallel.o |
2325 | -dynamics.o: precision.o sys.o units.o |
2326 | +dynamics.o: precision.o siesta_options.o sys.o units.o |
2327 | egandd.o: alloc.o denmat.o ener3.o globalise.o gradient.o on_subs.o onmod.o |
2328 | egandd.o: onmod.o precision.o sys.o |
2329 | eggbox.o: parallel.o precision.o |
2330 | @@ -462,6 +464,10 @@ |
2331 | elpa2.o: elpa1.o |
2332 | ener3.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o |
2333 | ener3lomem.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o |
2334 | +evolg.o: alloc.o m_eo.o m_matswinvers.o m_steps.o parallel.o parallelsubs.o |
2335 | +evolg.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o wavefunctions.o |
2336 | +evolk.o: m_diagon_opt.o m_matswinvers.o parallel.o precision.o siesta_options.o |
2337 | +evolk.o: sys.o wavefunctions.o |
2338 | extrapolateSpData2D.o: class_Data2D.o class_OrbitalDistribution.o |
2339 | extrapolateSpData2D.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o |
2340 | extrapolon.o: parallel.o precision.o sys.o |
2341 | @@ -502,9 +508,9 @@ |
2342 | initatom.o: atmparams.o atom.o atom_options.o basis_io.o basis_specs.o |
2343 | initatom.o: basis_types.o chemical.o electrostatic.o ldau_specs.o m_spin.o |
2344 | initatom.o: old_atmfuncs.o precision.o pseudopotential.o |
2345 | -initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o parallel.o |
2346 | -initparallel.o: parallelsubs.o precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o |
2347 | -initparallel.o: spatial.o sys.o |
2348 | +initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o |
2349 | +initparallel.o: m_poisson_fdf.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
2350 | +initparallel.o: siesta_options.o sparse_matrices.o spatial.o sys.o |
2351 | io.o: sys.o |
2352 | iocg.o: files.o precision.o sys.o |
2353 | iodm.o: alloc.o files.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
2354 | @@ -563,7 +569,9 @@ |
2355 | m_efield.o: siesta_geom.o sys.o units.o |
2356 | m_energies.o: precision.o |
2357 | m_eo.o: precision.o |
2358 | +m_evolve.o: alloc.o m_memory.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
2359 | m_exp_coord.o: files.o m_os.o parallel.o precision.o units.o |
2360 | +m_fastconv_dims.o: precision.o |
2361 | m_filter.o: bessph.o precision.o radfft.o sorting.o sys.o |
2362 | m_fire.o: parallel.o precision.o |
2363 | m_fire_mixing.o: alloc.o m_fire_para.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o |
2364 | @@ -585,10 +593,14 @@ |
2365 | m_hs_matrix.o: alloc.o cellsubs.o geom_helper.o precision.o sys.o |
2366 | m_hsx.o: atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o files.o parallel.o parallelsubs.o |
2367 | m_hsx.o: precision.o siesta_geom.o sys.o |
2368 | +m_initwf.o: alloc.o densematrix.o fermid.o m_diagon_opt.o m_eo.o m_memory.o |
2369 | +m_initwf.o: parallel.o parallelsubs.o precision.o sparse_matrices.o sys.o |
2370 | +m_initwf.o: wavefunctions.o |
2371 | m_integrate.o: precision.o |
2372 | m_io.o: sys.o |
2373 | m_io_s.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o class_SpData2D.o |
2374 | m_io_s.o: class_Sparsity.o parallel.o precision.o |
2375 | +m_iodipol.o: files.o m_dipol.o m_steps.o |
2376 | m_iodm.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o class_Sparsity.o |
2377 | m_iodm.o: m_io_s.o parallel.o |
2378 | m_iodm_old.o: alloc.o files.o m_matio.o m_mpi_utils.o parallel.o parallelsubs.o |
2379 | @@ -596,9 +608,13 @@ |
2380 | m_iorho.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
2381 | m_iostruct.o: alloc.o files.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o |
2382 | m_iostruct.o: siesta_geom.o sys.o units.o |
2383 | +m_iotddft.o: files.o m_dipol.o m_steps.o parallel.o siesta_options.o |
2384 | +m_iotddft.o: wavefunctions.o |
2385 | m_kinetic.o: precision.o |
2386 | m_mat_invert.o: intrinsic_missing.o m_pivot_array.o precision.o |
2387 | +m_matdiag.o: precision.o |
2388 | m_matio.o: alloc.o parallel.o |
2389 | +m_matswinvers.o: precision.o |
2390 | m_memory.o: memoryinfo.o parallel.o sys.o |
2391 | m_mesh_node.o: intrinsic_missing.o parallel.o precision.o |
2392 | m_mixing.o: class_Data1D.o class_Fstack_Data1D.o parallel.o precision.o |
2393 | @@ -646,6 +662,15 @@ |
2394 | m_planewavematrix.o: atomlist.o dhscf.o m_planewavematrixvar.o precision.o |
2395 | m_planewavematrix.o: siesta_geom.o sparse_matrices.o |
2396 | m_planewavematrixvar.o: precision.o |
2397 | +m_plot_1d_arr3d.o: precision.o |
2398 | +m_poisson_fdf.o: m_char.o precision.o |
2399 | +m_poisson_obc_comm.o: atm_types.o atmfuncs.o m_mpi_stop.o parallel.o |
2400 | +m_poisson_obc_comm.o: precision.o siesta_geom.o sys.o |
2401 | +m_poisson_obc_fastconv.o: cellsubs.o m_mpi_stop.o m_poisson_obc_fastconv_r2c.o |
2402 | +m_poisson_obc_fastconv.o: parallel.o precision.o sys.o |
2403 | +m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: cellsubs.o m_fastconv_dims.o m_plot_1d_arr3d.o |
2404 | +m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: m_poisson_obc_comm.o precision.o sys.o |
2405 | +m_poisson_switch.o: m_poisson_obc_fastconv.o precision.o sys.o |
2406 | m_pulay.o: alloc.o atomlist.o m_mpi_utils.o m_spin.o m_svd.o parallel.o |
2407 | m_pulay.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o |
2408 | m_redist_spmatrix.o: alloc.o class_Distribution.o |
2409 | @@ -988,30 +1013,32 @@ |
2410 | siesta_end.o: meshdscf.o meshphi.o moremeshsubs.o parallel.o siesta_cml.o |
2411 | siesta_end.o: siesta_cmlsubs.o siesta_master.o siesta_options.o |
2412 | siesta_end.o: sparse_matrices.o timestamp.o |
2413 | -siesta_forces.o: atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o compute_dm.o |
2414 | -siesta_forces.o: compute_energies.o compute_max_diff.o files.o |
2415 | -siesta_forces.o: final_H_f_stress.o flook_siesta.o kpoint_grid.o |
2416 | -siesta_forces.o: m_convergence.o m_energies.o m_forces.o m_iodm_old.o |
2417 | -siesta_forces.o: m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o m_ncdf_siesta.o |
2418 | -siesta_forces.o: m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o m_steps.o |
2419 | -siesta_forces.o: m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o m_ts_electype.o |
2420 | -siesta_forces.o: m_ts_global_vars.o m_ts_method.o m_ts_options.o mixer.o |
2421 | -siesta_forces.o: parallel.o post_scf_work.o precision.o save_density_matrix.o |
2422 | -siesta_forces.o: scfconvergence_test.o setup_H0.o setup_hamiltonian.o |
2423 | -siesta_forces.o: siesta_cml.o siesta_dicts.o siesta_geom.o siesta_master.o |
2424 | -siesta_forces.o: siesta_options.o sparse_matrices.o state_analysis.o |
2425 | -siesta_forces.o: state_init.o sys.o units.o write_subs.o |
2426 | +siesta_forces.o: alloc.o atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o |
2427 | +siesta_forces.o: compute_dm.o compute_energies.o compute_max_diff.o |
2428 | +siesta_forces.o: densematrix.o files.o final_H_f_stress.o flook_siesta.o |
2429 | +siesta_forces.o: kpoint_grid.o m_convergence.o m_energies.o m_eo.o m_evolve.o |
2430 | +siesta_forces.o: m_forces.o m_gamma.o m_initwf.o m_iodm.o m_iodm_old.o |
2431 | +siesta_forces.o: m_iotddft.o m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o |
2432 | +siesta_forces.o: m_ncdf_siesta.o m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o |
2433 | +siesta_forces.o: m_steps.o m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o |
2434 | +siesta_forces.o: m_ts_electype.o m_ts_global_vars.o m_ts_method.o |
2435 | +siesta_forces.o: m_ts_options.o mixer.o overfsm.o parallel.o post_scf_work.o |
2436 | +siesta_forces.o: precision.o save_density_matrix.o scfconvergence_test.o |
2437 | +siesta_forces.o: setup_H0.o setup_hamiltonian.o siesta_cml.o siesta_dicts.o |
2438 | +siesta_forces.o: siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o |
2439 | +siesta_forces.o: sparse_matrices.o state_analysis.o state_init.o sys.o units.o |
2440 | +siesta_forces.o: wavefunctions.o write_subs.o |
2441 | siesta_geom.o: precision.o |
2442 | siesta_init.o: alloc.o atomlist.o bands.o bsc_xcmod.o |
2443 | siesta_init.o: class_Fstack_Pair_Geometry_SpData2D.o densematrix.o files.o |
2444 | siesta_init.o: flook_siesta.o ioxv.o kpoint_grid.o kpoint_pdos.o ksvinit.o |
2445 | siesta_init.o: m_cite.o m_energies.o m_eo.o m_fixed.o m_forces.o m_gamma.o |
2446 | -siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_rmaxh.o m_spin.o |
2447 | -siesta_init.o: m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o metaforce.o |
