Merge lp:~nickpapior/siesta/kovalp-fixes into lp:~kovalp/siesta/siesta

Proposed by Nick Papior
Status: Merged
Merged at revision: 623
Proposed branch: lp:~nickpapior/siesta/kovalp-fixes
Merge into: lp:~kovalp/siesta/siesta
Diff against target: 3313 lines (+891/-546)
21 files modified
Src/Makefile (+30/-40)
Src/elpa2_kernels.f90 (+3/-2)
Src/m_fastconv_dims.F90 (+1/-8)
Src/m_mpi_stop.F90 (+2/-5)
Src/m_plot_1d_arr3d.F90 (+1/-2)
Src/m_poisson_fdf.F90 (+8/-4)
Src/m_poisson_obc_comm.F90 (+4/-3)
Src/m_poisson_obc_fastconv.F90 (+10/-4)
Src/m_poisson_obc_fastconv_r2c.F90 (+5/-5)
Util/COOP/Makefile (+78/-44)
Util/Denchar/Src/Makefile (+78/-44)
Util/Gen-basis/Makefile (+76/-44)
Util/Grimme/Makefile (+76/-44)
Util/Helpers/Makefile (+76/-44)
Util/STM/ol-stm/Src/Makefile (+76/-44)
Util/SpPivot/Makefile (+76/-44)
Util/TS/TBtrans/Makefile (+62/-32)
Util/TS/ts2ts/Makefile (+76/-44)
Util/TS/tshs2tshs/Makefile (+76/-44)
Util/VCA/Makefile (+76/-44)
version.info (+1/-1)
To merge this branch: bzr merge lp:~nickpapior/siesta/kovalp-fixes
Reviewer Review Type Date Requested Status
Petr Koval Approve
Review via email: mp+311468@code.launchpad.net

Description of the change

There were a few missing items that you have missed.

Please, read the commit log and see what I have changed. I have runned your example with the committed code without problems. But perhaps you should run it again.

To post a comment you must log in.
Revision history for this message
Petr Koval (kovalp) :
review: Approve
Revision history for this message
Petr Koval (kovalp) wrote :

It works as it should, thank you. I will try later to update other
Makefiles as well. Thank you.

Peter

On Tue, Nov 22, 2016 at 9:34 AM, <email address hidden> wrote:

> The proposal to merge lp:~nickpapior/siesta/kovalp-fixes into
> lp:~kovalp/siesta/siesta has been updated.
>
> Status: Needs review => Merged
>
> For more details, see:
> https://code.launchpad.net/~nickpapior/siesta/kovalp-fixes/+merge/311468
> --
> You are reviewing the proposed merge of lp:~nickpapior/siesta/kovalp-fixes
> into lp:~kovalp/siesta/siesta.
>

Preview Diff

[H/L] Next/Prev Comment, [J/K] Next/Prev File, [N/P] Next/Prev Hunk
1=== modified file 'Src/Makefile'
2--- Src/Makefile 2016-11-17 13:54:18 +0000
3+++ Src/Makefile 2016-11-22 08:16:45 +0000
4@@ -675,9 +675,7 @@
5 compute_rhog.o: siesta_options.o sparse_matrices.o
6 conjgr.o: precision.o
7 conjgr_old.o: precision.o
8-coor.o: alloc.o parallel.o precision.o siesta_geom.o sys.o units.o zmatrix.o \
9- m_poisson_fdf.o
10-
11+coor.o: alloc.o parallel.o precision.o siesta_geom.o sys.o units.o zmatrix.o
12 coxmol.o: files.o periodic_table.o precision.o
13 create_Sparsity_SC.o: class_Sparsity.o geom_helper.o intrinsic_missing.o
14 create_Sparsity_Union.o: class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o
15@@ -692,31 +690,14 @@
16 detover.o: alloc.o linpack.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
17 dfscf.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o m_spin.o mesh.o
18 dfscf.o: meshdscf.o meshphi.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
19-dhscf.o: alloc.o atmfuncs.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o delk.o dfscf.o \
20- m_poisson_fdf.o m_poisson_switch.o
21-
22-m_poisson_fdf.o : $(FDF) m_char.o
23-
24-m_poisson_switch.o: poison.o m_poisson_obc_fastconv.o
25-
26-m_poisson_obc_fastconv.o: m_plot_1d_arr3d.o m_fastconv_dims.o \
27- m_poisson_obc_fastconv_r2c.o m_mpi_stop.o
28-
29-m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: m_plot_1d_arr3d.o m_fastconv_dims.o \
30- m_poisson_obc_comm.o cellsubs.o
31-
32-m_poisson_obc_comm.o: atm_types.o siesta_geom.o atmfuncs.o \
33- $(FDF) parallel.o m_mpi_stop.o
34-
35-m_plot_1d_arr3d.o: precision.o
36-
37+dhscf.o: alloc.o atmfuncs.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o delk.o dfscf.o
38 dhscf.o: doping_uniform.o files.o forhar.o iogrid_netcdf.o m_charge_add.o
39 dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_iotddft.o m_mesh_node.o
40-dhscf.o: m_ncdf_io.o m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_rhog.o m_spin.o
41-dhscf.o: m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o m_ts_options.o m_ts_tdir.o
42-dhscf.o: m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o moremeshsubs.o parallel.o
43-dhscf.o: parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o siesta_options.o sys.o units.o
44-dhscf.o: vmat.o
45+dhscf.o: m_ncdf_io.o m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_poisson_fdf.o
46+dhscf.o: m_poisson_switch.o m_rhog.o m_spin.o m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o
47+dhscf.o: m_ts_options.o m_ts_tdir.o m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o
48+dhscf.o: moremeshsubs.o parallel.o parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o
49+dhscf.o: siesta_options.o sys.o units.o vmat.o
50 diag2g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
51 diag2k.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
52 diag3g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
53@@ -797,9 +778,9 @@
54 initatom.o: atmparams.o atom.o atom_options.o basis_io.o basis_specs.o
55 initatom.o: basis_types.o chemical.o electrostatic.o ldau_specs.o m_spin.o
56 initatom.o: old_atmfuncs.o precision.o pseudopotential.o
57-initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o parallel.o
58-initparallel.o: parallelsubs.o precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o
59-initparallel.o: spatial.o sys.o m_poisson_fdf.o
60+initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o
61+initparallel.o: m_poisson_fdf.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
62+initparallel.o: siesta_options.o sparse_matrices.o spatial.o sys.o
63 io.o: sys.o
64 iocg.o: files.o precision.o sys.o
65 iodm.o: alloc.o files.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
66@@ -860,6 +841,7 @@
67 m_eo.o: precision.o
68 m_evolve.o: alloc.o m_memory.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
69 m_exp_coord.o: files.o m_os.o parallel.o precision.o units.o
70+m_fastconv_dims.o: precision.o
71 m_filter.o: bessph.o precision.o radfft.o sorting.o sys.o
72 m_fire.o: parallel.o precision.o
73 m_fire_mixing.o: alloc.o m_fire_para.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o
74@@ -950,6 +932,15 @@
75 m_planewavematrix.o: atomlist.o dhscf.o m_planewavematrixvar.o precision.o
76 m_planewavematrix.o: siesta_geom.o sparse_matrices.o
77 m_planewavematrixvar.o: precision.o
78+m_plot_1d_arr3d.o: precision.o
79+m_poisson_fdf.o: m_char.o precision.o
80+m_poisson_obc_comm.o: atm_types.o atmfuncs.o m_mpi_stop.o parallel.o
81+m_poisson_obc_comm.o: precision.o siesta_geom.o sys.o
82+m_poisson_obc_fastconv.o: cellsubs.o m_mpi_stop.o m_poisson_obc_fastconv_r2c.o
83+m_poisson_obc_fastconv.o: parallel.o precision.o sys.o
84+m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: cellsubs.o m_fastconv_dims.o m_plot_1d_arr3d.o
85+m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: m_poisson_obc_comm.o precision.o sys.o
86+m_poisson_switch.o: m_poisson_obc_fastconv.o precision.o sys.o
87 m_pulay.o: alloc.o atomlist.o m_mpi_utils.o m_spin.o m_svd.o parallel.o
88 m_pulay.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o
89 m_redist_spmatrix.o: alloc.o class_Distribution.o
90@@ -1312,12 +1303,12 @@
91 siesta_init.o: class_Fstack_Pair_Geometry_SpData2D.o densematrix.o files.o
92 siesta_init.o: flook_siesta.o ioxv.o kpoint_grid.o kpoint_pdos.o ksvinit.o
93 siesta_init.o: m_cite.o m_energies.o m_eo.o m_fixed.o m_forces.o m_gamma.o
94-siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_rmaxh.o m_spin.o
95-siesta_init.o: m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o metaforce.o
96-siesta_init.o: molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o parallelsubs.o
97-siesta_init.o: projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o siesta_geom.o
98-siesta_init.o: siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o sys.o timer.o
99-siesta_init.o: timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o
100+siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_poisson_fdf.o m_rmaxh.o
101+siesta_init.o: m_spin.o m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o
102+siesta_init.o: metaforce.o molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o
103+siesta_init.o: parallelsubs.o projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o
104+siesta_init.o: siesta_geom.o siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o
105+siesta_init.o: sys.o timer.o timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o
106 siesta_master.o: iopipes.o iosockets.o precision.o sys.o
107 siesta_move.o: atomlist.o broyden_optim.o cell_broyden_optim.o
108 siesta_move.o: cell_fire_optim.o dynamics.o fire_optim.o flook_siesta.o ioxv.o
109@@ -1348,11 +1339,10 @@
110 state_init.o: m_ts_tri_init.o normalize_dm.o overlap.o parallel.o
111 state_init.o: proximity_check.o siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_options.o
112 state_init.o: sparse_matrices.o sys.o units.o write_subs.o zmatrix.o
113-struct_init.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o files.o ioxv.o m_exp_coord.o \
114- m_poisson_fdf.o m_poisson_obc_comm.o
115-struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_steps.o parallel.o periodic_table.o
116-struct_init.o: siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o
117-struct_init.o: units.o zmatrix.o
118+struct_init.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o files.o ioxv.o m_exp_coord.o
119+struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_poisson_fdf.o m_poisson_obc_comm.o
120+struct_init.o: m_steps.o parallel.o periodic_table.o siesta_cml.o siesta_geom.o
121+struct_init.o: siesta_master.o siesta_options.o units.o zmatrix.o
122 sys.o: parallel.o
123 timer.o: extrae_eventllist.o extrae_module.o m_timer.o parallel.o sys.o
124 timer.o: timer_tree.o
125
126=== modified file 'Src/elpa2_kernels.f90'
127--- Src/elpa2_kernels.f90 2016-10-27 08:15:19 +0000
128+++ Src/elpa2_kernels.f90 2016-11-22 08:16:45 +0000
129@@ -18,7 +18,7 @@
130 integer, parameter :: dprec = kind(1.d0)
131
132 integer, intent(in) :: nb, nq, ldq, ldh
133- real(dprec), intent(inout) :: q(ldq,*)
134+ real(dprec), intent(inout) :: q(ldq,*)
135 real(dprec), intent(in) :: hh(ldh,*)
136
137 real(dprec) s
138@@ -51,7 +51,7 @@
139 call hh_trafo_kernel_4(q(i,1),hh, nb, ldq, ldh, s)
140 endif
141
142-end subroutine
143+end
144
145 ! --------------------------------------------------------------------------------------------------
146 ! The following kernels perform the Householder transformation on Q for 12/8/4 rows.
147@@ -572,4 +572,5 @@
148 enddo
149
150 end
151+
152 ! --------------------------------------------------------------------------------------------------
153
154=== modified file 'Src/m_fastconv_dims.F90'
155--- Src/m_fastconv_dims.F90 2016-11-16 09:58:12 +0000
156+++ Src/m_fastconv_dims.F90 2016-11-22 08:16:45 +0000
157@@ -9,12 +9,6 @@
158 use precision, only : dp
159
160 implicit none
161-
162- complex(dp), private, allocatable :: coul_r2c(:,:,:)
163- integer(8), private :: p_r2c, p_c2r
164- real(dp), allocatable, private :: io_dreal(:,:,:)
165- complex(dp), allocatable, private :: dens_r2c(:,:,:)
166- integer, private :: icall = 0
167
168 contains
169
170@@ -22,7 +16,7 @@
171 ! Computes 6 numbers out of limits for a general 1d convolution
172 !
173 subroutine conv_lims(s1,f1,s2,f2,s3,f3,n1,n2,ncaux,saux,salloc_aux,falloc_aux)
174- implicit none
175+
176 ! external
177 integer, intent(in) :: s1, f1, s2, f2, s3, f3 ! start/finish indices for functions in a convolution f3 = f1*f2
178 integer, intent(out) :: n1,n2,ncaux,saux,salloc_aux,falloc_aux
179@@ -40,7 +34,6 @@
180 ! Calculate the limits for FFTW r2c transform
181 !
182 subroutine conv_calc_r2c_dims(nff_in_1, nff_in_2, nff_complex, nff_real)
183- implicit none
184 integer, intent(in) :: nff_in_1, nff_in_2
185 integer, intent(out) :: nff_complex, nff_real
186 nff_real = (nff_in_1+nff_in_2)
187
188=== modified file 'Src/m_mpi_stop.F90'
189--- Src/m_mpi_stop.F90 2016-11-16 13:02:00 +0000
190+++ Src/m_mpi_stop.F90 2016-11-22 08:16:45 +0000
191@@ -6,15 +6,12 @@
192 ! See Docs/Contributors.txt for a list of contributors.
193 !
194 module m_mpi_stop
195+
196 implicit none
197-
198+
199 contains
200
201-!
202-!
203-!
204 subroutine mpi_stop(cfile, iline, ierr)
205- implicit none
206 character(*), intent(in) :: cfile
207 integer, intent(in) :: iline
208 integer, intent(in) :: ierr
209
210=== modified file 'Src/m_plot_1d_arr3d.F90'
211--- Src/m_plot_1d_arr3d.F90 2016-10-18 13:15:38 +0000
212+++ Src/m_plot_1d_arr3d.F90 2016-11-22 08:16:45 +0000
213@@ -6,6 +6,7 @@
214 ! See Docs/Contributors.txt for a list of contributors.
215 !
216 module m_plot_1d_arr3d
217+
218 implicit none
219
220 contains
221@@ -15,7 +16,6 @@
222 !
223 subroutine plot_1d_arr3d(nnn, arr, ialong,i1,i2, fname)
224 use precision, only : grid_p
225- implicit none
226 !! external
227 integer, intent(in) :: nnn(:) ! 3 dimensions of array arr(*)
228 real(grid_p), intent(in) :: arr(*) ! data array
229@@ -67,7 +67,6 @@
230 !!
231 !!
232 integer function get_free_handle()
233- implicit none
234 ! internal
235 integer :: ihandle
236 logical :: logical_opened
237
238=== modified file 'Src/m_poisson_fdf.F90'
239--- Src/m_poisson_fdf.F90 2016-10-25 15:07:07 +0000
240+++ Src/m_poisson_fdf.F90 2016-11-22 08:16:45 +0000
241@@ -12,7 +12,7 @@
242
243 implicit none
244
245- character(80) :: PoissonMethod = ''
246+ character(32) :: PoissonMethod = ''
247 real(dp) :: PoissonPBCCutoff0D = -999
248
249 contains
250@@ -23,16 +23,20 @@
251 subroutine poisson_fdf()
252 use fdf, only : fdf_get
253 use m_char, only : ucase
254- implicit none
255
256- ! internal
257-
258 !
259 ! Choice of Poison solver
260 !
261
262 PoissonMethod = fdf_get('Poisson.Method', 'PBC')
263 PoissonMethod = ucase(PoissonMethod)
264+ select case (PoissonMethod)
265+ case('PBC', 'OBC.FASTCONV')
266+ case default
267+ write(*,*) 'The Poisson.Method is not recognized, &
268+ &should be one of PBC/OBC.FastConv'
269+ call die('The Poisson.Method is not recognized')
270+ end select
271
272 PoissonPBCCutoff0D = fdf_get('Poisson.PBC.Cutoff0D', 1.0_dp)
273
274
275=== modified file 'Src/m_poisson_obc_comm.F90'
276--- Src/m_poisson_obc_comm.F90 2016-11-16 13:02:00 +0000
277+++ Src/m_poisson_obc_comm.F90 2016-11-22 08:16:45 +0000
278@@ -72,7 +72,9 @@
279 box(ix,2) = max(xa(ix,ia)+rc, box(ix,2))
280 enddo
281 enddo
282-
283+
284+ deallocate(sp2rcut)
285+
286 box_c(1:3) = (box(:,2)+box(:,1))/2
287
288 ! write(6,'(a)') 'box'
289@@ -95,8 +97,6 @@
290 ! write(6,*) origin
291 ! write(6,'(3g12.5)') xa
292 endif
293-
294- if(allocated(sp2rcut)) deallocate(sp2rcut)
295
296 end subroutine ! obc_coord_shift
297
298@@ -184,6 +184,7 @@
299
300 j3min = n2s3(node)
301 j3max = n2s3(node+1)-1
302+ deallocate(n2n3,n2s3)
303
304 nnn(1:3) = [j1max-j1min+1,j2max-j2min+1,j3max-j3min+1]
305 if(any(nnn/=[n1,n2,n3])) then
306
307=== modified file 'Src/m_poisson_obc_fastconv.F90'
308--- Src/m_poisson_obc_fastconv.F90 2016-11-16 13:02:00 +0000
309+++ Src/m_poisson_obc_fastconv.F90 2016-11-22 08:16:45 +0000
310@@ -106,15 +106,21 @@
311 allocate(v_gth(np_gth))
312 call poisson_obc_fastconv_r2c( cell, mesh(1),mesh(2),mesh(3),mesh, &
313 rho_gth, U, v_gth, STRESS)
314-
315+
316 ! write(6,*) 'sum(v_gth)', sum(v_gth)
317
318 endif
319-
320+ deallocate(rho_gth)
321+
322 !! only potential must be scattered
323 call MPI_Scatterv(v_gth, n2c, n2d, MPI_grid_real, v,np, MPI_grid_real, root, comm, ierr)
324- call mpi_stop(__FILE__, __LINE__, ierr)
325-
326+ call mpi_stop(__FILE__, __LINE__, ierr)
327+ if(root==node) then
328+ deallocate(v_gth)
329+ end if
330+
331+ deallocate(n2c, n2d)
332+
333 endif
334
335 end subroutine !poisson_obc_fastconv
336
337=== modified file 'Src/m_poisson_obc_fastconv_r2c.F90'
338--- Src/m_poisson_obc_fastconv_r2c.F90 2016-11-17 14:11:46 +0000
339+++ Src/m_poisson_obc_fastconv_r2c.F90 2016-11-22 08:16:45 +0000
340@@ -165,10 +165,10 @@
341 do i3=1,nr(3)
342 do i2=1,nr(2)
343 do i1=1,nc(1)
344- z1 = cmplx(coul_r2c((i1-1)*2+1,i2,i3), coul_r2c((i1-1)*2+2,i2,i3), 8)
345- z2 = cmplx(dens_fft((i1-1)*2+1,i2,i3), dens_fft((i1-1)*2+2,i2,i3), 8)
346+ z1 = cmplx(coul_r2c((i1-1)*2+1,i2,i3), coul_r2c((i1-1)*2+2,i2,i3), dp)
347+ z2 = cmplx(dens_fft((i1-1)*2+1,i2,i3), dens_fft((i1-1)*2+2,i2,i3), dp)
348 z3 = z1*z2
349- dens_fft((i1-1)*2+1,i2,i3) = real(z3,8) ! Product density and Coulomb interaction in momentum space
350+ dens_fft((i1-1)*2+1,i2,i3) = real(z3,dp) ! Product density and Coulomb interaction in momentum space
351 dens_fft((i1-1)*2+2,i2,i3) = aimag(z3) ! Product density and Coulomb interaction in momentum space
352 enddo
353 enddo
354@@ -220,7 +220,7 @@
355 !
356 !