2448 | -siesta_init.o: molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o parallelsubs.o |
2449 | -siesta_init.o: projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o siesta_geom.o |
2450 | -siesta_init.o: siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o sys.o timer.o |
2451 | -siesta_init.o: timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o |
2452 | +siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_poisson_fdf.o m_rmaxh.o |
2453 | +siesta_init.o: m_spin.o m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o |
2454 | +siesta_init.o: metaforce.o molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o |
2455 | +siesta_init.o: parallelsubs.o projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o |
2456 | +siesta_init.o: siesta_geom.o siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o |
2457 | +siesta_init.o: sys.o timer.o timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o |
2458 | siesta_master.o: iopipes.o iosockets.o precision.o sys.o |
2459 | siesta_move.o: atomlist.o broyden_optim.o cell_broyden_optim.o |
2460 | siesta_move.o: cell_fire_optim.o dynamics.o fire_optim.o flook_siesta.o ioxv.o |
2461 | @@ -1043,9 +1070,9 @@ |
2462 | state_init.o: proximity_check.o siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_options.o |
2463 | state_init.o: sparse_matrices.o sys.o units.o write_subs.o zmatrix.o |
2464 | struct_init.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o files.o ioxv.o m_exp_coord.o |
2465 | -struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_steps.o parallel.o periodic_table.o |
2466 | -struct_init.o: siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o |
2467 | -struct_init.o: units.o zmatrix.o |
2468 | +struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_poisson_fdf.o m_poisson_obc_comm.o |
2469 | +struct_init.o: m_steps.o parallel.o periodic_table.o siesta_cml.o siesta_geom.o |
2470 | +struct_init.o: siesta_master.o siesta_options.o units.o zmatrix.o |
2471 | sys.o: parallel.o |
2472 | timer.o: extrae_eventllist.o extrae_module.o m_timer.o parallel.o sys.o |
2473 | timer.o: timer_tree.o |
2474 | @@ -1065,6 +1092,7 @@ |
2475 | vmatsp.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o mesh.o meshdscf.o |
2476 | vmatsp.o: meshphi.o precision.o |
2477 | vmb.o: m_fixed.o parallel.o precision.o sys.o |
2478 | +wavefunctions.o: parallel.o precision.o |
2479 | write_inp_wannier.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o m_ntm.o m_orderbands.o |
2480 | write_inp_wannier.o: mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
2481 | write_inp_wannier.o: siesta2wannier90.o siesta_geom.o |
2482 | @@ -1310,6 +1338,8 @@ |
2483 | m_vmat.o: vmat.o |
2484 | m_zm_broyden_optim.o: zm_broyden_optim.o |
2485 | m_zm_fire_optim.o: zm_fire_optim.o |
2486 | +matdiagon.o: m_matdiag.o |
2487 | +matswinversion.o: m_matswinvers.o |
2488 | mtprng.o: m_uuid.o |
2489 | neighbour.o: mneighb.o |
2490 | on_core.o: onmod.o |
2491 | |
2492 | === modified file 'Util/TS/ts2ts/Makefile' |
2493 | --- Util/TS/ts2ts/Makefile 2016-08-30 14:02:33 +0000 |
2494 | +++ Util/TS/ts2ts/Makefile 2016-11-22 08:16:45 +0000 |
2495 | @@ -111,7 +111,7 @@ |
2496 | bsc_cellxc.o: alloc.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o mesh.o moremeshsubs.o parallel.o |
2497 | bsc_cellxc.o: parallelsubs.o precision.o sys.o |
2498 | bsc_xcmod.o: parallel.o precision.o sys.o |
2499 | -cart2frac.o: sys.o |
2500 | +cart2frac.o: precision.o sys.o |
2501 | cdiag.o: alloc.o m_diagon_opt.o memoryinfo.o parallel.o precision.o sys.o |
2502 | cell_broyden_optim.o: m_broyddj_nocomm.o parallel.o precision.o sys.o units.o |
2503 | cell_broyden_optim.o: zmatrix.o |
2504 | @@ -123,6 +123,8 @@ |
2505 | cgvc_zmatrix.o: alloc.o conjgr.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o sys.o |
2506 | cgvc_zmatrix.o: units.o zmatrix.o |
2507 | cgwf.o: egandd.o onmod.o parallel.o precision.o sys.o |
2508 | +changebasis.o: alloc.o m_matdiag.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
2509 | +changebasis.o: sparse_matrices.o sys.o wavefunctions.o |
2510 | chemical.o: parallel.o precision.o sys.o |
2511 | chempot.o: alloc.o mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
2512 | chkdim.o: sys.o |
2513 | @@ -179,17 +181,17 @@ |
2514 | denmat.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o |
2515 | denmatlomem.o: alloc.o globalise.o onmod.o precision.o |
2516 | densematrix.o: alloc.o precision.o |
2517 | -detover.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
2518 | +detover.o: alloc.o linpack.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
2519 | dfscf.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o m_spin.o mesh.o |
2520 | dfscf.o: meshdscf.o meshphi.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
2521 | dhscf.o: alloc.o atmfuncs.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o delk.o dfscf.o |
2522 | dhscf.o: doping_uniform.o files.o forhar.o iogrid_netcdf.o m_charge_add.o |
2523 | -dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_mesh_node.o m_ncdf_io.o |
2524 | -dhscf.o: m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_rhog.o m_spin.o |
2525 | -dhscf.o: m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o m_ts_options.o m_ts_tdir.o |
2526 | -dhscf.o: m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o moremeshsubs.o parallel.o |
2527 | -dhscf.o: parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o siesta_options.o sys.o units.o |
2528 | -dhscf.o: vmat.o |
2529 | +dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_iotddft.o m_mesh_node.o |
2530 | +dhscf.o: m_ncdf_io.o m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_poisson_fdf.o |
2531 | +dhscf.o: m_poisson_switch.o m_rhog.o m_spin.o m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o |
2532 | +dhscf.o: m_ts_options.o m_ts_tdir.o m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o |
2533 | +dhscf.o: moremeshsubs.o parallel.o parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o |
2534 | +dhscf.o: siesta_options.o sys.o units.o vmat.o |
2535 | diag2g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
2536 | diag2k.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
2537 | diag3g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
2538 | @@ -217,7 +219,7 @@ |
2539 | domain_decom.o: sparse_matrices.o sys.o |
2540 | doping_uniform.o: alloc.o m_ntm.o mesh.o parallel.o precision.o sys.o |
2541 | dynamics.o: alloc.o atomlist.o files.o ioxv.o m_mpi_utils.o parallel.o |
2542 | -dynamics.o: precision.o sys.o units.o |
2543 | +dynamics.o: precision.o siesta_options.o sys.o units.o |
2544 | egandd.o: alloc.o denmat.o ener3.o globalise.o gradient.o on_subs.o onmod.o |
2545 | egandd.o: onmod.o precision.o sys.o |
2546 | eggbox.o: parallel.o precision.o |
2547 | @@ -226,6 +228,10 @@ |
2548 | elpa2.o: elpa1.o |
2549 | ener3.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o |
2550 | ener3lomem.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o |
2551 | +evolg.o: alloc.o m_eo.o m_matswinvers.o m_steps.o parallel.o parallelsubs.o |
2552 | +evolg.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o wavefunctions.o |
2553 | +evolk.o: m_diagon_opt.o m_matswinvers.o parallel.o precision.o siesta_options.o |
2554 | +evolk.o: sys.o wavefunctions.o |
2555 | extrapolateSpData2D.o: class_Data2D.o class_OrbitalDistribution.o |
2556 | extrapolateSpData2D.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o |
2557 | extrapolon.o: parallel.o precision.o sys.o |
2558 | @@ -266,9 +272,9 @@ |
2559 | initatom.o: atmparams.o atom.o atom_options.o basis_io.o basis_specs.o |
2560 | initatom.o: basis_types.o chemical.o electrostatic.o ldau_specs.o m_spin.o |
2561 | initatom.o: old_atmfuncs.o precision.o pseudopotential.o |
2562 | -initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o parallel.o |
2563 | -initparallel.o: parallelsubs.o precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o |
2564 | -initparallel.o: spatial.o sys.o |
2565 | +initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o |
2566 | +initparallel.o: m_poisson_fdf.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
2567 | +initparallel.o: siesta_options.o sparse_matrices.o spatial.o sys.o |
2568 | io.o: sys.o |
2569 | iocg.o: files.o precision.o sys.o |
2570 | iodm.o: alloc.o files.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
2571 | @@ -327,7 +333,9 @@ |
2572 | m_efield.o: siesta_geom.o sys.o units.o |
2573 | m_energies.o: precision.o |