357 subroutine comp_coul_r2c_inplace(ic, nn, dcell, n, coul_r2c)
358- use precision, only : dp
359+ use precision, only : dp, i8b
360 use cellsubs, only : volcel ! Finds unit cell volume
361 implicit none
362 !! external
363@@ -230,7 +230,7 @@
364 integer, intent(in) :: n(:) ! 3
365 real(dp), intent(inout) :: coul_r2c(:,:,:)
366 !! internal
367- integer(8) :: p_r2c
368+ integer(i8b) :: p_r2c
369
370 integer :: i1, i2, i3
371 real(dp) :: rp(3), dcell2(3,3), dvol
372
373=== modified file 'Util/COOP/Makefile'
374--- Util/COOP/Makefile 2016-08-30 14:02:33 +0000
375+++ Util/COOP/Makefile 2016-11-22 08:16:45 +0000
376@@ -108,7 +108,7 @@
377 bsc_cellxc.o: alloc.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o mesh.o moremeshsubs.o parallel.o
378 bsc_cellxc.o: parallelsubs.o precision.o sys_local.o
379 bsc_xcmod.o: parallel.o precision.o sys_local.o
380-cart2frac.o: sys_local.o
381+cart2frac.o: precision.o sys_local.o
382 cdiag.o: alloc.o m_diagon_opt.o memoryinfo.o parallel.o precision.o sys_local.o
383 cell_broyden_optim.o: m_broyddj_nocomm.o parallel.o precision.o sys_local.o
384 cell_broyden_optim.o: units.o zmatrix.o
385@@ -121,6 +121,8 @@
386 cgvc_zmatrix.o: alloc.o conjgr.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o
387 cgvc_zmatrix.o: sys_local.o units.o zmatrix.o
388 cgwf.o: egandd.o onmod.o parallel.o precision.o sys_local.o
389+changebasis.o: alloc.o m_matdiag.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
390+changebasis.o: sparse_matrices.o sys_local.o wavefunctions.o
391 chemical.o: parallel.o precision.o sys_local.o
392 chempot.o: alloc.o mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys_local.o
393 chkdim.o: sys_local.o
394@@ -173,17 +175,17 @@
395 denmat.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o
396 denmatlomem.o: alloc.o globalise.o onmod.o precision.o
397 densematrix.o: alloc.o precision.o
398-detover.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
399+detover.o: alloc.o linpack.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
400 dfscf.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o m_spin.o mesh.o
401 dfscf.o: meshdscf.o meshphi.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys_local.o
402 dhscf.o: alloc.o atmfuncs.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o delk.o dfscf.o
403 dhscf.o: doping_uniform.o files.o forhar.o iogrid_netcdf.o m_charge_add.o
404-dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_mesh_node.o m_ncdf_io.o
405-dhscf.o: m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_rhog.o m_spin.o
406-dhscf.o: m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o m_ts_options.o m_ts_tdir.o
407-dhscf.o: m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o moremeshsubs.o parallel.o
408-dhscf.o: parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o siesta_options.o sys_local.o
409-dhscf.o: units.o vmat.o
410+dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_iotddft.o m_mesh_node.o
411+dhscf.o: m_ncdf_io.o m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_poisson_fdf.o
412+dhscf.o: m_poisson_switch.o m_rhog.o m_spin.o m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o
413+dhscf.o: m_ts_options.o m_ts_tdir.o m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o
414+dhscf.o: moremeshsubs.o parallel.o parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o
415+dhscf.o: siesta_options.o sys_local.o units.o vmat.o
416 diag2g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys_local.o
417 diag2k.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys_local.o
418 diag3g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys_local.o
419@@ -211,7 +213,7 @@
420 domain_decom.o: sparse_matrices.o sys_local.o
421 doping_uniform.o: alloc.o m_ntm.o mesh.o parallel.o precision.o sys_local.o
422 dynamics.o: alloc.o atomlist.o files.o ioxv.o m_mpi_utils.o parallel.o
423-dynamics.o: precision.o sys_local.o units.o
424+dynamics.o: precision.o siesta_options.o sys_local.o units.o
425 egandd.o: alloc.o denmat.o ener3.o globalise.o gradient.o on_subs.o onmod.o
426 egandd.o: onmod.o precision.o sys_local.o
427 eggbox.o: parallel.o precision.o
428@@ -220,6 +222,11 @@
429 elpa2.o: elpa1.o
430 ener3.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o
431 ener3lomem.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o
432+evolg.o: alloc.o m_eo.o m_matswinvers.o m_steps.o parallel.o parallelsubs.o
433+evolg.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys_local.o
434+evolg.o: wavefunctions.o
435+evolk.o: m_diagon_opt.o m_matswinvers.o parallel.o precision.o siesta_options.o
436+evolk.o: sys_local.o wavefunctions.o
437 extrapolateSpData2D.o: class_Data2D.o class_OrbitalDistribution.o
438 extrapolateSpData2D.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o
439 extrapolon.o: parallel.o precision.o sys_local.o
440@@ -260,9 +267,9 @@
441 initatom.o: atmparams.o atom.o atom_options.o basis_io.o basis_specs.o
442 initatom.o: basis_types.o chemical.o electrostatic.o ldau_specs.o m_spin.o
443 initatom.o: old_atmfuncs.o precision.o pseudopotential.o
444-initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o parallel.o
445-initparallel.o: parallelsubs.o precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o
446-initparallel.o: spatial.o sys_local.o
447+initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o
448+initparallel.o: m_poisson_fdf.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
449+initparallel.o: siesta_options.o sparse_matrices.o spatial.o sys_local.o
450 io.o: sys_local.o
451 iocg.o: files.o precision.o sys_local.o
452 iodm.o: alloc.o files.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys_local.o
453@@ -325,7 +332,10 @@
454 m_efield.o: siesta_geom.o sys_local.o units.o
455 m_energies.o: precision.o
456 m_eo.o: precision.o
457+m_evolve.o: alloc.o m_memory.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
458+m_evolve.o: sys_local.o
459 m_exp_coord.o: files.o m_os.o parallel.o precision.o units.o
460+m_fastconv_dims.o: precision.o
461 m_filter.o: bessph.o precision.o radfft.o sorting.o sys_local.o
462 m_fire.o: parallel.o precision.o
463 m_fire_mixing.o: alloc.o m_fire_para.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o
464@@ -347,10 +357,14 @@
465 m_hs_matrix.o: alloc.o cellsubs.o geom_helper.o precision.o sys_local.o
466 m_hsx.o: atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o files.o parallel.o parallelsubs.o
467 m_hsx.o: precision.o siesta_geom.o sys_local.o
468+m_initwf.o: alloc.o densematrix.o fermid.o m_diagon_opt.o m_eo.o m_memory.o
469+m_initwf.o: parallel.o parallelsubs.o precision.o sparse_matrices.o sys_local.o
470+m_initwf.o: wavefunctions.o
471 m_integrate.o: precision.o
472 m_io.o: sys_local.o
473 m_io_s.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o class_SpData2D.o
474 m_io_s.o: class_Sparsity.o parallel.o precision.o
475+m_iodipol.o: files.o m_dipol.o m_steps.o
476 m_iodm.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o class_Sparsity.o
477 m_iodm.o: m_io_s.o parallel.o
478 m_iodm_old.o: alloc.o files.o m_matio.o m_mpi_utils.o parallel.o parallelsubs.o
479@@ -358,9 +372,13 @@
480 m_iorho.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys_local.o
481 m_iostruct.o: alloc.o files.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o
482 m_iostruct.o: siesta_geom.o sys_local.o units.o
483+m_iotddft.o: files.o m_dipol.o m_steps.o parallel.o siesta_options.o
484+m_iotddft.o: wavefunctions.o
485 m_kinetic.o: precision.o
486 m_mat_invert.o: intrinsic_missing.o m_pivot_array.o precision.o
487+m_matdiag.o: precision.o
488 m_matio.o: alloc.o parallel.o
489+m_matswinvers.o: precision.o
490 m_memory.o: memoryinfo.o parallel.o sys_local.o
491 m_mesh_node.o: intrinsic_missing.o parallel.o precision.o
492 m_mixing.o: class_Data1D.o class_Fstack_Data1D.o parallel.o precision.o
493@@ -409,6 +427,15 @@
494 m_planewavematrix.o: atomlist.o dhscf.o m_planewavematrixvar.o precision.o
495 m_planewavematrix.o: siesta_geom.o sparse_matrices.o
496 m_planewavematrixvar.o: precision.o
497+m_plot_1d_arr3d.o: precision.o
498+m_poisson_fdf.o: m_char.o precision.o
499+m_poisson_obc_comm.o: atm_types.o atmfuncs.o m_mpi_stop.o parallel.o
500+m_poisson_obc_comm.o: precision.o siesta_geom.o sys_local.o
501+m_poisson_obc_fastconv.o: cellsubs.o m_mpi_stop.o m_poisson_obc_fastconv_r2c.o
502+m_poisson_obc_fastconv.o: parallel.o precision.o sys_local.o
503+m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: cellsubs.o m_fastconv_dims.o m_plot_1d_arr3d.o
504+m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: m_poisson_obc_comm.o precision.o sys_local.o
505+m_poisson_switch.o: m_poisson_obc_fastconv.o precision.o sys_local.o
506 m_pulay.o: alloc.o atomlist.o m_mpi_utils.o m_spin.o m_svd.o parallel.o
507 m_pulay.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys_local.o
508 m_redist_spmatrix.o: alloc.o class_Distribution.o
509@@ -424,7 +451,8 @@
510 m_sparsity_handling.o: class_Data1D.o class_Data2D.o
511 m_sparsity_handling.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o
512 m_sparsity_handling.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o geom_helper.o
513-m_sparsity_handling.o: m_interpolate.o m_region.o precision.o
514+m_sparsity_handling.o: intrinsic_missing.o m_interpolate.o m_region.o
515+m_sparsity_handling.o: precision.o
516 m_spin.o: alloc.o parallel.o precision.o sys_local.o units.o
517 m_stress.o: precision.o
518 m_supercell.o: atom_graph.o class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o
519@@ -538,9 +566,10 @@
520 m_ts_options.o: m_ts_hartree.o m_ts_method.o m_ts_mumps_init.o m_ts_tdir.o
521 m_ts_options.o: m_ts_weight.o parallel.o precision.o siesta_options.o units.o
522 m_ts_pivot.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o
523-m_ts_pivot.o: create_Sparsity_SC.o create_Sparsity_Union.o intrinsic_missing.o
524-m_ts_pivot.o: m_char.o m_pivot.o m_region.o m_sparsity_handling.o m_ts_debug.o
525-m_ts_pivot.o: m_ts_electype.o parallel.o precision.o
526+m_ts_pivot.o: create_Sparsity_SC.o create_Sparsity_Union.o geom_helper.o
527+m_ts_pivot.o: intrinsic_missing.o m_char.o m_pivot.o m_region.o
528+m_ts_pivot.o: m_sparsity_handling.o m_ts_debug.o m_ts_electype.o parallel.o
529+m_ts_pivot.o: precision.o
530 m_ts_rgn2trimat.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o
531 m_ts_rgn2trimat.o: create_Sparsity_Union.o geom_helper.o m_region.o
532 m_ts_rgn2trimat.o: m_ts_electype.o m_ts_method.o m_ts_tri_common.o parallel.o
533@@ -685,8 +714,8 @@
534 rdiag.o: alloc.o m_diagon_opt.o memoryinfo.o parallel.o precision.o sys_local.o
535 rdiag_elpa.o: alloc.o elpa1.o elpa2.o parallel.o precision.o sys_local.o
536 rdiag_mrrr.o: alloc.o parallel.o precision.o sys_local.o
537-read_options.o: files.o m_charge_add.o m_hartree_add.o m_mixing_scf.o m_spin.o
538-read_options.o: m_target_stress.o memoryinfo.o parallel.o precision.o
539+read_options.o: files.o m_charge_add.o m_cite.o m_hartree_add.o m_mixing_scf.o
540+read_options.o: m_spin.o m_target_stress.o memoryinfo.o parallel.o precision.o
541 read_options.o: siesta_cml.o siesta_options.o sys_local.o units.o
542 read_xc_info.o: parallel.o precision.o sys_local.o
543 readsp.o: parallel.o precision.o sys_local.o
544@@ -756,30 +785,32 @@
545 siesta_end.o: meshdscf.o meshphi.o moremeshsubs.o parallel.o siesta_cml.o
546 siesta_end.o: siesta_cmlsubs.o siesta_master.o siesta_options.o
547 siesta_end.o: sparse_matrices.o timestamp.o
548-siesta_forces.o: atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o compute_dm.o
549-siesta_forces.o: compute_energies.o compute_max_diff.o files.o
550-siesta_forces.o: final_H_f_stress.o flook_siesta.o kpoint_grid.o
551-siesta_forces.o: m_convergence.o m_energies.o m_forces.o m_iodm_old.o
552-siesta_forces.o: m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o m_ncdf_siesta.o
553-siesta_forces.o: m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o m_steps.o
554-siesta_forces.o: m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o m_ts_electype.o
555-siesta_forces.o: m_ts_global_vars.o m_ts_method.o m_ts_options.o mixer.o
556-siesta_forces.o: parallel.o post_scf_work.o precision.o save_density_matrix.o
557-siesta_forces.o: scfconvergence_test.o setup_H0.o setup_hamiltonian.o
558-siesta_forces.o: siesta_cml.o siesta_dicts.o siesta_geom.o siesta_master.o
559-siesta_forces.o: siesta_options.o sparse_matrices.o state_analysis.o
560-siesta_forces.o: state_init.o sys_local.o units.o write_subs.o
561+siesta_forces.o: alloc.o atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o
562+siesta_forces.o: compute_dm.o compute_energies.o compute_max_diff.o
563+siesta_forces.o: densematrix.o files.o final_H_f_stress.o flook_siesta.o
564+siesta_forces.o: kpoint_grid.o m_convergence.o m_energies.o m_eo.o m_evolve.o
565+siesta_forces.o: m_forces.o m_gamma.o m_initwf.o m_iodm.o m_iodm_old.o
566+siesta_forces.o: m_iotddft.o m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o
567+siesta_forces.o: m_ncdf_siesta.o m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o
568+siesta_forces.o: m_steps.o m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o
569+siesta_forces.o: m_ts_electype.o m_ts_global_vars.o m_ts_method.o
570+siesta_forces.o: m_ts_options.o mixer.o overfsm.o parallel.o post_scf_work.o
571+siesta_forces.o: precision.o save_density_matrix.o scfconvergence_test.o
572+siesta_forces.o: setup_H0.o setup_hamiltonian.o siesta_cml.o siesta_dicts.o
573+siesta_forces.o: siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o
574+siesta_forces.o: sparse_matrices.o state_analysis.o state_init.o sys_local.o
575+siesta_forces.o: units.o wavefunctions.o write_subs.o
576 siesta_geom.o: precision.o
577 siesta_init.o: alloc.o atomlist.o bands.o bsc_xcmod.o
578 siesta_init.o: class_Fstack_Pair_Geometry_SpData2D.o densematrix.o files.o
579 siesta_init.o: flook_siesta.o ioxv.o kpoint_grid.o kpoint_pdos.o ksvinit.o
580 siesta_init.o: m_cite.o m_energies.o m_eo.o m_fixed.o m_forces.o m_gamma.o
581-siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_rmaxh.o m_spin.o
582-siesta_init.o: m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o metaforce.o
583-siesta_init.o: molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o parallelsubs.o
584-siesta_init.o: projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o siesta_geom.o
585-siesta_init.o: siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o sys_local.o
586-siesta_init.o: timer.o timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o
587+siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_poisson_fdf.o m_rmaxh.o
588+siesta_init.o: m_spin.o m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o
589+siesta_init.o: metaforce.o molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o
590+siesta_init.o: parallelsubs.o projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o
591+siesta_init.o: siesta_geom.o siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o
592+siesta_init.o: sys_local.o timer.o timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o
593 siesta_master.o: iopipes.o iosockets.o precision.o sys_local.o
594 siesta_move.o: atomlist.o broyden_optim.o cell_broyden_optim.o
595 siesta_move.o: cell_fire_optim.o dynamics.o fire_optim.o flook_siesta.o ioxv.o
596@@ -813,19 +844,18 @@
597 state_init.o: proximity_check.o siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_options.o
598 state_init.o: sparse_matrices.o sys_local.o units.o write_subs.o zmatrix.o
599 struct_init.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o files.o ioxv.o m_exp_coord.o
600-struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_steps.o parallel.o periodic_table.o
601-struct_init.o: siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o
602-struct_init.o: units.o zmatrix.o
603+struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_poisson_fdf.o m_poisson_obc_comm.o
604+struct_init.o: m_steps.o parallel.o periodic_table.o siesta_cml.o siesta_geom.o
605+struct_init.o: siesta_master.o siesta_options.o units.o zmatrix.o
606 sys.o: parallel.o
607 timer.o: extrae_eventllist.o extrae_module.o m_timer.o parallel.o sys_local.o
608 timer.o: timer_tree.o
609 timer_tree.o: m_walltime.o
610 transition_rate.o: alloc.o fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
611 transition_rate.o: sys_local.o
612-ts_init.o: m_cite.o m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o
613-ts_init.o: m_ts_electrode.o m_ts_electype.o m_ts_gf.o m_ts_global_vars.o
614-ts_init.o: m_ts_kpoints.o m_ts_method.o m_ts_options.o parallel.o
615-ts_init.o: siesta_options.o
616+ts_init.o: m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o m_ts_electrode.o
617+ts_init.o: m_ts_electype.o m_ts_gf.o m_ts_global_vars.o m_ts_kpoints.o
618+ts_init.o: m_ts_method.o m_ts_options.o parallel.o siesta_options.o
619 ts_show_regions.o: m_region.o m_ts_electype.o m_ts_method.o parallel.o
620 ts_show_regions.o: precision.o units.o
621 typecell.o: precision.o
622@@ -837,6 +867,7 @@
623 vmatsp.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o mesh.o meshdscf.o
624 vmatsp.o: meshphi.o precision.o
625 vmb.o: m_fixed.o parallel.o precision.o sys_local.o
626+wavefunctions.o: parallel.o precision.o
627 write_inp_wannier.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o m_ntm.o m_orderbands.o
628 write_inp_wannier.o: mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
629 write_inp_wannier.o: siesta2wannier90.o siesta_geom.o
630@@ -968,6 +999,7 @@
631 m_ksv.o: ksv.o
632 m_ksvinit.o: ksvinit.o
633 m_ldau.o: ldau.o
634+m_linpack.o: linpack.o
635 m_local_dos.o: local_DOS.o
636 m_matel_registry.o: matel_registry.o
637 m_minvec.o: minvec.o
638@@ -1012,6 +1044,8 @@
639 m_vmat.o: vmat.o
640 m_zm_broyden_optim.o: zm_broyden_optim.o
641 m_zm_fire_optim.o: zm_fire_optim.o
642+matdiagon.o: m_matdiag.o
643+matswinversion.o: m_matswinvers.o
644 mtprng.o: m_uuid.o
645 neighbour.o: mneighb.o
646 on_core.o: onmod.o
647
648=== modified file 'Util/Denchar/Src/Makefile'
649--- Util/Denchar/Src/Makefile 2016-08-30 14:02:33 +0000
650+++ Util/Denchar/Src/Makefile 2016-11-22 08:16:45 +0000
651@@ -175,7 +175,7 @@
652 bsc_cellxc.o: alloc.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o mesh.o moremeshsubs.o parallel.o
653 bsc_cellxc.o: parallelsubs.o precision.o sys.o
654 bsc_xcmod.o: parallel.o precision.o sys.o
655-cart2frac.o: sys.o
656+cart2frac.o: precision.o sys.o
657 cdiag.o: alloc.o m_diagon_opt.o memoryinfo.o parallel.o precision.o sys.o
658 cell_broyden_optim.o: m_broyddj_nocomm.o parallel.o precision.o sys.o units.o
659 cell_broyden_optim.o: zmatrix.o
660@@ -187,6 +187,8 @@
661 cgvc_zmatrix.o: alloc.o conjgr.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o sys.o
662 cgvc_zmatrix.o: units.o zmatrix.o
663 cgwf.o: egandd.o onmod.o parallel.o precision.o sys.o
664+changebasis.o: alloc.o m_matdiag.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
665+changebasis.o: sparse_matrices.o sys.o wavefunctions.o
666 chemical.o: parallel.o precision.o sys.o
667 chempot.o: alloc.o mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
668 chkdim.o: sys.o
669@@ -238,17 +240,17 @@
670 denmat.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o
671 denmatlomem.o: alloc.o globalise.o onmod.o precision.o
672 densematrix.o: alloc.o precision.o
673-detover.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
674+detover.o: alloc.o linpack.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
675 dfscf.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o m_spin.o mesh.o
676 dfscf.o: meshdscf.o meshphi.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
677 dhscf.o: alloc.o atmfuncs.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o delk.o dfscf.o
678 dhscf.o: doping_uniform.o files.o forhar.o iogrid_netcdf.o m_charge_add.o
679-dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_mesh_node.o m_ncdf_io.o
680-dhscf.o: m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_rhog.o m_spin.o
681-dhscf.o: m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o m_ts_options.o m_ts_tdir.o
682-dhscf.o: m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o moremeshsubs.o parallel.o
683-dhscf.o: parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o siesta_options.o sys.o units.o
684-dhscf.o: vmat.o
685+dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_iotddft.o m_mesh_node.o
686+dhscf.o: m_ncdf_io.o m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_poisson_fdf.o
687+dhscf.o: m_poisson_switch.o m_rhog.o m_spin.o m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o
688+dhscf.o: m_ts_options.o m_ts_tdir.o m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o
689+dhscf.o: moremeshsubs.o parallel.o parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o
690+dhscf.o: siesta_options.o sys.o units.o vmat.o
691 diag2g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
692 diag2k.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
693 diag3g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
694@@ -276,7 +278,7 @@
695 domain_decom.o: sparse_matrices.o sys.o
696 doping_uniform.o: alloc.o m_ntm.o mesh.o parallel.o precision.o sys.o
697 dynamics.o: alloc.o atomlist.o files.o ioxv.o m_mpi_utils.o parallel.o
698-dynamics.o: precision.o sys.o units.o
699+dynamics.o: precision.o siesta_options.o sys.o units.o
700 egandd.o: alloc.o denmat.o ener3.o globalise.o gradient.o on_subs.o onmod.o
701 egandd.o: onmod.o precision.o sys.o
702 eggbox.o: parallel.o precision.o
703@@ -285,6 +287,10 @@
704 elpa2.o: elpa1.o
705 ener3.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o
706 ener3lomem.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o
707+evolg.o: alloc.o m_eo.o m_matswinvers.o m_steps.o parallel.o parallelsubs.o
708+evolg.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o wavefunctions.o
709+evolk.o: m_diagon_opt.o m_matswinvers.o parallel.o precision.o siesta_options.o
710+evolk.o: sys.o wavefunctions.o
711 extrapolateSpData2D.o: class_Data2D.o class_OrbitalDistribution.o
712 extrapolateSpData2D.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o
713 extrapolon.o: parallel.o precision.o sys.o
714@@ -325,9 +331,9 @@
715 initatom.o: atmparams.o atom.o atom_options.o basis_io.o basis_specs.o
716 initatom.o: basis_types.o chemical.o electrostatic.o ldau_specs.o m_spin.o
717 initatom.o: old_atmfuncs.o precision.o pseudopotential.o
718-initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o parallel.o
719-initparallel.o: parallelsubs.o precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o
720-initparallel.o: spatial.o sys.o
721+initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o
722+initparallel.o: m_poisson_fdf.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
723+initparallel.o: siesta_options.o sparse_matrices.o spatial.o sys.o
724 io.o: sys.o
725 iocg.o: files.o precision.o sys.o
726 iodm.o: alloc.o files.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
727@@ -386,7 +392,9 @@
728 m_efield.o: siesta_geom.o sys.o units.o
729 m_energies.o: precision.o
730 m_eo.o: precision.o
731+m_evolve.o: alloc.o m_memory.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
732 m_exp_coord.o: files.o m_os.o parallel.o precision.o units.o
733+m_fastconv_dims.o: precision.o
734 m_filter.o: bessph.o precision.o radfft.o sorting.o sys.o
735 m_fire.o: parallel.o precision.o
736 m_fire_mixing.o: alloc.o m_fire_para.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o
737@@ -408,10 +416,14 @@
738 m_hs_matrix.o: alloc.o cellsubs.o geom_helper.o precision.o sys.o
739 m_hsx.o: atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o files.o parallel.o parallelsubs.o
740 m_hsx.o: precision.o siesta_geom.o sys.o
741+m_initwf.o: alloc.o densematrix.o fermid.o m_diagon_opt.o m_eo.o m_memory.o
742+m_initwf.o: parallel.o parallelsubs.o precision.o sparse_matrices.o sys.o
743+m_initwf.o: wavefunctions.o
744 m_integrate.o: precision.o
745 m_io.o: sys.o
746 m_io_s.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o class_SpData2D.o
747 m_io_s.o: class_Sparsity.o parallel.o precision.o
748+m_iodipol.o: files.o m_dipol.o m_steps.o
749 m_iodm.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o class_Sparsity.o
750 m_iodm.o: m_io_s.o parallel.o
751 m_iodm_old.o: alloc.o files.o m_matio.o m_mpi_utils.o parallel.o parallelsubs.o
752@@ -419,9 +431,13 @@
753 m_iorho.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
754 m_iostruct.o: alloc.o files.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o
755 m_iostruct.o: siesta_geom.o sys.o units.o
756+m_iotddft.o: files.o m_dipol.o m_steps.o parallel.o siesta_options.o
757+m_iotddft.o: wavefunctions.o
758 m_kinetic.o: precision.o
759 m_mat_invert.o: intrinsic_missing.o m_pivot_array.o precision.o
760+m_matdiag.o: precision.o
761 m_matio.o: alloc.o parallel.o
762+m_matswinvers.o: precision.o
763 m_memory.o: memoryinfo.o parallel.o sys.o
764 m_mesh_node.o: intrinsic_missing.o parallel.o precision.o
765 m_mixing.o: class_Data1D.o class_Fstack_Data1D.o parallel.o precision.o
766@@ -469,6 +485,15 @@
767 m_planewavematrix.o: atomlist.o dhscf.o m_planewavematrixvar.o precision.o
768 m_planewavematrix.o: siesta_geom.o sparse_matrices.o
769 m_planewavematrixvar.o: precision.o
770+m_plot_1d_arr3d.o: precision.o
771+m_poisson_fdf.o: m_char.o precision.o
772+m_poisson_obc_comm.o: atm_types.o atmfuncs.o m_mpi_stop.o parallel.o
773+m_poisson_obc_comm.o: precision.o siesta_geom.o sys.o
774+m_poisson_obc_fastconv.o: cellsubs.o m_mpi_stop.o m_poisson_obc_fastconv_r2c.o
775+m_poisson_obc_fastconv.o: parallel.o precision.o sys.o
776+m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: cellsubs.o m_fastconv_dims.o m_plot_1d_arr3d.o
777+m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: m_poisson_obc_comm.o precision.o sys.o
778+m_poisson_switch.o: m_poisson_obc_fastconv.o precision.o sys.o
779 m_pulay.o: alloc.o atomlist.o m_mpi_utils.o m_spin.o m_svd.o parallel.o
780 m_pulay.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o
781 m_redist_spmatrix.o: alloc.o class_Distribution.o
782@@ -484,7 +509,8 @@
783 m_sparsity_handling.o: class_Data1D.o class_Data2D.o
784 m_sparsity_handling.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o
785 m_sparsity_handling.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o geom_helper.o
786-m_sparsity_handling.o: m_interpolate.o m_region.o precision.o
787+m_sparsity_handling.o: intrinsic_missing.o m_interpolate.o m_region.o
788+m_sparsity_handling.o: precision.o
789 m_spin.o: alloc.o parallel.o precision.o sys.o units.o
790 m_stress.o: precision.o
791 m_supercell.o: atom_graph.o class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o