2574 | m_eo.o: precision.o |
2575 | +m_evolve.o: alloc.o m_memory.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
2576 | m_exp_coord.o: files.o m_os.o parallel.o precision.o units.o |
2577 | +m_fastconv_dims.o: precision.o |
2578 | m_filter.o: bessph.o precision.o radfft.o sorting.o sys.o |
2579 | m_fire.o: parallel.o precision.o |
2580 | m_fire_mixing.o: alloc.o m_fire_para.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o |
2581 | @@ -349,10 +357,14 @@ |
2582 | m_hs_matrix.o: alloc.o cellsubs.o geom_helper.o precision.o sys.o |
2583 | m_hsx.o: atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o files.o parallel.o parallelsubs.o |
2584 | m_hsx.o: precision.o siesta_geom.o sys.o |
2585 | +m_initwf.o: alloc.o densematrix.o fermid.o m_diagon_opt.o m_eo.o m_memory.o |
2586 | +m_initwf.o: parallel.o parallelsubs.o precision.o sparse_matrices.o sys.o |
2587 | +m_initwf.o: wavefunctions.o |
2588 | m_integrate.o: precision.o |
2589 | m_io.o: sys.o |
2590 | m_io_s.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o class_SpData2D.o |
2591 | m_io_s.o: class_Sparsity.o parallel.o precision.o |
2592 | +m_iodipol.o: files.o m_dipol.o m_steps.o |
2593 | m_iodm.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o class_Sparsity.o |
2594 | m_iodm.o: m_io_s.o parallel.o |
2595 | m_iodm_old.o: alloc.o files.o m_matio.o m_mpi_utils.o parallel.o parallelsubs.o |
2596 | @@ -360,9 +372,13 @@ |
2597 | m_iorho.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
2598 | m_iostruct.o: alloc.o files.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o |
2599 | m_iostruct.o: siesta_geom.o sys.o units.o |
2600 | +m_iotddft.o: files.o m_dipol.o m_steps.o parallel.o siesta_options.o |
2601 | +m_iotddft.o: wavefunctions.o |
2602 | m_kinetic.o: precision.o |
2603 | m_mat_invert.o: intrinsic_missing.o m_pivot_array.o precision.o |
2604 | +m_matdiag.o: precision.o |
2605 | m_matio.o: alloc.o parallel.o |
2606 | +m_matswinvers.o: precision.o |
2607 | m_memory.o: memoryinfo.o parallel.o sys.o |
2608 | m_mesh_node.o: intrinsic_missing.o parallel.o precision.o |
2609 | m_mixing.o: class_Data1D.o class_Fstack_Data1D.o parallel.o precision.o |
2610 | @@ -410,6 +426,15 @@ |
2611 | m_planewavematrix.o: atomlist.o dhscf.o m_planewavematrixvar.o precision.o |
2612 | m_planewavematrix.o: siesta_geom.o sparse_matrices.o |
2613 | m_planewavematrixvar.o: precision.o |
2614 | +m_plot_1d_arr3d.o: precision.o |
2615 | +m_poisson_fdf.o: m_char.o precision.o |
2616 | +m_poisson_obc_comm.o: atm_types.o atmfuncs.o m_mpi_stop.o parallel.o |
2617 | +m_poisson_obc_comm.o: precision.o siesta_geom.o sys.o |
2618 | +m_poisson_obc_fastconv.o: cellsubs.o m_mpi_stop.o m_poisson_obc_fastconv_r2c.o |
2619 | +m_poisson_obc_fastconv.o: parallel.o precision.o sys.o |
2620 | +m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: cellsubs.o m_fastconv_dims.o m_plot_1d_arr3d.o |
2621 | +m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: m_poisson_obc_comm.o precision.o sys.o |
2622 | +m_poisson_switch.o: m_poisson_obc_fastconv.o precision.o sys.o |
2623 | m_pulay.o: alloc.o atomlist.o m_mpi_utils.o m_spin.o m_svd.o parallel.o |
2624 | m_pulay.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o |
2625 | m_redist_spmatrix.o: alloc.o class_Distribution.o |
2626 | @@ -425,7 +450,8 @@ |
2627 | m_sparsity_handling.o: class_Data1D.o class_Data2D.o |
2628 | m_sparsity_handling.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o |
2629 | m_sparsity_handling.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o geom_helper.o |
2630 | -m_sparsity_handling.o: m_interpolate.o m_region.o precision.o |
2631 | +m_sparsity_handling.o: intrinsic_missing.o m_interpolate.o m_region.o |
2632 | +m_sparsity_handling.o: precision.o |
2633 | m_spin.o: alloc.o parallel.o precision.o sys.o units.o |
2634 | m_stress.o: precision.o |
2635 | m_supercell.o: atom_graph.o class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o |
2636 | @@ -537,9 +563,10 @@ |
2637 | m_ts_options.o: m_ts_hartree.o m_ts_method.o m_ts_mumps_init.o m_ts_tdir.o |
2638 | m_ts_options.o: m_ts_weight.o parallel.o precision.o siesta_options.o units.o |
2639 | m_ts_pivot.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o |
2640 | -m_ts_pivot.o: create_Sparsity_SC.o create_Sparsity_Union.o intrinsic_missing.o |
2641 | -m_ts_pivot.o: m_char.o m_pivot.o m_region.o m_sparsity_handling.o m_ts_debug.o |
2642 | -m_ts_pivot.o: m_ts_electype.o parallel.o precision.o |
2643 | +m_ts_pivot.o: create_Sparsity_SC.o create_Sparsity_Union.o geom_helper.o |
2644 | +m_ts_pivot.o: intrinsic_missing.o m_char.o m_pivot.o m_region.o |
2645 | +m_ts_pivot.o: m_sparsity_handling.o m_ts_debug.o m_ts_electype.o parallel.o |
2646 | +m_ts_pivot.o: precision.o |
2647 | m_ts_rgn2trimat.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o |
2648 | m_ts_rgn2trimat.o: create_Sparsity_Union.o geom_helper.o m_region.o |
2649 | m_ts_rgn2trimat.o: m_ts_electype.o m_ts_method.o m_ts_tri_common.o parallel.o |
2650 | @@ -682,8 +709,8 @@ |
2651 | rdiag.o: alloc.o m_diagon_opt.o memoryinfo.o parallel.o precision.o sys.o |
2652 | rdiag_elpa.o: alloc.o elpa1.o elpa2.o parallel.o precision.o sys.o |
2653 | rdiag_mrrr.o: alloc.o parallel.o precision.o sys.o |
2654 | -read_options.o: files.o m_charge_add.o m_hartree_add.o m_mixing_scf.o m_spin.o |
2655 | -read_options.o: m_target_stress.o memoryinfo.o parallel.o precision.o |
2656 | +read_options.o: files.o m_charge_add.o m_cite.o m_hartree_add.o m_mixing_scf.o |
2657 | +read_options.o: m_spin.o m_target_stress.o memoryinfo.o parallel.o precision.o |
2658 | read_options.o: siesta_cml.o siesta_options.o sys.o units.o |
2659 | read_xc_info.o: parallel.o precision.o sys.o |
2660 | readsp.o: parallel.o precision.o sys.o |
2661 | @@ -750,30 +777,32 @@ |
2662 | siesta_end.o: meshdscf.o meshphi.o moremeshsubs.o parallel.o siesta_cml.o |
2663 | siesta_end.o: siesta_cmlsubs.o siesta_master.o siesta_options.o |
2664 | siesta_end.o: sparse_matrices.o timestamp.o |
2665 | -siesta_forces.o: atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o compute_dm.o |
2666 | -siesta_forces.o: compute_energies.o compute_max_diff.o files.o |
2667 | -siesta_forces.o: final_H_f_stress.o flook_siesta.o kpoint_grid.o |
2668 | -siesta_forces.o: m_convergence.o m_energies.o m_forces.o m_iodm_old.o |
2669 | -siesta_forces.o: m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o m_ncdf_siesta.o |
2670 | -siesta_forces.o: m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o m_steps.o |
2671 | -siesta_forces.o: m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o m_ts_electype.o |
2672 | -siesta_forces.o: m_ts_global_vars.o m_ts_method.o m_ts_options.o mixer.o |
2673 | -siesta_forces.o: parallel.o post_scf_work.o precision.o save_density_matrix.o |
2674 | -siesta_forces.o: scfconvergence_test.o setup_H0.o setup_hamiltonian.o |
2675 | -siesta_forces.o: siesta_cml.o siesta_dicts.o siesta_geom.o siesta_master.o |
2676 | -siesta_forces.o: siesta_options.o sparse_matrices.o state_analysis.o |
2677 | -siesta_forces.o: state_init.o sys.o units.o write_subs.o |
2678 | +siesta_forces.o: alloc.o atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o |
2679 | +siesta_forces.o: compute_dm.o compute_energies.o compute_max_diff.o |
2680 | +siesta_forces.o: densematrix.o files.o final_H_f_stress.o flook_siesta.o |
2681 | +siesta_forces.o: kpoint_grid.o m_convergence.o m_energies.o m_eo.o m_evolve.o |
2682 | +siesta_forces.o: m_forces.o m_gamma.o m_initwf.o m_iodm.o m_iodm_old.o |
2683 | +siesta_forces.o: m_iotddft.o m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o |
2684 | +siesta_forces.o: m_ncdf_siesta.o m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o |
2685 | +siesta_forces.o: m_steps.o m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o |
2686 | +siesta_forces.o: m_ts_electype.o m_ts_global_vars.o m_ts_method.o |
2687 | +siesta_forces.o: m_ts_options.o mixer.o overfsm.o parallel.o post_scf_work.o |
2688 | +siesta_forces.o: precision.o save_density_matrix.o scfconvergence_test.o |
2689 | +siesta_forces.o: setup_H0.o setup_hamiltonian.o siesta_cml.o siesta_dicts.o |
2690 | +siesta_forces.o: siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o |
2691 | +siesta_forces.o: sparse_matrices.o state_analysis.o state_init.o sys.o units.o |
2692 | +siesta_forces.o: wavefunctions.o write_subs.o |
2693 | siesta_geom.o: precision.o |
2694 | siesta_init.o: alloc.o atomlist.o bands.o bsc_xcmod.o |
2695 | siesta_init.o: class_Fstack_Pair_Geometry_SpData2D.o densematrix.o files.o |
2696 | siesta_init.o: flook_siesta.o ioxv.o kpoint_grid.o kpoint_pdos.o ksvinit.o |
2697 | siesta_init.o: m_cite.o m_energies.o m_eo.o m_fixed.o m_forces.o m_gamma.o |
2698 | -siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_rmaxh.o m_spin.o |
2699 | -siesta_init.o: m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o metaforce.o |
2700 | -siesta_init.o: molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o parallelsubs.o |
2701 | -siesta_init.o: projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o siesta_geom.o |
2702 | -siesta_init.o: siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o sys.o timer.o |
2703 | -siesta_init.o: timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o |
2704 | +siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_poisson_fdf.o m_rmaxh.o |
2705 | +siesta_init.o: m_spin.o m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o |
2706 | +siesta_init.o: metaforce.o molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o |
2707 | +siesta_init.o: parallelsubs.o projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o |
2708 | +siesta_init.o: siesta_geom.o siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o |
2709 | +siesta_init.o: sys.o timer.o timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o |
2710 | siesta_master.o: iopipes.o iosockets.o precision.o sys.o |
2711 | siesta_move.o: atomlist.o broyden_optim.o cell_broyden_optim.o |
2712 | siesta_move.o: cell_fire_optim.o dynamics.o fire_optim.o flook_siesta.o ioxv.o |
2713 | @@ -805,18 +834,17 @@ |
2714 | state_init.o: proximity_check.o siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_options.o |
2715 | state_init.o: sparse_matrices.o sys.o units.o write_subs.o zmatrix.o |
2716 | struct_init.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o files.o ioxv.o m_exp_coord.o |
2717 | -struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_steps.o parallel.o periodic_table.o |
2718 | -struct_init.o: siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o |
2719 | -struct_init.o: units.o zmatrix.o |
2720 | +struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_poisson_fdf.o m_poisson_obc_comm.o |
2721 | +struct_init.o: m_steps.o parallel.o periodic_table.o siesta_cml.o siesta_geom.o |
2722 | +struct_init.o: siesta_master.o siesta_options.o units.o zmatrix.o |
2723 | sys.o: parallel.o |
2724 | timer.o: extrae_eventllist.o extrae_module.o m_timer.o parallel.o sys.o |
2725 | timer.o: timer_tree.o |
2726 | timer_tree.o: m_walltime.o |
2727 | transition_rate.o: alloc.o fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
2728 | -ts_init.o: m_cite.o m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o |
2729 | -ts_init.o: m_ts_electrode.o m_ts_electype.o m_ts_gf.o m_ts_global_vars.o |
2730 | -ts_init.o: m_ts_kpoints.o m_ts_method.o m_ts_options.o parallel.o |
2731 | -ts_init.o: siesta_options.o |
2732 | +ts_init.o: m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o m_ts_electrode.o |
2733 | +ts_init.o: m_ts_electype.o m_ts_gf.o m_ts_global_vars.o m_ts_kpoints.o |
2734 | +ts_init.o: m_ts_method.o m_ts_options.o parallel.o siesta_options.o |
2735 | ts_show_regions.o: m_region.o m_ts_electype.o m_ts_method.o parallel.o |
2736 | ts_show_regions.o: precision.o units.o |
2737 | typecell.o: precision.o |
2738 | @@ -828,6 +856,7 @@ |
2739 | vmatsp.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o mesh.o meshdscf.o |
2740 | vmatsp.o: meshphi.o precision.o |
2741 | vmb.o: m_fixed.o parallel.o precision.o sys.o |
2742 | +wavefunctions.o: parallel.o precision.o |
2743 | write_inp_wannier.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o m_ntm.o m_orderbands.o |
2744 | write_inp_wannier.o: mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
2745 | write_inp_wannier.o: siesta2wannier90.o siesta_geom.o |
2746 | @@ -945,6 +974,7 @@ |
2747 | m_ksv.o: ksv.o |
2748 | m_ksvinit.o: ksvinit.o |
2749 | m_ldau.o: ldau.o |
2750 | +m_linpack.o: linpack.o |
2751 | m_local_dos.o: local_DOS.o |
2752 | m_matel_registry.o: matel_registry.o |
2753 | m_minvec.o: minvec.o |
2754 | @@ -989,6 +1019,8 @@ |
2755 | m_vmat.o: vmat.o |
2756 | m_zm_broyden_optim.o: zm_broyden_optim.o |
2757 | m_zm_fire_optim.o: zm_fire_optim.o |
2758 | +matdiagon.o: m_matdiag.o |
2759 | +matswinversion.o: m_matswinvers.o |
2760 | mtprng.o: m_uuid.o |
2761 | neighbour.o: mneighb.o |
2762 | on_core.o: onmod.o |
2763 | |
2764 | === modified file 'Util/TS/tshs2tshs/Makefile' |
2765 | --- Util/TS/tshs2tshs/Makefile 2016-08-30 14:02:33 +0000 |
2766 | +++ Util/TS/tshs2tshs/Makefile 2016-11-22 08:16:45 +0000 |
2767 | @@ -169,7 +169,7 @@ |
2768 | bsc_cellxc.o: alloc.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o mesh.o moremeshsubs.o parallel.o |
2769 | bsc_cellxc.o: parallelsubs.o precision.o sys.o |
2770 | bsc_xcmod.o: parallel.o precision.o sys.o |
2771 | -cart2frac.o: sys.o |
2772 | +cart2frac.o: precision.o sys.o |
2773 | cdiag.o: alloc.o m_diagon_opt.o memoryinfo.o parallel.o precision.o sys.o |
2774 | cell_broyden_optim.o: m_broyddj_nocomm.o parallel.o precision.o sys.o units.o |
2775 | cell_broyden_optim.o: zmatrix.o |
2776 | @@ -181,6 +181,8 @@ |
2777 | cgvc_zmatrix.o: alloc.o conjgr.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o sys.o |
2778 | cgvc_zmatrix.o: units.o zmatrix.o |
2779 | cgwf.o: egandd.o onmod.o parallel.o precision.o sys.o |
2780 | +changebasis.o: alloc.o m_matdiag.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
2781 | +changebasis.o: sparse_matrices.o sys.o wavefunctions.o |
2782 | chemical.o: parallel.o precision.o sys.o |
2783 | chempot.o: alloc.o mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
2784 | chkdim.o: sys.o |
2785 | @@ -237,17 +239,17 @@ |
2786 | denmat.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o |
2787 | denmatlomem.o: alloc.o globalise.o onmod.o precision.o |
2788 | densematrix.o: alloc.o precision.o |
2789 | -detover.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
2790 | +detover.o: alloc.o linpack.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
2791 | dfscf.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o m_spin.o mesh.o |
2792 | dfscf.o: meshdscf.o meshphi.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
2793 | dhscf.o: alloc.o atmfuncs.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o delk.o dfscf.o |
2794 | dhscf.o: doping_uniform.o files.o forhar.o iogrid_netcdf.o m_charge_add.o |
2795 | -dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_mesh_node.o m_ncdf_io.o |
2796 | -dhscf.o: m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_rhog.o m_spin.o |
2797 | -dhscf.o: m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o m_ts_options.o m_ts_tdir.o |
2798 | -dhscf.o: m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o moremeshsubs.o parallel.o |
2799 | -dhscf.o: parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o siesta_options.o sys.o units.o |
2800 | -dhscf.o: vmat.o |
2801 | +dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_iotddft.o m_mesh_node.o |
2802 | +dhscf.o: m_ncdf_io.o m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_poisson_fdf.o |
2803 | +dhscf.o: m_poisson_switch.o m_rhog.o m_spin.o m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o |
2804 | +dhscf.o: m_ts_options.o m_ts_tdir.o m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o |
2805 | +dhscf.o: moremeshsubs.o parallel.o parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o |
2806 | +dhscf.o: siesta_options.o sys.o units.o vmat.o |
2807 | diag2g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
2808 | diag2k.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
2809 | diag3g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
2810 | @@ -275,7 +277,7 @@ |
2811 | domain_decom.o: sparse_matrices.o sys.o |
2812 | doping_uniform.o: alloc.o m_ntm.o mesh.o parallel.o precision.o sys.o |
2813 | dynamics.o: alloc.o atomlist.o files.o ioxv.o m_mpi_utils.o parallel.o |
2814 | -dynamics.o: precision.o sys.o units.o |
2815 | +dynamics.o: precision.o siesta_options.o sys.o units.o |
2816 | egandd.o: alloc.o denmat.o ener3.o globalise.o gradient.o on_subs.o onmod.o |
2817 | egandd.o: onmod.o precision.o sys.o |
2818 | eggbox.o: parallel.o precision.o |
2819 | @@ -284,6 +286,10 @@ |
2820 | elpa2.o: elpa1.o |
2821 | ener3.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o |