792@@ -596,9 +622,10 @@
793 m_ts_options.o: m_ts_hartree.o m_ts_method.o m_ts_mumps_init.o m_ts_tdir.o
794 m_ts_options.o: m_ts_weight.o parallel.o precision.o siesta_options.o units.o
795 m_ts_pivot.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o
796-m_ts_pivot.o: create_Sparsity_SC.o create_Sparsity_Union.o intrinsic_missing.o
797-m_ts_pivot.o: m_char.o m_pivot.o m_region.o m_sparsity_handling.o m_ts_debug.o
798-m_ts_pivot.o: m_ts_electype.o parallel.o precision.o
799+m_ts_pivot.o: create_Sparsity_SC.o create_Sparsity_Union.o geom_helper.o
800+m_ts_pivot.o: intrinsic_missing.o m_char.o m_pivot.o m_region.o
801+m_ts_pivot.o: m_sparsity_handling.o m_ts_debug.o m_ts_electype.o parallel.o
802+m_ts_pivot.o: precision.o
803 m_ts_rgn2trimat.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o
804 m_ts_rgn2trimat.o: create_Sparsity_Union.o geom_helper.o m_region.o
805 m_ts_rgn2trimat.o: m_ts_electype.o m_ts_method.o m_ts_tri_common.o parallel.o
806@@ -741,8 +768,8 @@
807 rdiag.o: alloc.o m_diagon_opt.o memoryinfo.o parallel.o precision.o sys.o
808 rdiag_elpa.o: alloc.o elpa1.o elpa2.o parallel.o precision.o sys.o
809 rdiag_mrrr.o: alloc.o parallel.o precision.o sys.o
810-read_options.o: files.o m_charge_add.o m_hartree_add.o m_mixing_scf.o m_spin.o
811-read_options.o: m_target_stress.o memoryinfo.o parallel.o precision.o
812+read_options.o: files.o m_charge_add.o m_cite.o m_hartree_add.o m_mixing_scf.o
813+read_options.o: m_spin.o m_target_stress.o memoryinfo.o parallel.o precision.o
814 read_options.o: siesta_cml.o siesta_options.o sys.o units.o
815 read_xc_info.o: parallel.o precision.o sys.o
816 readsp.o: parallel.o precision.o sys.o
817@@ -809,30 +836,32 @@
818 siesta_end.o: meshdscf.o meshphi.o moremeshsubs.o parallel.o siesta_cml.o
819 siesta_end.o: siesta_cmlsubs.o siesta_master.o siesta_options.o
820 siesta_end.o: sparse_matrices.o timestamp.o
821-siesta_forces.o: atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o compute_dm.o
822-siesta_forces.o: compute_energies.o compute_max_diff.o files.o
823-siesta_forces.o: final_H_f_stress.o flook_siesta.o kpoint_grid.o
824-siesta_forces.o: m_convergence.o m_energies.o m_forces.o m_iodm_old.o
825-siesta_forces.o: m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o m_ncdf_siesta.o
826-siesta_forces.o: m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o m_steps.o
827-siesta_forces.o: m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o m_ts_electype.o
828-siesta_forces.o: m_ts_global_vars.o m_ts_method.o m_ts_options.o mixer.o
829-siesta_forces.o: parallel.o post_scf_work.o precision.o save_density_matrix.o
830-siesta_forces.o: scfconvergence_test.o setup_H0.o setup_hamiltonian.o
831-siesta_forces.o: siesta_cml.o siesta_dicts.o siesta_geom.o siesta_master.o
832-siesta_forces.o: siesta_options.o sparse_matrices.o state_analysis.o
833-siesta_forces.o: state_init.o sys.o units.o write_subs.o
834+siesta_forces.o: alloc.o atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o
835+siesta_forces.o: compute_dm.o compute_energies.o compute_max_diff.o
836+siesta_forces.o: densematrix.o files.o final_H_f_stress.o flook_siesta.o
837+siesta_forces.o: kpoint_grid.o m_convergence.o m_energies.o m_eo.o m_evolve.o
838+siesta_forces.o: m_forces.o m_gamma.o m_initwf.o m_iodm.o m_iodm_old.o
839+siesta_forces.o: m_iotddft.o m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o
840+siesta_forces.o: m_ncdf_siesta.o m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o
841+siesta_forces.o: m_steps.o m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o
842+siesta_forces.o: m_ts_electype.o m_ts_global_vars.o m_ts_method.o
843+siesta_forces.o: m_ts_options.o mixer.o overfsm.o parallel.o post_scf_work.o
844+siesta_forces.o: precision.o save_density_matrix.o scfconvergence_test.o
845+siesta_forces.o: setup_H0.o setup_hamiltonian.o siesta_cml.o siesta_dicts.o
846+siesta_forces.o: siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o
847+siesta_forces.o: sparse_matrices.o state_analysis.o state_init.o sys.o units.o
848+siesta_forces.o: wavefunctions.o write_subs.o
849 siesta_geom.o: precision.o
850 siesta_init.o: alloc.o atomlist.o bands.o bsc_xcmod.o
851 siesta_init.o: class_Fstack_Pair_Geometry_SpData2D.o densematrix.o files.o
852 siesta_init.o: flook_siesta.o ioxv.o kpoint_grid.o kpoint_pdos.o ksvinit.o
853 siesta_init.o: m_cite.o m_energies.o m_eo.o m_fixed.o m_forces.o m_gamma.o
854-siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_rmaxh.o m_spin.o
855-siesta_init.o: m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o metaforce.o
856-siesta_init.o: molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o parallelsubs.o
857-siesta_init.o: projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o siesta_geom.o
858-siesta_init.o: siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o sys.o timer.o
859-siesta_init.o: timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o
860+siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_poisson_fdf.o m_rmaxh.o
861+siesta_init.o: m_spin.o m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o
862+siesta_init.o: metaforce.o molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o
863+siesta_init.o: parallelsubs.o projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o
864+siesta_init.o: siesta_geom.o siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o
865+siesta_init.o: sys.o timer.o timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o
866 siesta_master.o: iopipes.o iosockets.o precision.o sys.o
867 siesta_move.o: atomlist.o broyden_optim.o cell_broyden_optim.o
868 siesta_move.o: cell_fire_optim.o dynamics.o fire_optim.o flook_siesta.o ioxv.o
869@@ -864,18 +893,17 @@
870 state_init.o: proximity_check.o siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_options.o
871 state_init.o: sparse_matrices.o sys.o units.o write_subs.o zmatrix.o
872 struct_init.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o files.o ioxv.o m_exp_coord.o
873-struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_steps.o parallel.o periodic_table.o
874-struct_init.o: siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o
875-struct_init.o: units.o zmatrix.o
876+struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_poisson_fdf.o m_poisson_obc_comm.o
877+struct_init.o: m_steps.o parallel.o periodic_table.o siesta_cml.o siesta_geom.o
878+struct_init.o: siesta_master.o siesta_options.o units.o zmatrix.o
879 sys.o: parallel.o
880 timer.o: extrae_eventllist.o extrae_module.o m_timer.o parallel.o sys.o
881 timer.o: timer_tree.o
882 timer_tree.o: m_walltime.o
883 transition_rate.o: alloc.o fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
884-ts_init.o: m_cite.o m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o
885-ts_init.o: m_ts_electrode.o m_ts_electype.o m_ts_gf.o m_ts_global_vars.o
886-ts_init.o: m_ts_kpoints.o m_ts_method.o m_ts_options.o parallel.o
887-ts_init.o: siesta_options.o
888+ts_init.o: m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o m_ts_electrode.o
889+ts_init.o: m_ts_electype.o m_ts_gf.o m_ts_global_vars.o m_ts_kpoints.o
890+ts_init.o: m_ts_method.o m_ts_options.o parallel.o siesta_options.o
891 ts_show_regions.o: m_region.o m_ts_electype.o m_ts_method.o parallel.o
892 ts_show_regions.o: precision.o units.o
893 typecell.o: precision.o
894@@ -887,6 +915,7 @@
895 vmatsp.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o mesh.o meshdscf.o
896 vmatsp.o: meshphi.o precision.o
897 vmb.o: m_fixed.o parallel.o precision.o sys.o
898+wavefunctions.o: parallel.o precision.o
899 write_inp_wannier.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o m_ntm.o m_orderbands.o
900 write_inp_wannier.o: mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
901 write_inp_wannier.o: siesta2wannier90.o siesta_geom.o
902@@ -911,7 +940,9 @@
903 atompla.o: precision.o sys.o
904 colinear.o: precision.o
905 denchar.o: basis_io.o listsc.o parallel.o precision.o
906+length.o: precision.o
907 local_reinit.o: files.o
908+matvect.o: precision.o
909 neighb.o: precision.o
910 planed.o: precision.o
911 ranger.o: precision.o
912@@ -1020,6 +1051,7 @@
913 m_ksv.o: ksv.o
914 m_ksvinit.o: ksvinit.o
915 m_ldau.o: ldau.o
916+m_linpack.o: linpack.o
917 m_local_dos.o: local_DOS.o
918 m_matel_registry.o: matel_registry.o
919 m_minvec.o: minvec.o
920@@ -1064,6 +1096,8 @@
921 m_vmat.o: vmat.o
922 m_zm_broyden_optim.o: zm_broyden_optim.o
923 m_zm_fire_optim.o: zm_fire_optim.o
924+matdiagon.o: m_matdiag.o
925+matswinversion.o: m_matswinvers.o
926 mtprng.o: m_uuid.o
927 neighbour.o: mneighb.o
928 on_core.o: onmod.o
929
930=== modified file 'Util/Gen-basis/Makefile'
931--- Util/Gen-basis/Makefile 2016-08-30 14:02:33 +0000
932+++ Util/Gen-basis/Makefile 2016-11-22 08:16:45 +0000
933@@ -171,7 +171,7 @@
934 bsc_cellxc.o: alloc.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o mesh.o moremeshsubs.o parallel.o
935 bsc_cellxc.o: parallelsubs.o precision.o sys.o
936 bsc_xcmod.o: parallel.o precision.o sys.o
937-cart2frac.o: sys.o
938+cart2frac.o: precision.o sys.o
939 cdiag.o: alloc.o m_diagon_opt.o memoryinfo.o parallel.o precision.o sys.o
940 cell_broyden_optim.o: m_broyddj_nocomm.o parallel.o precision.o sys.o units.o
941 cell_broyden_optim.o: zmatrix.o
942@@ -183,6 +183,8 @@
943 cgvc_zmatrix.o: alloc.o conjgr.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o sys.o
944 cgvc_zmatrix.o: units.o zmatrix.o
945 cgwf.o: egandd.o onmod.o parallel.o precision.o sys.o
946+changebasis.o: alloc.o m_matdiag.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
947+changebasis.o: sparse_matrices.o sys.o wavefunctions.o
948 chemical.o: parallel.o precision.o sys.o
949 chempot.o: alloc.o mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
950 chkdim.o: sys.o
951@@ -234,17 +236,17 @@
952 denmat.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o
953 denmatlomem.o: alloc.o globalise.o onmod.o precision.o
954 densematrix.o: alloc.o precision.o
955-detover.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
956+detover.o: alloc.o linpack.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
957 dfscf.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o m_spin.o mesh.o
958 dfscf.o: meshdscf.o meshphi.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
959 dhscf.o: alloc.o atmfuncs.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o delk.o dfscf.o
960 dhscf.o: doping_uniform.o files.o forhar.o iogrid_netcdf.o m_charge_add.o
961-dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_mesh_node.o m_ncdf_io.o
962-dhscf.o: m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_rhog.o m_spin.o
963-dhscf.o: m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o m_ts_options.o m_ts_tdir.o
964-dhscf.o: m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o moremeshsubs.o parallel.o
965-dhscf.o: parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o siesta_options.o sys.o units.o
966-dhscf.o: vmat.o
967+dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_iotddft.o m_mesh_node.o
968+dhscf.o: m_ncdf_io.o m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_poisson_fdf.o
969+dhscf.o: m_poisson_switch.o m_rhog.o m_spin.o m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o
970+dhscf.o: m_ts_options.o m_ts_tdir.o m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o
971+dhscf.o: moremeshsubs.o parallel.o parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o
972+dhscf.o: siesta_options.o sys.o units.o vmat.o
973 diag2g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
974 diag2k.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
975 diag3g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
976@@ -272,7 +274,7 @@
977 domain_decom.o: sparse_matrices.o sys.o
978 doping_uniform.o: alloc.o m_ntm.o mesh.o parallel.o precision.o sys.o
979 dynamics.o: alloc.o atomlist.o files.o ioxv.o m_mpi_utils.o parallel.o
980-dynamics.o: precision.o sys.o units.o
981+dynamics.o: precision.o siesta_options.o sys.o units.o
982 egandd.o: alloc.o denmat.o ener3.o globalise.o gradient.o on_subs.o onmod.o
983 egandd.o: onmod.o precision.o sys.o
984 eggbox.o: parallel.o precision.o
985@@ -281,6 +283,10 @@
986 elpa2.o: elpa1.o
987 ener3.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o
988 ener3lomem.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o
989+evolg.o: alloc.o m_eo.o m_matswinvers.o m_steps.o parallel.o parallelsubs.o
990+evolg.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o wavefunctions.o
991+evolk.o: m_diagon_opt.o m_matswinvers.o parallel.o precision.o siesta_options.o
992+evolk.o: sys.o wavefunctions.o
993 extrapolateSpData2D.o: class_Data2D.o class_OrbitalDistribution.o
994 extrapolateSpData2D.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o
995 extrapolon.o: parallel.o precision.o sys.o
996@@ -321,9 +327,9 @@
997 initatom.o: atmparams.o atom.o atom_options.o basis_io.o basis_specs.o
998 initatom.o: basis_types.o chemical.o electrostatic.o ldau_specs.o m_spin.o
999 initatom.o: old_atmfuncs.o precision.o pseudopotential.o
1000-initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o parallel.o
1001-initparallel.o: parallelsubs.o precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o
1002-initparallel.o: spatial.o sys.o
1003+initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o
1004+initparallel.o: m_poisson_fdf.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
1005+initparallel.o: siesta_options.o sparse_matrices.o spatial.o sys.o
1006 io.o: sys.o
1007 iocg.o: files.o precision.o sys.o
1008 iodm.o: alloc.o files.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
1009@@ -382,7 +388,9 @@
1010 m_efield.o: siesta_geom.o sys.o units.o
1011 m_energies.o: precision.o
1012 m_eo.o: precision.o
1013+m_evolve.o: alloc.o m_memory.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
1014 m_exp_coord.o: files.o m_os.o parallel.o precision.o units.o
1015+m_fastconv_dims.o: precision.o
1016 m_filter.o: bessph.o precision.o radfft.o sorting.o sys.o
1017 m_fire.o: parallel.o precision.o
1018 m_fire_mixing.o: alloc.o m_fire_para.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o
1019@@ -404,10 +412,14 @@
1020 m_hs_matrix.o: alloc.o cellsubs.o geom_helper.o precision.o sys.o
1021 m_hsx.o: atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o files.o parallel.o parallelsubs.o
1022 m_hsx.o: precision.o siesta_geom.o sys.o
1023+m_initwf.o: alloc.o densematrix.o fermid.o m_diagon_opt.o m_eo.o m_memory.o
1024+m_initwf.o: parallel.o parallelsubs.o precision.o sparse_matrices.o sys.o
1025+m_initwf.o: wavefunctions.o
1026 m_integrate.o: precision.o
1027 m_io.o: sys.o
1028 m_io_s.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o class_SpData2D.o
1029 m_io_s.o: class_Sparsity.o parallel.o precision.o
1030+m_iodipol.o: files.o m_dipol.o m_steps.o
1031 m_iodm.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o class_Sparsity.o
1032 m_iodm.o: m_io_s.o parallel.o
1033 m_iodm_old.o: alloc.o files.o m_matio.o m_mpi_utils.o parallel.o parallelsubs.o
1034@@ -415,9 +427,13 @@
1035 m_iorho.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
1036 m_iostruct.o: alloc.o files.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o
1037 m_iostruct.o: siesta_geom.o sys.o units.o
1038+m_iotddft.o: files.o m_dipol.o m_steps.o parallel.o siesta_options.o
1039+m_iotddft.o: wavefunctions.o
1040 m_kinetic.o: precision.o
1041 m_mat_invert.o: intrinsic_missing.o m_pivot_array.o precision.o
1042+m_matdiag.o: precision.o
1043 m_matio.o: alloc.o parallel.o
1044+m_matswinvers.o: precision.o
1045 m_memory.o: memoryinfo.o parallel.o sys.o
1046 m_mesh_node.o: intrinsic_missing.o parallel.o precision.o
1047 m_mixing.o: class_Data1D.o class_Fstack_Data1D.o parallel.o precision.o
1048@@ -465,6 +481,15 @@
1049 m_planewavematrix.o: atomlist.o dhscf.o m_planewavematrixvar.o precision.o
1050 m_planewavematrix.o: siesta_geom.o sparse_matrices.o
1051 m_planewavematrixvar.o: precision.o
1052+m_plot_1d_arr3d.o: precision.o
1053+m_poisson_fdf.o: m_char.o precision.o
1054+m_poisson_obc_comm.o: atm_types.o atmfuncs.o m_mpi_stop.o parallel.o
1055+m_poisson_obc_comm.o: precision.o siesta_geom.o sys.o
1056+m_poisson_obc_fastconv.o: cellsubs.o m_mpi_stop.o m_poisson_obc_fastconv_r2c.o
1057+m_poisson_obc_fastconv.o: parallel.o precision.o sys.o
1058+m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: cellsubs.o m_fastconv_dims.o m_plot_1d_arr3d.o
1059+m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: m_poisson_obc_comm.o precision.o sys.o
1060+m_poisson_switch.o: m_poisson_obc_fastconv.o precision.o sys.o
1061 m_pulay.o: alloc.o atomlist.o m_mpi_utils.o m_spin.o m_svd.o parallel.o
1062 m_pulay.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o
1063 m_redist_spmatrix.o: alloc.o class_Distribution.o
1064@@ -480,7 +505,8 @@
1065 m_sparsity_handling.o: class_Data1D.o class_Data2D.o
1066 m_sparsity_handling.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o
1067 m_sparsity_handling.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o geom_helper.o
1068-m_sparsity_handling.o: m_interpolate.o m_region.o precision.o
1069+m_sparsity_handling.o: intrinsic_missing.o m_interpolate.o m_region.o
1070+m_sparsity_handling.o: precision.o
1071 m_spin.o: alloc.o parallel.o precision.o sys.o units.o
1072 m_stress.o: precision.o
1073 m_supercell.o: atom_graph.o class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o
1074@@ -592,9 +618,10 @@
1075 m_ts_options.o: m_ts_hartree.o m_ts_method.o m_ts_mumps_init.o m_ts_tdir.o
1076 m_ts_options.o: m_ts_weight.o parallel.o precision.o siesta_options.o units.o
1077 m_ts_pivot.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o
1078-m_ts_pivot.o: create_Sparsity_SC.o create_Sparsity_Union.o intrinsic_missing.o
1079-m_ts_pivot.o: m_char.o m_pivot.o m_region.o m_sparsity_handling.o m_ts_debug.o
1080-m_ts_pivot.o: m_ts_electype.o parallel.o precision.o
1081+m_ts_pivot.o: create_Sparsity_SC.o create_Sparsity_Union.o geom_helper.o
1082+m_ts_pivot.o: intrinsic_missing.o m_char.o m_pivot.o m_region.o
1083+m_ts_pivot.o: m_sparsity_handling.o m_ts_debug.o m_ts_electype.o parallel.o
1084+m_ts_pivot.o: precision.o
1085 m_ts_rgn2trimat.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o
1086 m_ts_rgn2trimat.o: create_Sparsity_Union.o geom_helper.o m_region.o
1087 m_ts_rgn2trimat.o: m_ts_electype.o m_ts_method.o m_ts_tri_common.o parallel.o
1088@@ -737,8 +764,8 @@
1089 rdiag.o: alloc.o m_diagon_opt.o memoryinfo.o parallel.o precision.o sys.o
1090 rdiag_elpa.o: alloc.o elpa1.o elpa2.o parallel.o precision.o sys.o
1091 rdiag_mrrr.o: alloc.o parallel.o precision.o sys.o
1092-read_options.o: files.o m_charge_add.o m_hartree_add.o m_mixing_scf.o m_spin.o
1093-read_options.o: m_target_stress.o memoryinfo.o parallel.o precision.o
1094+read_options.o: files.o m_charge_add.o m_cite.o m_hartree_add.o m_mixing_scf.o
1095+read_options.o: m_spin.o m_target_stress.o memoryinfo.o parallel.o precision.o
1096 read_options.o: siesta_cml.o siesta_options.o sys.o units.o
1097 read_xc_info.o: parallel.o precision.o sys.o
1098 readsp.o: parallel.o precision.o sys.o
1099@@ -805,30 +832,32 @@
1100 siesta_end.o: meshdscf.o meshphi.o moremeshsubs.o parallel.o siesta_cml.o
1101 siesta_end.o: siesta_cmlsubs.o siesta_master.o siesta_options.o
1102 siesta_end.o: sparse_matrices.o timestamp.o
1103-siesta_forces.o: atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o compute_dm.o
1104-siesta_forces.o: compute_energies.o compute_max_diff.o files.o
1105-siesta_forces.o: final_H_f_stress.o flook_siesta.o kpoint_grid.o
1106-siesta_forces.o: m_convergence.o m_energies.o m_forces.o m_iodm_old.o
1107-siesta_forces.o: m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o m_ncdf_siesta.o
1108-siesta_forces.o: m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o m_steps.o
1109-siesta_forces.o: m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o m_ts_electype.o
1110-siesta_forces.o: m_ts_global_vars.o m_ts_method.o m_ts_options.o mixer.o
1111-siesta_forces.o: parallel.o post_scf_work.o precision.o save_density_matrix.o
1112-siesta_forces.o: scfconvergence_test.o setup_H0.o setup_hamiltonian.o
1113-siesta_forces.o: siesta_cml.o siesta_dicts.o siesta_geom.o siesta_master.o
1114-siesta_forces.o: siesta_options.o sparse_matrices.o state_analysis.o
1115-siesta_forces.o: state_init.o sys.o units.o write_subs.o
1116+siesta_forces.o: alloc.o atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o
1117+siesta_forces.o: compute_dm.o compute_energies.o compute_max_diff.o
1118+siesta_forces.o: densematrix.o files.o final_H_f_stress.o flook_siesta.o
1119+siesta_forces.o: kpoint_grid.o m_convergence.o m_energies.o m_eo.o m_evolve.o
1120+siesta_forces.o: m_forces.o m_gamma.o m_initwf.o m_iodm.o m_iodm_old.o
1121+siesta_forces.o: m_iotddft.o m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o
1122+siesta_forces.o: m_ncdf_siesta.o m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o
1123+siesta_forces.o: m_steps.o m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o
1124+siesta_forces.o: m_ts_electype.o m_ts_global_vars.o m_ts_method.o
1125+siesta_forces.o: m_ts_options.o mixer.o overfsm.o parallel.o post_scf_work.o
1126+siesta_forces.o: precision.o save_density_matrix.o scfconvergence_test.o
1127+siesta_forces.o: setup_H0.o setup_hamiltonian.o siesta_cml.o siesta_dicts.o
1128+siesta_forces.o: siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o
1129+siesta_forces.o: sparse_matrices.o state_analysis.o state_init.o sys.o units.o
1130+siesta_forces.o: wavefunctions.o write_subs.o
1131 siesta_geom.o: precision.o
1132 siesta_init.o: alloc.o atomlist.o bands.o bsc_xcmod.o
1133 siesta_init.o: class_Fstack_Pair_Geometry_SpData2D.o densematrix.o files.o
1134 siesta_init.o: flook_siesta.o ioxv.o kpoint_grid.o kpoint_pdos.o ksvinit.o
1135 siesta_init.o: m_cite.o m_energies.o m_eo.o m_fixed.o m_forces.o m_gamma.o
1136-siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_rmaxh.o m_spin.o
1137-siesta_init.o: m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o metaforce.o
1138-siesta_init.o: molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o parallelsubs.o
1139-siesta_init.o: projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o siesta_geom.o
1140-siesta_init.o: siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o sys.o timer.o
1141-siesta_init.o: timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o
1142+siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_poisson_fdf.o m_rmaxh.o
1143+siesta_init.o: m_spin.o m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o
1144+siesta_init.o: metaforce.o molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o
1145+siesta_init.o: parallelsubs.o projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o
1146+siesta_init.o: siesta_geom.o siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o
1147+siesta_init.o: sys.o timer.o timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o
1148 siesta_master.o: iopipes.o iosockets.o precision.o sys.o
1149 siesta_move.o: atomlist.o broyden_optim.o cell_broyden_optim.o
1150 siesta_move.o: cell_fire_optim.o dynamics.o fire_optim.o flook_siesta.o ioxv.o
1151@@ -860,18 +889,17 @@
1152 state_init.o: proximity_check.o siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_options.o
1153 state_init.o: sparse_matrices.o sys.o units.o write_subs.o zmatrix.o
1154 struct_init.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o files.o ioxv.o m_exp_coord.o
1155-struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_steps.o parallel.o periodic_table.o
1156-struct_init.o: siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o
1157-struct_init.o: units.o zmatrix.o
1158+struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_poisson_fdf.o m_poisson_obc_comm.o
1159+struct_init.o: m_steps.o parallel.o periodic_table.o siesta_cml.o siesta_geom.o
1160+struct_init.o: siesta_master.o siesta_options.o units.o zmatrix.o
1161 sys.o: parallel.o
1162 timer.o: extrae_eventllist.o extrae_module.o m_timer.o parallel.o sys.o
1163 timer.o: timer_tree.o
1164 timer_tree.o: m_walltime.o
1165 transition_rate.o: alloc.o fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
1166-ts_init.o: m_cite.o m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o
1167-ts_init.o: m_ts_electrode.o m_ts_electype.o m_ts_gf.o m_ts_global_vars.o
1168-ts_init.o: m_ts_kpoints.o m_ts_method.o m_ts_options.o parallel.o
1169-ts_init.o: siesta_options.o
1170+ts_init.o: m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o m_ts_electrode.o
1171+ts_init.o: m_ts_electype.o m_ts_gf.o m_ts_global_vars.o m_ts_kpoints.o
1172+ts_init.o: m_ts_method.o m_ts_options.o parallel.o siesta_options.o
1173 ts_show_regions.o: m_region.o m_ts_electype.o m_ts_method.o parallel.o
1174 ts_show_regions.o: precision.o units.o
1175 typecell.o: precision.o
1176@@ -883,6 +911,7 @@
1177 vmatsp.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o mesh.o meshdscf.o
1178 vmatsp.o: meshphi.o precision.o
1179 vmb.o: m_fixed.o parallel.o precision.o sys.o
1180+wavefunctions.o: parallel.o precision.o
1181 write_inp_wannier.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o m_ntm.o m_orderbands.o
1182 write_inp_wannier.o: mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
1183 write_inp_wannier.o: siesta2wannier90.o siesta_geom.o
1184@@ -1004,6 +1033,7 @@
1185 m_ksv.o: ksv.o
1186 m_ksvinit.o: ksvinit.o
1187 m_ldau.o: ldau.o
1188+m_linpack.o: linpack.o
1189 m_local_dos.o: local_DOS.o
1190 m_matel_registry.o: matel_registry.o
1191 m_minvec.o: minvec.o
1192@@ -1048,6 +1078,8 @@
1193 m_vmat.o: vmat.o
1194 m_zm_broyden_optim.o: zm_broyden_optim.o
1195 m_zm_fire_optim.o: zm_fire_optim.o
1196+matdiagon.o: m_matdiag.o
1197+matswinversion.o: m_matswinvers.o
1198 mtprng.o: m_uuid.o
1199 neighbour.o: mneighb.o
1200 on_core.o: onmod.o
1201
1202=== modified file 'Util/Grimme/Makefile'
1203--- Util/Grimme/Makefile 2016-08-30 14:02:33 +0000
1204+++ Util/Grimme/Makefile 2016-11-22 08:16:45 +0000
1205@@ -109,7 +109,7 @@
1206 bsc_cellxc.o: alloc.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o mesh.o moremeshsubs.o parallel.o
1207 bsc_cellxc.o: parallelsubs.o precision.o sys.o
1208 bsc_xcmod.o: parallel.o precision.o sys.o
1209-cart2frac.o: sys.o
1210+cart2frac.o: precision.o sys.o
1211 cdiag.o: alloc.o m_diagon_opt.o memoryinfo.o parallel.o precision.o sys.o
1212 cell_broyden_optim.o: m_broyddj_nocomm.o parallel.o precision.o sys.o units.o
1213 cell_broyden_optim.o: zmatrix.o
1214@@ -121,6 +121,8 @@
1215 cgvc_zmatrix.o: alloc.o conjgr.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o sys.o
1216 cgvc_zmatrix.o: units.o zmatrix.o