2822 | ener3lomem.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o |
2823 | +evolg.o: alloc.o m_eo.o m_matswinvers.o m_steps.o parallel.o parallelsubs.o |
2824 | +evolg.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o wavefunctions.o |
2825 | +evolk.o: m_diagon_opt.o m_matswinvers.o parallel.o precision.o siesta_options.o |
2826 | +evolk.o: sys.o wavefunctions.o |
2827 | extrapolateSpData2D.o: class_Data2D.o class_OrbitalDistribution.o |
2828 | extrapolateSpData2D.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o |
2829 | extrapolon.o: parallel.o precision.o sys.o |
2830 | @@ -324,9 +330,9 @@ |
2831 | initatom.o: atmparams.o atom.o atom_options.o basis_io.o basis_specs.o |
2832 | initatom.o: basis_types.o chemical.o electrostatic.o ldau_specs.o m_spin.o |
2833 | initatom.o: old_atmfuncs.o precision.o pseudopotential.o |
2834 | -initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o parallel.o |
2835 | -initparallel.o: parallelsubs.o precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o |
2836 | -initparallel.o: spatial.o sys.o |
2837 | +initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o |
2838 | +initparallel.o: m_poisson_fdf.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
2839 | +initparallel.o: siesta_options.o sparse_matrices.o spatial.o sys.o |
2840 | io.o: sys.o |
2841 | iocg.o: files.o precision.o sys.o |
2842 | iodm.o: alloc.o files.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
2843 | @@ -385,7 +391,9 @@ |
2844 | m_efield.o: siesta_geom.o sys.o units.o |
2845 | m_energies.o: precision.o |
2846 | m_eo.o: precision.o |
2847 | +m_evolve.o: alloc.o m_memory.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
2848 | m_exp_coord.o: files.o m_os.o parallel.o precision.o units.o |
2849 | +m_fastconv_dims.o: precision.o |
2850 | m_filter.o: bessph.o precision.o radfft.o sorting.o sys.o |
2851 | m_fire.o: parallel.o precision.o |
2852 | m_fire_mixing.o: alloc.o m_fire_para.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o |
2853 | @@ -407,10 +415,14 @@ |
2854 | m_hs_matrix.o: alloc.o cellsubs.o geom_helper.o precision.o sys.o |
2855 | m_hsx.o: atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o files.o parallel.o parallelsubs.o |
2856 | m_hsx.o: precision.o siesta_geom.o sys.o |
2857 | +m_initwf.o: alloc.o densematrix.o fermid.o m_diagon_opt.o m_eo.o m_memory.o |
2858 | +m_initwf.o: parallel.o parallelsubs.o precision.o sparse_matrices.o sys.o |
2859 | +m_initwf.o: wavefunctions.o |
2860 | m_integrate.o: precision.o |
2861 | m_io.o: sys.o |
2862 | m_io_s.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o class_SpData2D.o |
2863 | m_io_s.o: class_Sparsity.o parallel.o precision.o |
2864 | +m_iodipol.o: files.o m_dipol.o m_steps.o |
2865 | m_iodm.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o class_Sparsity.o |
2866 | m_iodm.o: m_io_s.o parallel.o |
2867 | m_iodm_old.o: alloc.o files.o m_matio.o m_mpi_utils.o parallel.o parallelsubs.o |
2868 | @@ -418,9 +430,13 @@ |
2869 | m_iorho.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
2870 | m_iostruct.o: alloc.o files.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o |
2871 | m_iostruct.o: siesta_geom.o sys.o units.o |
2872 | +m_iotddft.o: files.o m_dipol.o m_steps.o parallel.o siesta_options.o |
2873 | +m_iotddft.o: wavefunctions.o |
2874 | m_kinetic.o: precision.o |
2875 | m_mat_invert.o: intrinsic_missing.o m_pivot_array.o precision.o |
2876 | +m_matdiag.o: precision.o |
2877 | m_matio.o: alloc.o parallel.o |
2878 | +m_matswinvers.o: precision.o |
2879 | m_memory.o: memoryinfo.o parallel.o sys.o |
2880 | m_mesh_node.o: intrinsic_missing.o parallel.o precision.o |
2881 | m_mixing.o: class_Data1D.o class_Fstack_Data1D.o parallel.o precision.o |
2882 | @@ -468,6 +484,15 @@ |
2883 | m_planewavematrix.o: atomlist.o dhscf.o m_planewavematrixvar.o precision.o |
2884 | m_planewavematrix.o: siesta_geom.o sparse_matrices.o |
2885 | m_planewavematrixvar.o: precision.o |
2886 | +m_plot_1d_arr3d.o: precision.o |
2887 | +m_poisson_fdf.o: m_char.o precision.o |
2888 | +m_poisson_obc_comm.o: atm_types.o atmfuncs.o m_mpi_stop.o parallel.o |
2889 | +m_poisson_obc_comm.o: precision.o siesta_geom.o sys.o |
2890 | +m_poisson_obc_fastconv.o: cellsubs.o m_mpi_stop.o m_poisson_obc_fastconv_r2c.o |
2891 | +m_poisson_obc_fastconv.o: parallel.o precision.o sys.o |
2892 | +m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: cellsubs.o m_fastconv_dims.o m_plot_1d_arr3d.o |
2893 | +m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: m_poisson_obc_comm.o precision.o sys.o |
2894 | +m_poisson_switch.o: m_poisson_obc_fastconv.o precision.o sys.o |
2895 | m_pulay.o: alloc.o atomlist.o m_mpi_utils.o m_spin.o m_svd.o parallel.o |
2896 | m_pulay.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o |
2897 | m_redist_spmatrix.o: alloc.o class_Distribution.o |
2898 | @@ -483,7 +508,8 @@ |
2899 | m_sparsity_handling.o: class_Data1D.o class_Data2D.o |
2900 | m_sparsity_handling.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o |
2901 | m_sparsity_handling.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o geom_helper.o |
2902 | -m_sparsity_handling.o: m_interpolate.o m_region.o precision.o |
2903 | +m_sparsity_handling.o: intrinsic_missing.o m_interpolate.o m_region.o |
2904 | +m_sparsity_handling.o: precision.o |
2905 | m_spin.o: alloc.o parallel.o precision.o sys.o units.o |
2906 | m_stress.o: precision.o |
2907 | m_supercell.o: atom_graph.o class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o |
2908 | @@ -595,9 +621,10 @@ |
2909 | m_ts_options.o: m_ts_hartree.o m_ts_method.o m_ts_mumps_init.o m_ts_tdir.o |
2910 | m_ts_options.o: m_ts_weight.o parallel.o precision.o siesta_options.o units.o |
2911 | m_ts_pivot.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o |
2912 | -m_ts_pivot.o: create_Sparsity_SC.o create_Sparsity_Union.o intrinsic_missing.o |
2913 | -m_ts_pivot.o: m_char.o m_pivot.o m_region.o m_sparsity_handling.o m_ts_debug.o |
2914 | -m_ts_pivot.o: m_ts_electype.o parallel.o precision.o |
2915 | +m_ts_pivot.o: create_Sparsity_SC.o create_Sparsity_Union.o geom_helper.o |
2916 | +m_ts_pivot.o: intrinsic_missing.o m_char.o m_pivot.o m_region.o |
2917 | +m_ts_pivot.o: m_sparsity_handling.o m_ts_debug.o m_ts_electype.o parallel.o |
2918 | +m_ts_pivot.o: precision.o |
2919 | m_ts_rgn2trimat.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o |
2920 | m_ts_rgn2trimat.o: create_Sparsity_Union.o geom_helper.o m_region.o |
2921 | m_ts_rgn2trimat.o: m_ts_electype.o m_ts_method.o m_ts_tri_common.o parallel.o |
2922 | @@ -740,8 +767,8 @@ |
2923 | rdiag.o: alloc.o m_diagon_opt.o memoryinfo.o parallel.o precision.o sys.o |
2924 | rdiag_elpa.o: alloc.o elpa1.o elpa2.o parallel.o precision.o sys.o |
2925 | rdiag_mrrr.o: alloc.o parallel.o precision.o sys.o |
2926 | -read_options.o: files.o m_charge_add.o m_hartree_add.o m_mixing_scf.o m_spin.o |
2927 | -read_options.o: m_target_stress.o memoryinfo.o parallel.o precision.o |
2928 | +read_options.o: files.o m_charge_add.o m_cite.o m_hartree_add.o m_mixing_scf.o |
2929 | +read_options.o: m_spin.o m_target_stress.o memoryinfo.o parallel.o precision.o |
2930 | read_options.o: siesta_cml.o siesta_options.o sys.o units.o |
2931 | read_xc_info.o: parallel.o precision.o sys.o |
2932 | readsp.o: parallel.o precision.o sys.o |
2933 | @@ -808,30 +835,32 @@ |
2934 | siesta_end.o: meshdscf.o meshphi.o moremeshsubs.o parallel.o siesta_cml.o |
2935 | siesta_end.o: siesta_cmlsubs.o siesta_master.o siesta_options.o |
2936 | siesta_end.o: sparse_matrices.o timestamp.o |
2937 | -siesta_forces.o: atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o compute_dm.o |
2938 | -siesta_forces.o: compute_energies.o compute_max_diff.o files.o |
2939 | -siesta_forces.o: final_H_f_stress.o flook_siesta.o kpoint_grid.o |
2940 | -siesta_forces.o: m_convergence.o m_energies.o m_forces.o m_iodm_old.o |
2941 | -siesta_forces.o: m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o m_ncdf_siesta.o |
2942 | -siesta_forces.o: m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o m_steps.o |
2943 | -siesta_forces.o: m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o m_ts_electype.o |
2944 | -siesta_forces.o: m_ts_global_vars.o m_ts_method.o m_ts_options.o mixer.o |
2945 | -siesta_forces.o: parallel.o post_scf_work.o precision.o save_density_matrix.o |
2946 | -siesta_forces.o: scfconvergence_test.o setup_H0.o setup_hamiltonian.o |