1217 cgwf.o: egandd.o onmod.o parallel.o precision.o sys.o
1218+changebasis.o: alloc.o m_matdiag.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
1219+changebasis.o: sparse_matrices.o sys.o wavefunctions.o
1220 chemical.o: parallel.o precision.o sys.o
1221 chempot.o: alloc.o mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
1222 chkdim.o: sys.o
1223@@ -172,17 +174,17 @@
1224 denmat.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o
1225 denmatlomem.o: alloc.o globalise.o onmod.o precision.o
1226 densematrix.o: alloc.o precision.o
1227-detover.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
1228+detover.o: alloc.o linpack.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
1229 dfscf.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o m_spin.o mesh.o
1230 dfscf.o: meshdscf.o meshphi.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
1231 dhscf.o: alloc.o atmfuncs.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o delk.o dfscf.o
1232 dhscf.o: doping_uniform.o files.o forhar.o iogrid_netcdf.o m_charge_add.o
1233-dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_mesh_node.o m_ncdf_io.o
1234-dhscf.o: m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_rhog.o m_spin.o
1235-dhscf.o: m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o m_ts_options.o m_ts_tdir.o
1236-dhscf.o: m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o moremeshsubs.o parallel.o
1237-dhscf.o: parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o siesta_options.o sys.o units.o
1238-dhscf.o: vmat.o
1239+dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_iotddft.o m_mesh_node.o
1240+dhscf.o: m_ncdf_io.o m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_poisson_fdf.o
1241+dhscf.o: m_poisson_switch.o m_rhog.o m_spin.o m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o
1242+dhscf.o: m_ts_options.o m_ts_tdir.o m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o
1243+dhscf.o: moremeshsubs.o parallel.o parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o
1244+dhscf.o: siesta_options.o sys.o units.o vmat.o
1245 diag2g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
1246 diag2k.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
1247 diag3g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
1248@@ -210,7 +212,7 @@
1249 domain_decom.o: sparse_matrices.o sys.o
1250 doping_uniform.o: alloc.o m_ntm.o mesh.o parallel.o precision.o sys.o
1251 dynamics.o: alloc.o atomlist.o files.o ioxv.o m_mpi_utils.o parallel.o
1252-dynamics.o: precision.o sys.o units.o
1253+dynamics.o: precision.o siesta_options.o sys.o units.o
1254 egandd.o: alloc.o denmat.o ener3.o globalise.o gradient.o on_subs.o onmod.o
1255 egandd.o: onmod.o precision.o sys.o
1256 eggbox.o: parallel.o precision.o
1257@@ -219,6 +221,10 @@
1258 elpa2.o: elpa1.o
1259 ener3.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o
1260 ener3lomem.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o
1261+evolg.o: alloc.o m_eo.o m_matswinvers.o m_steps.o parallel.o parallelsubs.o
1262+evolg.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o wavefunctions.o
1263+evolk.o: m_diagon_opt.o m_matswinvers.o parallel.o precision.o siesta_options.o
1264+evolk.o: sys.o wavefunctions.o
1265 extrapolateSpData2D.o: class_Data2D.o class_OrbitalDistribution.o
1266 extrapolateSpData2D.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o
1267 extrapolon.o: parallel.o precision.o sys.o
1268@@ -259,9 +265,9 @@
1269 initatom.o: atmparams.o atom.o atom_options.o basis_io.o basis_specs.o
1270 initatom.o: basis_types.o chemical.o electrostatic.o ldau_specs.o m_spin.o
1271 initatom.o: old_atmfuncs.o precision.o pseudopotential.o
1272-initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o parallel.o
1273-initparallel.o: parallelsubs.o precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o
1274-initparallel.o: spatial.o sys.o
1275+initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o
1276+initparallel.o: m_poisson_fdf.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
1277+initparallel.o: siesta_options.o sparse_matrices.o spatial.o sys.o
1278 io.o: sys.o
1279 iocg.o: files.o precision.o sys.o
1280 iodm.o: alloc.o files.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
1281@@ -320,7 +326,9 @@
1282 m_efield.o: siesta_geom.o sys.o units.o
1283 m_energies.o: precision.o
1284 m_eo.o: precision.o
1285+m_evolve.o: alloc.o m_memory.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
1286 m_exp_coord.o: files.o m_os.o parallel.o precision.o units.o
1287+m_fastconv_dims.o: precision.o
1288 m_filter.o: bessph.o precision.o radfft.o sorting.o sys.o
1289 m_fire.o: parallel.o precision.o
1290 m_fire_mixing.o: alloc.o m_fire_para.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o
1291@@ -342,10 +350,14 @@
1292 m_hs_matrix.o: alloc.o cellsubs.o geom_helper.o precision.o sys.o
1293 m_hsx.o: atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o files.o parallel.o parallelsubs.o
1294 m_hsx.o: precision.o siesta_geom.o sys.o
1295+m_initwf.o: alloc.o densematrix.o fermid.o m_diagon_opt.o m_eo.o m_memory.o
1296+m_initwf.o: parallel.o parallelsubs.o precision.o sparse_matrices.o sys.o
1297+m_initwf.o: wavefunctions.o
1298 m_integrate.o: precision.o
1299 m_io.o: sys.o
1300 m_io_s.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o class_SpData2D.o
1301 m_io_s.o: class_Sparsity.o parallel.o precision.o
1302+m_iodipol.o: files.o m_dipol.o m_steps.o
1303 m_iodm.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o class_Sparsity.o
1304 m_iodm.o: m_io_s.o parallel.o
1305 m_iodm_old.o: alloc.o files.o m_matio.o m_mpi_utils.o parallel.o parallelsubs.o
1306@@ -353,9 +365,13 @@
1307 m_iorho.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
1308 m_iostruct.o: alloc.o files.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o
1309 m_iostruct.o: siesta_geom.o sys.o units.o
1310+m_iotddft.o: files.o m_dipol.o m_steps.o parallel.o siesta_options.o
1311+m_iotddft.o: wavefunctions.o
1312 m_kinetic.o: precision.o
1313 m_mat_invert.o: intrinsic_missing.o m_pivot_array.o precision.o
1314+m_matdiag.o: precision.o
1315 m_matio.o: alloc.o parallel.o
1316+m_matswinvers.o: precision.o
1317 m_memory.o: memoryinfo.o parallel.o sys.o
1318 m_mesh_node.o: intrinsic_missing.o parallel.o precision.o
1319 m_mixing.o: class_Data1D.o class_Fstack_Data1D.o parallel.o precision.o
1320@@ -403,6 +419,15 @@
1321 m_planewavematrix.o: atomlist.o dhscf.o m_planewavematrixvar.o precision.o
1322 m_planewavematrix.o: siesta_geom.o sparse_matrices.o
1323 m_planewavematrixvar.o: precision.o
1324+m_plot_1d_arr3d.o: precision.o
1325+m_poisson_fdf.o: m_char.o precision.o
1326+m_poisson_obc_comm.o: atm_types.o atmfuncs.o m_mpi_stop.o parallel.o
1327+m_poisson_obc_comm.o: precision.o siesta_geom.o sys.o
1328+m_poisson_obc_fastconv.o: cellsubs.o m_mpi_stop.o m_poisson_obc_fastconv_r2c.o
1329+m_poisson_obc_fastconv.o: parallel.o precision.o sys.o
1330+m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: cellsubs.o m_fastconv_dims.o m_plot_1d_arr3d.o
1331+m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: m_poisson_obc_comm.o precision.o sys.o
1332+m_poisson_switch.o: m_poisson_obc_fastconv.o precision.o sys.o
1333 m_pulay.o: alloc.o atomlist.o m_mpi_utils.o m_spin.o m_svd.o parallel.o
1334 m_pulay.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o
1335 m_redist_spmatrix.o: alloc.o class_Distribution.o
1336@@ -418,7 +443,8 @@
1337 m_sparsity_handling.o: class_Data1D.o class_Data2D.o
1338 m_sparsity_handling.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o
1339 m_sparsity_handling.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o geom_helper.o
1340-m_sparsity_handling.o: m_interpolate.o m_region.o precision.o
1341+m_sparsity_handling.o: intrinsic_missing.o m_interpolate.o m_region.o
1342+m_sparsity_handling.o: precision.o
1343 m_spin.o: alloc.o parallel.o precision.o sys.o units.o
1344 m_stress.o: precision.o
1345 m_supercell.o: atom_graph.o class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o
1346@@ -530,9 +556,10 @@
1347 m_ts_options.o: m_ts_hartree.o m_ts_method.o m_ts_mumps_init.o m_ts_tdir.o
1348 m_ts_options.o: m_ts_weight.o parallel.o precision.o siesta_options.o units.o
1349 m_ts_pivot.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o
1350-m_ts_pivot.o: create_Sparsity_SC.o create_Sparsity_Union.o intrinsic_missing.o
1351-m_ts_pivot.o: m_char.o m_pivot.o m_region.o m_sparsity_handling.o m_ts_debug.o
1352-m_ts_pivot.o: m_ts_electype.o parallel.o precision.o
1353+m_ts_pivot.o: create_Sparsity_SC.o create_Sparsity_Union.o geom_helper.o
1354+m_ts_pivot.o: intrinsic_missing.o m_char.o m_pivot.o m_region.o
1355+m_ts_pivot.o: m_sparsity_handling.o m_ts_debug.o m_ts_electype.o parallel.o
1356+m_ts_pivot.o: precision.o
1357 m_ts_rgn2trimat.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o
1358 m_ts_rgn2trimat.o: create_Sparsity_Union.o geom_helper.o m_region.o
1359 m_ts_rgn2trimat.o: m_ts_electype.o m_ts_method.o m_ts_tri_common.o parallel.o
1360@@ -675,8 +702,8 @@
1361 rdiag.o: alloc.o m_diagon_opt.o memoryinfo.o parallel.o precision.o sys.o
1362 rdiag_elpa.o: alloc.o elpa1.o elpa2.o parallel.o precision.o sys.o
1363 rdiag_mrrr.o: alloc.o parallel.o precision.o sys.o
1364-read_options.o: files.o m_charge_add.o m_hartree_add.o m_mixing_scf.o m_spin.o
1365-read_options.o: m_target_stress.o memoryinfo.o parallel.o precision.o
1366+read_options.o: files.o m_charge_add.o m_cite.o m_hartree_add.o m_mixing_scf.o
1367+read_options.o: m_spin.o m_target_stress.o memoryinfo.o parallel.o precision.o
1368 read_options.o: siesta_cml.o siesta_options.o sys.o units.o
1369 read_xc_info.o: parallel.o precision.o sys.o
1370 readsp.o: parallel.o precision.o sys.o
1371@@ -743,30 +770,32 @@
1372 siesta_end.o: meshdscf.o meshphi.o moremeshsubs.o parallel.o siesta_cml.o
1373 siesta_end.o: siesta_cmlsubs.o siesta_master.o siesta_options.o
1374 siesta_end.o: sparse_matrices.o timestamp.o
1375-siesta_forces.o: atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o compute_dm.o
1376-siesta_forces.o: compute_energies.o compute_max_diff.o files.o
1377-siesta_forces.o: final_H_f_stress.o flook_siesta.o kpoint_grid.o
1378-siesta_forces.o: m_convergence.o m_energies.o m_forces.o m_iodm_old.o
1379-siesta_forces.o: m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o m_ncdf_siesta.o
1380-siesta_forces.o: m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o m_steps.o
1381-siesta_forces.o: m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o m_ts_electype.o
1382-siesta_forces.o: m_ts_global_vars.o m_ts_method.o m_ts_options.o mixer.o
1383-siesta_forces.o: parallel.o post_scf_work.o precision.o save_density_matrix.o
1384-siesta_forces.o: scfconvergence_test.o setup_H0.o setup_hamiltonian.o
1385-siesta_forces.o: siesta_cml.o siesta_dicts.o siesta_geom.o siesta_master.o
1386-siesta_forces.o: siesta_options.o sparse_matrices.o state_analysis.o
1387-siesta_forces.o: state_init.o sys.o units.o write_subs.o
1388+siesta_forces.o: alloc.o atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o
1389+siesta_forces.o: compute_dm.o compute_energies.o compute_max_diff.o
1390+siesta_forces.o: densematrix.o files.o final_H_f_stress.o flook_siesta.o
1391+siesta_forces.o: kpoint_grid.o m_convergence.o m_energies.o m_eo.o m_evolve.o
1392+siesta_forces.o: m_forces.o m_gamma.o m_initwf.o m_iodm.o m_iodm_old.o
1393+siesta_forces.o: m_iotddft.o m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o
1394+siesta_forces.o: m_ncdf_siesta.o m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o
1395+siesta_forces.o: m_steps.o m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o
1396+siesta_forces.o: m_ts_electype.o m_ts_global_vars.o m_ts_method.o
1397+siesta_forces.o: m_ts_options.o mixer.o overfsm.o parallel.o post_scf_work.o
1398+siesta_forces.o: precision.o save_density_matrix.o scfconvergence_test.o
1399+siesta_forces.o: setup_H0.o setup_hamiltonian.o siesta_cml.o siesta_dicts.o
1400+siesta_forces.o: siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o
1401+siesta_forces.o: sparse_matrices.o state_analysis.o state_init.o sys.o units.o
1402+siesta_forces.o: wavefunctions.o write_subs.o
1403 siesta_geom.o: precision.o
1404 siesta_init.o: alloc.o atomlist.o bands.o bsc_xcmod.o
1405 siesta_init.o: class_Fstack_Pair_Geometry_SpData2D.o densematrix.o files.o
1406 siesta_init.o: flook_siesta.o ioxv.o kpoint_grid.o kpoint_pdos.o ksvinit.o
1407 siesta_init.o: m_cite.o m_energies.o m_eo.o m_fixed.o m_forces.o m_gamma.o
1408-siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_rmaxh.o m_spin.o
1409-siesta_init.o: m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o metaforce.o
1410-siesta_init.o: molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o parallelsubs.o
1411-siesta_init.o: projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o siesta_geom.o
1412-siesta_init.o: siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o sys.o timer.o
1413-siesta_init.o: timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o
1414+siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_poisson_fdf.o m_rmaxh.o
1415+siesta_init.o: m_spin.o m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o
1416+siesta_init.o: metaforce.o molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o
1417+siesta_init.o: parallelsubs.o projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o
1418+siesta_init.o: siesta_geom.o siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o
1419+siesta_init.o: sys.o timer.o timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o
1420 siesta_master.o: iopipes.o iosockets.o precision.o sys.o
1421 siesta_move.o: atomlist.o broyden_optim.o cell_broyden_optim.o
1422 siesta_move.o: cell_fire_optim.o dynamics.o fire_optim.o flook_siesta.o ioxv.o
1423@@ -798,18 +827,17 @@
1424 state_init.o: proximity_check.o siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_options.o
1425 state_init.o: sparse_matrices.o sys.o units.o write_subs.o zmatrix.o
1426 struct_init.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o files.o ioxv.o m_exp_coord.o
1427-struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_steps.o parallel.o periodic_table.o
1428-struct_init.o: siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o
1429-struct_init.o: units.o zmatrix.o
1430+struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_poisson_fdf.o m_poisson_obc_comm.o
1431+struct_init.o: m_steps.o parallel.o periodic_table.o siesta_cml.o siesta_geom.o
1432+struct_init.o: siesta_master.o siesta_options.o units.o zmatrix.o
1433 sys.o: parallel.o
1434 timer.o: extrae_eventllist.o extrae_module.o m_timer.o parallel.o sys.o
1435 timer.o: timer_tree.o
1436 timer_tree.o: m_walltime.o
1437 transition_rate.o: alloc.o fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
1438-ts_init.o: m_cite.o m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o
1439-ts_init.o: m_ts_electrode.o m_ts_electype.o m_ts_gf.o m_ts_global_vars.o
1440-ts_init.o: m_ts_kpoints.o m_ts_method.o m_ts_options.o parallel.o
1441-ts_init.o: siesta_options.o
1442+ts_init.o: m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o m_ts_electrode.o
1443+ts_init.o: m_ts_electype.o m_ts_gf.o m_ts_global_vars.o m_ts_kpoints.o
1444+ts_init.o: m_ts_method.o m_ts_options.o parallel.o siesta_options.o
1445 ts_show_regions.o: m_region.o m_ts_electype.o m_ts_method.o parallel.o
1446 ts_show_regions.o: precision.o units.o
1447 typecell.o: precision.o
1448@@ -821,6 +849,7 @@
1449 vmatsp.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o mesh.o meshdscf.o
1450 vmatsp.o: meshphi.o precision.o
1451 vmb.o: m_fixed.o parallel.o precision.o sys.o
1452+wavefunctions.o: parallel.o precision.o
1453 write_inp_wannier.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o m_ntm.o m_orderbands.o
1454 write_inp_wannier.o: mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
1455 write_inp_wannier.o: siesta2wannier90.o siesta_geom.o
1456@@ -938,6 +967,7 @@
1457 m_ksv.o: ksv.o
1458 m_ksvinit.o: ksvinit.o
1459 m_ldau.o: ldau.o
1460+m_linpack.o: linpack.o
1461 m_local_dos.o: local_DOS.o
1462 m_matel_registry.o: matel_registry.o
1463 m_minvec.o: minvec.o
1464@@ -982,6 +1012,8 @@
1465 m_vmat.o: vmat.o
1466 m_zm_broyden_optim.o: zm_broyden_optim.o
1467 m_zm_fire_optim.o: zm_fire_optim.o
1468+matdiagon.o: m_matdiag.o
1469+matswinversion.o: m_matswinvers.o
1470 mtprng.o: m_uuid.o
1471 neighbour.o: mneighb.o
1472 on_core.o: onmod.o
1473
1474=== modified file 'Util/Helpers/Makefile'
1475--- Util/Helpers/Makefile 2016-08-30 14:02:33 +0000
1476+++ Util/Helpers/Makefile 2016-11-22 08:16:45 +0000
1477@@ -112,7 +112,7 @@
1478 bsc_cellxc.o: alloc.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o mesh.o moremeshsubs.o parallel.o
1479 bsc_cellxc.o: parallelsubs.o precision.o sys.o
1480 bsc_xcmod.o: parallel.o precision.o sys.o
1481-cart2frac.o: sys.o
1482+cart2frac.o: precision.o sys.o
1483 cdiag.o: alloc.o m_diagon_opt.o memoryinfo.o parallel.o precision.o sys.o
1484 cell_broyden_optim.o: m_broyddj_nocomm.o parallel.o precision.o sys.o units.o
1485 cell_broyden_optim.o: zmatrix.o
1486@@ -124,6 +124,8 @@
1487 cgvc_zmatrix.o: alloc.o conjgr.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o sys.o
1488 cgvc_zmatrix.o: units.o zmatrix.o
1489 cgwf.o: egandd.o onmod.o parallel.o precision.o sys.o
1490+changebasis.o: alloc.o m_matdiag.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
1491+changebasis.o: sparse_matrices.o sys.o wavefunctions.o
1492 chemical.o: parallel.o precision.o sys.o
1493 chempot.o: alloc.o mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
1494 chkdim.o: sys.o
1495@@ -175,17 +177,17 @@
1496 denmat.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o
1497 denmatlomem.o: alloc.o globalise.o onmod.o precision.o
1498 densematrix.o: alloc.o precision.o
1499-detover.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
1500+detover.o: alloc.o linpack.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
1501 dfscf.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o m_spin.o mesh.o
1502 dfscf.o: meshdscf.o meshphi.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
1503 dhscf.o: alloc.o atmfuncs.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o delk.o dfscf.o
1504 dhscf.o: doping_uniform.o files.o forhar.o iogrid_netcdf.o m_charge_add.o
1505-dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_mesh_node.o m_ncdf_io.o
1506-dhscf.o: m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_rhog.o m_spin.o
1507-dhscf.o: m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o m_ts_options.o m_ts_tdir.o
1508-dhscf.o: m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o moremeshsubs.o parallel.o
1509-dhscf.o: parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o siesta_options.o sys.o units.o
1510-dhscf.o: vmat.o
1511+dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_iotddft.o m_mesh_node.o
1512+dhscf.o: m_ncdf_io.o m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_poisson_fdf.o
1513+dhscf.o: m_poisson_switch.o m_rhog.o m_spin.o m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o
1514+dhscf.o: m_ts_options.o m_ts_tdir.o m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o
1515+dhscf.o: moremeshsubs.o parallel.o parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o
1516+dhscf.o: siesta_options.o sys.o units.o vmat.o
1517 diag2g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
1518 diag2k.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
1519 diag3g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
1520@@ -213,7 +215,7 @@
1521 domain_decom.o: sparse_matrices.o sys.o
1522 doping_uniform.o: alloc.o m_ntm.o mesh.o parallel.o precision.o sys.o
1523 dynamics.o: alloc.o atomlist.o files.o ioxv.o m_mpi_utils.o parallel.o
1524-dynamics.o: precision.o sys.o units.o
1525+dynamics.o: precision.o siesta_options.o sys.o units.o
1526 egandd.o: alloc.o denmat.o ener3.o globalise.o gradient.o on_subs.o onmod.o
1527 egandd.o: onmod.o precision.o sys.o
1528 eggbox.o: parallel.o precision.o
1529@@ -222,6 +224,10 @@
1530 elpa2.o: elpa1.o
1531 ener3.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o
1532 ener3lomem.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o
1533+evolg.o: alloc.o m_eo.o m_matswinvers.o m_steps.o parallel.o parallelsubs.o
1534+evolg.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o wavefunctions.o
1535+evolk.o: m_diagon_opt.o m_matswinvers.o parallel.o precision.o siesta_options.o
1536+evolk.o: sys.o wavefunctions.o
1537 extrapolateSpData2D.o: class_Data2D.o class_OrbitalDistribution.o
1538 extrapolateSpData2D.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o
1539 extrapolon.o: parallel.o precision.o sys.o
1540@@ -262,9 +268,9 @@
1541 initatom.o: atmparams.o atom.o atom_options.o basis_io.o basis_specs.o
1542 initatom.o: basis_types.o chemical.o electrostatic.o ldau_specs.o m_spin.o
1543 initatom.o: old_atmfuncs.o precision.o pseudopotential.o
1544-initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o parallel.o
1545-initparallel.o: parallelsubs.o precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o
1546-initparallel.o: spatial.o sys.o
1547+initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o
1548+initparallel.o: m_poisson_fdf.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
1549+initparallel.o: siesta_options.o sparse_matrices.o spatial.o sys.o
1550 io.o: sys.o
1551 iocg.o: files.o precision.o sys.o
1552 iodm.o: alloc.o files.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
1553@@ -323,7 +329,9 @@
1554 m_efield.o: siesta_geom.o sys.o units.o
1555 m_energies.o: precision.o
1556 m_eo.o: precision.o
1557+m_evolve.o: alloc.o m_memory.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
1558 m_exp_coord.o: files.o m_os.o parallel.o precision.o units.o
1559+m_fastconv_dims.o: precision.o
1560 m_filter.o: bessph.o precision.o radfft.o sorting.o sys.o
1561 m_fire.o: parallel.o precision.o
1562 m_fire_mixing.o: alloc.o m_fire_para.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o
1563@@ -345,10 +353,14 @@
1564 m_hs_matrix.o: alloc.o cellsubs.o geom_helper.o precision.o sys.o
1565 m_hsx.o: atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o files.o parallel.o parallelsubs.o
1566 m_hsx.o: precision.o siesta_geom.o sys.o
1567+m_initwf.o: alloc.o densematrix.o fermid.o m_diagon_opt.o m_eo.o m_memory.o
1568+m_initwf.o: parallel.o parallelsubs.o precision.o sparse_matrices.o sys.o
1569+m_initwf.o: wavefunctions.o
1570 m_integrate.o: precision.o
1571 m_io.o: sys.o
1572 m_io_s.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o class_SpData2D.o
1573 m_io_s.o: class_Sparsity.o parallel.o precision.o
1574+m_iodipol.o: files.o m_dipol.o m_steps.o
1575 m_iodm.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o class_Sparsity.o
1576 m_iodm.o: m_io_s.o parallel.o
1577 m_iodm_old.o: alloc.o files.o m_matio.o m_mpi_utils.o parallel.o parallelsubs.o
1578@@ -356,9 +368,13 @@
1579 m_iorho.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
1580 m_iostruct.o: alloc.o files.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o
1581 m_iostruct.o: siesta_geom.o sys.o units.o
1582+m_iotddft.o: files.o m_dipol.o m_steps.o parallel.o siesta_options.o
1583+m_iotddft.o: wavefunctions.o
1584 m_kinetic.o: precision.o
1585 m_mat_invert.o: intrinsic_missing.o m_pivot_array.o precision.o
1586+m_matdiag.o: precision.o
1587 m_matio.o: alloc.o parallel.o
1588+m_matswinvers.o: precision.o
1589 m_memory.o: memoryinfo.o parallel.o sys.o
1590 m_mesh_node.o: intrinsic_missing.o parallel.o precision.o
1591 m_mixing.o: class_Data1D.o class_Fstack_Data1D.o parallel.o precision.o
1592@@ -406,6 +422,15 @@
1593 m_planewavematrix.o: atomlist.o dhscf.o m_planewavematrixvar.o precision.o
1594 m_planewavematrix.o: siesta_geom.o sparse_matrices.o
1595 m_planewavematrixvar.o: precision.o
1596+m_plot_1d_arr3d.o: precision.o
1597+m_poisson_fdf.o: m_char.o precision.o
1598+m_poisson_obc_comm.o: atm_types.o atmfuncs.o m_mpi_stop.o parallel.o
1599+m_poisson_obc_comm.o: precision.o siesta_geom.o sys.o
1600+m_poisson_obc_fastconv.o: cellsubs.o m_mpi_stop.o m_poisson_obc_fastconv_r2c.o
1601+m_poisson_obc_fastconv.o: parallel.o precision.o sys.o
1602+m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: cellsubs.o m_fastconv_dims.o m_plot_1d_arr3d.o
1603+m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: m_poisson_obc_comm.o precision.o sys.o
1604+m_poisson_switch.o: m_poisson_obc_fastconv.o precision.o sys.o
1605 m_pulay.o: alloc.o atomlist.o m_mpi_utils.o m_spin.o m_svd.o parallel.o
1606 m_pulay.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o
1607 m_redist_spmatrix.o: alloc.o class_Distribution.o
1608@@ -421,7 +446,8 @@
1609 m_sparsity_handling.o: class_Data1D.o class_Data2D.o
1610 m_sparsity_handling.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o
1611 m_sparsity_handling.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o geom_helper.o
1612-m_sparsity_handling.o: m_interpolate.o m_region.o precision.o
1613+m_sparsity_handling.o: intrinsic_missing.o m_interpolate.o m_region.o
1614+m_sparsity_handling.o: precision.o
1615 m_spin.o: alloc.o parallel.o precision.o sys.o units.o
1616 m_stress.o: precision.o
1617 m_supercell.o: atom_graph.o class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o
1618@@ -533,9 +559,10 @@
1619 m_ts_options.o: m_ts_hartree.o m_ts_method.o m_ts_mumps_init.o m_ts_tdir.o
1620 m_ts_options.o: m_ts_weight.o parallel.o precision.o siesta_options.o units.o
1621 m_ts_pivot.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o
1622-m_ts_pivot.o: create_Sparsity_SC.o create_Sparsity_Union.o intrinsic_missing.o
1623-m_ts_pivot.o: m_char.o m_pivot.o m_region.o m_sparsity_handling.o m_ts_debug.o
1624-m_ts_pivot.o: m_ts_electype.o parallel.o precision.o
1625+m_ts_pivot.o: create_Sparsity_SC.o create_Sparsity_Union.o geom_helper.o
1626+m_ts_pivot.o: intrinsic_missing.o m_char.o m_pivot.o m_region.o
1627+m_ts_pivot.o: m_sparsity_handling.o m_ts_debug.o m_ts_electype.o parallel.o
1628+m_ts_pivot.o: precision.o
1629 m_ts_rgn2trimat.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o
1630 m_ts_rgn2trimat.o: create_Sparsity_Union.o geom_helper.o m_region.o
1631 m_ts_rgn2trimat.o: m_ts_electype.o m_ts_method.o m_ts_tri_common.o parallel.o
1632@@ -678,8 +705,8 @@
1633 rdiag.o: alloc.o m_diagon_opt.o memoryinfo.o parallel.o precision.o sys.o
1634 rdiag_elpa.o: alloc.o elpa1.o elpa2.o parallel.o precision.o sys.o
1635 rdiag_mrrr.o: alloc.o parallel.o precision.o sys.o
1636-read_options.o: files.o m_charge_add.o m_hartree_add.o m_mixing_scf.o m_spin.o
1637-read_options.o: m_target_stress.o memoryinfo.o parallel.o precision.o
1638+read_options.o: files.o m_charge_add.o m_cite.o m_hartree_add.o m_mixing_scf.o
1639+read_options.o: m_spin.o m_target_stress.o memoryinfo.o parallel.o precision.o
1640 read_options.o: siesta_cml.o siesta_options.o sys.o units.o
1641 read_xc_info.o: parallel.o precision.o sys.o
1642 readsp.o: parallel.o precision.o sys.o
1643@@ -746,30 +773,32 @@
1644 siesta_end.o: meshdscf.o meshphi.o moremeshsubs.o parallel.o siesta_cml.o
1645 siesta_end.o: siesta_cmlsubs.o siesta_master.o siesta_options.o
1646 siesta_end.o: sparse_matrices.o timestamp.o
1647-siesta_forces.o: atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o compute_dm.o
1648-siesta_forces.o: compute_energies.o compute_max_diff.o files.o
1649-siesta_forces.o: final_H_f_stress.o flook_siesta.o kpoint_grid.o
1650-siesta_forces.o: m_convergence.o m_energies.o m_forces.o m_iodm_old.o
1651-siesta_forces.o: m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o m_ncdf_siesta.o
1652-siesta_forces.o: m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o m_steps.o
1653-siesta_forces.o: m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o m_ts_electype.o
1654-siesta_forces.o: m_ts_global_vars.o m_ts_method.o m_ts_options.o mixer.o
1655-siesta_forces.o: parallel.o post_scf_work.o precision.o save_density_matrix.o
1656-siesta_forces.o: scfconvergence_test.o setup_H0.o setup_hamiltonian.o
1657-siesta_forces.o: siesta_cml.o siesta_dicts.o siesta_geom.o siesta_master.o
1658-siesta_forces.o: siesta_options.o sparse_matrices.o state_analysis.o
1659-siesta_forces.o: state_init.o sys.o units.o write_subs.o
1660+siesta_forces.o: alloc.o atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o
1661+siesta_forces.o: compute_dm.o compute_energies.o compute_max_diff.o
1662+siesta_forces.o: densematrix.o files.o final_H_f_stress.o flook_siesta.o
1663+siesta_forces.o: kpoint_grid.o m_convergence.o m_energies.o m_eo.o m_evolve.o
1664+siesta_forces.o: m_forces.o m_gamma.o m_initwf.o m_iodm.o m_iodm_old.o
1665+siesta_forces.o: m_iotddft.o m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o
1666+siesta_forces.o: m_ncdf_siesta.o m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o
1667+siesta_forces.o: m_steps.o m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o
1668+siesta_forces.o: m_ts_electype.o m_ts_global_vars.o m_ts_method.o
1669+siesta_forces.o: m_ts_options.o mixer.o overfsm.o parallel.o post_scf_work.o
1670+siesta_forces.o: precision.o save_density_matrix.o scfconvergence_test.o
1671+siesta_forces.o: setup_H0.o setup_hamiltonian.o siesta_cml.o siesta_dicts.o
1672+siesta_forces.o: siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o
1673+siesta_forces.o: sparse_matrices.o state_analysis.o state_init.o sys.o units.o
1674+siesta_forces.o: wavefunctions.o write_subs.o
1675 siesta_geom.o: precision.o
1676 siesta_init.o: alloc.o atomlist.o bands.o bsc_xcmod.o
1677 siesta_init.o: class_Fstack_Pair_Geometry_SpData2D.o densematrix.o files.o
1678 siesta_init.o: flook_siesta.o ioxv.o kpoint_grid.o kpoint_pdos.o ksvinit.o
1679 siesta_init.o: m_cite.o m_energies.o m_eo.o m_fixed.o m_forces.o m_gamma.o
1680-siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_rmaxh.o m_spin.o
1681-siesta_init.o: m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o metaforce.o
1682-siesta_init.o: molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o parallelsubs.o
1683-siesta_init.o: projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o siesta_geom.o
1684-siesta_init.o: siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o sys.o timer.o
1685-siesta_init.o: timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o
1686+siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_poisson_fdf.o m_rmaxh.o
1687+siesta_init.o: m_spin.o m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o
1688+siesta_init.o: metaforce.o molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o
1689+siesta_init.o: parallelsubs.o projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o
1690+siesta_init.o: siesta_geom.o siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o
1691+siesta_init.o: sys.o timer.o timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o
1692 siesta_master.o: iopipes.o iosockets.o precision.o sys.o
1693 siesta_move.o: atomlist.o broyden_optim.o cell_broyden_optim.o
1694 siesta_move.o: cell_fire_optim.o dynamics.o fire_optim.o flook_siesta.o ioxv.o
1695@@ -801,18 +830,17 @@
1696 state_init.o: proximity_check.o siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_options.o
1697 state_init.o: sparse_matrices.o sys.o units.o write_subs.o zmatrix.o
1698 struct_init.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o files.o ioxv.o m_exp_coord.o
1699-struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_steps.o parallel.o periodic_table.o
1700-struct_init.o: siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o
1701-struct_init.o: units.o zmatrix.o
1702+struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_poisson_fdf.o m_poisson_obc_comm.o
1703+struct_init.o: m_steps.o parallel.o periodic_table.o siesta_cml.o siesta_geom.o
1704+struct_init.o: siesta_master.o siesta_options.o units.o zmatrix.o
1705 sys.o: parallel.o
1706 timer.o: extrae_eventllist.o extrae_module.o m_timer.o parallel.o sys.o
1707 timer.o: timer_tree.o
1708 timer_tree.o: m_walltime.o
1709 transition_rate.o: alloc.o fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
1710-ts_init.o: m_cite.o m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o
1711-ts_init.o: m_ts_electrode.o m_ts_electype.o m_ts_gf.o m_ts_global_vars.o
1712-ts_init.o: m_ts_kpoints.o m_ts_method.o m_ts_options.o parallel.o
1713-ts_init.o: siesta_options.o
1714+ts_init.o: m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o m_ts_electrode.o
1715+ts_init.o: m_ts_electype.o m_ts_gf.o m_ts_global_vars.o m_ts_kpoints.o
1716+ts_init.o: m_ts_method.o m_ts_options.o parallel.o siesta_options.o
1717 ts_show_regions.o: m_region.o m_ts_electype.o m_ts_method.o parallel.o
1718 ts_show_regions.o: precision.o units.o
1719 typecell.o: precision.o
1720@@ -824,6 +852,7 @@
1721 vmatsp.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o mesh.o meshdscf.o
1722 vmatsp.o: meshphi.o precision.o
1723 vmb.o: m_fixed.o parallel.o precision.o sys.o
1724+wavefunctions.o: parallel.o precision.o
1725 write_inp_wannier.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o m_ntm.o m_orderbands.o
1726 write_inp_wannier.o: mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
1727 write_inp_wannier.o: siesta2wannier90.o siesta_geom.o
1728@@ -941,6 +970,7 @@
1729 m_ksv.o: ksv.o
1730 m_ksvinit.o: ksvinit.o
1731 m_ldau.o: ldau.o
1732+m_linpack.o: linpack.o
1733 m_local_dos.o: local_DOS.o
1734 m_matel_registry.o: matel_registry.o
1735 m_minvec.o: minvec.o
1736@@ -985,6 +1015,8 @@
1737 m_vmat.o: vmat.o
1738 m_zm_broyden_optim.o: zm_broyden_optim.o
1739 m_zm_fire_optim.o: zm_fire_optim.o
1740+matdiagon.o: m_matdiag.o
1741+matswinversion.o: m_matswinvers.o
1742 mtprng.o: m_uuid.o
1743 neighbour.o: mneighb.o
1744 on_core.o: onmod.o
1745
1746=== modified file 'Util/STM/ol-stm/Src/Makefile'
1747--- Util/STM/ol-stm/Src/Makefile 2016-08-30 14:02:33 +0000
1748+++ Util/STM/ol-stm/Src/Makefile 2016-11-22 08:16:45 +0000
1749@@ -185,7 +185,7 @@
1750 bsc_cellxc.o: alloc.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o mesh.o moremeshsubs.o parallel.o
1751 bsc_cellxc.o: parallelsubs.o precision.o sys.o
1752 bsc_xcmod.o: parallel.o precision.o sys.o
1753-cart2frac.o: sys.o
1754+cart2frac.o: precision.o sys.o
1755 cdiag.o: alloc.o m_diagon_opt.o memoryinfo.o parallel.o precision.o sys.o
1756 cell_broyden_optim.o: m_broyddj_nocomm.o parallel.o precision.o sys.o units.o
1757 cell_broyden_optim.o: zmatrix.o
1758@@ -197,6 +197,8 @@
1759 cgvc_zmatrix.o: alloc.o conjgr.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o sys.o
1760 cgvc_zmatrix.o: units.o zmatrix.o
1761 cgwf.o: egandd.o onmod.o parallel.o precision.o sys.o
1762+changebasis.o: alloc.o m_matdiag.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
1763+changebasis.o: sparse_matrices.o sys.o wavefunctions.o
1764 chemical.o: parallel.o precision.o sys.o
1765 chempot.o: alloc.o mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
1766 chkdim.o: sys.o
1767@@ -248,17 +250,17 @@
1768 denmat.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o
1769 denmatlomem.o: alloc.o globalise.o onmod.o precision.o
1770 densematrix.o: alloc.o precision.o
1771-detover.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
1772+detover.o: alloc.o linpack.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
1773 dfscf.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o m_spin.o mesh.o
1774 dfscf.o: meshdscf.o meshphi.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
1775 dhscf.o: alloc.o atmfuncs.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o delk.o dfscf.o
1776 dhscf.o: doping_uniform.o files.o forhar.o iogrid_netcdf.o m_charge_add.o
1777-dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_mesh_node.o m_ncdf_io.o
1778-dhscf.o: m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_rhog.o m_spin.o
1779-dhscf.o: m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o m_ts_options.o m_ts_tdir.o
1780-dhscf.o: m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o moremeshsubs.o parallel.o
1781-dhscf.o: parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o siesta_options.o sys.o units.o
1782-dhscf.o: vmat.o
1783+dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_iotddft.o m_mesh_node.o
1784+dhscf.o: m_ncdf_io.o m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_poisson_fdf.o
1785+dhscf.o: m_poisson_switch.o m_rhog.o m_spin.o m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o
1786+dhscf.o: m_ts_options.o m_ts_tdir.o m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o
1787+dhscf.o: moremeshsubs.o parallel.o parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o
1788+dhscf.o: siesta_options.o sys.o units.o vmat.o
1789 diag2g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
1790 diag2k.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
1791 diag3g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
1792@@ -286,7 +288,7 @@
1793 domain_decom.o: sparse_matrices.o sys.o
1794 doping_uniform.o: alloc.o m_ntm.o mesh.o parallel.o precision.o sys.o
1795 dynamics.o: alloc.o atomlist.o files.o ioxv.o m_mpi_utils.o parallel.o
1796-dynamics.o: precision.o sys.o units.o
1797+dynamics.o: precision.o siesta_options.o sys.o units.o
1798 egandd.o: alloc.o denmat.o ener3.o globalise.o gradient.o on_subs.o onmod.o
1799 egandd.o: onmod.o precision.o sys.o
1800 eggbox.o: parallel.o precision.o
1801@@ -295,6 +297,10 @@
1802 elpa2.o: elpa1.o
1803 ener3.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o
1804 ener3lomem.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o
1805+evolg.o: alloc.o m_eo.o m_matswinvers.o m_steps.o parallel.o parallelsubs.o
1806+evolg.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o wavefunctions.o
1807+evolk.o: m_diagon_opt.o m_matswinvers.o parallel.o precision.o siesta_options.o
1808+evolk.o: sys.o wavefunctions.o
1809 extrapolateSpData2D.o: class_Data2D.o class_OrbitalDistribution.o
1810 extrapolateSpData2D.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o
1811 extrapolon.o: parallel.o precision.o sys.o
1812@@ -335,9 +341,9 @@
1813 initatom.o: atmparams.o atom.o atom_options.o basis_io.o basis_specs.o
1814 initatom.o: basis_types.o chemical.o electrostatic.o ldau_specs.o m_spin.o
1815 initatom.o: old_atmfuncs.o precision.o pseudopotential.o
1816-initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o parallel.o
1817-initparallel.o: parallelsubs.o precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o
1818-initparallel.o: spatial.o sys.o
1819+initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o
1820+initparallel.o: m_poisson_fdf.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
1821+initparallel.o: siesta_options.o sparse_matrices.o spatial.o sys.o
1822 io.o: sys.o
1823 iocg.o: files.o precision.o sys.o
1824 iodm.o: alloc.o files.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
1825@@ -396,7 +402,9 @@
1826 m_efield.o: siesta_geom.o sys.o units.o
1827 m_energies.o: precision.o
1828 m_eo.o: precision.o
1829+m_evolve.o: alloc.o m_memory.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
1830 m_exp_coord.o: files.o m_os.o parallel.o precision.o units.o
1831+m_fastconv_dims.o: precision.o
1832 m_filter.o: bessph.o precision.o radfft.o sorting.o sys.o
1833 m_fire.o: parallel.o precision.o
1834 m_fire_mixing.o: alloc.o m_fire_para.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o
1835@@ -418,10 +426,14 @@
1836 m_hs_matrix.o: alloc.o cellsubs.o geom_helper.o precision.o sys.o
1837 m_hsx.o: atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o files.o parallel.o parallelsubs.o
1838 m_hsx.o: precision.o siesta_geom.o sys.o
1839+m_initwf.o: alloc.o densematrix.o fermid.o m_diagon_opt.o m_eo.o m_memory.o
1840+m_initwf.o: parallel.o parallelsubs.o precision.o sparse_matrices.o sys.o
1841+m_initwf.o: wavefunctions.o
1842 m_integrate.o: precision.o
1843 m_io.o: sys.o
1844 m_io_s.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o class_SpData2D.o
1845 m_io_s.o: class_Sparsity.o parallel.o precision.o
1846+m_iodipol.o: files.o m_dipol.o m_steps.o
1847 m_iodm.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o class_Sparsity.o
1848 m_iodm.o: m_io_s.o parallel.o
1849 m_iodm_old.o: alloc.o files.o m_matio.o m_mpi_utils.o parallel.o parallelsubs.o
1850@@ -429,9 +441,13 @@
1851 m_iorho.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
1852 m_iostruct.o: alloc.o files.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o
1853 m_iostruct.o: siesta_geom.o sys.o units.o
1854+m_iotddft.o: files.o m_dipol.o m_steps.o parallel.o siesta_options.o
1855+m_iotddft.o: wavefunctions.o
1856 m_kinetic.o: precision.o
1857 m_mat_invert.o: intrinsic_missing.o m_pivot_array.o precision.o
1858+m_matdiag.o: precision.o
1859 m_matio.o: alloc.o parallel.o
1860+m_matswinvers.o: precision.o
1861 m_memory.o: memoryinfo.o parallel.o sys.o
1862 m_mesh_node.o: intrinsic_missing.o parallel.o precision.o
1863 m_mixing.o: class_Data1D.o class_Fstack_Data1D.o parallel.o precision.o
1864@@ -479,6 +495,15 @@
1865 m_planewavematrix.o: atomlist.o dhscf.o m_planewavematrixvar.o precision.o
1866 m_planewavematrix.o: siesta_geom.o sparse_matrices.o
1867 m_planewavematrixvar.o: precision.o
1868+m_plot_1d_arr3d.o: precision.o
1869+m_poisson_fdf.o: m_char.o precision.o
1870+m_poisson_obc_comm.o: atm_types.o atmfuncs.o m_mpi_stop.o parallel.o
1871+m_poisson_obc_comm.o: precision.o siesta_geom.o sys.o
1872+m_poisson_obc_fastconv.o: cellsubs.o m_mpi_stop.o m_poisson_obc_fastconv_r2c.o
1873+m_poisson_obc_fastconv.o: parallel.o precision.o sys.o
1874+m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: cellsubs.o m_fastconv_dims.o m_plot_1d_arr3d.o
1875+m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: m_poisson_obc_comm.o precision.o sys.o
1876+m_poisson_switch.o: m_poisson_obc_fastconv.o precision.o sys.o
1877 m_pulay.o: alloc.o atomlist.o m_mpi_utils.o m_spin.o m_svd.o parallel.o
1878 m_pulay.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o
1879 m_redist_spmatrix.o: alloc.o class_Distribution.o
1880@@ -494,7 +519,8 @@
1881 m_sparsity_handling.o: class_Data1D.o class_Data2D.o
1882 m_sparsity_handling.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o
1883 m_sparsity_handling.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o geom_helper.o
1884-m_sparsity_handling.o: m_interpolate.o m_region.o precision.o
1885+m_sparsity_handling.o: intrinsic_missing.o m_interpolate.o m_region.o
1886+m_sparsity_handling.o: precision.o
1887 m_spin.o: alloc.o parallel.o precision.o sys.o units.o
1888 m_stress.o: precision.o
1889 m_supercell.o: atom_graph.o class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o
1890@@ -606,9 +632,10 @@
1891 m_ts_options.o: m_ts_hartree.o m_ts_method.o m_ts_mumps_init.o m_ts_tdir.o
1892 m_ts_options.o: m_ts_weight.o parallel.o precision.o siesta_options.o units.o
1893 m_ts_pivot.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o
1894-m_ts_pivot.o: create_Sparsity_SC.o create_Sparsity_Union.o intrinsic_missing.o
1895-m_ts_pivot.o: m_char.o m_pivot.o m_region.o m_sparsity_handling.o m_ts_debug.o
1896-m_ts_pivot.o: m_ts_electype.o parallel.o precision.o
1897+m_ts_pivot.o: create_Sparsity_SC.o create_Sparsity_Union.o geom_helper.o
1898+m_ts_pivot.o: intrinsic_missing.o m_char.o m_pivot.o m_region.o
1899+m_ts_pivot.o: m_sparsity_handling.o m_ts_debug.o m_ts_electype.o parallel.o
1900+m_ts_pivot.o: precision.o
1901 m_ts_rgn2trimat.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o
1902 m_ts_rgn2trimat.o: create_Sparsity_Union.o geom_helper.o m_region.o
1903 m_ts_rgn2trimat.o: m_ts_electype.o m_ts_method.o m_ts_tri_common.o parallel.o
1904@@ -751,8 +778,8 @@
1905 rdiag.o: alloc.o m_diagon_opt.o memoryinfo.o parallel.o precision.o sys.o
1906 rdiag_elpa.o: alloc.o elpa1.o elpa2.o parallel.o precision.o sys.o
1907 rdiag_mrrr.o: alloc.o parallel.o precision.o sys.o
1908-read_options.o: files.o m_charge_add.o m_hartree_add.o m_mixing_scf.o m_spin.o
1909-read_options.o: m_target_stress.o memoryinfo.o parallel.o precision.o
1910+read_options.o: files.o m_charge_add.o m_cite.o m_hartree_add.o m_mixing_scf.o
1911+read_options.o: m_spin.o m_target_stress.o memoryinfo.o parallel.o precision.o
1912 read_options.o: siesta_cml.o siesta_options.o sys.o units.o
1913 read_xc_info.o: parallel.o precision.o sys.o
1914 readsp.o: parallel.o precision.o sys.o
1915@@ -819,30 +846,32 @@
1916 siesta_end.o: meshdscf.o meshphi.o moremeshsubs.o parallel.o siesta_cml.o
1917 siesta_end.o: siesta_cmlsubs.o siesta_master.o siesta_options.o
1918 siesta_end.o: sparse_matrices.o timestamp.o
1919-siesta_forces.o: atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o compute_dm.o
1920-siesta_forces.o: compute_energies.o compute_max_diff.o files.o
1921-siesta_forces.o: final_H_f_stress.o flook_siesta.o kpoint_grid.o
1922-siesta_forces.o: m_convergence.o m_energies.o m_forces.o m_iodm_old.o
1923-siesta_forces.o: m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o m_ncdf_siesta.o
1924-siesta_forces.o: m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o m_steps.o
1925-siesta_forces.o: m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o m_ts_electype.o
1926-siesta_forces.o: m_ts_global_vars.o m_ts_method.o m_ts_options.o mixer.o
1927-siesta_forces.o: parallel.o post_scf_work.o precision.o save_density_matrix.o
1928-siesta_forces.o: scfconvergence_test.o setup_H0.o setup_hamiltonian.o
1929-siesta_forces.o: siesta_cml.o siesta_dicts.o siesta_geom.o siesta_master.o
1930-siesta_forces.o: siesta_options.o sparse_matrices.o state_analysis.o
1931-siesta_forces.o: state_init.o sys.o units.o write_subs.o
1932+siesta_forces.o: alloc.o atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o
1933+siesta_forces.o: compute_dm.o compute_energies.o compute_max_diff.o
1934+siesta_forces.o: densematrix.o files.o final_H_f_stress.o flook_siesta.o
1935+siesta_forces.o: kpoint_grid.o m_convergence.o m_energies.o m_eo.o m_evolve.o
1936+siesta_forces.o: m_forces.o m_gamma.o m_initwf.o m_iodm.o m_iodm_old.o
1937+siesta_forces.o: m_iotddft.o m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o
1938+siesta_forces.o: m_ncdf_siesta.o m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o
1939+siesta_forces.o: m_steps.o m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o
1940+siesta_forces.o: m_ts_electype.o m_ts_global_vars.o m_ts_method.o
1941+siesta_forces.o: m_ts_options.o mixer.o overfsm.o parallel.o post_scf_work.o
1942+siesta_forces.o: precision.o save_density_matrix.o scfconvergence_test.o
1943+siesta_forces.o: setup_H0.o setup_hamiltonian.o siesta_cml.o siesta_dicts.o
1944+siesta_forces.o: siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o
1945+siesta_forces.o: sparse_matrices.o state_analysis.o state_init.o sys.o units.o
1946+siesta_forces.o: wavefunctions.o write_subs.o
1947 siesta_geom.o: precision.o
1948 siesta_init.o: alloc.o atomlist.o bands.o bsc_xcmod.o
1949 siesta_init.o: class_Fstack_Pair_Geometry_SpData2D.o densematrix.o files.o
1950 siesta_init.o: flook_siesta.o ioxv.o kpoint_grid.o kpoint_pdos.o ksvinit.o
1951 siesta_init.o: m_cite.o m_energies.o m_eo.o m_fixed.o m_forces.o m_gamma.o
1952-siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_rmaxh.o m_spin.o
1953-siesta_init.o: m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o metaforce.o
1954-siesta_init.o: molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o parallelsubs.o
1955-siesta_init.o: projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o siesta_geom.o
1956-siesta_init.o: siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o sys.o timer.o
1957-siesta_init.o: timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o
1958+siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_poisson_fdf.o m_rmaxh.o
1959+siesta_init.o: m_spin.o m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o
1960+siesta_init.o: metaforce.o molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o
1961+siesta_init.o: parallelsubs.o projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o
1962+siesta_init.o: siesta_geom.o siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o
1963+siesta_init.o: sys.o timer.o timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o
1964 siesta_master.o: iopipes.o iosockets.o precision.o sys.o
1965 siesta_move.o: atomlist.o broyden_optim.o cell_broyden_optim.o
1966 siesta_move.o: cell_fire_optim.o dynamics.o fire_optim.o flook_siesta.o ioxv.o
1967@@ -874,18 +903,17 @@
1968 state_init.o: proximity_check.o siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_options.o
1969 state_init.o: sparse_matrices.o sys.o units.o write_subs.o zmatrix.o
1970 struct_init.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o files.o ioxv.o m_exp_coord.o
1971-struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_steps.o parallel.o periodic_table.o
1972-struct_init.o: siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o
1973-struct_init.o: units.o zmatrix.o
1974+struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_poisson_fdf.o m_poisson_obc_comm.o
1975+struct_init.o: m_steps.o parallel.o periodic_table.o siesta_cml.o siesta_geom.o
1976+struct_init.o: siesta_master.o siesta_options.o units.o zmatrix.o
1977 sys.o: parallel.o
1978 timer.o: extrae_eventllist.o extrae_module.o m_timer.o parallel.o sys.o
1979 timer.o: timer_tree.o
1980 timer_tree.o: m_walltime.o
1981 transition_rate.o: alloc.o fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
1982-ts_init.o: m_cite.o m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o
1983-ts_init.o: m_ts_electrode.o m_ts_electype.o m_ts_gf.o m_ts_global_vars.o
1984-ts_init.o: m_ts_kpoints.o m_ts_method.o m_ts_options.o parallel.o
1985-ts_init.o: siesta_options.o
1986+ts_init.o: m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o m_ts_electrode.o
1987+ts_init.o: m_ts_electype.o m_ts_gf.o m_ts_global_vars.o m_ts_kpoints.o
1988+ts_init.o: m_ts_method.o m_ts_options.o parallel.o siesta_options.o
1989 ts_show_regions.o: m_region.o m_ts_electype.o m_ts_method.o parallel.o
1990 ts_show_regions.o: precision.o units.o
1991 typecell.o: precision.o
1992@@ -897,6 +925,7 @@
1993 vmatsp.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o mesh.o meshdscf.o
1994 vmatsp.o: meshphi.o precision.o
1995 vmb.o: m_fixed.o parallel.o precision.o sys.o
1996+wavefunctions.o: parallel.o precision.o
1997 write_inp_wannier.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o m_ntm.o m_orderbands.o
1998 write_inp_wannier.o: mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
1999 write_inp_wannier.o: siesta2wannier90.o siesta_geom.o
2000@@ -1020,6 +1049,7 @@
2001 m_ksv.o: ksv.o
2002 m_ksvinit.o: ksvinit.o
2003 m_ldau.o: ldau.o
2004+m_linpack.o: linpack.o
2005 m_local_dos.o: local_DOS.o
2006 m_matel_registry.o: matel_registry.o
2007 m_minvec.o: minvec.o
2008@@ -1064,6 +1094,8 @@
2009 m_vmat.o: vmat.o
2010 m_zm_broyden_optim.o: zm_broyden_optim.o
2011 m_zm_fire_optim.o: zm_fire_optim.o
2012+matdiagon.o: m_matdiag.o
2013+matswinversion.o: m_matswinvers.o
2014 mtprng.o: m_uuid.o
2015 neighbour.o: mneighb.o
2016 on_core.o: onmod.o
2017
2018=== modified file 'Util/SpPivot/Makefile'
2019--- Util/SpPivot/Makefile 2016-08-30 14:02:33 +0000
2020+++ Util/SpPivot/Makefile 2016-11-22 08:16:45 +0000
2021@@ -116,7 +116,7 @@
2022 bsc_cellxc.o: alloc.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o mesh.o moremeshsubs.o parallel.o
2023 bsc_cellxc.o: parallelsubs.o precision.o sys.o
2024 bsc_xcmod.o: parallel.o precision.o sys.o
2025-cart2frac.o: sys.o
2026+cart2frac.o: precision.o sys.o
2027 cdiag.o: alloc.o m_diagon_opt.o memoryinfo.o parallel.o precision.o sys.o
2028 cell_broyden_optim.o: m_broyddj_nocomm.o parallel.o precision.o sys.o units.o
2029 cell_broyden_optim.o: zmatrix.o
2030@@ -128,6 +128,8 @@
2031 cgvc_zmatrix.o: alloc.o conjgr.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o sys.o
2032 cgvc_zmatrix.o: units.o zmatrix.o
2033 cgwf.o: egandd.o onmod.o parallel.o precision.o sys.o
2034+changebasis.o: alloc.o m_matdiag.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
2035+changebasis.o: sparse_matrices.o sys.o wavefunctions.o
2036 chemical.o: parallel.o precision.o sys.o
2037 chempot.o: alloc.o mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
2038 chkdim.o: sys.o
2039@@ -179,17 +181,17 @@
2040 denmat.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o
2041 denmatlomem.o: alloc.o globalise.o onmod.o precision.o
2042 densematrix.o: alloc.o precision.o
2043-detover.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
2044+detover.o: alloc.o linpack.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
2045 dfscf.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o m_spin.o mesh.o
2046 dfscf.o: meshdscf.o meshphi.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
2047 dhscf.o: alloc.o atmfuncs.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o delk.o dfscf.o
2048 dhscf.o: doping_uniform.o files.o forhar.o iogrid_netcdf.o m_charge_add.o
2049-dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_mesh_node.o m_ncdf_io.o
2050-dhscf.o: m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_rhog.o m_spin.o
2051-dhscf.o: m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o m_ts_options.o m_ts_tdir.o
2052-dhscf.o: m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o moremeshsubs.o parallel.o