2947 | -siesta_forces.o: siesta_cml.o siesta_dicts.o siesta_geom.o siesta_master.o |
2948 | -siesta_forces.o: siesta_options.o sparse_matrices.o state_analysis.o |
2949 | -siesta_forces.o: state_init.o sys.o units.o write_subs.o |
2950 | +siesta_forces.o: alloc.o atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o |
2951 | +siesta_forces.o: compute_dm.o compute_energies.o compute_max_diff.o |
2952 | +siesta_forces.o: densematrix.o files.o final_H_f_stress.o flook_siesta.o |
2953 | +siesta_forces.o: kpoint_grid.o m_convergence.o m_energies.o m_eo.o m_evolve.o |
2954 | +siesta_forces.o: m_forces.o m_gamma.o m_initwf.o m_iodm.o m_iodm_old.o |
2955 | +siesta_forces.o: m_iotddft.o m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o |
2956 | +siesta_forces.o: m_ncdf_siesta.o m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o |
2957 | +siesta_forces.o: m_steps.o m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o |
2958 | +siesta_forces.o: m_ts_electype.o m_ts_global_vars.o m_ts_method.o |
2959 | +siesta_forces.o: m_ts_options.o mixer.o overfsm.o parallel.o post_scf_work.o |
2960 | +siesta_forces.o: precision.o save_density_matrix.o scfconvergence_test.o |
2961 | +siesta_forces.o: setup_H0.o setup_hamiltonian.o siesta_cml.o siesta_dicts.o |
2962 | +siesta_forces.o: siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o |
2963 | +siesta_forces.o: sparse_matrices.o state_analysis.o state_init.o sys.o units.o |
2964 | +siesta_forces.o: wavefunctions.o write_subs.o |
2965 | siesta_geom.o: precision.o |
2966 | siesta_init.o: alloc.o atomlist.o bands.o bsc_xcmod.o |
2967 | siesta_init.o: class_Fstack_Pair_Geometry_SpData2D.o densematrix.o files.o |
2968 | siesta_init.o: flook_siesta.o ioxv.o kpoint_grid.o kpoint_pdos.o ksvinit.o |
2969 | siesta_init.o: m_cite.o m_energies.o m_eo.o m_fixed.o m_forces.o m_gamma.o |
2970 | -siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_rmaxh.o m_spin.o |
2971 | -siesta_init.o: m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o metaforce.o |
2972 | -siesta_init.o: molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o parallelsubs.o |
2973 | -siesta_init.o: projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o siesta_geom.o |
2974 | -siesta_init.o: siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o sys.o timer.o |
2975 | -siesta_init.o: timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o |
2976 | +siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_poisson_fdf.o m_rmaxh.o |
2977 | +siesta_init.o: m_spin.o m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o |
2978 | +siesta_init.o: metaforce.o molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o |
2979 | +siesta_init.o: parallelsubs.o projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o |
2980 | +siesta_init.o: siesta_geom.o siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o |
2981 | +siesta_init.o: sys.o timer.o timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o |
2982 | siesta_master.o: iopipes.o iosockets.o precision.o sys.o |
2983 | siesta_move.o: atomlist.o broyden_optim.o cell_broyden_optim.o |
2984 | siesta_move.o: cell_fire_optim.o dynamics.o fire_optim.o flook_siesta.o ioxv.o |
2985 | @@ -863,18 +892,17 @@ |
2986 | state_init.o: proximity_check.o siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_options.o |
2987 | state_init.o: sparse_matrices.o sys.o units.o write_subs.o zmatrix.o |
2988 | struct_init.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o files.o ioxv.o m_exp_coord.o |
2989 | -struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_steps.o parallel.o periodic_table.o |
2990 | -struct_init.o: siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o |
2991 | -struct_init.o: units.o zmatrix.o |
2992 | +struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_poisson_fdf.o m_poisson_obc_comm.o |
2993 | +struct_init.o: m_steps.o parallel.o periodic_table.o siesta_cml.o siesta_geom.o |
2994 | +struct_init.o: siesta_master.o siesta_options.o units.o zmatrix.o |
2995 | sys.o: parallel.o |
2996 | timer.o: extrae_eventllist.o extrae_module.o m_timer.o parallel.o sys.o |
2997 | timer.o: timer_tree.o |
2998 | timer_tree.o: m_walltime.o |
2999 | transition_rate.o: alloc.o fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
3000 | -ts_init.o: m_cite.o m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o |
3001 | -ts_init.o: m_ts_electrode.o m_ts_electype.o m_ts_gf.o m_ts_global_vars.o |
3002 | -ts_init.o: m_ts_kpoints.o m_ts_method.o m_ts_options.o parallel.o |
3003 | -ts_init.o: siesta_options.o |
3004 | +ts_init.o: m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o m_ts_electrode.o |
3005 | +ts_init.o: m_ts_electype.o m_ts_gf.o m_ts_global_vars.o m_ts_kpoints.o |
3006 | +ts_init.o: m_ts_method.o m_ts_options.o parallel.o siesta_options.o |
3007 | ts_show_regions.o: m_region.o m_ts_electype.o m_ts_method.o parallel.o |
3008 | ts_show_regions.o: precision.o units.o |
3009 | typecell.o: precision.o |
3010 | @@ -886,6 +914,7 @@ |
3011 | vmatsp.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o mesh.o meshdscf.o |
3012 | vmatsp.o: meshphi.o precision.o |
3013 | vmb.o: m_fixed.o parallel.o precision.o sys.o |
3014 | +wavefunctions.o: parallel.o precision.o |
3015 | write_inp_wannier.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o m_ntm.o m_orderbands.o |
3016 | write_inp_wannier.o: mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
3017 | write_inp_wannier.o: siesta2wannier90.o siesta_geom.o |
3018 | @@ -1007,6 +1036,7 @@ |
3019 | m_ksv.o: ksv.o |
3020 | m_ksvinit.o: ksvinit.o |
3021 | m_ldau.o: ldau.o |
3022 | +m_linpack.o: linpack.o |
3023 | m_local_dos.o: local_DOS.o |
3024 | m_matel_registry.o: matel_registry.o |
3025 | m_minvec.o: minvec.o |
3026 | @@ -1051,6 +1081,8 @@ |
3027 | m_vmat.o: vmat.o |
3028 | m_zm_broyden_optim.o: zm_broyden_optim.o |
3029 | m_zm_fire_optim.o: zm_fire_optim.o |
3030 | +matdiagon.o: m_matdiag.o |
3031 | +matswinversion.o: m_matswinvers.o |
3032 | mtprng.o: m_uuid.o |
3033 | neighbour.o: mneighb.o |
3034 | on_core.o: onmod.o |
3035 | |
3036 | === modified file 'Util/VCA/Makefile' |
3037 | --- Util/VCA/Makefile 2016-08-30 14:02:33 +0000 |
3038 | +++ Util/VCA/Makefile 2016-11-22 08:16:45 +0000 |
3039 | @@ -142,7 +142,7 @@ |
3040 | bsc_cellxc.o: alloc.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o mesh.o moremeshsubs.o parallel.o |
3041 | bsc_cellxc.o: parallelsubs.o precision.o sys.o |
3042 | bsc_xcmod.o: parallel.o precision.o sys.o |
3043 | -cart2frac.o: sys.o |
3044 | +cart2frac.o: precision.o sys.o |
3045 | cdiag.o: alloc.o m_diagon_opt.o memoryinfo.o parallel.o precision.o sys.o |
3046 | cell_broyden_optim.o: m_broyddj_nocomm.o parallel.o precision.o sys.o units.o |
3047 | cell_broyden_optim.o: zmatrix.o |
3048 | @@ -154,6 +154,8 @@ |
3049 | cgvc_zmatrix.o: alloc.o conjgr.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o sys.o |
3050 | cgvc_zmatrix.o: units.o zmatrix.o |
3051 | cgwf.o: egandd.o onmod.o parallel.o precision.o sys.o |
3052 | +changebasis.o: alloc.o m_matdiag.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
3053 | +changebasis.o: sparse_matrices.o sys.o wavefunctions.o |
3054 | chemical.o: parallel.o precision.o sys.o |
3055 | chempot.o: alloc.o mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
3056 | chkdim.o: sys.o |
3057 | @@ -205,17 +207,17 @@ |
3058 | denmat.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o |
3059 | denmatlomem.o: alloc.o globalise.o onmod.o precision.o |
3060 | densematrix.o: alloc.o precision.o |
3061 | -detover.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
3062 | +detover.o: alloc.o linpack.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
3063 | dfscf.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o m_spin.o mesh.o |
3064 | dfscf.o: meshdscf.o meshphi.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
3065 | dhscf.o: alloc.o atmfuncs.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o delk.o dfscf.o |
3066 | dhscf.o: doping_uniform.o files.o forhar.o iogrid_netcdf.o m_charge_add.o |
3067 | -dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_mesh_node.o m_ncdf_io.o |
3068 | -dhscf.o: m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_rhog.o m_spin.o |
3069 | -dhscf.o: m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o m_ts_options.o m_ts_tdir.o |
3070 | -dhscf.o: m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o moremeshsubs.o parallel.o |