2053-dhscf.o: parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o siesta_options.o sys.o units.o
2054-dhscf.o: vmat.o
2055+dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_iotddft.o m_mesh_node.o
2056+dhscf.o: m_ncdf_io.o m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_poisson_fdf.o
2057+dhscf.o: m_poisson_switch.o m_rhog.o m_spin.o m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o
2058+dhscf.o: m_ts_options.o m_ts_tdir.o m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o
2059+dhscf.o: moremeshsubs.o parallel.o parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o
2060+dhscf.o: siesta_options.o sys.o units.o vmat.o
2061 diag2g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
2062 diag2k.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
2063 diag3g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
2064@@ -217,7 +219,7 @@
2065 domain_decom.o: sparse_matrices.o sys.o
2066 doping_uniform.o: alloc.o m_ntm.o mesh.o parallel.o precision.o sys.o
2067 dynamics.o: alloc.o atomlist.o files.o ioxv.o m_mpi_utils.o parallel.o
2068-dynamics.o: precision.o sys.o units.o
2069+dynamics.o: precision.o siesta_options.o sys.o units.o
2070 egandd.o: alloc.o denmat.o ener3.o globalise.o gradient.o on_subs.o onmod.o
2071 egandd.o: onmod.o precision.o sys.o
2072 eggbox.o: parallel.o precision.o
2073@@ -226,6 +228,10 @@
2074 elpa2.o: elpa1.o
2075 ener3.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o
2076 ener3lomem.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o
2077+evolg.o: alloc.o m_eo.o m_matswinvers.o m_steps.o parallel.o parallelsubs.o
2078+evolg.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o wavefunctions.o
2079+evolk.o: m_diagon_opt.o m_matswinvers.o parallel.o precision.o siesta_options.o
2080+evolk.o: sys.o wavefunctions.o
2081 extrapolateSpData2D.o: class_Data2D.o class_OrbitalDistribution.o
2082 extrapolateSpData2D.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o
2083 extrapolon.o: parallel.o precision.o sys.o
2084@@ -266,9 +272,9 @@
2085 initatom.o: atmparams.o atom.o atom_options.o basis_io.o basis_specs.o
2086 initatom.o: basis_types.o chemical.o electrostatic.o ldau_specs.o m_spin.o
2087 initatom.o: old_atmfuncs.o precision.o pseudopotential.o
2088-initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o parallel.o
2089-initparallel.o: parallelsubs.o precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o
2090-initparallel.o: spatial.o sys.o
2091+initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o
2092+initparallel.o: m_poisson_fdf.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
2093+initparallel.o: siesta_options.o sparse_matrices.o spatial.o sys.o
2094 io.o: sys.o
2095 iocg.o: files.o precision.o sys.o
2096 iodm.o: alloc.o files.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
2097@@ -327,7 +333,9 @@
2098 m_efield.o: siesta_geom.o sys.o units.o
2099 m_energies.o: precision.o
2100 m_eo.o: precision.o
2101+m_evolve.o: alloc.o m_memory.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
2102 m_exp_coord.o: files.o m_os.o parallel.o precision.o units.o
2103+m_fastconv_dims.o: precision.o
2104 m_filter.o: bessph.o precision.o radfft.o sorting.o sys.o
2105 m_fire.o: parallel.o precision.o
2106 m_fire_mixing.o: alloc.o m_fire_para.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o
2107@@ -349,10 +357,14 @@
2108 m_hs_matrix.o: alloc.o cellsubs.o geom_helper.o precision.o sys.o
2109 m_hsx.o: atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o files.o parallel.o parallelsubs.o
2110 m_hsx.o: precision.o siesta_geom.o sys.o
2111+m_initwf.o: alloc.o densematrix.o fermid.o m_diagon_opt.o m_eo.o m_memory.o
2112+m_initwf.o: parallel.o parallelsubs.o precision.o sparse_matrices.o sys.o
2113+m_initwf.o: wavefunctions.o
2114 m_integrate.o: precision.o
2115 m_io.o: sys.o
2116 m_io_s.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o class_SpData2D.o
2117 m_io_s.o: class_Sparsity.o parallel.o precision.o
2118+m_iodipol.o: files.o m_dipol.o m_steps.o
2119 m_iodm.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o class_Sparsity.o
2120 m_iodm.o: m_io_s.o parallel.o
2121 m_iodm_old.o: alloc.o files.o m_matio.o m_mpi_utils.o parallel.o parallelsubs.o
2122@@ -360,9 +372,13 @@
2123 m_iorho.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
2124 m_iostruct.o: alloc.o files.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o
2125 m_iostruct.o: siesta_geom.o sys.o units.o
2126+m_iotddft.o: files.o m_dipol.o m_steps.o parallel.o siesta_options.o
2127+m_iotddft.o: wavefunctions.o
2128 m_kinetic.o: precision.o
2129 m_mat_invert.o: intrinsic_missing.o m_pivot_array.o precision.o
2130+m_matdiag.o: precision.o
2131 m_matio.o: alloc.o parallel.o
2132+m_matswinvers.o: precision.o
2133 m_memory.o: memoryinfo.o parallel.o sys.o
2134 m_mesh_node.o: intrinsic_missing.o parallel.o precision.o
2135 m_mixing.o: class_Data1D.o class_Fstack_Data1D.o parallel.o precision.o
2136@@ -410,6 +426,15 @@
2137 m_planewavematrix.o: atomlist.o dhscf.o m_planewavematrixvar.o precision.o
2138 m_planewavematrix.o: siesta_geom.o sparse_matrices.o
2139 m_planewavematrixvar.o: precision.o
2140+m_plot_1d_arr3d.o: precision.o
2141+m_poisson_fdf.o: m_char.o precision.o
2142+m_poisson_obc_comm.o: atm_types.o atmfuncs.o m_mpi_stop.o parallel.o
2143+m_poisson_obc_comm.o: precision.o siesta_geom.o sys.o
2144+m_poisson_obc_fastconv.o: cellsubs.o m_mpi_stop.o m_poisson_obc_fastconv_r2c.o
2145+m_poisson_obc_fastconv.o: parallel.o precision.o sys.o
2146+m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: cellsubs.o m_fastconv_dims.o m_plot_1d_arr3d.o
2147+m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: m_poisson_obc_comm.o precision.o sys.o
2148+m_poisson_switch.o: m_poisson_obc_fastconv.o precision.o sys.o
2149 m_pulay.o: alloc.o atomlist.o m_mpi_utils.o m_spin.o m_svd.o parallel.o
2150 m_pulay.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o
2151 m_redist_spmatrix.o: alloc.o class_Distribution.o
2152@@ -425,7 +450,8 @@
2153 m_sparsity_handling.o: class_Data1D.o class_Data2D.o
2154 m_sparsity_handling.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o
2155 m_sparsity_handling.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o geom_helper.o
2156-m_sparsity_handling.o: m_interpolate.o m_region.o precision.o
2157+m_sparsity_handling.o: intrinsic_missing.o m_interpolate.o m_region.o
2158+m_sparsity_handling.o: precision.o
2159 m_spin.o: alloc.o parallel.o precision.o sys.o units.o
2160 m_stress.o: precision.o
2161 m_supercell.o: atom_graph.o class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o
2162@@ -537,9 +563,10 @@
2163 m_ts_options.o: m_ts_hartree.o m_ts_method.o m_ts_mumps_init.o m_ts_tdir.o
2164 m_ts_options.o: m_ts_weight.o parallel.o precision.o siesta_options.o units.o
2165 m_ts_pivot.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o
2166-m_ts_pivot.o: create_Sparsity_SC.o create_Sparsity_Union.o intrinsic_missing.o
2167-m_ts_pivot.o: m_char.o m_pivot.o m_region.o m_sparsity_handling.o m_ts_debug.o
2168-m_ts_pivot.o: m_ts_electype.o parallel.o precision.o
2169+m_ts_pivot.o: create_Sparsity_SC.o create_Sparsity_Union.o geom_helper.o
2170+m_ts_pivot.o: intrinsic_missing.o m_char.o m_pivot.o m_region.o
2171+m_ts_pivot.o: m_sparsity_handling.o m_ts_debug.o m_ts_electype.o parallel.o
2172+m_ts_pivot.o: precision.o
2173 m_ts_rgn2trimat.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o
2174 m_ts_rgn2trimat.o: create_Sparsity_Union.o geom_helper.o m_region.o
2175 m_ts_rgn2trimat.o: m_ts_electype.o m_ts_method.o m_ts_tri_common.o parallel.o
2176@@ -682,8 +709,8 @@
2177 rdiag.o: alloc.o m_diagon_opt.o memoryinfo.o parallel.o precision.o sys.o
2178 rdiag_elpa.o: alloc.o elpa1.o elpa2.o parallel.o precision.o sys.o
2179 rdiag_mrrr.o: alloc.o parallel.o precision.o sys.o
2180-read_options.o: files.o m_charge_add.o m_hartree_add.o m_mixing_scf.o m_spin.o
2181-read_options.o: m_target_stress.o memoryinfo.o parallel.o precision.o
2182+read_options.o: files.o m_charge_add.o m_cite.o m_hartree_add.o m_mixing_scf.o
2183+read_options.o: m_spin.o m_target_stress.o memoryinfo.o parallel.o precision.o
2184 read_options.o: siesta_cml.o siesta_options.o sys.o units.o
2185 read_xc_info.o: parallel.o precision.o sys.o
2186 readsp.o: parallel.o precision.o sys.o
2187@@ -750,30 +777,32 @@
2188 siesta_end.o: meshdscf.o meshphi.o moremeshsubs.o parallel.o siesta_cml.o
2189 siesta_end.o: siesta_cmlsubs.o siesta_master.o siesta_options.o
2190 siesta_end.o: sparse_matrices.o timestamp.o
2191-siesta_forces.o: atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o compute_dm.o
2192-siesta_forces.o: compute_energies.o compute_max_diff.o files.o
2193-siesta_forces.o: final_H_f_stress.o flook_siesta.o kpoint_grid.o
2194-siesta_forces.o: m_convergence.o m_energies.o m_forces.o m_iodm_old.o
2195-siesta_forces.o: m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o m_ncdf_siesta.o
2196-siesta_forces.o: m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o m_steps.o
2197-siesta_forces.o: m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o m_ts_electype.o
2198-siesta_forces.o: m_ts_global_vars.o m_ts_method.o m_ts_options.o mixer.o
2199-siesta_forces.o: parallel.o post_scf_work.o precision.o save_density_matrix.o
2200-siesta_forces.o: scfconvergence_test.o setup_H0.o setup_hamiltonian.o
2201-siesta_forces.o: siesta_cml.o siesta_dicts.o siesta_geom.o siesta_master.o
2202-siesta_forces.o: siesta_options.o sparse_matrices.o state_analysis.o
2203-siesta_forces.o: state_init.o sys.o units.o write_subs.o
2204+siesta_forces.o: alloc.o atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o
2205+siesta_forces.o: compute_dm.o compute_energies.o compute_max_diff.o
2206+siesta_forces.o: densematrix.o files.o final_H_f_stress.o flook_siesta.o
2207+siesta_forces.o: kpoint_grid.o m_convergence.o m_energies.o m_eo.o m_evolve.o
2208+siesta_forces.o: m_forces.o m_gamma.o m_initwf.o m_iodm.o m_iodm_old.o
2209+siesta_forces.o: m_iotddft.o m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o
2210+siesta_forces.o: m_ncdf_siesta.o m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o
2211+siesta_forces.o: m_steps.o m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o
2212+siesta_forces.o: m_ts_electype.o m_ts_global_vars.o m_ts_method.o
2213+siesta_forces.o: m_ts_options.o mixer.o overfsm.o parallel.o post_scf_work.o
2214+siesta_forces.o: precision.o save_density_matrix.o scfconvergence_test.o
2215+siesta_forces.o: setup_H0.o setup_hamiltonian.o siesta_cml.o siesta_dicts.o
2216+siesta_forces.o: siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o
2217+siesta_forces.o: sparse_matrices.o state_analysis.o state_init.o sys.o units.o
2218+siesta_forces.o: wavefunctions.o write_subs.o
2219 siesta_geom.o: precision.o
2220 siesta_init.o: alloc.o atomlist.o bands.o bsc_xcmod.o
2221 siesta_init.o: class_Fstack_Pair_Geometry_SpData2D.o densematrix.o files.o
2222 siesta_init.o: flook_siesta.o ioxv.o kpoint_grid.o kpoint_pdos.o ksvinit.o
2223 siesta_init.o: m_cite.o m_energies.o m_eo.o m_fixed.o m_forces.o m_gamma.o
2224-siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_rmaxh.o m_spin.o
2225-siesta_init.o: m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o metaforce.o
2226-siesta_init.o: molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o parallelsubs.o
2227-siesta_init.o: projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o siesta_geom.o
2228-siesta_init.o: siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o sys.o timer.o
2229-siesta_init.o: timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o
2230+siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_poisson_fdf.o m_rmaxh.o
2231+siesta_init.o: m_spin.o m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o
2232+siesta_init.o: metaforce.o molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o
2233+siesta_init.o: parallelsubs.o projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o
2234+siesta_init.o: siesta_geom.o siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o
2235+siesta_init.o: sys.o timer.o timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o
2236 siesta_master.o: iopipes.o iosockets.o precision.o sys.o
2237 siesta_move.o: atomlist.o broyden_optim.o cell_broyden_optim.o
2238 siesta_move.o: cell_fire_optim.o dynamics.o fire_optim.o flook_siesta.o ioxv.o
2239@@ -805,18 +834,17 @@
2240 state_init.o: proximity_check.o siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_options.o
2241 state_init.o: sparse_matrices.o sys.o units.o write_subs.o zmatrix.o
2242 struct_init.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o files.o ioxv.o m_exp_coord.o
2243-struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_steps.o parallel.o periodic_table.o
2244-struct_init.o: siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o
2245-struct_init.o: units.o zmatrix.o
2246+struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_poisson_fdf.o m_poisson_obc_comm.o
2247+struct_init.o: m_steps.o parallel.o periodic_table.o siesta_cml.o siesta_geom.o
2248+struct_init.o: siesta_master.o siesta_options.o units.o zmatrix.o
2249 sys.o: parallel.o
2250 timer.o: extrae_eventllist.o extrae_module.o m_timer.o parallel.o sys.o
2251 timer.o: timer_tree.o
2252 timer_tree.o: m_walltime.o
2253 transition_rate.o: alloc.o fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
2254-ts_init.o: m_cite.o m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o
2255-ts_init.o: m_ts_electrode.o m_ts_electype.o m_ts_gf.o m_ts_global_vars.o
2256-ts_init.o: m_ts_kpoints.o m_ts_method.o m_ts_options.o parallel.o
2257-ts_init.o: siesta_options.o
2258+ts_init.o: m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o m_ts_electrode.o
2259+ts_init.o: m_ts_electype.o m_ts_gf.o m_ts_global_vars.o m_ts_kpoints.o
2260+ts_init.o: m_ts_method.o m_ts_options.o parallel.o siesta_options.o
2261 ts_show_regions.o: m_region.o m_ts_electype.o m_ts_method.o parallel.o
2262 ts_show_regions.o: precision.o units.o
2263 typecell.o: precision.o
2264@@ -828,6 +856,7 @@
2265 vmatsp.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o mesh.o meshdscf.o
2266 vmatsp.o: meshphi.o precision.o
2267 vmb.o: m_fixed.o parallel.o precision.o sys.o
2268+wavefunctions.o: parallel.o precision.o
2269 write_inp_wannier.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o m_ntm.o m_orderbands.o
2270 write_inp_wannier.o: mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
2271 write_inp_wannier.o: siesta2wannier90.o siesta_geom.o
2272@@ -948,6 +977,7 @@
2273 m_ksv.o: ksv.o
2274 m_ksvinit.o: ksvinit.o
2275 m_ldau.o: ldau.o
2276+m_linpack.o: linpack.o
2277 m_local_dos.o: local_DOS.o
2278 m_matel_registry.o: matel_registry.o
2279 m_minvec.o: minvec.o
2280@@ -992,6 +1022,8 @@
2281 m_vmat.o: vmat.o
2282 m_zm_broyden_optim.o: zm_broyden_optim.o
2283 m_zm_fire_optim.o: zm_fire_optim.o
2284+matdiagon.o: m_matdiag.o
2285+matswinversion.o: m_matswinvers.o
2286 mtprng.o: m_uuid.o
2287 neighbour.o: mneighb.o
2288 on_core.o: onmod.o
2289
2290=== modified file 'Util/TS/TBtrans/Makefile'
2291--- Util/TS/TBtrans/Makefile 2016-10-10 13:00:00 +0000
2292+++ Util/TS/TBtrans/Makefile 2016-11-22 08:16:45 +0000
2293@@ -364,6 +364,8 @@
2294 cgvc_zmatrix.o: alloc.o conjgr.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o sys.o
2295 cgvc_zmatrix.o: units.o zmatrix.o
2296 cgwf.o: egandd.o onmod.o parallel.o precision.o sys.o
2297+changebasis.o: alloc.o m_matdiag.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
2298+changebasis.o: sparse_matrices.o sys.o wavefunctions.o
2299 chemical.o: parallel.o precision.o sys.o
2300 chempot.o: alloc.o mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
2301 chkdim.o: sys.o
2302@@ -420,12 +422,12 @@
2303 dfscf.o: meshdscf.o meshphi.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
2304 dhscf.o: alloc.o atmfuncs.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o delk.o dfscf.o
2305 dhscf.o: doping_uniform.o files.o forhar.o iogrid_netcdf.o m_charge_add.o
2306-dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_mesh_node.o m_ncdf_io.o
2307-dhscf.o: m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_rhog.o m_spin.o
2308-dhscf.o: m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o m_ts_options.o m_ts_tdir.o
2309-dhscf.o: m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o moremeshsubs.o parallel.o
2310-dhscf.o: parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o siesta_options.o sys.o units.o
2311-dhscf.o: vmat.o
2312+dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_iotddft.o m_mesh_node.o
2313+dhscf.o: m_ncdf_io.o m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_poisson_fdf.o
2314+dhscf.o: m_poisson_switch.o m_rhog.o m_spin.o m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o
2315+dhscf.o: m_ts_options.o m_ts_tdir.o m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o
2316+dhscf.o: moremeshsubs.o parallel.o parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o
2317+dhscf.o: siesta_options.o sys.o units.o vmat.o
2318 diag2g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
2319 diag2k.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
2320 diag3g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
2321@@ -453,7 +455,7 @@
2322 domain_decom.o: sparse_matrices.o sys.o
2323 doping_uniform.o: alloc.o m_ntm.o mesh.o parallel.o precision.o sys.o
2324 dynamics.o: alloc.o atomlist.o files.o ioxv.o m_mpi_utils.o parallel.o
2325-dynamics.o: precision.o sys.o units.o
2326+dynamics.o: precision.o siesta_options.o sys.o units.o
2327 egandd.o: alloc.o denmat.o ener3.o globalise.o gradient.o on_subs.o onmod.o
2328 egandd.o: onmod.o precision.o sys.o
2329 eggbox.o: parallel.o precision.o
2330@@ -462,6 +464,10 @@
2331 elpa2.o: elpa1.o
2332 ener3.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o
2333 ener3lomem.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o
2334+evolg.o: alloc.o m_eo.o m_matswinvers.o m_steps.o parallel.o parallelsubs.o
2335+evolg.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o wavefunctions.o
2336+evolk.o: m_diagon_opt.o m_matswinvers.o parallel.o precision.o siesta_options.o
2337+evolk.o: sys.o wavefunctions.o
2338 extrapolateSpData2D.o: class_Data2D.o class_OrbitalDistribution.o
2339 extrapolateSpData2D.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o
2340 extrapolon.o: parallel.o precision.o sys.o
2341@@ -502,9 +508,9 @@
2342 initatom.o: atmparams.o atom.o atom_options.o basis_io.o basis_specs.o
2343 initatom.o: basis_types.o chemical.o electrostatic.o ldau_specs.o m_spin.o
2344 initatom.o: old_atmfuncs.o precision.o pseudopotential.o
2345-initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o parallel.o
2346-initparallel.o: parallelsubs.o precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o
2347-initparallel.o: spatial.o sys.o
2348+initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o
2349+initparallel.o: m_poisson_fdf.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
2350+initparallel.o: siesta_options.o sparse_matrices.o spatial.o sys.o
2351 io.o: sys.o
2352 iocg.o: files.o precision.o sys.o
2353 iodm.o: alloc.o files.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
2354@@ -563,7 +569,9 @@
2355 m_efield.o: siesta_geom.o sys.o units.o
2356 m_energies.o: precision.o
2357 m_eo.o: precision.o
2358+m_evolve.o: alloc.o m_memory.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
2359 m_exp_coord.o: files.o m_os.o parallel.o precision.o units.o
2360+m_fastconv_dims.o: precision.o
2361 m_filter.o: bessph.o precision.o radfft.o sorting.o sys.o
2362 m_fire.o: parallel.o precision.o
2363 m_fire_mixing.o: alloc.o m_fire_para.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o
2364@@ -585,10 +593,14 @@
2365 m_hs_matrix.o: alloc.o cellsubs.o geom_helper.o precision.o sys.o
2366 m_hsx.o: atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o files.o parallel.o parallelsubs.o
2367 m_hsx.o: precision.o siesta_geom.o sys.o
2368+m_initwf.o: alloc.o densematrix.o fermid.o m_diagon_opt.o m_eo.o m_memory.o
2369+m_initwf.o: parallel.o parallelsubs.o precision.o sparse_matrices.o sys.o
2370+m_initwf.o: wavefunctions.o
2371 m_integrate.o: precision.o
2372 m_io.o: sys.o
2373 m_io_s.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o class_SpData2D.o
2374 m_io_s.o: class_Sparsity.o parallel.o precision.o
2375+m_iodipol.o: files.o m_dipol.o m_steps.o
2376 m_iodm.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o class_Sparsity.o
2377 m_iodm.o: m_io_s.o parallel.o
2378 m_iodm_old.o: alloc.o files.o m_matio.o m_mpi_utils.o parallel.o parallelsubs.o
2379@@ -596,9 +608,13 @@
2380 m_iorho.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
2381 m_iostruct.o: alloc.o files.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o
2382 m_iostruct.o: siesta_geom.o sys.o units.o
2383+m_iotddft.o: files.o m_dipol.o m_steps.o parallel.o siesta_options.o
2384+m_iotddft.o: wavefunctions.o
2385 m_kinetic.o: precision.o
2386 m_mat_invert.o: intrinsic_missing.o m_pivot_array.o precision.o
2387+m_matdiag.o: precision.o
2388 m_matio.o: alloc.o parallel.o
2389+m_matswinvers.o: precision.o
2390 m_memory.o: memoryinfo.o parallel.o sys.o
2391 m_mesh_node.o: intrinsic_missing.o parallel.o precision.o
2392 m_mixing.o: class_Data1D.o class_Fstack_Data1D.o parallel.o precision.o
2393@@ -646,6 +662,15 @@
2394 m_planewavematrix.o: atomlist.o dhscf.o m_planewavematrixvar.o precision.o
2395 m_planewavematrix.o: siesta_geom.o sparse_matrices.o
2396 m_planewavematrixvar.o: precision.o
2397+m_plot_1d_arr3d.o: precision.o
2398+m_poisson_fdf.o: m_char.o precision.o
2399+m_poisson_obc_comm.o: atm_types.o atmfuncs.o m_mpi_stop.o parallel.o
2400+m_poisson_obc_comm.o: precision.o siesta_geom.o sys.o
2401+m_poisson_obc_fastconv.o: cellsubs.o m_mpi_stop.o m_poisson_obc_fastconv_r2c.o
2402+m_poisson_obc_fastconv.o: parallel.o precision.o sys.o
2403+m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: cellsubs.o m_fastconv_dims.o m_plot_1d_arr3d.o
2404+m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: m_poisson_obc_comm.o precision.o sys.o
2405+m_poisson_switch.o: m_poisson_obc_fastconv.o precision.o sys.o
2406 m_pulay.o: alloc.o atomlist.o m_mpi_utils.o m_spin.o m_svd.o parallel.o
2407 m_pulay.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o
2408 m_redist_spmatrix.o: alloc.o class_Distribution.o
2409@@ -988,30 +1013,32 @@
2410 siesta_end.o: meshdscf.o meshphi.o moremeshsubs.o parallel.o siesta_cml.o
2411 siesta_end.o: siesta_cmlsubs.o siesta_master.o siesta_options.o
2412 siesta_end.o: sparse_matrices.o timestamp.o
2413-siesta_forces.o: atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o compute_dm.o
2414-siesta_forces.o: compute_energies.o compute_max_diff.o files.o
2415-siesta_forces.o: final_H_f_stress.o flook_siesta.o kpoint_grid.o
2416-siesta_forces.o: m_convergence.o m_energies.o m_forces.o m_iodm_old.o
2417-siesta_forces.o: m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o m_ncdf_siesta.o
2418-siesta_forces.o: m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o m_steps.o
2419-siesta_forces.o: m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o m_ts_electype.o
2420-siesta_forces.o: m_ts_global_vars.o m_ts_method.o m_ts_options.o mixer.o
2421-siesta_forces.o: parallel.o post_scf_work.o precision.o save_density_matrix.o
2422-siesta_forces.o: scfconvergence_test.o setup_H0.o setup_hamiltonian.o
2423-siesta_forces.o: siesta_cml.o siesta_dicts.o siesta_geom.o siesta_master.o
2424-siesta_forces.o: siesta_options.o sparse_matrices.o state_analysis.o
2425-siesta_forces.o: state_init.o sys.o units.o write_subs.o
2426+siesta_forces.o: alloc.o atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o
2427+siesta_forces.o: compute_dm.o compute_energies.o compute_max_diff.o
2428+siesta_forces.o: densematrix.o files.o final_H_f_stress.o flook_siesta.o
2429+siesta_forces.o: kpoint_grid.o m_convergence.o m_energies.o m_eo.o m_evolve.o
2430+siesta_forces.o: m_forces.o m_gamma.o m_initwf.o m_iodm.o m_iodm_old.o
2431+siesta_forces.o: m_iotddft.o m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o
2432+siesta_forces.o: m_ncdf_siesta.o m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o
2433+siesta_forces.o: m_steps.o m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o
2434+siesta_forces.o: m_ts_electype.o m_ts_global_vars.o m_ts_method.o
2435+siesta_forces.o: m_ts_options.o mixer.o overfsm.o parallel.o post_scf_work.o
2436+siesta_forces.o: precision.o save_density_matrix.o scfconvergence_test.o
2437+siesta_forces.o: setup_H0.o setup_hamiltonian.o siesta_cml.o siesta_dicts.o
2438+siesta_forces.o: siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o
2439+siesta_forces.o: sparse_matrices.o state_analysis.o state_init.o sys.o units.o
2440+siesta_forces.o: wavefunctions.o write_subs.o
2441 siesta_geom.o: precision.o
2442 siesta_init.o: alloc.o atomlist.o bands.o bsc_xcmod.o
2443 siesta_init.o: class_Fstack_Pair_Geometry_SpData2D.o densematrix.o files.o
2444 siesta_init.o: flook_siesta.o ioxv.o kpoint_grid.o kpoint_pdos.o ksvinit.o
2445 siesta_init.o: m_cite.o m_energies.o m_eo.o m_fixed.o m_forces.o m_gamma.o
2446-siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_rmaxh.o m_spin.o
2447-siesta_init.o: m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o metaforce.o
2448-siesta_init.o: molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o parallelsubs.o
2449-siesta_init.o: projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o siesta_geom.o
2450-siesta_init.o: siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o sys.o timer.o
2451-siesta_init.o: timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o
2452+siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_poisson_fdf.o m_rmaxh.o
2453+siesta_init.o: m_spin.o m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o
2454+siesta_init.o: metaforce.o molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o
2455+siesta_init.o: parallelsubs.o projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o
2456+siesta_init.o: siesta_geom.o siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o
2457+siesta_init.o: sys.o timer.o timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o
2458 siesta_master.o: iopipes.o iosockets.o precision.o sys.o
2459 siesta_move.o: atomlist.o broyden_optim.o cell_broyden_optim.o
2460 siesta_move.o: cell_fire_optim.o dynamics.o fire_optim.o flook_siesta.o ioxv.o
2461@@ -1043,9 +1070,9 @@
2462 state_init.o: proximity_check.o siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_options.o
2463 state_init.o: sparse_matrices.o sys.o units.o write_subs.o zmatrix.o
2464 struct_init.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o files.o ioxv.o m_exp_coord.o
2465-struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_steps.o parallel.o periodic_table.o
2466-struct_init.o: siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o
2467-struct_init.o: units.o zmatrix.o
2468+struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_poisson_fdf.o m_poisson_obc_comm.o
2469+struct_init.o: m_steps.o parallel.o periodic_table.o siesta_cml.o siesta_geom.o
2470+struct_init.o: siesta_master.o siesta_options.o units.o zmatrix.o
2471 sys.o: parallel.o
2472 timer.o: extrae_eventllist.o extrae_module.o m_timer.o parallel.o sys.o
2473 timer.o: timer_tree.o
2474@@ -1065,6 +1092,7 @@
2475 vmatsp.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o mesh.o meshdscf.o
2476 vmatsp.o: meshphi.o precision.o
2477 vmb.o: m_fixed.o parallel.o precision.o sys.o
2478+wavefunctions.o: parallel.o precision.o
2479 write_inp_wannier.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o m_ntm.o m_orderbands.o
2480 write_inp_wannier.o: mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
2481 write_inp_wannier.o: siesta2wannier90.o siesta_geom.o
2482@@ -1310,6 +1338,8 @@
2483 m_vmat.o: vmat.o
2484 m_zm_broyden_optim.o: zm_broyden_optim.o
2485 m_zm_fire_optim.o: zm_fire_optim.o
2486+matdiagon.o: m_matdiag.o
2487+matswinversion.o: m_matswinvers.o
2488 mtprng.o: m_uuid.o
2489 neighbour.o: mneighb.o
2490 on_core.o: onmod.o
2491
2492=== modified file 'Util/TS/ts2ts/Makefile'
2493--- Util/TS/ts2ts/Makefile 2016-08-30 14:02:33 +0000
2494+++ Util/TS/ts2ts/Makefile 2016-11-22 08:16:45 +0000
2495@@ -111,7 +111,7 @@
2496 bsc_cellxc.o: alloc.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o mesh.o moremeshsubs.o parallel.o
2497 bsc_cellxc.o: parallelsubs.o precision.o sys.o
2498 bsc_xcmod.o: parallel.o precision.o sys.o
2499-cart2frac.o: sys.o
2500+cart2frac.o: precision.o sys.o
2501 cdiag.o: alloc.o m_diagon_opt.o memoryinfo.o parallel.o precision.o sys.o
2502 cell_broyden_optim.o: m_broyddj_nocomm.o parallel.o precision.o sys.o units.o
2503 cell_broyden_optim.o: zmatrix.o
2504@@ -123,6 +123,8 @@
2505 cgvc_zmatrix.o: alloc.o conjgr.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o sys.o
2506 cgvc_zmatrix.o: units.o zmatrix.o
2507 cgwf.o: egandd.o onmod.o parallel.o precision.o sys.o
2508+changebasis.o: alloc.o m_matdiag.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
2509+changebasis.o: sparse_matrices.o sys.o wavefunctions.o
2510 chemical.o: parallel.o precision.o sys.o
2511 chempot.o: alloc.o mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
2512 chkdim.o: sys.o
2513@@ -179,17 +181,17 @@
2514 denmat.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o
2515 denmatlomem.o: alloc.o globalise.o onmod.o precision.o
2516 densematrix.o: alloc.o precision.o
2517-detover.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
2518+detover.o: alloc.o linpack.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
2519 dfscf.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o m_spin.o mesh.o
2520 dfscf.o: meshdscf.o meshphi.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
2521 dhscf.o: alloc.o atmfuncs.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o delk.o dfscf.o
2522 dhscf.o: doping_uniform.o files.o forhar.o iogrid_netcdf.o m_charge_add.o
2523-dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_mesh_node.o m_ncdf_io.o
2524-dhscf.o: m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_rhog.o m_spin.o
2525-dhscf.o: m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o m_ts_options.o m_ts_tdir.o
2526-dhscf.o: m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o moremeshsubs.o parallel.o
2527-dhscf.o: parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o siesta_options.o sys.o units.o
2528-dhscf.o: vmat.o
2529+dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_iotddft.o m_mesh_node.o
2530+dhscf.o: m_ncdf_io.o m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_poisson_fdf.o
2531+dhscf.o: m_poisson_switch.o m_rhog.o m_spin.o m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o
2532+dhscf.o: m_ts_options.o m_ts_tdir.o m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o
2533+dhscf.o: moremeshsubs.o parallel.o parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o
2534+dhscf.o: siesta_options.o sys.o units.o vmat.o
2535 diag2g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
2536 diag2k.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
2537 diag3g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
2538@@ -217,7 +219,7 @@
2539 domain_decom.o: sparse_matrices.o sys.o
2540 doping_uniform.o: alloc.o m_ntm.o mesh.o parallel.o precision.o sys.o
2541 dynamics.o: alloc.o atomlist.o files.o ioxv.o m_mpi_utils.o parallel.o
2542-dynamics.o: precision.o sys.o units.o
2543+dynamics.o: precision.o siesta_options.o sys.o units.o
2544 egandd.o: alloc.o denmat.o ener3.o globalise.o gradient.o on_subs.o onmod.o
2545 egandd.o: onmod.o precision.o sys.o
2546 eggbox.o: parallel.o precision.o
2547@@ -226,6 +228,10 @@
2548 elpa2.o: elpa1.o
2549 ener3.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o
2550 ener3lomem.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o
2551+evolg.o: alloc.o m_eo.o m_matswinvers.o m_steps.o parallel.o parallelsubs.o
2552+evolg.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o wavefunctions.o
2553+evolk.o: m_diagon_opt.o m_matswinvers.o parallel.o precision.o siesta_options.o
2554+evolk.o: sys.o wavefunctions.o
2555 extrapolateSpData2D.o: class_Data2D.o class_OrbitalDistribution.o
2556 extrapolateSpData2D.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o
2557 extrapolon.o: parallel.o precision.o sys.o
2558@@ -266,9 +272,9 @@
2559 initatom.o: atmparams.o atom.o atom_options.o basis_io.o basis_specs.o
2560 initatom.o: basis_types.o chemical.o electrostatic.o ldau_specs.o m_spin.o
2561 initatom.o: old_atmfuncs.o precision.o pseudopotential.o
2562-initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o parallel.o
2563-initparallel.o: parallelsubs.o precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o
2564-initparallel.o: spatial.o sys.o
2565+initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o
2566+initparallel.o: m_poisson_fdf.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
2567+initparallel.o: siesta_options.o sparse_matrices.o spatial.o sys.o
2568 io.o: sys.o
2569 iocg.o: files.o precision.o sys.o
2570 iodm.o: alloc.o files.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
2571@@ -327,7 +333,9 @@
2572 m_efield.o: siesta_geom.o sys.o units.o
2573 m_energies.o: precision.o
2574 m_eo.o: precision.o
2575+m_evolve.o: alloc.o m_memory.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
2576 m_exp_coord.o: files.o m_os.o parallel.o precision.o units.o
2577+m_fastconv_dims.o: precision.o
2578 m_filter.o: bessph.o precision.o radfft.o sorting.o sys.o
2579 m_fire.o: parallel.o precision.o
2580 m_fire_mixing.o: alloc.o m_fire_para.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o
2581@@ -349,10 +357,14 @@
2582 m_hs_matrix.o: alloc.o cellsubs.o geom_helper.o precision.o sys.o
2583 m_hsx.o: atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o files.o parallel.o parallelsubs.o
2584 m_hsx.o: precision.o siesta_geom.o sys.o
2585+m_initwf.o: alloc.o densematrix.o fermid.o m_diagon_opt.o m_eo.o m_memory.o
2586+m_initwf.o: parallel.o parallelsubs.o precision.o sparse_matrices.o sys.o
2587+m_initwf.o: wavefunctions.o
2588 m_integrate.o: precision.o
2589 m_io.o: sys.o
2590 m_io_s.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o class_SpData2D.o
2591 m_io_s.o: class_Sparsity.o parallel.o precision.o
2592+m_iodipol.o: files.o m_dipol.o m_steps.o
2593 m_iodm.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o class_Sparsity.o
2594 m_iodm.o: m_io_s.o parallel.o
2595 m_iodm_old.o: alloc.o files.o m_matio.o m_mpi_utils.o parallel.o parallelsubs.o
2596@@ -360,9 +372,13 @@
2597 m_iorho.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
2598 m_iostruct.o: alloc.o files.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o
2599 m_iostruct.o: siesta_geom.o sys.o units.o
2600+m_iotddft.o: files.o m_dipol.o m_steps.o parallel.o siesta_options.o
2601+m_iotddft.o: wavefunctions.o
2602 m_kinetic.o: precision.o
2603 m_mat_invert.o: intrinsic_missing.o m_pivot_array.o precision.o
2604+m_matdiag.o: precision.o
2605 m_matio.o: alloc.o parallel.o
2606+m_matswinvers.o: precision.o
2607 m_memory.o: memoryinfo.o parallel.o sys.o
2608 m_mesh_node.o: intrinsic_missing.o parallel.o precision.o
2609 m_mixing.o: class_Data1D.o class_Fstack_Data1D.o parallel.o precision.o
2610@@ -410,6 +426,15 @@
2611 m_planewavematrix.o: atomlist.o dhscf.o m_planewavematrixvar.o precision.o
2612 m_planewavematrix.o: siesta_geom.o sparse_matrices.o
2613 m_planewavematrixvar.o: precision.o
2614+m_plot_1d_arr3d.o: precision.o
2615+m_poisson_fdf.o: m_char.o precision.o
2616+m_poisson_obc_comm.o: atm_types.o atmfuncs.o m_mpi_stop.o parallel.o
2617+m_poisson_obc_comm.o: precision.o siesta_geom.o sys.o
2618+m_poisson_obc_fastconv.o: cellsubs.o m_mpi_stop.o m_poisson_obc_fastconv_r2c.o
2619+m_poisson_obc_fastconv.o: parallel.o precision.o sys.o
2620+m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: cellsubs.o m_fastconv_dims.o m_plot_1d_arr3d.o
2621+m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: m_poisson_obc_comm.o precision.o sys.o
2622+m_poisson_switch.o: m_poisson_obc_fastconv.o precision.o sys.o
2623 m_pulay.o: alloc.o atomlist.o m_mpi_utils.o m_spin.o m_svd.o parallel.o
2624 m_pulay.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o
2625 m_redist_spmatrix.o: alloc.o class_Distribution.o
2626@@ -425,7 +450,8 @@
2627 m_sparsity_handling.o: class_Data1D.o class_Data2D.o
2628 m_sparsity_handling.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o
2629 m_sparsity_handling.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o geom_helper.o
2630-m_sparsity_handling.o: m_interpolate.o m_region.o precision.o
2631+m_sparsity_handling.o: intrinsic_missing.o m_interpolate.o m_region.o
2632+m_sparsity_handling.o: precision.o
2633 m_spin.o: alloc.o parallel.o precision.o sys.o units.o
2634 m_stress.o: precision.o
2635 m_supercell.o: atom_graph.o class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o
2636@@ -537,9 +563,10 @@
2637 m_ts_options.o: m_ts_hartree.o m_ts_method.o m_ts_mumps_init.o m_ts_tdir.o
2638 m_ts_options.o: m_ts_weight.o parallel.o precision.o siesta_options.o units.o
2639 m_ts_pivot.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o
2640-m_ts_pivot.o: create_Sparsity_SC.o create_Sparsity_Union.o intrinsic_missing.o
2641-m_ts_pivot.o: m_char.o m_pivot.o m_region.o m_sparsity_handling.o m_ts_debug.o
2642-m_ts_pivot.o: m_ts_electype.o parallel.o precision.o
2643+m_ts_pivot.o: create_Sparsity_SC.o create_Sparsity_Union.o geom_helper.o
2644+m_ts_pivot.o: intrinsic_missing.o m_char.o m_pivot.o m_region.o
2645+m_ts_pivot.o: m_sparsity_handling.o m_ts_debug.o m_ts_electype.o parallel.o
2646+m_ts_pivot.o: precision.o
2647 m_ts_rgn2trimat.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o
2648 m_ts_rgn2trimat.o: create_Sparsity_Union.o geom_helper.o m_region.o
2649 m_ts_rgn2trimat.o: m_ts_electype.o m_ts_method.o m_ts_tri_common.o parallel.o
2650@@ -682,8 +709,8 @@
2651 rdiag.o: alloc.o m_diagon_opt.o memoryinfo.o parallel.o precision.o sys.o
2652 rdiag_elpa.o: alloc.o elpa1.o elpa2.o parallel.o precision.o sys.o
2653 rdiag_mrrr.o: alloc.o parallel.o precision.o sys.o
2654-read_options.o: files.o m_charge_add.o m_hartree_add.o m_mixing_scf.o m_spin.o
2655-read_options.o: m_target_stress.o memoryinfo.o parallel.o precision.o
2656+read_options.o: files.o m_charge_add.o m_cite.o m_hartree_add.o m_mixing_scf.o
2657+read_options.o: m_spin.o m_target_stress.o memoryinfo.o parallel.o precision.o
2658 read_options.o: siesta_cml.o siesta_options.o sys.o units.o
2659 read_xc_info.o: parallel.o precision.o sys.o
2660 readsp.o: parallel.o precision.o sys.o
2661@@ -750,30 +777,32 @@
2662 siesta_end.o: meshdscf.o meshphi.o moremeshsubs.o parallel.o siesta_cml.o
2663 siesta_end.o: siesta_cmlsubs.o siesta_master.o siesta_options.o
2664 siesta_end.o: sparse_matrices.o timestamp.o
2665-siesta_forces.o: atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o compute_dm.o
2666-siesta_forces.o: compute_energies.o compute_max_diff.o files.o
2667-siesta_forces.o: final_H_f_stress.o flook_siesta.o kpoint_grid.o
2668-siesta_forces.o: m_convergence.o m_energies.o m_forces.o m_iodm_old.o
2669-siesta_forces.o: m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o m_ncdf_siesta.o
2670-siesta_forces.o: m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o m_steps.o
2671-siesta_forces.o: m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o m_ts_electype.o
2672-siesta_forces.o: m_ts_global_vars.o m_ts_method.o m_ts_options.o mixer.o
2673-siesta_forces.o: parallel.o post_scf_work.o precision.o save_density_matrix.o
2674-siesta_forces.o: scfconvergence_test.o setup_H0.o setup_hamiltonian.o
2675-siesta_forces.o: siesta_cml.o siesta_dicts.o siesta_geom.o siesta_master.o
2676-siesta_forces.o: siesta_options.o sparse_matrices.o state_analysis.o
2677-siesta_forces.o: state_init.o sys.o units.o write_subs.o
2678+siesta_forces.o: alloc.o atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o
2679+siesta_forces.o: compute_dm.o compute_energies.o compute_max_diff.o
2680+siesta_forces.o: densematrix.o files.o final_H_f_stress.o flook_siesta.o
2681+siesta_forces.o: kpoint_grid.o m_convergence.o m_energies.o m_eo.o m_evolve.o
2682+siesta_forces.o: m_forces.o m_gamma.o m_initwf.o m_iodm.o m_iodm_old.o
2683+siesta_forces.o: m_iotddft.o m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o
2684+siesta_forces.o: m_ncdf_siesta.o m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o
2685+siesta_forces.o: m_steps.o m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o
2686+siesta_forces.o: m_ts_electype.o m_ts_global_vars.o m_ts_method.o
2687+siesta_forces.o: m_ts_options.o mixer.o overfsm.o parallel.o post_scf_work.o
2688+siesta_forces.o: precision.o save_density_matrix.o scfconvergence_test.o
2689+siesta_forces.o: setup_H0.o setup_hamiltonian.o siesta_cml.o siesta_dicts.o
2690+siesta_forces.o: siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o
2691+siesta_forces.o: sparse_matrices.o state_analysis.o state_init.o sys.o units.o
2692+siesta_forces.o: wavefunctions.o write_subs.o
2693 siesta_geom.o: precision.o
2694 siesta_init.o: alloc.o atomlist.o bands.o bsc_xcmod.o
2695 siesta_init.o: class_Fstack_Pair_Geometry_SpData2D.o densematrix.o files.o
2696 siesta_init.o: flook_siesta.o ioxv.o kpoint_grid.o kpoint_pdos.o ksvinit.o
2697 siesta_init.o: m_cite.o m_energies.o m_eo.o m_fixed.o m_forces.o m_gamma.o
2698-siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_rmaxh.o m_spin.o
2699-siesta_init.o: m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o metaforce.o
2700-siesta_init.o: molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o parallelsubs.o
2701-siesta_init.o: projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o siesta_geom.o
2702-siesta_init.o: siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o sys.o timer.o
2703-siesta_init.o: timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o
2704+siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_poisson_fdf.o m_rmaxh.o
2705+siesta_init.o: m_spin.o m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o
2706+siesta_init.o: metaforce.o molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o
2707+siesta_init.o: parallelsubs.o projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o
2708+siesta_init.o: siesta_geom.o siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o
2709+siesta_init.o: sys.o timer.o timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o
2710 siesta_master.o: iopipes.o iosockets.o precision.o sys.o
2711 siesta_move.o: atomlist.o broyden_optim.o cell_broyden_optim.o
2712 siesta_move.o: cell_fire_optim.o dynamics.o fire_optim.o flook_siesta.o ioxv.o
2713@@ -805,18 +834,17 @@
2714 state_init.o: proximity_check.o siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_options.o
2715 state_init.o: sparse_matrices.o sys.o units.o write_subs.o zmatrix.o
2716 struct_init.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o files.o ioxv.o m_exp_coord.o
2717-struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_steps.o parallel.o periodic_table.o
2718-struct_init.o: siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o
2719-struct_init.o: units.o zmatrix.o
2720+struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_poisson_fdf.o m_poisson_obc_comm.o
2721+struct_init.o: m_steps.o parallel.o periodic_table.o siesta_cml.o siesta_geom.o
2722+struct_init.o: siesta_master.o siesta_options.o units.o zmatrix.o
2723 sys.o: parallel.o
2724 timer.o: extrae_eventllist.o extrae_module.o m_timer.o parallel.o sys.o
2725 timer.o: timer_tree.o
2726 timer_tree.o: m_walltime.o
2727 transition_rate.o: alloc.o fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
2728-ts_init.o: m_cite.o m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o
2729-ts_init.o: m_ts_electrode.o m_ts_electype.o m_ts_gf.o m_ts_global_vars.o
2730-ts_init.o: m_ts_kpoints.o m_ts_method.o m_ts_options.o parallel.o
2731-ts_init.o: siesta_options.o
2732+ts_init.o: m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o m_ts_electrode.o
2733+ts_init.o: m_ts_electype.o m_ts_gf.o m_ts_global_vars.o m_ts_kpoints.o
2734+ts_init.o: m_ts_method.o m_ts_options.o parallel.o siesta_options.o
2735 ts_show_regions.o: m_region.o m_ts_electype.o m_ts_method.o parallel.o
2736 ts_show_regions.o: precision.o units.o
2737 typecell.o: precision.o
2738@@ -828,6 +856,7 @@
2739 vmatsp.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o mesh.o meshdscf.o
2740 vmatsp.o: meshphi.o precision.o
2741 vmb.o: m_fixed.o parallel.o precision.o sys.o
2742+wavefunctions.o: parallel.o precision.o
2743 write_inp_wannier.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o m_ntm.o m_orderbands.o
2744 write_inp_wannier.o: mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
2745 write_inp_wannier.o: siesta2wannier90.o siesta_geom.o
2746@@ -945,6 +974,7 @@
2747 m_ksv.o: ksv.o
2748 m_ksvinit.o: ksvinit.o
2749 m_ldau.o: ldau.o
2750+m_linpack.o: linpack.o
2751 m_local_dos.o: local_DOS.o
2752 m_matel_registry.o: matel_registry.o
2753 m_minvec.o: minvec.o
2754@@ -989,6 +1019,8 @@
2755 m_vmat.o: vmat.o
2756 m_zm_broyden_optim.o: zm_broyden_optim.o
2757 m_zm_fire_optim.o: zm_fire_optim.o
2758+matdiagon.o: m_matdiag.o
2759+matswinversion.o: m_matswinvers.o
2760 mtprng.o: m_uuid.o
2761 neighbour.o: mneighb.o
2762 on_core.o: onmod.o
2763
2764=== modified file 'Util/TS/tshs2tshs/Makefile'
2765--- Util/TS/tshs2tshs/Makefile 2016-08-30 14:02:33 +0000
2766+++ Util/TS/tshs2tshs/Makefile 2016-11-22 08:16:45 +0000
2767@@ -169,7 +169,7 @@
2768 bsc_cellxc.o: alloc.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o mesh.o moremeshsubs.o parallel.o
2769 bsc_cellxc.o: parallelsubs.o precision.o sys.o
2770 bsc_xcmod.o: parallel.o precision.o sys.o
2771-cart2frac.o: sys.o
2772+cart2frac.o: precision.o sys.o
2773 cdiag.o: alloc.o m_diagon_opt.o memoryinfo.o parallel.o precision.o sys.o
2774 cell_broyden_optim.o: m_broyddj_nocomm.o parallel.o precision.o sys.o units.o
2775 cell_broyden_optim.o: zmatrix.o
2776@@ -181,6 +181,8 @@
2777 cgvc_zmatrix.o: alloc.o conjgr.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o sys.o
2778 cgvc_zmatrix.o: units.o zmatrix.o
2779 cgwf.o: egandd.o onmod.o parallel.o precision.o sys.o
2780+changebasis.o: alloc.o m_matdiag.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
2781+changebasis.o: sparse_matrices.o sys.o wavefunctions.o
2782 chemical.o: parallel.o precision.o sys.o
2783 chempot.o: alloc.o mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
2784 chkdim.o: sys.o
2785@@ -237,17 +239,17 @@
2786 denmat.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o
2787 denmatlomem.o: alloc.o globalise.o onmod.o precision.o
2788 densematrix.o: alloc.o precision.o
2789-detover.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
2790+detover.o: alloc.o linpack.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
2791 dfscf.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o m_spin.o mesh.o
2792 dfscf.o: meshdscf.o meshphi.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
2793 dhscf.o: alloc.o atmfuncs.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o delk.o dfscf.o
2794 dhscf.o: doping_uniform.o files.o forhar.o iogrid_netcdf.o m_charge_add.o
2795-dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_mesh_node.o m_ncdf_io.o
2796-dhscf.o: m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_rhog.o m_spin.o
2797-dhscf.o: m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o m_ts_options.o m_ts_tdir.o
2798-dhscf.o: m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o moremeshsubs.o parallel.o
2799-dhscf.o: parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o siesta_options.o sys.o units.o
2800-dhscf.o: vmat.o
2801+dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_iotddft.o m_mesh_node.o
2802+dhscf.o: m_ncdf_io.o m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_poisson_fdf.o
2803+dhscf.o: m_poisson_switch.o m_rhog.o m_spin.o m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o
2804+dhscf.o: m_ts_options.o m_ts_tdir.o m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o
2805+dhscf.o: moremeshsubs.o parallel.o parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o
2806+dhscf.o: siesta_options.o sys.o units.o vmat.o
2807 diag2g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
2808 diag2k.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
2809 diag3g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
2810@@ -275,7 +277,7 @@
2811 domain_decom.o: sparse_matrices.o sys.o
2812 doping_uniform.o: alloc.o m_ntm.o mesh.o parallel.o precision.o sys.o
2813 dynamics.o: alloc.o atomlist.o files.o ioxv.o m_mpi_utils.o parallel.o
2814-dynamics.o: precision.o sys.o units.o
2815+dynamics.o: precision.o siesta_options.o sys.o units.o
2816 egandd.o: alloc.o denmat.o ener3.o globalise.o gradient.o on_subs.o onmod.o
2817 egandd.o: onmod.o precision.o sys.o
2818 eggbox.o: parallel.o precision.o
2819@@ -284,6 +286,10 @@
2820 elpa2.o: elpa1.o
2821 ener3.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o
2822 ener3lomem.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o
2823+evolg.o: alloc.o m_eo.o m_matswinvers.o m_steps.o parallel.o parallelsubs.o
2824+evolg.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o wavefunctions.o
2825+evolk.o: m_diagon_opt.o m_matswinvers.o parallel.o precision.o siesta_options.o
2826+evolk.o: sys.o wavefunctions.o
2827 extrapolateSpData2D.o: class_Data2D.o class_OrbitalDistribution.o
2828 extrapolateSpData2D.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o
2829 extrapolon.o: parallel.o precision.o sys.o
2830@@ -324,9 +330,9 @@
2831 initatom.o: atmparams.o atom.o atom_options.o basis_io.o basis_specs.o
2832 initatom.o: basis_types.o chemical.o electrostatic.o ldau_specs.o m_spin.o
2833 initatom.o: old_atmfuncs.o precision.o pseudopotential.o
2834-initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o parallel.o
2835-initparallel.o: parallelsubs.o precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o
2836-initparallel.o: spatial.o sys.o
2837+initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o
2838+initparallel.o: m_poisson_fdf.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
2839+initparallel.o: siesta_options.o sparse_matrices.o spatial.o sys.o
2840 io.o: sys.o
2841 iocg.o: files.o precision.o sys.o
2842 iodm.o: alloc.o files.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
2843@@ -385,7 +391,9 @@
2844 m_efield.o: siesta_geom.o sys.o units.o
2845 m_energies.o: precision.o
2846 m_eo.o: precision.o
2847+m_evolve.o: alloc.o m_memory.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
2848 m_exp_coord.o: files.o m_os.o parallel.o precision.o units.o
2849+m_fastconv_dims.o: precision.o
2850 m_filter.o: bessph.o precision.o radfft.o sorting.o sys.o
2851 m_fire.o: parallel.o precision.o
2852 m_fire_mixing.o: alloc.o m_fire_para.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o
2853@@ -407,10 +415,14 @@
2854 m_hs_matrix.o: alloc.o cellsubs.o geom_helper.o precision.o sys.o
2855 m_hsx.o: atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o files.o parallel.o parallelsubs.o
2856 m_hsx.o: precision.o siesta_geom.o sys.o
2857+m_initwf.o: alloc.o densematrix.o fermid.o m_diagon_opt.o m_eo.o m_memory.o
2858+m_initwf.o: parallel.o parallelsubs.o precision.o sparse_matrices.o sys.o
2859+m_initwf.o: wavefunctions.o
2860 m_integrate.o: precision.o
2861 m_io.o: sys.o
2862 m_io_s.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o class_SpData2D.o
2863 m_io_s.o: class_Sparsity.o parallel.o precision.o
2864+m_iodipol.o: files.o m_dipol.o m_steps.o
2865 m_iodm.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o class_Sparsity.o
2866 m_iodm.o: m_io_s.o parallel.o
2867 m_iodm_old.o: alloc.o files.o m_matio.o m_mpi_utils.o parallel.o parallelsubs.o
2868@@ -418,9 +430,13 @@
2869 m_iorho.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
2870 m_iostruct.o: alloc.o files.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o
2871 m_iostruct.o: siesta_geom.o sys.o units.o
2872+m_iotddft.o: files.o m_dipol.o m_steps.o parallel.o siesta_options.o
2873+m_iotddft.o: wavefunctions.o
2874 m_kinetic.o: precision.o
2875 m_mat_invert.o: intrinsic_missing.o m_pivot_array.o precision.o
2876+m_matdiag.o: precision.o
2877 m_matio.o: alloc.o parallel.o
2878+m_matswinvers.o: precision.o
2879 m_memory.o: memoryinfo.o parallel.o sys.o
2880 m_mesh_node.o: intrinsic_missing.o parallel.o precision.o
2881 m_mixing.o: class_Data1D.o class_Fstack_Data1D.o parallel.o precision.o
2882@@ -468,6 +484,15 @@
2883 m_planewavematrix.o: atomlist.o dhscf.o m_planewavematrixvar.o precision.o
2884 m_planewavematrix.o: siesta_geom.o sparse_matrices.o
2885 m_planewavematrixvar.o: precision.o
2886+m_plot_1d_arr3d.o: precision.o
2887+m_poisson_fdf.o: m_char.o precision.o
2888+m_poisson_obc_comm.o: atm_types.o atmfuncs.o m_mpi_stop.o parallel.o
2889+m_poisson_obc_comm.o: precision.o siesta_geom.o sys.o
2890+m_poisson_obc_fastconv.o: cellsubs.o m_mpi_stop.o m_poisson_obc_fastconv_r2c.o
2891+m_poisson_obc_fastconv.o: parallel.o precision.o sys.o
2892+m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: cellsubs.o m_fastconv_dims.o m_plot_1d_arr3d.o
2893+m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: m_poisson_obc_comm.o precision.o sys.o