3071 | -dhscf.o: parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o siesta_options.o sys.o units.o |
3072 | -dhscf.o: vmat.o |
3073 | +dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_iotddft.o m_mesh_node.o |
3074 | +dhscf.o: m_ncdf_io.o m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_poisson_fdf.o |
3075 | +dhscf.o: m_poisson_switch.o m_rhog.o m_spin.o m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o |
3076 | +dhscf.o: m_ts_options.o m_ts_tdir.o m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o |
3077 | +dhscf.o: moremeshsubs.o parallel.o parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o |
3078 | +dhscf.o: siesta_options.o sys.o units.o vmat.o |
3079 | diag2g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
3080 | diag2k.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
3081 | diag3g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
3082 | @@ -243,7 +245,7 @@ |
3083 | domain_decom.o: sparse_matrices.o sys.o |
3084 | doping_uniform.o: alloc.o m_ntm.o mesh.o parallel.o precision.o sys.o |
3085 | dynamics.o: alloc.o atomlist.o files.o ioxv.o m_mpi_utils.o parallel.o |
3086 | -dynamics.o: precision.o sys.o units.o |
3087 | +dynamics.o: precision.o siesta_options.o sys.o units.o |
3088 | egandd.o: alloc.o denmat.o ener3.o globalise.o gradient.o on_subs.o onmod.o |
3089 | egandd.o: onmod.o precision.o sys.o |
3090 | eggbox.o: parallel.o precision.o |
3091 | @@ -252,6 +254,10 @@ |
3092 | elpa2.o: elpa1.o |
3093 | ener3.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o |
3094 | ener3lomem.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o |
3095 | +evolg.o: alloc.o m_eo.o m_matswinvers.o m_steps.o parallel.o parallelsubs.o |
3096 | +evolg.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o wavefunctions.o |
3097 | +evolk.o: m_diagon_opt.o m_matswinvers.o parallel.o precision.o siesta_options.o |
3098 | +evolk.o: sys.o wavefunctions.o |
3099 | extrapolateSpData2D.o: class_Data2D.o class_OrbitalDistribution.o |
3100 | extrapolateSpData2D.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o |
3101 | extrapolon.o: parallel.o precision.o sys.o |
3102 | @@ -292,9 +298,9 @@ |
3103 | initatom.o: atmparams.o atom.o atom_options.o basis_io.o basis_specs.o |
3104 | initatom.o: basis_types.o chemical.o electrostatic.o ldau_specs.o m_spin.o |
3105 | initatom.o: old_atmfuncs.o precision.o pseudopotential.o |
3106 | -initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o parallel.o |
3107 | -initparallel.o: parallelsubs.o precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o |
3108 | -initparallel.o: spatial.o sys.o |
3109 | +initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o |
3110 | +initparallel.o: m_poisson_fdf.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
3111 | +initparallel.o: siesta_options.o sparse_matrices.o spatial.o sys.o |
3112 | io.o: sys.o |
3113 | iocg.o: files.o precision.o sys.o |
3114 | iodm.o: alloc.o files.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
3115 | @@ -353,7 +359,9 @@ |
3116 | m_efield.o: siesta_geom.o sys.o units.o |
3117 | m_energies.o: precision.o |
3118 | m_eo.o: precision.o |
3119 | +m_evolve.o: alloc.o m_memory.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
3120 | m_exp_coord.o: files.o m_os.o parallel.o precision.o units.o |
3121 | +m_fastconv_dims.o: precision.o |
3122 | m_filter.o: bessph.o precision.o radfft.o sorting.o sys.o |
3123 | m_fire.o: parallel.o precision.o |
3124 | m_fire_mixing.o: alloc.o m_fire_para.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o |
3125 | @@ -375,10 +383,14 @@ |
3126 | m_hs_matrix.o: alloc.o cellsubs.o geom_helper.o precision.o sys.o |
3127 | m_hsx.o: atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o files.o parallel.o parallelsubs.o |
3128 | m_hsx.o: precision.o siesta_geom.o sys.o |
3129 | +m_initwf.o: alloc.o densematrix.o fermid.o m_diagon_opt.o m_eo.o m_memory.o |
3130 | +m_initwf.o: parallel.o parallelsubs.o precision.o sparse_matrices.o sys.o |
3131 | +m_initwf.o: wavefunctions.o |
3132 | m_integrate.o: precision.o |
3133 | m_io.o: sys.o |
3134 | m_io_s.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o class_SpData2D.o |
3135 | m_io_s.o: class_Sparsity.o parallel.o precision.o |
3136 | +m_iodipol.o: files.o m_dipol.o m_steps.o |
3137 | m_iodm.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o class_Sparsity.o |
3138 | m_iodm.o: m_io_s.o parallel.o |
3139 | m_iodm_old.o: alloc.o files.o m_matio.o m_mpi_utils.o parallel.o parallelsubs.o |
3140 | @@ -386,9 +398,13 @@ |
3141 | m_iorho.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
3142 | m_iostruct.o: alloc.o files.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o |
3143 | m_iostruct.o: siesta_geom.o sys.o units.o |
3144 | +m_iotddft.o: files.o m_dipol.o m_steps.o parallel.o siesta_options.o |
3145 | +m_iotddft.o: wavefunctions.o |
3146 | m_kinetic.o: precision.o |
3147 | m_mat_invert.o: intrinsic_missing.o m_pivot_array.o precision.o |
3148 | +m_matdiag.o: precision.o |
3149 | m_matio.o: alloc.o parallel.o |
3150 | +m_matswinvers.o: precision.o |
3151 | m_memory.o: memoryinfo.o parallel.o sys.o |
3152 | m_mesh_node.o: intrinsic_missing.o parallel.o precision.o |
3153 | m_mixing.o: class_Data1D.o class_Fstack_Data1D.o parallel.o precision.o |
3154 | @@ -436,6 +452,15 @@ |
3155 | m_planewavematrix.o: atomlist.o dhscf.o m_planewavematrixvar.o precision.o |
3156 | m_planewavematrix.o: siesta_geom.o sparse_matrices.o |
3157 | m_planewavematrixvar.o: precision.o |
3158 | +m_plot_1d_arr3d.o: precision.o |
3159 | +m_poisson_fdf.o: m_char.o precision.o |
3160 | +m_poisson_obc_comm.o: atm_types.o atmfuncs.o m_mpi_stop.o parallel.o |
3161 | +m_poisson_obc_comm.o: precision.o siesta_geom.o sys.o |
3162 | +m_poisson_obc_fastconv.o: cellsubs.o m_mpi_stop.o m_poisson_obc_fastconv_r2c.o |
3163 | +m_poisson_obc_fastconv.o: parallel.o precision.o sys.o |
3164 | +m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: cellsubs.o m_fastconv_dims.o m_plot_1d_arr3d.o |
3165 | +m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: m_poisson_obc_comm.o precision.o sys.o |
3166 | +m_poisson_switch.o: m_poisson_obc_fastconv.o precision.o sys.o |
3167 | m_pulay.o: alloc.o atomlist.o m_mpi_utils.o m_spin.o m_svd.o parallel.o |
3168 | m_pulay.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o |
3169 | m_redist_spmatrix.o: alloc.o class_Distribution.o |
3170 | @@ -451,7 +476,8 @@ |
3171 | m_sparsity_handling.o: class_Data1D.o class_Data2D.o |
3172 | m_sparsity_handling.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o |
3173 | m_sparsity_handling.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o geom_helper.o |
3174 | -m_sparsity_handling.o: m_interpolate.o m_region.o precision.o |
3175 | +m_sparsity_handling.o: intrinsic_missing.o m_interpolate.o m_region.o |
3176 | +m_sparsity_handling.o: precision.o |
3177 | m_spin.o: alloc.o parallel.o precision.o sys.o units.o |
3178 | m_stress.o: precision.o |
3179 | m_supercell.o: atom_graph.o class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o |
3180 | @@ -563,9 +589,10 @@ |
3181 | m_ts_options.o: m_ts_hartree.o m_ts_method.o m_ts_mumps_init.o m_ts_tdir.o |
3182 | m_ts_options.o: m_ts_weight.o parallel.o precision.o siesta_options.o units.o |
3183 | m_ts_pivot.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o |
3184 | -m_ts_pivot.o: create_Sparsity_SC.o create_Sparsity_Union.o intrinsic_missing.o |
3185 | -m_ts_pivot.o: m_char.o m_pivot.o m_region.o m_sparsity_handling.o m_ts_debug.o |
3186 | -m_ts_pivot.o: m_ts_electype.o parallel.o precision.o |
3187 | +m_ts_pivot.o: create_Sparsity_SC.o create_Sparsity_Union.o geom_helper.o |
3188 | +m_ts_pivot.o: intrinsic_missing.o m_char.o m_pivot.o m_region.o |
3189 | +m_ts_pivot.o: m_sparsity_handling.o m_ts_debug.o m_ts_electype.o parallel.o |
3190 | +m_ts_pivot.o: precision.o |
3191 | m_ts_rgn2trimat.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o |
3192 | m_ts_rgn2trimat.o: create_Sparsity_Union.o geom_helper.o m_region.o |
3193 | m_ts_rgn2trimat.o: m_ts_electype.o m_ts_method.o m_ts_tri_common.o parallel.o |
3194 | @@ -708,8 +735,8 @@ |
3195 | rdiag.o: alloc.o m_diagon_opt.o memoryinfo.o parallel.o precision.o sys.o |
3196 | rdiag_elpa.o: alloc.o elpa1.o elpa2.o parallel.o precision.o sys.o |
3197 | rdiag_mrrr.o: alloc.o parallel.o precision.o sys.o |
3198 | -read_options.o: files.o m_charge_add.o m_hartree_add.o m_mixing_scf.o m_spin.o |
3199 | -read_options.o: m_target_stress.o memoryinfo.o parallel.o precision.o |
3200 | +read_options.o: files.o m_charge_add.o m_cite.o m_hartree_add.o m_mixing_scf.o |
3201 | +read_options.o: m_spin.o m_target_stress.o memoryinfo.o parallel.o precision.o |
3202 | read_options.o: siesta_cml.o siesta_options.o sys.o units.o |
3203 | read_xc_info.o: parallel.o precision.o sys.o |
3204 | readsp.o: parallel.o precision.o sys.o |
3205 | @@ -776,30 +803,32 @@ |
3206 | siesta_end.o: meshdscf.o meshphi.o moremeshsubs.o parallel.o siesta_cml.o |
3207 | siesta_end.o: siesta_cmlsubs.o siesta_master.o siesta_options.o |
3208 | siesta_end.o: sparse_matrices.o timestamp.o |
3209 | -siesta_forces.o: atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o compute_dm.o |
3210 | -siesta_forces.o: compute_energies.o compute_max_diff.o files.o |
3211 | -siesta_forces.o: final_H_f_stress.o flook_siesta.o kpoint_grid.o |
3212 | -siesta_forces.o: m_convergence.o m_energies.o m_forces.o m_iodm_old.o |
3213 | -siesta_forces.o: m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o m_ncdf_siesta.o |
3214 | -siesta_forces.o: m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o m_steps.o |
3215 | -siesta_forces.o: m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o m_ts_electype.o |
3216 | -siesta_forces.o: m_ts_global_vars.o m_ts_method.o m_ts_options.o mixer.o |
3217 | -siesta_forces.o: parallel.o post_scf_work.o precision.o save_density_matrix.o |
3218 | -siesta_forces.o: scfconvergence_test.o setup_H0.o setup_hamiltonian.o |
3219 | -siesta_forces.o: siesta_cml.o siesta_dicts.o siesta_geom.o siesta_master.o |
3220 | -siesta_forces.o: siesta_options.o sparse_matrices.o state_analysis.o |
3221 | -siesta_forces.o: state_init.o sys.o units.o write_subs.o |
3222 | +siesta_forces.o: alloc.o atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o |
3223 | +siesta_forces.o: compute_dm.o compute_energies.o compute_max_diff.o |
3224 | +siesta_forces.o: densematrix.o files.o final_H_f_stress.o flook_siesta.o |
3225 | +siesta_forces.o: kpoint_grid.o m_convergence.o m_energies.o m_eo.o m_evolve.o |
3226 | +siesta_forces.o: m_forces.o m_gamma.o m_initwf.o m_iodm.o m_iodm_old.o |
3227 | +siesta_forces.o: m_iotddft.o m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o |
3228 | +siesta_forces.o: m_ncdf_siesta.o m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o |
3229 | +siesta_forces.o: m_steps.o m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o |
3230 | +siesta_forces.o: m_ts_electype.o m_ts_global_vars.o m_ts_method.o |
3231 | +siesta_forces.o: m_ts_options.o mixer.o overfsm.o parallel.o post_scf_work.o |
3232 | +siesta_forces.o: precision.o save_density_matrix.o scfconvergence_test.o |
3233 | +siesta_forces.o: setup_H0.o setup_hamiltonian.o siesta_cml.o siesta_dicts.o |
3234 | +siesta_forces.o: siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o |
3235 | +siesta_forces.o: sparse_matrices.o state_analysis.o state_init.o sys.o units.o |
3236 | +siesta_forces.o: wavefunctions.o write_subs.o |
3237 | siesta_geom.o: precision.o |
3238 | siesta_init.o: alloc.o atomlist.o bands.o bsc_xcmod.o |
3239 | siesta_init.o: class_Fstack_Pair_Geometry_SpData2D.o densematrix.o files.o |
3240 | siesta_init.o: flook_siesta.o ioxv.o kpoint_grid.o kpoint_pdos.o ksvinit.o |
3241 | siesta_init.o: m_cite.o m_energies.o m_eo.o m_fixed.o m_forces.o m_gamma.o |
3242 | -siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_rmaxh.o m_spin.o |
3243 | -siesta_init.o: m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o metaforce.o |
3244 | -siesta_init.o: molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o parallelsubs.o |
3245 | -siesta_init.o: projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o siesta_geom.o |
3246 | -siesta_init.o: siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o sys.o timer.o |
3247 | -siesta_init.o: timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o |
3248 | +siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_poisson_fdf.o m_rmaxh.o |
3249 | +siesta_init.o: m_spin.o m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o |
3250 | +siesta_init.o: metaforce.o molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o |
3251 | +siesta_init.o: parallelsubs.o projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o |
3252 | +siesta_init.o: siesta_geom.o siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o |
3253 | +siesta_init.o: sys.o timer.o timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o |
3254 | siesta_master.o: iopipes.o iosockets.o precision.o sys.o |
3255 | siesta_move.o: atomlist.o broyden_optim.o cell_broyden_optim.o |
3256 | siesta_move.o: cell_fire_optim.o dynamics.o fire_optim.o flook_siesta.o ioxv.o |
3257 | @@ -831,18 +860,17 @@ |
3258 | state_init.o: proximity_check.o siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_options.o |
3259 | state_init.o: sparse_matrices.o sys.o units.o write_subs.o zmatrix.o |
3260 | struct_init.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o files.o ioxv.o m_exp_coord.o |
3261 | -struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_steps.o parallel.o periodic_table.o |
3262 | -struct_init.o: siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o |
3263 | -struct_init.o: units.o zmatrix.o |
3264 | +struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_poisson_fdf.o m_poisson_obc_comm.o |
3265 | +struct_init.o: m_steps.o parallel.o periodic_table.o siesta_cml.o siesta_geom.o |
3266 | +struct_init.o: siesta_master.o siesta_options.o units.o zmatrix.o |
3267 | sys.o: parallel.o |
3268 | timer.o: extrae_eventllist.o extrae_module.o m_timer.o parallel.o sys.o |
3269 | timer.o: timer_tree.o |
3270 | timer_tree.o: m_walltime.o |
3271 | transition_rate.o: alloc.o fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o |
3272 | -ts_init.o: m_cite.o m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o |
3273 | -ts_init.o: m_ts_electrode.o m_ts_electype.o m_ts_gf.o m_ts_global_vars.o |
3274 | -ts_init.o: m_ts_kpoints.o m_ts_method.o m_ts_options.o parallel.o |
3275 | -ts_init.o: siesta_options.o |
3276 | +ts_init.o: m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o m_ts_electrode.o |
3277 | +ts_init.o: m_ts_electype.o m_ts_gf.o m_ts_global_vars.o m_ts_kpoints.o |
3278 | +ts_init.o: m_ts_method.o m_ts_options.o parallel.o siesta_options.o |
3279 | ts_show_regions.o: m_region.o m_ts_electype.o m_ts_method.o parallel.o |
3280 | ts_show_regions.o: precision.o units.o |
3281 | typecell.o: precision.o |
3282 | @@ -854,6 +882,7 @@ |
3283 | vmatsp.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o mesh.o meshdscf.o |
3284 | vmatsp.o: meshphi.o precision.o |
3285 | vmb.o: m_fixed.o parallel.o precision.o sys.o |
3286 | +wavefunctions.o: parallel.o precision.o |
3287 | write_inp_wannier.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o m_ntm.o m_orderbands.o |
3288 | write_inp_wannier.o: mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o |
3289 | write_inp_wannier.o: siesta2wannier90.o siesta_geom.o |
3290 | @@ -974,6 +1003,7 @@ |
3291 | m_ksv.o: ksv.o |
3292 | m_ksvinit.o: ksvinit.o |
3293 | m_ldau.o: ldau.o |
3294 | +m_linpack.o: linpack.o |
3295 | m_local_dos.o: local_DOS.o |
3296 | m_matel_registry.o: matel_registry.o |
3297 | m_minvec.o: minvec.o |
3298 | @@ -1018,6 +1048,8 @@ |
3299 | m_vmat.o: vmat.o |
3300 | m_zm_broyden_optim.o: zm_broyden_optim.o |
3301 | m_zm_fire_optim.o: zm_fire_optim.o |
3302 | +matdiagon.o: m_matdiag.o |
3303 | +matswinversion.o: m_matswinvers.o |
3304 | mtprng.o: m_uuid.o |
3305 | neighbour.o: mneighb.o |
3306 | on_core.o: onmod.o |
3307 | |
3308 | === modified file 'version.info' |
3309 | --- version.info 2016-10-20 12:18:03 +0000 |
3310 | +++ version.info 2016-11-22 08:16:45 +0000 |
3311 | @@ -1,1 +1,1 @@ |
3312 | -trunk-572--kovalp-manual-1 |
3313 | +trunk-572--kovalp-manual-1--npapior-1 |
It works as it should, thank you. I will try later to update other
Makefiles as well. Thank you.
Peter
On Tue, Nov 22, 2016 at 9:34 AM, <email address hidden> wrote:
> The proposal to merge lp:~nickpapior/siesta/kovalp-fixes into /code.launchpad .net/~nickpapio r/siesta/ kovalp- fixes/+ merge/311468
> lp:~kovalp/siesta/siesta has been updated.
>
> Status: Needs review => Merged
>
> For more details, see:
> https:/
> --
> You are reviewing the proposed merge of lp:~nickpapior/siesta/kovalp-fixes
> into lp:~kovalp/siesta/siesta.
>