2894+m_poisson_switch.o: m_poisson_obc_fastconv.o precision.o sys.o
2895 m_pulay.o: alloc.o atomlist.o m_mpi_utils.o m_spin.o m_svd.o parallel.o
2896 m_pulay.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o
2897 m_redist_spmatrix.o: alloc.o class_Distribution.o
2898@@ -483,7 +508,8 @@
2899 m_sparsity_handling.o: class_Data1D.o class_Data2D.o
2900 m_sparsity_handling.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o
2901 m_sparsity_handling.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o geom_helper.o
2902-m_sparsity_handling.o: m_interpolate.o m_region.o precision.o
2903+m_sparsity_handling.o: intrinsic_missing.o m_interpolate.o m_region.o
2904+m_sparsity_handling.o: precision.o
2905 m_spin.o: alloc.o parallel.o precision.o sys.o units.o
2906 m_stress.o: precision.o
2907 m_supercell.o: atom_graph.o class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o
2908@@ -595,9 +621,10 @@
2909 m_ts_options.o: m_ts_hartree.o m_ts_method.o m_ts_mumps_init.o m_ts_tdir.o
2910 m_ts_options.o: m_ts_weight.o parallel.o precision.o siesta_options.o units.o
2911 m_ts_pivot.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o
2912-m_ts_pivot.o: create_Sparsity_SC.o create_Sparsity_Union.o intrinsic_missing.o
2913-m_ts_pivot.o: m_char.o m_pivot.o m_region.o m_sparsity_handling.o m_ts_debug.o
2914-m_ts_pivot.o: m_ts_electype.o parallel.o precision.o
2915+m_ts_pivot.o: create_Sparsity_SC.o create_Sparsity_Union.o geom_helper.o
2916+m_ts_pivot.o: intrinsic_missing.o m_char.o m_pivot.o m_region.o
2917+m_ts_pivot.o: m_sparsity_handling.o m_ts_debug.o m_ts_electype.o parallel.o
2918+m_ts_pivot.o: precision.o
2919 m_ts_rgn2trimat.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o
2920 m_ts_rgn2trimat.o: create_Sparsity_Union.o geom_helper.o m_region.o
2921 m_ts_rgn2trimat.o: m_ts_electype.o m_ts_method.o m_ts_tri_common.o parallel.o
2922@@ -740,8 +767,8 @@
2923 rdiag.o: alloc.o m_diagon_opt.o memoryinfo.o parallel.o precision.o sys.o
2924 rdiag_elpa.o: alloc.o elpa1.o elpa2.o parallel.o precision.o sys.o
2925 rdiag_mrrr.o: alloc.o parallel.o precision.o sys.o
2926-read_options.o: files.o m_charge_add.o m_hartree_add.o m_mixing_scf.o m_spin.o
2927-read_options.o: m_target_stress.o memoryinfo.o parallel.o precision.o
2928+read_options.o: files.o m_charge_add.o m_cite.o m_hartree_add.o m_mixing_scf.o
2929+read_options.o: m_spin.o m_target_stress.o memoryinfo.o parallel.o precision.o
2930 read_options.o: siesta_cml.o siesta_options.o sys.o units.o
2931 read_xc_info.o: parallel.o precision.o sys.o
2932 readsp.o: parallel.o precision.o sys.o
2933@@ -808,30 +835,32 @@
2934 siesta_end.o: meshdscf.o meshphi.o moremeshsubs.o parallel.o siesta_cml.o
2935 siesta_end.o: siesta_cmlsubs.o siesta_master.o siesta_options.o
2936 siesta_end.o: sparse_matrices.o timestamp.o
2937-siesta_forces.o: atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o compute_dm.o
2938-siesta_forces.o: compute_energies.o compute_max_diff.o files.o
2939-siesta_forces.o: final_H_f_stress.o flook_siesta.o kpoint_grid.o
2940-siesta_forces.o: m_convergence.o m_energies.o m_forces.o m_iodm_old.o
2941-siesta_forces.o: m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o m_ncdf_siesta.o
2942-siesta_forces.o: m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o m_steps.o
2943-siesta_forces.o: m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o m_ts_electype.o
2944-siesta_forces.o: m_ts_global_vars.o m_ts_method.o m_ts_options.o mixer.o
2945-siesta_forces.o: parallel.o post_scf_work.o precision.o save_density_matrix.o
2946-siesta_forces.o: scfconvergence_test.o setup_H0.o setup_hamiltonian.o
2947-siesta_forces.o: siesta_cml.o siesta_dicts.o siesta_geom.o siesta_master.o
2948-siesta_forces.o: siesta_options.o sparse_matrices.o state_analysis.o
2949-siesta_forces.o: state_init.o sys.o units.o write_subs.o
2950+siesta_forces.o: alloc.o atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o
2951+siesta_forces.o: compute_dm.o compute_energies.o compute_max_diff.o
2952+siesta_forces.o: densematrix.o files.o final_H_f_stress.o flook_siesta.o
2953+siesta_forces.o: kpoint_grid.o m_convergence.o m_energies.o m_eo.o m_evolve.o
2954+siesta_forces.o: m_forces.o m_gamma.o m_initwf.o m_iodm.o m_iodm_old.o
2955+siesta_forces.o: m_iotddft.o m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o
2956+siesta_forces.o: m_ncdf_siesta.o m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o
2957+siesta_forces.o: m_steps.o m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o
2958+siesta_forces.o: m_ts_electype.o m_ts_global_vars.o m_ts_method.o
2959+siesta_forces.o: m_ts_options.o mixer.o overfsm.o parallel.o post_scf_work.o
2960+siesta_forces.o: precision.o save_density_matrix.o scfconvergence_test.o
2961+siesta_forces.o: setup_H0.o setup_hamiltonian.o siesta_cml.o siesta_dicts.o
2962+siesta_forces.o: siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o
2963+siesta_forces.o: sparse_matrices.o state_analysis.o state_init.o sys.o units.o
2964+siesta_forces.o: wavefunctions.o write_subs.o
2965 siesta_geom.o: precision.o
2966 siesta_init.o: alloc.o atomlist.o bands.o bsc_xcmod.o
2967 siesta_init.o: class_Fstack_Pair_Geometry_SpData2D.o densematrix.o files.o
2968 siesta_init.o: flook_siesta.o ioxv.o kpoint_grid.o kpoint_pdos.o ksvinit.o
2969 siesta_init.o: m_cite.o m_energies.o m_eo.o m_fixed.o m_forces.o m_gamma.o
2970-siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_rmaxh.o m_spin.o
2971-siesta_init.o: m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o metaforce.o
2972-siesta_init.o: molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o parallelsubs.o
2973-siesta_init.o: projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o siesta_geom.o
2974-siesta_init.o: siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o sys.o timer.o
2975-siesta_init.o: timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o
2976+siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_poisson_fdf.o m_rmaxh.o
2977+siesta_init.o: m_spin.o m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o
2978+siesta_init.o: metaforce.o molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o
2979+siesta_init.o: parallelsubs.o projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o
2980+siesta_init.o: siesta_geom.o siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o
2981+siesta_init.o: sys.o timer.o timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o
2982 siesta_master.o: iopipes.o iosockets.o precision.o sys.o
2983 siesta_move.o: atomlist.o broyden_optim.o cell_broyden_optim.o
2984 siesta_move.o: cell_fire_optim.o dynamics.o fire_optim.o flook_siesta.o ioxv.o
2985@@ -863,18 +892,17 @@
2986 state_init.o: proximity_check.o siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_options.o
2987 state_init.o: sparse_matrices.o sys.o units.o write_subs.o zmatrix.o
2988 struct_init.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o files.o ioxv.o m_exp_coord.o
2989-struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_steps.o parallel.o periodic_table.o
2990-struct_init.o: siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o
2991-struct_init.o: units.o zmatrix.o
2992+struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_poisson_fdf.o m_poisson_obc_comm.o
2993+struct_init.o: m_steps.o parallel.o periodic_table.o siesta_cml.o siesta_geom.o
2994+struct_init.o: siesta_master.o siesta_options.o units.o zmatrix.o
2995 sys.o: parallel.o
2996 timer.o: extrae_eventllist.o extrae_module.o m_timer.o parallel.o sys.o
2997 timer.o: timer_tree.o
2998 timer_tree.o: m_walltime.o
2999 transition_rate.o: alloc.o fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
3000-ts_init.o: m_cite.o m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o
3001-ts_init.o: m_ts_electrode.o m_ts_electype.o m_ts_gf.o m_ts_global_vars.o
3002-ts_init.o: m_ts_kpoints.o m_ts_method.o m_ts_options.o parallel.o
3003-ts_init.o: siesta_options.o
3004+ts_init.o: m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o m_ts_electrode.o
3005+ts_init.o: m_ts_electype.o m_ts_gf.o m_ts_global_vars.o m_ts_kpoints.o
3006+ts_init.o: m_ts_method.o m_ts_options.o parallel.o siesta_options.o
3007 ts_show_regions.o: m_region.o m_ts_electype.o m_ts_method.o parallel.o
3008 ts_show_regions.o: precision.o units.o
3009 typecell.o: precision.o
3010@@ -886,6 +914,7 @@
3011 vmatsp.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o mesh.o meshdscf.o
3012 vmatsp.o: meshphi.o precision.o
3013 vmb.o: m_fixed.o parallel.o precision.o sys.o
3014+wavefunctions.o: parallel.o precision.o
3015 write_inp_wannier.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o m_ntm.o m_orderbands.o
3016 write_inp_wannier.o: mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
3017 write_inp_wannier.o: siesta2wannier90.o siesta_geom.o
3018@@ -1007,6 +1036,7 @@
3019 m_ksv.o: ksv.o
3020 m_ksvinit.o: ksvinit.o
3021 m_ldau.o: ldau.o
3022+m_linpack.o: linpack.o
3023 m_local_dos.o: local_DOS.o
3024 m_matel_registry.o: matel_registry.o
3025 m_minvec.o: minvec.o
3026@@ -1051,6 +1081,8 @@
3027 m_vmat.o: vmat.o
3028 m_zm_broyden_optim.o: zm_broyden_optim.o
3029 m_zm_fire_optim.o: zm_fire_optim.o
3030+matdiagon.o: m_matdiag.o
3031+matswinversion.o: m_matswinvers.o
3032 mtprng.o: m_uuid.o
3033 neighbour.o: mneighb.o
3034 on_core.o: onmod.o
3035
3036=== modified file 'Util/VCA/Makefile'
3037--- Util/VCA/Makefile 2016-08-30 14:02:33 +0000
3038+++ Util/VCA/Makefile 2016-11-22 08:16:45 +0000
3039@@ -142,7 +142,7 @@
3040 bsc_cellxc.o: alloc.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o mesh.o moremeshsubs.o parallel.o
3041 bsc_cellxc.o: parallelsubs.o precision.o sys.o
3042 bsc_xcmod.o: parallel.o precision.o sys.o
3043-cart2frac.o: sys.o
3044+cart2frac.o: precision.o sys.o
3045 cdiag.o: alloc.o m_diagon_opt.o memoryinfo.o parallel.o precision.o sys.o
3046 cell_broyden_optim.o: m_broyddj_nocomm.o parallel.o precision.o sys.o units.o
3047 cell_broyden_optim.o: zmatrix.o
3048@@ -154,6 +154,8 @@
3049 cgvc_zmatrix.o: alloc.o conjgr.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o sys.o
3050 cgvc_zmatrix.o: units.o zmatrix.o
3051 cgwf.o: egandd.o onmod.o parallel.o precision.o sys.o
3052+changebasis.o: alloc.o m_matdiag.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
3053+changebasis.o: sparse_matrices.o sys.o wavefunctions.o
3054 chemical.o: parallel.o precision.o sys.o
3055 chempot.o: alloc.o mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
3056 chkdim.o: sys.o
3057@@ -205,17 +207,17 @@
3058 denmat.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o
3059 denmatlomem.o: alloc.o globalise.o onmod.o precision.o
3060 densematrix.o: alloc.o precision.o
3061-detover.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
3062+detover.o: alloc.o linpack.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
3063 dfscf.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o m_spin.o mesh.o
3064 dfscf.o: meshdscf.o meshphi.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
3065 dhscf.o: alloc.o atmfuncs.o bsc_xcmod.o cellxc_mod.o delk.o dfscf.o
3066 dhscf.o: doping_uniform.o files.o forhar.o iogrid_netcdf.o m_charge_add.o
3067-dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_mesh_node.o m_ncdf_io.o
3068-dhscf.o: m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_rhog.o m_spin.o
3069-dhscf.o: m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o m_ts_options.o m_ts_tdir.o
3070-dhscf.o: m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o moremeshsubs.o parallel.o
3071-dhscf.o: parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o siesta_options.o sys.o units.o
3072-dhscf.o: vmat.o
3073+dhscf.o: m_efield.o m_hartree_add.o m_iorho.o m_iotddft.o m_mesh_node.o
3074+dhscf.o: m_ncdf_io.o m_ncdf_siesta.o m_partial_charges.o m_poisson_fdf.o
3075+dhscf.o: m_poisson_switch.o m_rhog.o m_spin.o m_ts_global_vars.o m_ts_hartree.o
3076+dhscf.o: m_ts_options.o m_ts_tdir.o m_ts_voltage.o mesh.o meshdscf.o meshsubs.o
3077+dhscf.o: moremeshsubs.o parallel.o parsing.o precision.o rhofft.o rhoofd.o
3078+dhscf.o: siesta_options.o sys.o units.o vmat.o
3079 diag2g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
3080 diag2k.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
3081 diag3g.o: fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
3082@@ -243,7 +245,7 @@
3083 domain_decom.o: sparse_matrices.o sys.o
3084 doping_uniform.o: alloc.o m_ntm.o mesh.o parallel.o precision.o sys.o
3085 dynamics.o: alloc.o atomlist.o files.o ioxv.o m_mpi_utils.o parallel.o
3086-dynamics.o: precision.o sys.o units.o
3087+dynamics.o: precision.o siesta_options.o sys.o units.o
3088 egandd.o: alloc.o denmat.o ener3.o globalise.o gradient.o on_subs.o onmod.o
3089 egandd.o: onmod.o precision.o sys.o
3090 eggbox.o: parallel.o precision.o
3091@@ -252,6 +254,10 @@
3092 elpa2.o: elpa1.o
3093 ener3.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o
3094 ener3lomem.o: alloc.o globalise.o m_mpi_utils.o onmod.o precision.o
3095+evolg.o: alloc.o m_eo.o m_matswinvers.o m_steps.o parallel.o parallelsubs.o
3096+evolg.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o wavefunctions.o
3097+evolk.o: m_diagon_opt.o m_matswinvers.o parallel.o precision.o siesta_options.o
3098+evolk.o: sys.o wavefunctions.o
3099 extrapolateSpData2D.o: class_Data2D.o class_OrbitalDistribution.o
3100 extrapolateSpData2D.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o
3101 extrapolon.o: parallel.o precision.o sys.o
3102@@ -292,9 +298,9 @@
3103 initatom.o: atmparams.o atom.o atom_options.o basis_io.o basis_specs.o
3104 initatom.o: basis_types.o chemical.o electrostatic.o ldau_specs.o m_spin.o
3105 initatom.o: old_atmfuncs.o precision.o pseudopotential.o
3106-initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o parallel.o
3107-initparallel.o: parallelsubs.o precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o
3108-initparallel.o: spatial.o sys.o
3109+initparallel.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o domain_decom.o
3110+initparallel.o: m_poisson_fdf.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
3111+initparallel.o: siesta_options.o sparse_matrices.o spatial.o sys.o
3112 io.o: sys.o
3113 iocg.o: files.o precision.o sys.o
3114 iodm.o: alloc.o files.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
3115@@ -353,7 +359,9 @@
3116 m_efield.o: siesta_geom.o sys.o units.o
3117 m_energies.o: precision.o
3118 m_eo.o: precision.o
3119+m_evolve.o: alloc.o m_memory.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
3120 m_exp_coord.o: files.o m_os.o parallel.o precision.o units.o
3121+m_fastconv_dims.o: precision.o
3122 m_filter.o: bessph.o precision.o radfft.o sorting.o sys.o
3123 m_fire.o: parallel.o precision.o
3124 m_fire_mixing.o: alloc.o m_fire_para.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o
3125@@ -375,10 +383,14 @@
3126 m_hs_matrix.o: alloc.o cellsubs.o geom_helper.o precision.o sys.o
3127 m_hsx.o: atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o files.o parallel.o parallelsubs.o
3128 m_hsx.o: precision.o siesta_geom.o sys.o
3129+m_initwf.o: alloc.o densematrix.o fermid.o m_diagon_opt.o m_eo.o m_memory.o
3130+m_initwf.o: parallel.o parallelsubs.o precision.o sparse_matrices.o sys.o
3131+m_initwf.o: wavefunctions.o
3132 m_integrate.o: precision.o
3133 m_io.o: sys.o
3134 m_io_s.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o class_SpData2D.o
3135 m_io_s.o: class_Sparsity.o parallel.o precision.o
3136+m_iodipol.o: files.o m_dipol.o m_steps.o
3137 m_iodm.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o class_Sparsity.o
3138 m_iodm.o: m_io_s.o parallel.o
3139 m_iodm_old.o: alloc.o files.o m_matio.o m_mpi_utils.o parallel.o parallelsubs.o
3140@@ -386,9 +398,13 @@
3141 m_iorho.o: alloc.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
3142 m_iostruct.o: alloc.o files.o m_mpi_utils.o parallel.o precision.o
3143 m_iostruct.o: siesta_geom.o sys.o units.o
3144+m_iotddft.o: files.o m_dipol.o m_steps.o parallel.o siesta_options.o
3145+m_iotddft.o: wavefunctions.o
3146 m_kinetic.o: precision.o
3147 m_mat_invert.o: intrinsic_missing.o m_pivot_array.o precision.o
3148+m_matdiag.o: precision.o
3149 m_matio.o: alloc.o parallel.o
3150+m_matswinvers.o: precision.o
3151 m_memory.o: memoryinfo.o parallel.o sys.o
3152 m_mesh_node.o: intrinsic_missing.o parallel.o precision.o
3153 m_mixing.o: class_Data1D.o class_Fstack_Data1D.o parallel.o precision.o
3154@@ -436,6 +452,15 @@
3155 m_planewavematrix.o: atomlist.o dhscf.o m_planewavematrixvar.o precision.o
3156 m_planewavematrix.o: siesta_geom.o sparse_matrices.o
3157 m_planewavematrixvar.o: precision.o
3158+m_plot_1d_arr3d.o: precision.o
3159+m_poisson_fdf.o: m_char.o precision.o
3160+m_poisson_obc_comm.o: atm_types.o atmfuncs.o m_mpi_stop.o parallel.o
3161+m_poisson_obc_comm.o: precision.o siesta_geom.o sys.o
3162+m_poisson_obc_fastconv.o: cellsubs.o m_mpi_stop.o m_poisson_obc_fastconv_r2c.o
3163+m_poisson_obc_fastconv.o: parallel.o precision.o sys.o
3164+m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: cellsubs.o m_fastconv_dims.o m_plot_1d_arr3d.o
3165+m_poisson_obc_fastconv_r2c.o: m_poisson_obc_comm.o precision.o sys.o
3166+m_poisson_switch.o: m_poisson_obc_fastconv.o precision.o sys.o
3167 m_pulay.o: alloc.o atomlist.o m_mpi_utils.o m_spin.o m_svd.o parallel.o
3168 m_pulay.o: precision.o siesta_options.o sparse_matrices.o sys.o
3169 m_redist_spmatrix.o: alloc.o class_Distribution.o
3170@@ -451,7 +476,8 @@
3171 m_sparsity_handling.o: class_Data1D.o class_Data2D.o
3172 m_sparsity_handling.o: class_OrbitalDistribution.o class_SpData1D.o
3173 m_sparsity_handling.o: class_SpData2D.o class_Sparsity.o geom_helper.o
3174-m_sparsity_handling.o: m_interpolate.o m_region.o precision.o
3175+m_sparsity_handling.o: intrinsic_missing.o m_interpolate.o m_region.o
3176+m_sparsity_handling.o: precision.o
3177 m_spin.o: alloc.o parallel.o precision.o sys.o units.o
3178 m_stress.o: precision.o
3179 m_supercell.o: atom_graph.o class_OrbitalDistribution.o class_SpData2D.o
3180@@ -563,9 +589,10 @@
3181 m_ts_options.o: m_ts_hartree.o m_ts_method.o m_ts_mumps_init.o m_ts_tdir.o
3182 m_ts_options.o: m_ts_weight.o parallel.o precision.o siesta_options.o units.o
3183 m_ts_pivot.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o
3184-m_ts_pivot.o: create_Sparsity_SC.o create_Sparsity_Union.o intrinsic_missing.o
3185-m_ts_pivot.o: m_char.o m_pivot.o m_region.o m_sparsity_handling.o m_ts_debug.o
3186-m_ts_pivot.o: m_ts_electype.o parallel.o precision.o
3187+m_ts_pivot.o: create_Sparsity_SC.o create_Sparsity_Union.o geom_helper.o
3188+m_ts_pivot.o: intrinsic_missing.o m_char.o m_pivot.o m_region.o
3189+m_ts_pivot.o: m_sparsity_handling.o m_ts_debug.o m_ts_electype.o parallel.o
3190+m_ts_pivot.o: precision.o
3191 m_ts_rgn2trimat.o: alloc.o class_OrbitalDistribution.o class_Sparsity.o
3192 m_ts_rgn2trimat.o: create_Sparsity_Union.o geom_helper.o m_region.o
3193 m_ts_rgn2trimat.o: m_ts_electype.o m_ts_method.o m_ts_tri_common.o parallel.o
3194@@ -708,8 +735,8 @@
3195 rdiag.o: alloc.o m_diagon_opt.o memoryinfo.o parallel.o precision.o sys.o
3196 rdiag_elpa.o: alloc.o elpa1.o elpa2.o parallel.o precision.o sys.o
3197 rdiag_mrrr.o: alloc.o parallel.o precision.o sys.o
3198-read_options.o: files.o m_charge_add.o m_hartree_add.o m_mixing_scf.o m_spin.o
3199-read_options.o: m_target_stress.o memoryinfo.o parallel.o precision.o
3200+read_options.o: files.o m_charge_add.o m_cite.o m_hartree_add.o m_mixing_scf.o
3201+read_options.o: m_spin.o m_target_stress.o memoryinfo.o parallel.o precision.o
3202 read_options.o: siesta_cml.o siesta_options.o sys.o units.o
3203 read_xc_info.o: parallel.o precision.o sys.o
3204 readsp.o: parallel.o precision.o sys.o
3205@@ -776,30 +803,32 @@
3206 siesta_end.o: meshdscf.o meshphi.o moremeshsubs.o parallel.o siesta_cml.o
3207 siesta_end.o: siesta_cmlsubs.o siesta_master.o siesta_options.o
3208 siesta_end.o: sparse_matrices.o timestamp.o
3209-siesta_forces.o: atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o compute_dm.o
3210-siesta_forces.o: compute_energies.o compute_max_diff.o files.o
3211-siesta_forces.o: final_H_f_stress.o flook_siesta.o kpoint_grid.o
3212-siesta_forces.o: m_convergence.o m_energies.o m_forces.o m_iodm_old.o
3213-siesta_forces.o: m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o m_ncdf_siesta.o
3214-siesta_forces.o: m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o m_steps.o
3215-siesta_forces.o: m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o m_ts_electype.o
3216-siesta_forces.o: m_ts_global_vars.o m_ts_method.o m_ts_options.o mixer.o
3217-siesta_forces.o: parallel.o post_scf_work.o precision.o save_density_matrix.o
3218-siesta_forces.o: scfconvergence_test.o setup_H0.o setup_hamiltonian.o
3219-siesta_forces.o: siesta_cml.o siesta_dicts.o siesta_geom.o siesta_master.o
3220-siesta_forces.o: siesta_options.o sparse_matrices.o state_analysis.o
3221-siesta_forces.o: state_init.o sys.o units.o write_subs.o
3222+siesta_forces.o: alloc.o atomlist.o class_Fstack_Data1D.o class_SpData2D.o
3223+siesta_forces.o: compute_dm.o compute_energies.o compute_max_diff.o
3224+siesta_forces.o: densematrix.o files.o final_H_f_stress.o flook_siesta.o
3225+siesta_forces.o: kpoint_grid.o m_convergence.o m_energies.o m_eo.o m_evolve.o
3226+siesta_forces.o: m_forces.o m_gamma.o m_initwf.o m_iodm.o m_iodm_old.o
3227+siesta_forces.o: m_iotddft.o m_mixing.o m_mixing_scf.o m_mpi_utils.o
3228+siesta_forces.o: m_ncdf_siesta.o m_pexsi.o m_pexsi_driver.o m_rhog.o m_spin.o
3229+siesta_forces.o: m_steps.o m_stress.o m_transiesta.o m_ts_charge.o
3230+siesta_forces.o: m_ts_electype.o m_ts_global_vars.o m_ts_method.o
3231+siesta_forces.o: m_ts_options.o mixer.o overfsm.o parallel.o post_scf_work.o
3232+siesta_forces.o: precision.o save_density_matrix.o scfconvergence_test.o
3233+siesta_forces.o: setup_H0.o setup_hamiltonian.o siesta_cml.o siesta_dicts.o
3234+siesta_forces.o: siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o
3235+siesta_forces.o: sparse_matrices.o state_analysis.o state_init.o sys.o units.o
3236+siesta_forces.o: wavefunctions.o write_subs.o
3237 siesta_geom.o: precision.o
3238 siesta_init.o: alloc.o atomlist.o bands.o bsc_xcmod.o
3239 siesta_init.o: class_Fstack_Pair_Geometry_SpData2D.o densematrix.o files.o
3240 siesta_init.o: flook_siesta.o ioxv.o kpoint_grid.o kpoint_pdos.o ksvinit.o
3241 siesta_init.o: m_cite.o m_energies.o m_eo.o m_fixed.o m_forces.o m_gamma.o
3242-siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_rmaxh.o m_spin.o
3243-siesta_init.o: m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o metaforce.o
3244-siesta_init.o: molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o parallelsubs.o
3245-siesta_init.o: projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o siesta_geom.o
3246-siesta_init.o: siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o sys.o timer.o
3247-siesta_init.o: timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o
3248+siesta_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_new_dm.o m_poisson_fdf.o m_rmaxh.o
3249+siesta_init.o: m_spin.o m_steps.o m_supercell.o m_timer.o m_wallclock.o
3250+siesta_init.o: metaforce.o molecularmechanics.o object_debug.o parallel.o
3251+siesta_init.o: parallelsubs.o projected_DOS.o siesta_cmlsubs.o siesta_dicts.o
3252+siesta_init.o: siesta_geom.o siesta_options.o sparse_matrices.o struct_init.o
3253+siesta_init.o: sys.o timer.o timestamp.o ts_init.o writewave.o zmatrix.o
3254 siesta_master.o: iopipes.o iosockets.o precision.o sys.o
3255 siesta_move.o: atomlist.o broyden_optim.o cell_broyden_optim.o
3256 siesta_move.o: cell_fire_optim.o dynamics.o fire_optim.o flook_siesta.o ioxv.o
3257@@ -831,18 +860,17 @@
3258 state_init.o: proximity_check.o siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_options.o
3259 state_init.o: sparse_matrices.o sys.o units.o write_subs.o zmatrix.o
3260 struct_init.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o files.o ioxv.o m_exp_coord.o
3261-struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_steps.o parallel.o periodic_table.o
3262-struct_init.o: siesta_cml.o siesta_geom.o siesta_master.o siesta_options.o
3263-struct_init.o: units.o zmatrix.o
3264+struct_init.o: m_iostruct.o m_mpi_utils.o m_poisson_fdf.o m_poisson_obc_comm.o
3265+struct_init.o: m_steps.o parallel.o periodic_table.o siesta_cml.o siesta_geom.o
3266+struct_init.o: siesta_master.o siesta_options.o units.o zmatrix.o
3267 sys.o: parallel.o
3268 timer.o: extrae_eventllist.o extrae_module.o m_timer.o parallel.o sys.o
3269 timer.o: timer_tree.o
3270 timer_tree.o: m_walltime.o
3271 transition_rate.o: alloc.o fermid.o parallel.o parallelsubs.o precision.o sys.o
3272-ts_init.o: m_cite.o m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o
3273-ts_init.o: m_ts_electrode.o m_ts_electype.o m_ts_gf.o m_ts_global_vars.o
3274-ts_init.o: m_ts_kpoints.o m_ts_method.o m_ts_options.o parallel.o
3275-ts_init.o: siesta_options.o
3276+ts_init.o: m_fixed.o m_os.o m_ts_cctype.o m_ts_charge.o m_ts_electrode.o
3277+ts_init.o: m_ts_electype.o m_ts_gf.o m_ts_global_vars.o m_ts_kpoints.o
3278+ts_init.o: m_ts_method.o m_ts_options.o parallel.o siesta_options.o
3279 ts_show_regions.o: m_region.o m_ts_electype.o m_ts_method.o parallel.o
3280 ts_show_regions.o: precision.o units.o
3281 typecell.o: precision.o
3282@@ -854,6 +882,7 @@
3283 vmatsp.o: alloc.o atm_types.o atmfuncs.o atomlist.o listsc.o mesh.o meshdscf.o
3284 vmatsp.o: meshphi.o precision.o
3285 vmb.o: m_fixed.o parallel.o precision.o sys.o
3286+wavefunctions.o: parallel.o precision.o
3287 write_inp_wannier.o: alloc.o atmfuncs.o atomlist.o m_ntm.o m_orderbands.o
3288 write_inp_wannier.o: mneighb.o parallel.o parallelsubs.o precision.o
3289 write_inp_wannier.o: siesta2wannier90.o siesta_geom.o
3290@@ -974,6 +1003,7 @@
3291 m_ksv.o: ksv.o
3292 m_ksvinit.o: ksvinit.o
3293 m_ldau.o: ldau.o
3294+m_linpack.o: linpack.o
3295 m_local_dos.o: local_DOS.o
3296 m_matel_registry.o: matel_registry.o
3297 m_minvec.o: minvec.o
3298@@ -1018,6 +1048,8 @@
3299 m_vmat.o: vmat.o
3300 m_zm_broyden_optim.o: zm_broyden_optim.o
3301 m_zm_fire_optim.o: zm_fire_optim.o
3302+matdiagon.o: m_matdiag.o
3303+matswinversion.o: m_matswinvers.o
3304 mtprng.o: m_uuid.o
3305 neighbour.o: mneighb.o
3306 on_core.o: onmod.o
3307
3308=== modified file 'version.info'
3309--- version.info 2016-10-20 12:18:03 +0000
3310+++ version.info 2016-11-22 08:16:45 +0000
3311@@ -1,1 +1,1 @@
3312-trunk-572--kovalp-manual-1
3313+trunk-572--kovalp-manual-1--npapior-1

Subscribers

People subscribed via source and target branches

to all changes: